genome.fa.s947.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000947.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001894_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  275664

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1723--1771	2	26.0	2	88	12	77	46	0	0	53	1.00
1723--1771	11	4.3	12	85	15	77	46	0	0	53	1.00
10602--10714	56	2.0	56	94	0	199	31	14	20	33	1.92
17770--17871	45	2.3	44	80	8	109	35	17	20	26	1.95
17879--17936	20	2.7	20	81	10	62	31	17	22	29	1.96
19171--19245	34	2.3	32	83	4	87	25	28	14	32	1.95
19528--19570	21	2.0	22	90	4	70	25	30	20	23	1.99
22183--22286	34	3.1	34	87	2	140	25	27	13	32	1.94
22718--22795	20	3.9	20	91	0	111	19	32	30	17	1.95
25277--25346	34	2.1	32	86	5	95	24	28	15	31	1.96
25629--25668	21	1.9	21	94	0	71	25	32	22	20	1.98
26571--26731	63	2.5	65	84	6	197	25	19	21	33	1.97
31406--31653	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
31420--31684	130	2.0	129	81	4	309	38	12	13	34	1.83
32123--32156	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
32279--32321	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
32290--32375	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
38594--38674	33	2.5	33	88	8	128	19	9	28	41	1.83
42892--42928	18	2.1	18	89	0	56	67	2	0	29	1.04
47684--47721	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
48454--48495	20	2.1	20	90	0	66	40	28	9	21	1.84
48457--48498	10	4.2	10	81	0	57	38	23	9	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49995--50059	12	5.4	12	84	0	85	43	26	7	23	1.80
49988--50059	18	3.9	18	79	1	81	43	26	8	22	1.81
49988--50059	24	3.0	24	85	2	99	43	26	8	22	1.81
50785--50826	21	2.2	19	87	12	59	54	16	4	23	1.61
51873--51910	20	1.9	20	88	0	58	26	5	2	65	1.27
61302--61376	35	2.1	34	81	13	82	45	1	4	49	1.29
61317--61375	23	2.6	23	78	2	66	44	1	1	52	1.21
61363--61440	19	4.1	19	72	19	65	47	1	1	50	1.17
61394--61588	26	7.4	25	65	18	69	49	1	1	47	1.20
69756--69786	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
73855--73910	29	1.9	29	92	0	94	30	8	1	58	1.39
80926--81061	60	2.3	60	76	3	150	32	16	13	37	1.88
85060--85161	46	2.2	48	82	5	120	22	12	14	50	1.77
85333--85368	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
89339--89375	15	2.5	15	100	0	74	5	18	70	5	1.27
90065--90171	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
90098--90176	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
92129--92177	23	2.2	23	85	3	64	67	10	10	12	1.43
92136--92188	23	2.3	23	90	3	81	62	9	9	18	1.52
93817--93938	40	3.0	40	97	0	226	34	26	15	23	1.95
100729--100890	40	4.1	40	98	0	306	34	26	15	23	1.94
104828--104863	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113211--113254	16	2.7	16	85	3	52	50	2	0	47	1.13
113214--113256	17	2.4	18	81	14	54	53	2	0	44	1.13
113769--114163	195	2.0	195	100	0	790	35	12	10	41	1.77
123788--123830	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
123860--123906	22	2.0	22	84	8	58	34	34	23	8	1.85
125452--125517	23	2.9	23	82	8	80	22	27	22	27	1.99
128929--128971	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
130411--130522	21	5.4	21	86	3	156	36	25	18	18	1.94
130388--130527	41	3.4	41	82	9	171	36	25	17	20	1.94
131086--131163	20	3.8	20	70	9	68	52	17	17	11	1.74
131178--131294	20	6.6	18	70	22	61	12	23	21	42	1.87
131192--131247	14	3.6	14	74	21	58	8	25	23	42	1.82
131178--131296	33	3.4	33	85	9	148	12	23	21	42	1.86
131203--131296	20	5.1	19	73	17	81	12	23	20	43	1.86
132943--133176	95	2.5	95	93	0	398	21	13	18	46	1.83
133642--133708	21	3.2	21	66	6	55	25	35	19	19	1.95
133620--133708	42	2.1	42	83	8	110	24	35	19	20	1.95
135057--135092	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
137892--137938	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
137896--137947	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
138815--138860	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
142333--142382	24	2.2	22	82	13	57	36	0	12	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142490--142584	31	3.1	30	69	14	79	33	11	13	41	1.81
144073--144117	19	2.4	19	80	0	54	42	11	2	44	1.52
144058--144130	25	3.2	24	72	22	75	42	12	1	43	1.50
144632--144663	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
148240--148277	18	2.1	18	85	14	51	26	7	0	65	1.19
150366--150648	110	2.6	110	93	1	485	47	14	13	25	1.80
150548--150743	92	2.1	92	91	1	322	48	12	14	24	1.78
150438--150854	204	2.1	201	91	2	683	47	13	14	24	1.81
150640--150917	112	2.5	112	92	1	461	44	14	16	25	1.85
150797--151234	180	2.4	182	91	1	686	44	13	14	28	1.82
151673--151720	23	2.1	23	92	0	78	37	14	8	39	1.76
155419--155458	21	2.0	20	85	5	53	45	2	2	50	1.28
157538--157579	21	2.0	20	86	4	57	21	11	21	45	1.84
158143--158231	29	3.1	29	83	0	97	24	21	14	39	1.91
161859--161885	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
170954--171025	23	3.1	23	78	4	65	37	6	11	44	1.67
171007--171390	75	5.1	75	78	8	345	33	11	12	42	1.79
171021--171363	144	2.3	151	83	7	407	32	12	11	43	1.79
176672--176709	2	19.0	2	88	0	58	0	55	0	44	0.99
177191--177240	24	2.1	23	85	10	66	10	4	8	78	1.09
182566--182598	15	2.1	16	94	5	59	36	30	33	0	1.58
195547--195670	7	17.4	7	67	14	58	75	0	17	6	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195594--195673	19	3.9	19	76	19	63	78	1	15	5	0.98
196997--197500	51	9.9	51	97	0	936	29	15	27	26	1.96
197744--197776	15	2.1	16	94	5	59	36	30	33	0	1.58
206084--206136	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
206126--206196	20	3.5	20	96	0	115	40	23	18	16	1.90
206185--206231	20	2.3	20	96	0	85	29	27	19	23	1.98
207073--207126	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
209539--209611	20	3.7	20	92	0	119	38	23	20	17	1.93
209716--209750	14	2.5	14	100	0	70	8	25	22	42	1.82
211290--211382	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
211933--212088	34	4.4	34	71	13	127	17	19	20	42	1.90
211955--212111	20	8.5	20	73	18	117	18	19	21	40	1.91
213995--214033	20	2.0	20	100	0	78	58	20	10	10	1.59
213997--214131	53	2.5	53	90	3	209	48	24	16	10	1.77
214480--214533	22	2.5	22	87	0	81	29	11	35	24	1.90
214714--214784	20	3.5	20	82	3	81	22	21	21	35	1.96
214781--214826	21	2.2	21	88	0	65	39	17	23	19	1.92
218030--218127	44	2.1	46	90	7	155	29	10	20	39	1.85
227829--227868	11	3.5	11	90	10	55	85	5	10	0	0.75
227829--227871	13	3.4	13	87	12	63	86	4	9	0	0.71
227829--227893	12	5.2	12	82	14	69	81	3	13	1	0.88
227837--227907	14	5.3	14	78	9	69	81	1	14	2	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227863--227922	24	2.5	24	81	10	70	78	0	16	5	0.92
227830--227916	25	3.6	23	80	13	86	80	2	13	3	0.94
227840--227927	14	6.3	14	73	12	58	79	1	14	4	0.95
229243--229801	51	10.9	51	95	0	929	29	15	27	27	1.96
229243--229908	102	6.4	102	91	2	949	29	15	26	28	1.96
229253--229909	51	12.6	55	92	3	242	29	15	26	28	1.96
233949--234015	29	2.3	30	85	12	86	44	4	34	16	1.68
250287--250319	17	2.0	17	88	5	50	21	3	42	33	1.68
256324--256448	65	1.9	65	85	3	171	14	21	12	52	1.74
261686--261726	20	2.0	20	100	0	82	41	29	9	19	1.83

Tables:   1

The End!