Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009517.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00115731_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
5640 CGATAATGTC
5650 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
5661 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
5672 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
5683 CCACCGGGAA
Statistics
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0.91 0.09 0.00
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11 20 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:6246 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 6071--6271 Score: 218
Period size: 77 Copynumber: 2.8 Consensus size: 71
6061 ATGGCCCGGG
* * *
6071 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-G---G--CCACCCGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGTCCGCACCACCCGC
6130 CTGGGA
66 CTGGGA
* *
6136 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCACCAATGGGATTGCCCGATGGTGACCGAGGTCCGCACC
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GC-CACC-CGCC--TGGGATTG-CCGATGGTGACCGAGGTCCGCACC
* *
6201 ACCCGTCTGGGT
60 ACCCGCCTGGGA
6213 TTGCCGATGGTGACCGA-CCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG-TC-CGCAC
6272 AAGGGGGGTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 9, Indels: 21
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
65 16 0.14
66 1 0.01
67 4 0.04
68 2 0.02
70 23 0.20
71 24 0.21
72 6 0.05
73 3 0.03
74 4 0.04
75 2 0.02
77 28 0.25
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (71 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGTCCGCACCACCCGC
CTGGGA
Found at i:6260 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 6090--6298 Score: 341
Period size: 108 Copynumber: 1.9 Consensus size: 108
6080 GTGACCGAGA
6090 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-GCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
6155 CTCACCGCACCAA-TGGGATTGCCCGATGGTGACCGAGGTCCGCAC
65 CTCA-CGCA-CAAGGGGGATTGCCCGATGGTGACCGAGGTCCGCAC
*
6200 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-CCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGC
* *
6264 TCACGCACAAGGGGGGTTGCCTGATGGTGACCGAG
66 TCACGCACAAGGGGGATTGCCCGATGGTGACCGAG
6299 ACTCCCGCAC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 4, Indels: 5
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
106 3 0.03
107 25 0.27
108 36 0.38
110 30 0.32
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (108 bp):
CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGC
TCACGCACAAGGGGGATTGCCCGATGGTGACCGAGGTCCGCAC
Found at i:6354 original size:141 final size:136
Alignment explanation
Indices: 5981--6443 Score: 494
Period size: 141 Copynumber: 3.4 Consensus size: 136
5971 GCCTGGGGTT
** *
5981 CCGAGG-CACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTG
1 CCGAGGCCACCCAACGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTG
6045 CGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGA
66 CGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGA
6110 TGGTGA
131 TGGTGA
** * ** *
6116 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCACCAA---TGGGATTGCC
1 CCGAGGCCACCCAACGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAACGCTCGG-TT--C
* * *** * * * *
6178 CGATG-GTGACCGAGGT-CCGCACCACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-CCACCCGCCT
62 TG-TGCG-G--C-A-CTCCCGCACCAATGGCCCGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT
*
6240 GGGATTGCCGATGGTGA
120 GGGTTTGCCGATGGTGA
* *
6257 CCGAGGCTCACGCACAAGGGGGGTTGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTC
1 CCGAGGC-CAC-C-CAACGGGGGTTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTC
6322 TGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTT
62 TGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTT
6387 GCCGATGGTGA
126 GCCGATGGTGA
* * * *
6398 CCGAGGCCACCC-GC-CGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 CCGAGGCCACCCAACGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
6444 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 40, Indels: 46
0.75 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
134 2 0.01
135 29 0.11
136 38 0.14
137 12 0.05
138 4 0.02
139 2 0.01
140 32 0.12
141 80 0.30
142 21 0.08
143 4 0.02
144 20 0.08
145 16 0.06
146 2 0.01
147 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (136 bp):
CCGAGGCCACCCAACGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTG
CGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGA
TGGTGA
Found at i:6434 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6353--6435 Score: 118
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
6343 TGGCCCGGGG
* * *
6353 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTCGGA
6385 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCG-C-CGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTCGGA
6416 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
6436 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 3
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 22 0.47
32 18 0.38
33 7 0.15
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTCGGA
Found at i:6515 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6200--6737 Score: 894
Period size: 168 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
6190 AGGTCCGCAC
6200 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA--CCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT-GGATTGCCGATGGTGACCGAGG
* *
6263 CTCACGCACAAGGGGGGTTGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCG
65 CTCACGCAC-A-CGGGG--GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCG
6328 GCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
126 GCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
6372 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-GGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
* *
6436 TCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACT
66 TCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACT
*
6501 CCCTCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
131 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
*
6539 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGG
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-TGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
*
6604 CGCACGCACAC-GGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
65 CTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
6668 TCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
130 TCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
*
6708 CACCCG--T-GTTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
6738 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 11, Indels: 16
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 22 0.06
167 67 0.19
168 124 0.35
169 62 0.18
170 4 0.01
171 1 0.00
172 61 0.17
174 9 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
TCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACT
CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
Found at i:6592 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6523--6604 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
6513 GCCGGGGTTG
* * * *
6523 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
6555 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
6588 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
6605 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:20114 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 20098--20130 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
20088 CGATAATGTC
20098 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
20109 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
20120 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
20131 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:20582 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 20519--20713 Score: 178
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
20509 TGGCCCGGGG
* * *
20519 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20551 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
20584 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCCGACCACCAACGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CA-C-CCG----CC--TG---GGA
* * * *
20629 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20661 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20694 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
20714 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 27
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.26
33 63 0.47
34 2 0.02
35 2 0.02
36 3 0.02
37 1 0.01
40 2 0.02
41 3 0.02
42 2 0.02
43 2 0.02
44 1 0.01
45 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:20646 original size:110 final size:111
Alignment explanation
Indices: 20511--20717 Score: 389
Period size: 110 Copynumber: 1.9 Consensus size: 111
20501 CGCACCAATG
*
20511 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
20576 GCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCCGACCACCAAC
66 GCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCCGACCACCAAC
20622 GCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
*
20686 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAC
66 GCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAC
20718 GCACAAGCGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
110 90 0.96
111 4 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (111 bp):
GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
GCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGCCGACCACCAAC
Found at i:20831 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 20622--21187 Score: 967
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
20612 GACCACCAAC
*
20622 GCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
*
20686 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCG
66 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAG-CTCCCG
20751 CACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
130 CACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
20790 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
*
20855 GTCCTTGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCC
66 G-CC-TGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGA-GCTCC
* *
20919 CGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
128 CGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
20960 G-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
* * * *
21024 GCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGCTCCCG
66 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGCTCCCG
21089 CACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
130 CACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
**
21128 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
21188 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 13, Indels: 13
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 78 0.21
169 199 0.53
170 93 0.25
171 5 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGCTCCCGC
ACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
Found at i:20873 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 20795--20883 Score: 135
Period size: 34 Copynumber: 2.7 Consensus size: 32
20785 CAATGGCCCG
*
20795 GGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCT
1 GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCT
20826 GGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCCTT
1 GGG-TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGT-C-T
20861 GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGC
20884 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 1, Indels: 5
0.90 0.02 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.06
32 17 0.32
33 8 0.15
34 21 0.40
35 4 0.08
ACGTcount: A:0.13, C:0.28, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (32 bp):
GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCT
Found at i:21039 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 20970--21051 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
20960 GCCGGGGTTG
* * * *
20970 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
21002 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
21035 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
21052 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:29108 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 29092--29124 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
29082 CGATAATGTC
29092 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
29103 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
29114 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
29125 CCACCGGAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:29568 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 29505--29695 Score: 190
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
29495 ATGGCCCGGG
* * *
29505 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
29537 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
29570 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
29610 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCCGCCTGGGA
29643 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
29676 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
29696 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 23
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.13
33 80 0.61
34 7 0.05
36 2 0.02
37 2 0.02
38 1 0.01
39 3 0.02
40 19 0.15
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:29675 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 29484--29703 Score: 404
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
29474 CTGTGCGGCA
*
29484 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
29549 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
29589 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACA-CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
29654 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
29695 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
29704 AAGCGGCCTG
Statistics
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0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
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106 70 0.63
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:29847 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29589--30167 Score: 1036
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
29579 GTGACCGAGG
*
29589 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
29654 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
29718 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
29758 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
29823 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
* *
29888 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
29927 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
29991 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
30056 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
30095 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
30160 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
30168 ACGCACACGT
Statistics
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0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 236 0.60
169 159 0.40
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:29848 original size:33 final size:33
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29769 ATGGCCCGGG
* * *
29779 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:30019 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 29950--30031 Score: 112
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29940 GGCCGGGTTG
* * * *
29950 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
29982 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
30015 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
30032 GCACGCACAC
Statistics
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0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
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Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:38511 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 38448--38638 Score: 197
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38438 TGGCCCGGGG
* * *
38448 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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* * * *
38513 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
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* * * *
38554 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
38639 TCACGCACAA
Statistics
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0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
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38 4 0.03
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:38565 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 38426--38646 Score: 415
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
38416 CTGTGCGGCA
*
38426 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
38491 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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38532 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
38597 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
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*
38638 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
38647 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 112 1.00
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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Found at i:38791 original size:34 final size:34
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Indices: 38721--38806 Score: 122
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
38711 ATGGCCCGGG
* *
38721 TTGCCGATGGTGACCGA-G-ACACCCGTCTGGGT
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* *
38753 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCACACCCGCCTGGGA
38787 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
38807 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCACACCCGCCTGGGA
Found at i:38802 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 38532--39104 Score: 959
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
38522 GTGACCGAGG
*
38532 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* * *
38597 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
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*
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
38764 GACCGAGGCCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATG
66 GACCGAGG-CCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATG
* *
38829 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCA
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* *
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66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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**
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39096 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
39105 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 13, Indels: 18
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.02
162 1 0.00
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ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
Found at i:38923 original size:30 final size:32
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Indices: 38889--38969 Score: 103
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38879 CAATGGCGGG
*
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* *
38919 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
*
38952 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
38970 GCGCACGCAC
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Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 4
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30 17 0.39
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Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Done.