Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009532.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116199_pilon, whole genome shotgun sequence
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992 CGATAATGTC
1002 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
1013 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
1024 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
1035 CCACCGGGAA
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TCGCCGGAGCA
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Indices: 1424--1612 Score: 195
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1414 TGGCCCGGGG
* * *
1424 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1456 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
1489 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG---C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
1529 TTACCGATGGTGA-CGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1560 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1593 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1613 TCACGCACAA
Statistics
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0.78 0.11 0.11
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31 17 0.13
32 20 0.16
33 62 0.48
34 4 0.03
36 1 0.01
37 4 0.03
38 1 0.01
39 3 0.02
40 17 0.13
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:1550 original size:104 final size:105
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Indices: 1405--1620 Score: 398
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1395 TGCGGCACTC
*
1405 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1470 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
1510 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGA-CGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
1574 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
1614 CACGCAC
1 C-CGCAC
1621 AAGCGGCCTG
Statistics
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0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
104 72 0.67
105 36 0.33
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CCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
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Indices: 1510--2086 Score: 1018
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
1500 GACCGAGGCT
*
1510 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGA-CGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* * *
1574 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGGTGA
66 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
*
1638 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
1678 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1743 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
66 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
* *
1808 CCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTC
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
*
1848 CCGCACCAATGG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* *
1912 CGAGGCCA-CCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
66 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
1976 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
**
2016 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
2081 CGAGGC
66 CGAGGC
2087 ACGCACACGT
Statistics
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0.95 0.04 0.01
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168 135 0.35
169 193 0.49
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Consensus pattern (170 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGA
CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
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Indices: 1697--1781 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
1687 TGGCCCGGGG
* * *
1697 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
1729 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1762 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1782 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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Indices: 1869--1949 Score: 103
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1859 GTCGGGGTTG
* * * *
1869 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
1901 CCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
1933 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
1950 GCACGCACAC
Statistics
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0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 40 0.93
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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Indices: 14776--14808 Score: 57
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14766 CGATAATGTC
14776 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
14787 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
14798 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
14809 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:15261 original size:33 final size:33
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Indices: 15198--15388 Score: 197
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15188 ATGGCCCGGG
* * *
15198 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15230 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
15263 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
15304 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15336 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15369 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15389 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:15327 original size:106 final size:105
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Indices: 15177--15396 Score: 404
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15167 CTGTGCGGCA
*
15177 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
15242 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
15282 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
15347 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
15388 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
15397 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
106 93 0.84
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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Indices: 15282--15862 Score: 1042
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
15272 GTGACCGAGG
*
15282 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
15347 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
15411 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
15451 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
15516 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
15581 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
15621 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
15685 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
15750 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
15790 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
15854 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
15863 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 13, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 332 0.84
170 65 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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Indices: 15473--15557 Score: 127
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15463 TGGCCCGGGG
* * *
15473 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
15505 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15538 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15558 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:15714 original size:33 final size:33
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Indices: 15645--15726 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
15635 GCCGGGGTTG
* * * *
15645 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
15677 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
15710 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
15727 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:23803 original size:11 final size:11
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Indices: 23787--23819 Score: 57
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23777 CGATAATGTC
23787 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
23798 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
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1 TCGCCGGAGCA
23820 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
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TCGCCGGAGCA
Found at i:24271 original size:33 final size:33
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Indices: 24208--24398 Score: 197
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24198 TGGCCCGGGG
* * *
24208 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
24240 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
24273 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
24314 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
24379 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
24399 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:24325 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 24186--24406 Score: 415
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
24176 CTGTGCGGCA
*
24186 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
24251 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
24357 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
24398 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
24407 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 112 1.00
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:24492 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24292--24872 Score: 1033
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
24282 GTGACCGAGG
*
24292 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
24357 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
24421 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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* *
24591 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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*
24631 CTCCCGCACCAATGG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* *
24695 GACCGAGGCCA-CCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
24759 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
24799 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGC
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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24473 TGGCCCGGGG
* * *
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*
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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* * * *
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*
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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33158 TGGCCCGGGG
* * *
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* * *
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* * * *
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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*
33146 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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*
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*
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ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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33241 GTGACCGAGG
*
33251 CTCCCGCACCAAT-GCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTG
*
33315 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGGT
65 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGCGGCCTGATGGT
*
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* *
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66 CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGCGGCCTGATGGTG
* *
33548 ACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
* *
33586 CTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
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* *
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*
33750 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
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CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGCGGCCTGATGGTG
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33088 CGTCGGGGTT
33098 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
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** *
33227 TGGGACT
129 TAAGACG
* * **
33234 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC--
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAA
* * * * * *
33294 -CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTC
61 TGGCCCGGG-TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-C
33358 A-CGCAC-AAG-CG
123 ACCGC-CTAAGACG
* *
33369 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
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65 CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** **
33498 TTGGATT
129 TAAGACG
*
33505 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
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Statistics
Matches: 245, Mismatches: 31, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
133 5 0.02
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GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
CGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTA
AGACG
Found at i:33512 original size:33 final size:32
Alignment explanation
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33429 ATGGCCCGGG
* * *
33439 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGA
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Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGA
Found at i:33645 original size:31 final size:32
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33597 ATGGTCGGGG
* *
33607 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGT
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*
33638 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
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*
33671 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
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Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
Found at i:41699 original size:20 final size:20
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Indices: 41662--41699 Score: 58
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41652 CGATAATGTC
* *
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1 TCGCCGGAGCACCACCGG
41700 GAACCTTGCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:42118 original size:32 final size:32
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Indices: 42082--42266 Score: 183
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42072 TGGCCCGGGG
* *
42082 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
* * * *
42146 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-G---GGA
* * *
42186 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
* *
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Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:42187 original size:104 final size:104
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Indices: 42060--42276 Score: 382
Period size: 103 Copynumber: 2.1 Consensus size: 104
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*
42060 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
42229 ACCGGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
42268 CTCACGCAC
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Statistics
Matches: 108, Mismatches: 4, Indels: 2
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
103 45 0.42
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
ACCGAGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:42353 original size:135 final size:135
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Indices: 42012--42444 Score: 479
Period size: 135 Copynumber: 3.2 Consensus size: 135
42002 GTCGGGGGTT
42012 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
* *
42077 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCACCCGCCT
66 C-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCACACGCCT
** *
42142 GGGACT
130 AAGACG
* * **
42148 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * * * * *
42209 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGT-ACCGGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTC
60 ATGGCCCGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCAC
42271 ACGCAC-AAG-CG
124 ACGC-CTAAGACG
* *
42282 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
*
42347 CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
65 CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGG-CACACGCC
** **
42412 TTGGATT
129 TAAGACG
*
42419 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
42445 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 38, Indels: 38
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
131 3 0.01
132 9 0.04
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CGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCACACGCCTA
AGACG
Found at i:42421 original size:33 final size:33
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* * *
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*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
42437 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:42515 original size:169 final size:169
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*
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* * *
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66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
*
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* *
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131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
42500 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
42565 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
42630 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
42669 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
42734 GACCGAGGC
65 GACCGAGGC
42743 ACGCACACGT
Statistics
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0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
166 63 0.16
167 4 0.01
168 44 0.11
169 229 0.58
170 53 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:42593 original size:33 final size:33
Alignment explanation
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Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
42514 GCCGGGGTTG
* * * *
42524 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
42556 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
42589 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
42606 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:50654 original size:11 final size:11
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Indices: 50638--50670 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
50628 CGATAATGTC
50638 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
50649 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
50660 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
50671 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:51120 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 51057--51246 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
51047 TGGCCCGGGG
* * *
51057 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
51089 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
51122 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
51162 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
51194 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
51227 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
51247 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
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35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:51175 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 51035--51254 Score: 406
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
51025 CTGTGCGGCA
*
51035 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
51100 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
51141 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
51205 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
51246 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
51255 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.84
106 18 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:51335 original size:137 final size:136
Alignment explanation
Indices: 50987--51423 Score: 514
Period size: 137 Copynumber: 3.2 Consensus size: 136
50977 CGTCGGGGTT
50987 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
51052 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
66 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
51117 TGGGACT
130 TAAGACG
* * **
51124 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * * * *
51185 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
60 ATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
51248 CA-CGCAC-AAG-CG
123 CACCGC-CTAAGACG
* *
51260 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
51325 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC
65 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGC
** **
51390 CTTGGATT
129 CTAAGACG
*
51398 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
51424 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 33, Indels: 40
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
135 8 0.03
136 40 0.16
137 127 0.51
138 40 0.16
139 8 0.03
140 9 0.04
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (136 bp):
GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCT
AAGACG
Found at i:51364 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 51141--51721 Score: 1042
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
51131 GTGACCGAGG
*
51141 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
51205 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
51269 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
51309 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
51374 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
51439 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
51479 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
51543 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
51608 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
51648 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
51713 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
51722 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 13, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 18 0.05
169 260 0.65
170 119 0.30
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:51400 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 51331--51415 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
51321 TGGCCCGGGG
* * *
51331 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
51363 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
51396 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
51416 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:51572 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 51503--51584 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
51493 GCCGGGGTTG
* * * *
51503 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
51535 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
51568 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
51585 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:59637 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 59621--59653 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
59611 CGATAATGTC
59621 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
59632 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
59643 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
59654 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:60101 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 60038--60228 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
60028 ATGGCCCGGG
* * *
60038 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
60070 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
60103 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
60144 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
60176 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
60209 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
60229 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
41 21 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:60162 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 60017--60236 Score: 404
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
60007 CTGTGCGGCA
*
60017 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
60082 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
60122 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
60187 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
60228 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
60237 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
106 93 0.84
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:60382 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 60313--60397 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
60303 TGGCCCGGGG
* * *
60313 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
60345 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
60378 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
60398 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:60542 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 60122--60701 Score: 1033
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
60112 GTGACCGAGG
*
60122 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
60187 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
60251 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
60291 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
60356 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
60421 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
60461 CTCCCGCACCAATGG-CC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
60524 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
60589 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
60629 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
60693 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
60702 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 13, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 162 0.41
169 171 0.43
170 63 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:60553 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 60484--60565 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
60474 GGCCGGGTTG
* * * *
60484 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
60516 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
60549 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
60566 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Done.