Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009521.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00115784_pilon, whole genome shotgun sequence
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* * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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6202 TCACGCACAA
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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5979 CTGTGCGGCA
*
5989 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
6160 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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6275 ATGGCCCGGG
* * *
6285 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
6370 TCACGCACAC
Statistics
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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6085 GTGACCGAGG
*
6095 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
6160 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
6225 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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* *
6394 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
6433 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
6498 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
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6563 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
6601 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
6666 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
6674 ACGCACACGT
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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6447 GCCGGGGTTG
* * * *
6457 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
6489 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
6522 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
6539 GCACGCACAC
Statistics
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33 30 0.68
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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14556 CGATAATGTC
14566 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
14577 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
14588 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
14599 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
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TCGCCGGAGCA
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14967 TGGCCCGGGG
* * *
14977 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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* * *
15042 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
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* * * *
15082 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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15114 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15147 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15167 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
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32 35 0.27
33 65 0.50
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37 1 0.01
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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14945 CTGTGCGGCA
*
14955 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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15061 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
15125 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
15166 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
15175 AAGCGGCCTG
Statistics
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0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.84
106 18 0.16
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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14897 CGTCGGGGTT
14907 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
14972 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
66 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
15037 TGGGACT
130 TAAGACG
* * **
15044 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * * * *
15105 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
60 ATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
15168 CA-CGCAC-AAG-CG
123 CACCGC-CTAAGACG
* *
15180 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
15245 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC
65 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGC
** **
15310 CTTGGATT
129 CTAAGACG
*
15318 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
15344 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 33, Indels: 40
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
135 8 0.03
136 40 0.16
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139 8 0.03
140 9 0.04
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.16
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GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCT
AAGACG
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15241 TGGCCCGGGG
* * *
15251 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
15283 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15316 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15336 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
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15412 GCCGGGGTTG
* * * *
15422 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
15454 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
15487 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
15504 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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15051 GTGACCGAGG
*
15061 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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* * *
15126 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGGT
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15190 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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* *
15359 TGACCGAGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
15398 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
15463 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
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15528 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGA-GCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
15567 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
15632 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
15640 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 14, Indels: 5
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 134 0.34
169 241 0.61
170 19 0.05
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
GACCGAGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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Indices: 23509--23541 Score: 57
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23499 CGATAATGTC
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*
23520 TCGCCGGAGCG
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1 TCGCCGGAGCA
23542 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
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Indices: 23924--24113 Score: 197
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23914 ATGGCCCGGG
* * *
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* * *
23989 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
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* * * *
24029 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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24094 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
24114 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
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23893 CTGTGCGGCA
*
23903 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
24073 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
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* * *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* *
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**
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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32899 CTGTGCGGCA
*
32909 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
33080 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
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*
33121 CTCACGCAC
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* * *
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*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
33291 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
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32 17 0.35
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*
33015 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* * *
33080 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
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*
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33184 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
33314 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
33354 CTCCCGCACCAATGG-CC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
33417 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
33522 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
33587 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
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Statistics
Matches: 396, Mismatches: 13, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
168 162 0.41
169 118 0.30
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33367 GGCCGGGTTG
* * * *
33377 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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*
33409 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
33442 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
33459 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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*
41527 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
41538 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
41549 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
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TCGCCGGAGCA
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41928 TGGCCCGGGG
* * *
41938 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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* * *
42003 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
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* * * *
42043 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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42128 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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41906 CTGTGCGGCA
*
41916 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
42086 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
42127 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
42136 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.84
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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Found at i:42216 original size:137 final size:136
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41858 GTCGGGGGTT
41868 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
41933 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
66 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
41998 TGGGACT
130 TAAGACG
* * **
42005 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * * * *
42066 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
60 ATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
42129 CA-CGCAC-AAG-CG
123 CACCGC-CTAAGACG
* *
42141 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
42206 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC
65 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGC
** **
42271 CTTGGATT
129 CTAAGACG
*
42279 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
42305 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 33, Indels: 40
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
135 8 0.03
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137 127 0.51
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139 8 0.03
140 9 0.04
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (136 bp):
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CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCT
AAGACG
Found at i:42245 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42022--42602 Score: 1042
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
42012 GTGACCGAGG
*
42022 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* * *
42086 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
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*
42150 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
42190 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* *
42320 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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* *
42424 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
42529 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGC
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GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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* * *
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*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
42297 TCACGCACAC
Statistics
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* * * *
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*
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42466 GCACGCACAC
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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50912 CTGTGCGGCA
*
50922 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
51093 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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51018 GTGACCGAGG
*
51028 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* *
51093 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
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*
51158 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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*
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* *
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* * *
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**
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* * *
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*
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51303 TCACGCACAC
Statistics
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* * * *
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*
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1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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1 CCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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59520 CGATAATGTC
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*
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TCGCCGGAGCA
Found at i:60014 original size:33 final size:33
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Indices: 59951--60141 Score: 197
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59941 ATGGCCCGGG
* * *
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* * * *
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* * * *
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60142 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
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38 4 0.03
40 1 0.01
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:60079 original size:106 final size:105
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Indices: 59930--60149 Score: 404
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59920 CTGTGCGGCA
*
59930 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
60035 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
60100 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
60141 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
60150 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:60235 original size:169 final size:170
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Indices: 60035--60616 Score: 1051
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60025 GTGACCGAGG
*
60035 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
60100 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
60164 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
60204 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
60334 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
60438 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
60543 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
60608 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
60617 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 13, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 279 0.70
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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Found at i:60295 original size:33 final size:33
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Indices: 60226--60310 Score: 127
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* * *
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*
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60291 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
60311 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:60467 original size:33 final size:33
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Indices: 60398--60479 Score: 112
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60388 GCCGGGGTTG
* * * *
60398 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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*
60430 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
60463 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
60480 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Done.