Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009557.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116506_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13854
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.25, T:0.23
Found at i:7780 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7744--7876 Score: 178
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
7734 CCTGGGGTTG
* *
7744 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGA
*
7776 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGA
** *
7808 CCGAGACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGA
* *
7840 CCGAGGCCACCCGCCT-GGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGA-GACACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGA
7872 CCGAG
1 CCGAG
7877 CCTCACGCAC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 10, Indels: 3
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 80 0.89
33 9 0.10
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
CCGAGACACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGA
Found at i:7967 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7932--8035 Score: 92
Period size: 31 Copynumber: 3.3 Consensus size: 32
7922 GCCTGGGTTG
7932 CCGAGGCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGGCACCCGTCAGGGGTTGCCGATGGTGA
* *** * *
7963 CCGAGGCCCCCG-CACCCGTGGCCTG-GGGTTG-
1 CCGAGGCACCCGTCAGGGGTTGCC-GATGG-TGA
*
7994 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGGCACCCGTCAGGGGTTGCCGATGGTGA
8026 CCGAGG-ACCC
1 CCGAGGCACCC
8036 CGCACCCAAC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 13, Indels: 12
0.68 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.02
31 36 0.67
32 17 0.31
ACGTcount: A:0.12, C:0.35, G:0.40, T:0.13
Consensus pattern (32 bp):
CCGAGGCACCCGTCAGGGGTTGCCGATGGTGA
Found at i:8006 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 7910--8042 Score: 241
Period size: 63 Copynumber: 2.1 Consensus size: 62
7900 GTGCGGCACT
*
7910 CCCGCACCCGTGGCCTGGGTTGCCGAGGCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
1 CCCGCACCCGTGGCCTGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
7971 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
1 CCCGCACCCGTGGCCT-GGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
8034 CCCGCACCC
1 CCCGCACCC
8043 AACTCTCGGC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 1, Indels: 2
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
61 16 0.23
62 20 0.29
63 33 0.48
ACGTcount: A:0.11, C:0.38, G:0.38, T:0.14
Consensus pattern (62 bp):
CCCGCACCCGTGGCCTGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
Found at i:8146 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 8095--8218 Score: 198
Period size: 32 Copynumber: 3.9 Consensus size: 32
8085 TTGCCGAGCC
*
8095 CCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA
1 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACA
8126 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACA
1 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACA
*
8158 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA
1 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-GACA
*
8191 CCCGCCTGGG-TTGCCGATGGTGACCGAG
1 CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
8219 CCTCACGCAC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 3, Indels: 4
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 7 0.08
32 69 0.78
33 12 0.14
ACGTcount: A:0.14, C:0.30, G:0.37, T:0.19
Consensus pattern (32 bp):
CCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACA
Found at i:8169 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 7776--8189 Score: 486
Period size: 155 Copynumber: 2.7 Consensus size: 155
7766 CCGATGGTGA
* * * *
7776 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGGTGAC
1 CCGAGGCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* * * *
7841 CGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GCCTCACGCACCAACGCTCGTTCTGTGCG
65 CGA-GACACCCGTCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCTCACGCACCAACGCTCGCTCTGTCCG
*
7905 GCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGTTG
129 GAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGTTG
* * *** * *
7932 CCGAGGCACCCGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCG-CACCCG-TGGCCTG-GGGTTG
1 CCGAGGCACCCGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGGTTTGCC-GATGG-TG
* * *
7994 -CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACC-C-CGCACCCAACTCTCGGCTCT
63 ACCGAGACACCCGTC-TGGGTTGCCGATGGTGACCGAGG-CCTCACGCA-CCAACGCTC-GCTCT
8056 GTCCGGAACTCCC-CACCCGTGGCCTGGGGTTG
124 GTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCT-GGGTTG
*
8088 CCGA-GCCCCCGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGAGGCACCCGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
8152 GAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
66 GAGACACCCGTCTGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGGCC
8190 ACCCGCCTGG
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 28, Indels: 29
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
153 8 0.04
154 35 0.16
155 94 0.44
156 79 0.37
ACGTcount: A:0.13, C:0.35, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (155 bp):
CCGAGGCACCCGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
GAGACACCCGTCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCTCACGCACCAACGCTCGCTCTGTCCGGA
ACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGTTG
Found at i:8254 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7629--8278 Score: 1121
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 343
7619 GTGCGGCACT
*
7629 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGGGGTGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCGC
1 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCGC
* *
7694 ACCCAACTCTCGGCTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCG
66 ACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCG
7759 GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG
131 GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG
7824 GCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCACCA
196 GCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCACCA
**
7889 ACGCTCGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCT-GGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGTTG
261 ACGCTCGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGTTG
7953 CCGATGGTGACCGAGGCC
326 CCGATGGTGACCGAGGCC
** *
7971 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACCC
1 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCG--GGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGG-CCC
*
8036 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCC-CACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGA-GCCCCCG
63 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCG
8099 TC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
128 TCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
* *
8163 CTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCA
193 CTGGCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCA
*
8228 CCAAC-CTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCTCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGA
258 CCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGA
8279 TGGTGACCGA
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 12, Indels: 9
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 190 0.65
343 18 0.06
344 46 0.16
345 34 0.12
ACGTcount: A:0.13, C:0.35, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (343 bp):
CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCGC
ACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCG
GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG
GCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCACCA
ACGCTCGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGTTG
CCGATGGTGACCGAGGCC
Found at i:8313 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 8272--8351 Score: 108
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
8262 TGGCCTGGGG
* *
8272 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTATGGTT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCATGG-A
* *
8304 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCATGGA
8336 TTGCCGATGGTGACCG
1 TTGCCGATGGTGACCG
8352 GGGCTCACGC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 33 0.77
33 10 0.23
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCATGGA
Done.