Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009467.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00114116_pilon, whole genome shotgun sequence
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Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
5465 CGATAATGTC
5475 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
5486 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
5497 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
5508 CCACCGGGAA
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11 20 1.00
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TCGCCGGAGCA
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Indices: 5896--6085 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
5886 TGGCCCGGGG
* * *
5896 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
5928 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
5961 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
6001 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
6033 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
6066 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
6086 TCACGCACAA
Statistics
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0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
34 4 0.03
35 1 0.01
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39 3 0.02
40 17 0.13
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:6014 original size:105 final size:106
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Indices: 5874--6093 Score: 406
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
5864 CTGTGCGGCA
*
5874 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
5939 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
5980 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
6044 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
6085 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
6094 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.84
106 18 0.16
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Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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Indices: 5826--6261 Score: 514
Period size: 137 Copynumber: 3.2 Consensus size: 136
5816 CGTCGGGGTT
5826 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
5891 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
66 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
5956 TGGGACT
130 TAAGACG
* * **
5963 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * * * *
6024 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
60 ATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
6087 CA-CGCAC-AAG-CG
123 CACCGC-CTAAGACG
* *
6099 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
6164 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC
65 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGC
* **
6229 CT-GGATT
129 CTAAGACG
*
6236 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
6262 ACGGGGCCTG
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 32, Indels: 41
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
135 8 0.03
136 62 0.25
137 108 0.44
138 37 0.15
139 8 0.03
140 9 0.04
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (136 bp):
GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCT
AAGACG
Found at i:6252 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6170--6253 Score: 127
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
6160 TGGCCCGGGG
* * *
6170 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
6202 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT-GGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
6234 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
6254 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 2
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 39 0.81
33 9 0.19
ACGTcount: A:0.15, C:0.30, G:0.36, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:6409 original size:33 final size:33
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Indices: 6340--6421 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
6330 GCCGGGGTTG
* * * *
6340 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
6372 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
6405 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
6422 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:6440 original size:167 final size:168
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Indices: 5980--6556 Score: 1009
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
5970 GTGACCGAGG
*
5980 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
6044 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACG-GGCCTGATGGT
*
6109 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
6148 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
6213 GACCGAGGCCACCCGCC-TGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGCCTGATGGT
* *
6277 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
6316 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
6380 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGCCTGATGGTG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGCCTGATGGTG
6445 ACCGAGGCT-CCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
6482 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG-GGTTTGCCGATGG
6547 TGACCGAGGC
65 TGACCGAGGC
6557 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 12, Indels: 10
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 41 0.10
167 123 0.31
168 165 0.42
169 63 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGCCTGATGGTG
ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:14405 original size:11 final size:11
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Indices: 14389--14421 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
14379 CGATAATGTC
14389 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
14400 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
14411 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
14422 CCACCGGAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:14836 original size:31 final size:32
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Indices: 14801--14985 Score: 128
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14791 TGGCCCGGGG
*
14801 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCTCTGGGA
* *
14832 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCCT-GGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACA-CCCTCTGGGA
* * * * *
14864 CT-CCGAT-GTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG-----ACACC-CT---CTGGGA
*
14903 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCC-TCTGGGA
* *
14935 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCC-TCTGGGA
14968 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
14986 CTCACGCACA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 17, Indels: 30
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
30 10 0.08
31 22 0.18
32 27 0.22
33 35 0.29
34 2 0.02
35 7 0.06
38 1 0.01
39 3 0.02
40 6 0.05
41 8 0.07
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCTCTGGGA
Found at i:14910 original size:102 final size:105
Alignment explanation
Indices: 14779--14994 Score: 368
Period size: 102 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
14769 TTGTGCGGCA
14779 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
14843 GACCGAGGCCACCCCCCT-GGACT-CCGAT-GTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCCCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGA-G
14881 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
14946 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAG
66 GACCGAGGCCACCCCCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAG
*
14986 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
14995 ACGGCCTGAT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 3, Indels: 5
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 46 0.43
103 35 0.33
104 4 0.04
105 14 0.13
106 8 0.07
ACGTcount: A:0.16, C:0.35, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCCCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAG
Found at i:14966 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 14903--14985 Score: 132
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
14893 TGGCCCGGGG
* *
14903 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
*
14935 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
14968 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
14986 CTCACGCACA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.36
33 30 0.64
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.36, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
Found at i:15108 original size:160 final size:165
Alignment explanation
Indices: 14881--15284 Score: 647
Period size: 163 Copynumber: 2.4 Consensus size: 165
14871 GTGACCGAGG
14881 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGA--GTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
14946 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAC-GGCCTGATGGTG
63 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGCCTGATGGTG
15009 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
128 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
15047 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGA-TGACCGAGACACCCGTC-GGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGAGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
15109 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGCCTGATGGTGAC
*
15174 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 CGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
***
15210 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTTTTTTTTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGA--GTGACCGAGACACCCGTC--TGGGTTTGCCGATGG
15275 TGACCGAGGC
62 TGACCGAGGC
15285 ACGCACACTG
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 6, Indels: 16
0.91 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 52 0.23
161 29 0.13
163 64 0.29
164 22 0.10
165 2 0.01
166 15 0.07
167 17 0.08
170 21 0.09
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (165 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGAGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGCCTGATGGTGACC
GAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:23600 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 23564--23749 Score: 178
Period size: 32 Copynumber: 5.6 Consensus size: 32
23554 TGGCCCGGGG
* *
23564 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
23596 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * *
23628 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-G---GGA
* *
23668 TT-CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
23699 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
23732 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
23750 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 24
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 9 0.07
32 53 0.42
33 35 0.28
34 3 0.02
35 1 0.01
36 1 0.01
37 2 0.02
39 20 0.16
40 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:23694 original size:103 final size:106
Alignment explanation
Indices: 23542--23759 Score: 397
Period size: 103 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
23532 CTGTGCGGCA
23542 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
23607 GACCGAGGCCACCC-CCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
23647 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTT-CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
23710 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
23751 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
23760 AGCGGCCTGA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 2, Indels: 3
0.96 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
103 54 0.49
104 38 0.35
105 18 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:23844 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 23647--24222 Score: 1004
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
23637 GTGACCGAGG
23647 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTT-CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
23710 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-GCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
23774 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
23813 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
23878 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
23943 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
23983 CTCCCGCACCAATGG--CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTG-CGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
24045 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
24110 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
24150 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
24214 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
24223 ACGCCGATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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167 128 0.33
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169 42 0.11
170 63 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:23904 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 23835--23919 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
23825 TGGCCCGGGG
* * *
23835 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
23867 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
23900 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:24080 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 24006--24086 Score: 101
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
23996 GGCGGGGTTG
* * * *
24006 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTT
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGATTA
*
24037 GCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-TGGATTA
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1 CCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (32 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGATTA
Found at i:24230 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 24205--24246 Score: 84
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
24195 GTCTGTTTTT
24205 GCCGATGGTGACCGAGGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCAC
24225 GCCGATGGTGACCGAGGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCAC
24245 GC
1 GC
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Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 22 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
GCCGATGGTGACCGAGGCAC
Found at i:37074 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 37038--37255 Score: 165
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
37028 TGGCCCGGGG
* *
37038 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
37070 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * * **
37102 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGC-CTGGGA
* * *
37134 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-G---GGA
* *
37173 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
37205 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
37238 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
30 3 0.02
31 23 0.15
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33 39 0.26
35 1 0.01
36 1 0.01
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ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:37190 original size:135 final size:138
Alignment explanation
Indices: 37015--37300 Score: 533
Period size: 135 Copynumber: 2.1 Consensus size: 138
37005 TCTGTGCGGC
37015 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
37080 TGACCGAGGCCACCC-CCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
37143 TGACCGAG
131 TGACCGAG
*
37151 GCTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
*
37215 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
37280 TGACCGAG
131 TGACCGAG
37288 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
37301 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 3, Indels: 3
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
135 60 0.41
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ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.15
Consensus pattern (138 bp):
ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
TGACCGAG
Found at i:37236 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37173--37257 Score: 136
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
37163 ATGGCCCGGG
* * *
37173 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37205 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37238 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37258 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 32 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.36, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:37281 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 37038--37727 Score: 979
Period size: 168 Copynumber: 4.1 Consensus size: 167
37028 TGGCCCGGGG
* * * *
37038 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CAC-C-CCCTG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* * * * *
37099 GGACTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCACGCA-CAAGGGC-CTGATGGTGACCGAG-GCTCCCGCA
65 GG--GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCTCGGAT-GTG--CG-GCACTCCCGCA
37160 CCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
123 CCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
*
37205 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
37269 GGGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGG--ATGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
37334 GCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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**
37373 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
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*
37438 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGG-A-TGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
37503 G-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
129 GCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * * *
37541 TTGTCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
37606 GGGCCTGATGGTGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
**
37670 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
131 CC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
37708 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37728 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 29, Indels: 28
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 24 0.05
166 2 0.00
167 74 0.15
168 302 0.63
169 72 0.15
170 4 0.01
171 2 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:37410 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37341--37425 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
37331 ATGGCCCGGG
* * ** *
37341 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
37373 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
37406 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37426 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.36
33 30 0.64
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:37582 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37512--37593 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
37502 GGCCGGGTTG
* * * *
37512 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
37544 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
37577 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
37594 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Done.