Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009538.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 44--123 Score: 110
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
34 CCCGTGGTTA
* * *
44 CCGAT-GTGACCGA-GACCCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCCTGGGATTG
74 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCC-CCCGCCTGGGATTG
107 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
124 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 3
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.11
31 8 0.18
32 2 0.05
33 29 0.66
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCCTGGGATTG
Found at i:287 original size:33 final size:34
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Indices: 203--288 Score: 122
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
193 ATGGCCCGGG
* * *
203 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
*
236 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGG-A
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
269 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
289 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 37 0.77
34 11 0.23
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (34 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
Found at i:289 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 19--587 Score: 936
Period size: 165 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
9 GTGACCGAGG
*
19 CTCCCGCACCAATGGCCCGTGGTTACCGAT-GTGACCGAGAC-CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCG-GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
82 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGG-CTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
*
146 GACCGAGACT-CC-CACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
182 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGG-TTTGCCGATGGT
*
247 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGG
* *
312 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
129 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCA
*
352 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
417 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACC--GGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTG
480 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
**
517 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
582 ACCGAG
66 ACCGAG
588 CCGCACACGT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 16, Indels: 14
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 9 0.02
163 30 0.08
164 10 0.03
165 142 0.37
166 40 0.10
167 28 0.07
168 2 0.01
169 58 0.15
170 63 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (167 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTG
ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
Found at i:410 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 373--453 Score: 110
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
363 ATGGCCGGGG
* *
373 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
* *
405 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
*
438 TTACCGATGGTGACCG
1 TTGCCGATGGTGACCG
454 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.40
33 26 0.60
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
Found at i:8935 original size:33 final size:33
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Indices: 8872--9061 Score: 206
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
8862 TGGCCCGGGG
* * *
8872 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
8904 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* *
8937 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCGCACCCAATGGCCCGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG---C-CACCC----GCCTGGGA
* * * *
8977 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9009 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9042 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
9062 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 14, Indels: 21
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 5 0.04
32 33 0.25
33 62 0.47
35 5 0.04
36 1 0.01
37 5 0.04
39 1 0.01
40 15 0.11
41 6 0.05
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:8984 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 8853--9069 Score: 393
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
8843 TGCGGCACTC
*
8853 CCGCA-CCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGCACCCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
8917 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
8958 CCGCACCCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGCACCCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
*
9022 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
9063 CACGCAC
1 C-CGCAC
9070 AACGGCCTGA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 2, Indels: 3
0.96 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.86
106 15 0.14
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
CCGCACCCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
Found at i:9214 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9145--9229 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
9135 TGGCCCGGGG
* ** *
9145 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCCTGGGA
*
9177 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCCTGGGA
9210 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
9230 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.36
33 30 0.64
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCCTGGGA
Found at i:9350 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9312--9393 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
9302 ATGGCCGGGG
* *
9312 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
*
9343 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTTGGA
*
9376 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
9394 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.38
32 9 0.20
33 19 0.42
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
Found at i:9415 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 8958--9531 Score: 969
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
8948 GACCGAGGCT
*
8958 CCGCACCCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCA-CCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
9023 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAC--GGCCTGATGGTGA
65 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC-ACGGGGCCTGATGGTGA
*
9086 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
129 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
9126 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
9191 CGAGGCCACCCCCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
65 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
* *
9256 CGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA-TC
130 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
*
9294 CCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
* *
9358 GAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGAC
66 GAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGGTGAC
9423 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
130 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
**
9462 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGTTTTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG-GGTTTGCCGATGGTGAC
9526 CGAGGC
65 CGAGGC
9532 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 15, Indels: 13
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 63 0.16
167 96 0.25
168 157 0.41
169 68 0.18
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
GAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACC
GAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
Found at i:17390 original size:11 final size:11
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Indices: 17374--17406 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
17364 CGATAATGTC
17374 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
17385 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
17396 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
17407 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:17827 original size:32 final size:32
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Indices: 17790--17976 Score: 178
Period size: 32 Copynumber: 5.6 Consensus size: 32
17780 ATGGCCCGGG
* *
17790 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
17822 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * *
17855 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-G---GGA
* * *
17895 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
17927 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
17960 TTGCCGAT-GTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
17977 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 17, Indels: 21
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 49 0.38
33 48 0.38
34 2 0.02
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 1 0.01
40 23 0.18
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:17853 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 17790--17978 Score: 188
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
17780 ATGGCCCGGG
* * *
17790 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
17822 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
17855 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
17895 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
17927 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
17960 TTGCCGAT-GTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
17979 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 16, Indels: 22
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
32 46 0.35
33 53 0.41
34 4 0.03
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:17893 original size:105 final size:104
Alignment explanation
Indices: 17769--17986 Score: 400
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 104
17759 CTGTGCGGCA
*
17769 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
17834 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGAT-GTGACCGAGG
17874 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
17939 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGTGACCGAGG
*
17978 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
17987 ACGGCCTGAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 3, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
104 18 0.16
105 92 0.84
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (104 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGTGACCGAGG
Found at i:18129 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18060--18144 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
18050 ATGGCCCGGG
* * *
18060 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
18092 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
18125 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
18145 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:18286 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17874--18448 Score: 1034
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
17864 GTGACCGAGG
*
17874 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
17939 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGAT-GTGACCGAGGCTCACGCACAC---GGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
*
18000 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
18039 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
18104 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
* *
18169 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
18208 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
18272 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
18337 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
18376 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
18441 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
18449 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 11, Indels: 6
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Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:18300 original size:33 final size:33
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18221 GGCCGGGTTG
* * * *
18231 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
18263 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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1 CCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:26357 original size:11 final size:11
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26331 CGATAATGTC
26341 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
26352 TCGCCGGAGCG
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1 TCGCCGGAGCA
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Statistics
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TCGCCGGAGCA
Found at i:26827 original size:33 final size:33
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26754 TGGCCCGGGG
* * *
26764 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
26796 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
26829 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
26870 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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26955 TCACGCACAA
Statistics
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:26881 original size:106 final size:106
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Indices: 26742--26962 Score: 415
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
26732 CTGTGCGGCA
*
26742 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
26807 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
26848 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
26913 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
26954 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
26963 AAGCGGCCTG
Statistics
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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26838 GTGACCGAGG
*
26848 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
26913 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
26977 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
27017 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
27147 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
27187 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
27251 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
27316 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
27356 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
27421 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
27430 ACGCACACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 279 0.70
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:27108 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 27039--27123 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
27029 TGGCCCGGGG
* * *
27039 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
27071 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
27124 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:27280 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 27211--27292 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
27201 GCCGGGGTTG
* * * *
27211 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
27243 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
27276 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
27293 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:35364 original size:11 final size:11
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Indices: 35348--35380 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
35338 CGATAATGTC
35348 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
35359 TCGCCGGAGCG
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1 TCGCCGGAGCA
35381 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:35806 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 35770--35957 Score: 162
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35760 TGGCCCGGGG
*
35770 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
35802 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACAC-CCGTCTGGGA
* * * * *
35834 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGA
* *
35875 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
35907 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
35940 TTGCCGATGGTGACCGAG
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Statistics
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0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 70 0.55
33 30 0.24
35 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:35886 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 35748--35967 Score: 406
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
35738 CTGTGCGGCA
*
35748 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
35813 GACCGAGGCCA-CCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
35853 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
35918 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
35959 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
35968 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 75 0.68
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Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:35938 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 35878--35959 Score: 130
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
35868 CCCGGGGTTA
* * *
35878 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
35910 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
35943 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
35960 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.30
33 32 0.70
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.37, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
Found at i:36055 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35853--36432 Score: 1033
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
35843 GTGACCGAGG
*
35853 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
35918 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
35982 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
36022 CT-CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
36086 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
36151 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
36191 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
36254 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
36319 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
36359 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
36424 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
36433 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 13, Indels: 7
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 248 0.63
169 106 0.27
170 40 0.10
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:36112 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 36043--36127 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
36033 TGGCCCGGGG
* * *
36043 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
36075 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
36108 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
36128 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:36247 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 36212--36293 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
36202 ATGGCCGGGG
* *
36212 TTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
* *
36243 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
*
36276 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
36294 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.39
32 4 0.09
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ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:44365 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 44349--44381 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
44339 CGATAATGTC
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*
44360 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
44371 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
44382 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:44834 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 44771--44961 Score: 197
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44761 TGGCCCGGGG
* * *
44771 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
44803 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
44836 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
44877 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
44909 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
44962 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
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37 1 0.01
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40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:44888 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 44749--44969 Score: 415
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
44739 CTGTGCGGCA
*
44749 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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44814 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
44855 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
44920 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
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*
44961 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
44970 AAGCGGCCTG
Statistics
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:45115 original size:33 final size:33
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Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
45036 TGGCCCGGGG
* * *
45046 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
45078 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
45111 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
45131 TCACGCACAC
Statistics
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33 31 0.65
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:45250 original size:31 final size:32
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Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
45205 ATGGCCGGGG
* *
45215 TTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
* *
45246 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
*
45279 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
45297 GCGCACGCAC
Statistics
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Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:45306 original size:168 final size:170
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44845 GTGACCGAGG
*
44855 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
44920 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
44984 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
45024 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
45089 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
45154 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
45194 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
45257 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
45322 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
45362 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
45427 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
45436 ACGCACACGT
Statistics
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0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 137 0.35
169 168 0.42
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:53332 original size:11 final size:11
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Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
53306 CGATAATGTC
53316 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
53327 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
53338 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
53349 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:53807 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 53734--53920 Score: 195
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53724 TGGCCCGGGG
* *
53734 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCG--TGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
53764 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
53797 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--TGG---GA
* * * *
53836 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
53868 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
53901 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
53921 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 21
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 17 0.13
31 7 0.05
32 17 0.13
33 57 0.44
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36 3 0.02
37 3 0.02
38 3 0.02
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ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:53835 original size:104 final size:103
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Indices: 53712--53928 Score: 373
Period size: 104 Copynumber: 2.1 Consensus size: 103
53702 CTGTGCGGCA
*
53712 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCC--GGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGCTGGGTTTGCCGATGGTG
53776 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
64 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
53816 CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCG-CTGGGTTTGCCGATGGTGA
*
53881 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
53920 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
53929 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 3, Indels: 4
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
102 26 0.24
104 82 0.76
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (103 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:54073 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 54004--54088 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
53994 ATGGCCCGGG
* * *
54004 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
54036 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
54069 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
54089 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:54232 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 53816--54388 Score: 923
Period size: 163 Copynumber: 3.4 Consensus size: 163
53806 GTGACCGAGG
* *
53816 CTCCCGCACCAATGGCC-CGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
53880 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC-A-CGGCCTGATGGTG
*
53945 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
129 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGT---GCA
*
53983 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
54048 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGAC
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGAC
* *
54113 CGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCA
131 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCA
54146 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
54211 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC---GGCCTGATGGT
*
54276 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGC
128 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGC--A
**
54314 CTCCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGG
1 CT-CCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
54379 TGACCGAGGC
64 TGACCGAGGC
54389 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 14, Indels: 13
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 116 0.30
166 86 0.22
167 18 0.05
168 95 0.25
169 13 0.03
170 56 0.15
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (163 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGAC
CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCA
Found at i:54239 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 54170--54251 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
54160 GCCGGGGTTG
* * * *
54170 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
54202 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
54235 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
54252 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:54411 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 53816--54412 Score: 984
Period size: 331 Copynumber: 1.8 Consensus size: 328
53806 GTGACCGAGG
53816 CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
* *
53881 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTGA
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACAAGCGGCCTGATGGTGA
53946 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGA
131 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGA
* *
54011 TGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGA
196 TGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCACCGTGG--TGCCGA
54076 TGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACT
259 TGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACT
54141 GTGCA
324 GTGCA
* *
54146 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCC-CGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
54211 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
65 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACA-AGCGGCCTGATGGT
*
54276 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGC-CTCCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTG
129 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACT-CCCGCACCAATGGCCC-GGGTTG
** *
54340 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTGACCGAGG-CACGCACACGTGG-GC
192 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCAC-CGTGGTGC
54403 CTGATGGTGA
256 C-GATGGTGA
54413 TCGACTATCC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 13, Indels: 11
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 20 0.08
331 102 0.41
332 70 0.28
333 56 0.23
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (328 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACAAGCGGCCTGATGGTGA
CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGA
TGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCACCGTGGTGCCGATG
GTGACCGAGGCTCACGCACACGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGT
GCA
Found at i:68218 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 68143--68333 Score: 181
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
68133 ATGGCCCGGG
* * *
68143 TTGCCGATGGTGACC--GGACACCCGTCTGGGTT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG-A
68175 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
68208 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
68249 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
68281 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
68314 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
68334 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 21
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 36 0.28
33 50 0.38
34 13 0.10
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
41 21 0.16
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:68284 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 68122--68341 Score: 388
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
68112 CTGTGCGGCA
*
68122 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGGACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGGACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGGTG
68187 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
68227 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGG-TTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCG-GACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGG
*
68291 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
64 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
68333 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
68342 AAGCGGCTGA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 3, Indels: 3
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
106 78 0.71
107 14 0.13
ACGTcount: A:0.15, C:0.34, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGGACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:68489 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 68416--68499 Score: 125
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
68406 TGGCCCGGGG
* * *
68416 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGA
68447 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-TGGA
68480 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
68500 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 2
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.35
32 8 0.17
33 23 0.48
ACGTcount: A:0.15, C:0.30, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGA
Found at i:68615 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 68227--68678 Score: 773
Period size: 168 Copynumber: 2.7 Consensus size: 167
68217 GTGACCGAGG
*
68227 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGT
* *
68292 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCGGCTGATGGT
* *
68356 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
130 GACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTCGTACTGTGCGGCA
68394 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
*
68459 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCGG-CTGATGGT
*
68524 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTC-GTACTGTGCGGCA
*
68563 CTCCCGCACCAATGG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
* *
68627 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACG
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 10, Indels: 5
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 64 0.24
167 52 0.19
168 129 0.47
169 27 0.10
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGCGGCTGATGGTG
ACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTCGTACTGTGCGGCA
Found at i:68622 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 68584--68665 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
68574 ATGGTCGGGG
* *
68584 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
*
68615 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTTGGA
*
68648 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
68666 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.38
32 9 0.20
33 19 0.42
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
Done.