Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009525.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00115986_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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2545 CGATAATGTC
2555 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCG
2566 TCGCC-GAGCG
1 TCGCCGGAGCG
2576 TCGCCGGAGC
1 TCGCCGGAGC
2586 ACCACCGGGA
Statistics
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10 10 0.53
11 9 0.47
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TCGCCGGAGCG
Found at i:3037 original size:33 final size:33
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Indices: 2974--3192 Score: 186
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
2964 ATGGCCCGGG
* * *
2974 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
3006 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
3039 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA--CGCAC----A
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGC-CTGGGA
** * *
3068 AGGCCTGATGGTGACCGAGG-CTCCCGCACAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGGCCACCCGC-C--T-G---GGA
* * *
3108 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
3140 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
3173 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
3193 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 16, Indels: 35
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Matches are distributed among these distances:
28 1 0.01
29 4 0.03
30 19 0.12
32 39 0.25
33 64 0.42
34 2 0.01
35 1 0.01
36 1 0.01
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39 17 0.11
40 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:3080 original size:30 final size:31
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Indices: 3044--3103 Score: 104
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3034 TGGGACTGCC
3044 GATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCTCACGCACAATGGCCT
*
3074 GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACAATGGCC
1 GATGGTGACCGAGGCTCACGCACAATGGCC
3104 CGGGTTGCCG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
30 24 0.86
31 4 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.33, T:0.13
Consensus pattern (31 bp):
GATGGTGACCGAGGCTCACGCACAATGGCCT
Found at i:3125 original size:134 final size:135
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Indices: 2956--3232 Score: 511
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2946 TGCGGCACTA
2956 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCA-CAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
3021 GAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGCCTGATGGTGACCG
65 GAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACCG
*
3085 AGGCTC
130 AGACTC
3091 CCGCACAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCG
1 CCGCACAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCG
*
3156 AGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCG
66 AGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGGTGACCG
3221 AGACTC
130 AGACTC
3227 CCGCAC
1 CCGCAC
3233 CAACGCTCGG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 2, Indels: 3
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
134 106 0.77
135 5 0.04
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ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (135 bp):
CCGCACAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCG
AGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACCGA
GACTC
Found at i:3189 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 2974--3190 Score: 237
Period size: 65 Copynumber: 3.3 Consensus size: 65
2964 ATGGCCCGGG
2974 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * * *** *
3039 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACG-CACAAG---GCCTGATGGTGACCGAGG-CTCCCGCACAA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGGTTTGCC-GATGGTGACCGAGGCCACCCGC-C--
*
3099 TGGCCCGGG
61 T-G---GGA
3108 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
3173 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
3191 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 18, Indels: 28
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
62 9 0.08
63 15 0.12
64 1 0.01
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66 1 0.01
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70 1 0.01
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72 9 0.08
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (65 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:3214 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 3011--3222 Score: 220
Period size: 65 Copynumber: 3.2 Consensus size: 65
3001 TGGGTTTGCC
*
3011 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA--GGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
* * * * * * *
3074 GATGGTGACCGAGG-CTCCCGCACAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TC-T
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGC-C--T-G---GGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA
3136 GGGTTTGCC-
59 GGG---GCCT
3145 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
3210 GATGGTGACCGAG
1 GATGGTGACCGAG
3223 ACTCCCGCAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 15, Indels: 30
0.72 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
62 6 0.05
63 15 0.13
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67 3 0.03
68 2 0.02
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72 9 0.08
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.36, T:0.15
Consensus pattern (65 bp):
GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
Found at i:3304 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2974--3667 Score: 1007
Period size: 169 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
2964 ATGGCCCGGG
* * * * * *
2974 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGC-CTG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* * * * * * *
3036 GGACTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCACGCA-CAAGGC-CTGAT-GGTGACCGAG-GCTCCCGCA
65 GG--GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTG--CG-GCACTCCCGCA
3096 -CAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
125 CCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* *
3140 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
3204 GGGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
3269 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* *
3309 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
3374 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
3439 G-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * * *
3478 TTGTCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
3543 GGGCCTGATGGTGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
**
3608 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
3648 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
3668 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 33, Indels: 20
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.01
166 38 0.08
167 49 0.10
168 17 0.04
169 257 0.53
170 119 0.25
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:3346 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3277--3361 Score: 109
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
3267 TGGCCCGGGG
* * ** *
3277 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
3309 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
*
3342 TTGCCGATGGTGTCCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
3362 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 1
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.37
33 29 0.63
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.35, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:3519 original size:33 final size:33
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Indices: 3449--3530 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
3439 GCCGGGGTTG
* * * *
3449 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
3481 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
3514 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
3531 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:11604 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 11588--11619 Score: 64
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11578 CGATAATGTC
11588 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCG
11599 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCG
11610 TCGCCGGAGC
1 TCGCCGGAGC
11620 ACCACCGGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 21 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.38, G:0.44, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCG
Found at i:12047 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 12011--12231 Score: 151
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
12001 TGGCCCGGGG
*
12011 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
12043 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
* * * * * *
12076 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TC-TGGGA
* * * *
12109 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGA
*
12149 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
12181 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
12214 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
12232 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 20, Indels: 32
0.75 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 63 0.41
33 58 0.38
34 3 0.02
35 1 0.01
39 3 0.02
40 1 0.01
41 18 0.12
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:12074 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 12011--12233 Score: 195
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
12001 TGGCCCGGGG
* * *
12011 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
12043 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
12076 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
12109 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * *
12149 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
12181 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
12214 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
12234 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 22, Indels: 27
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 53 0.34
33 63 0.41
34 8 0.05
35 4 0.03
36 4 0.03
39 4 0.03
40 1 0.01
41 12 0.08
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:12187 original size:138 final size:137
Alignment explanation
Indices: 11992--12275 Score: 541
Period size: 138 Copynumber: 2.1 Consensus size: 137
11982 TGCGGCACTA
11992 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
12057 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGAC
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGGTGAC
*
12122 CGAGGCTC
130 CGAGACTC
12130 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
12195 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
12260 GAGACTC
131 GAGACTC
12267 CCGCACCAA
1 CCGCACCAA
12276 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 2, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 31 0.22
138 113 0.78
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.35, T:0.15
Consensus pattern (137 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
GAGACTC
Found at i:12256 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12011--12707 Score: 984
Period size: 169 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
12001 TGGCCCGGGG
* * * * *
12011 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGC-CTG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* * * * *
12073 GGACTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCACGCA-CAAGGGGC-CTGAT-GGTGACCGAG-GCTCCCG
65 GG---GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA--CGCTCGGATCTGTG--CG-GCACTCCCG
12133 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
122 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
*
12181 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
12245 GGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
66 GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
12310 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
131 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
** *
12349 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
*
12414 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGG-TACTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
65 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGAT-CTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
12478 GG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
129 GGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * * *
12518 TTGTCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* *
12583 GGGCCTGATGGTGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
65 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
**
12648 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
130 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
12688 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
12708 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 30, Indels: 26
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 120 0.25
169 183 0.38
170 141 0.29
171 34 0.07
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:12314 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12127--12707 Score: 1004
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
12117 GTGACCGAGG
12127 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
12192 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
12256 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
12295 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
12360 GACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
12425 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
12465 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
12529 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
*
12594 TGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
12634 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
12699 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
12708 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 19, Indels: 4
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 113 0.29
169 160 0.41
170 118 0.30
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:12386 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 12317--12401 Score: 109
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
12307 TGGCCCGGGG
* * ** *
12317 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
12349 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
*
12382 TTGCCGATGGTGTCCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
12402 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 1
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.37
33 29 0.63
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.35, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:12559 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 12489--12570 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
12479 GCCGGGGTTG
* * * *
12489 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
12521 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
12554 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
12571 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:12568 original size:306 final size:304
Alignment explanation
Indices: 11942--12537 Score: 864
Period size: 306 Copynumber: 2.0 Consensus size: 304
11932 TCGGGGGTTG
*
11942 CCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTACCGCACCAATGGCCC
1 CCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTACCGCACCAATGGCCC
*
12007 GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
66 GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCC
*
12072 GGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
131 AGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
* * * * * * *
12137 AATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
196 AATAGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
*
12202 ACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG
260 ACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGA
* *
12247 CCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 CC-GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTACCGCACCAATGGCC
12312 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
65 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
* * *
12377 CAGGATTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCA
130 CAGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCA
* * * *
12442 CCAA-AGCTC-GG-TACTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACC
194 CCAATAGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CCAGACACC--CGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACC
* * *
12501 GA-GACACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGTGACCGAGGC
254 GAGGACACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
12538 CACCCGCCTT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 22, Indels: 15
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 10 0.04
304 35 0.13
305 24 0.09
306 157 0.60
307 33 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (304 bp):
CCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTACCGCACCAATGGCCC
GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCC
AGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
AATAGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACA
CCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGA
Done.