Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009563.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116724_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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2826 TGCGAGGCTG
* ** *
2836 CCGCACCCAGCGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCC
1 CCGCACCCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
*
2901 GTCGGGTGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
66 GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
* *
2931 CCGCACCCAACTCTCGGCTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
1 CCGCACCCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
* *
2996 GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACAC
66 GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
******* * ** ** * *** * * ***
3026 CCGTCTGGGTTTGC-CGATGGTGACCGAG-ACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGG-TGACCGAGGC
1 CCG-CACCCAACGCTCGGTTCTGTGCG-GCACTCCCG-CACCCGTGGCCTGGGGTTG-CCGAGGC
* * *
3088 -CACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GCCTC
62 AC-CCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC-C
*
3122 ACGCA-CCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
1 CCGCACCCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
3186 GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
66 GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
3216 CCGCACCC
1 CCGCACCC
3224 GTGGCCTGGG
Statistics
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0.72 0.20 0.08
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94 47 0.21
95 127 0.58
96 45 0.21
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CCGCACCCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCC
GTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCC
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2975 CCTGGGGTTG
* * *
2985 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3017 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
* *
3049 CCGAGACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
* * *
3081 CCGAGGC-CACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACAC-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3113 CCGAG
1 CCGAG
3118 CCTCACGCAC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 10, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 89 0.99
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CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
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Indices: 3175--3279 Score: 101
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3165 CCTGGGGTTG
3175 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
* **** * *
3207 CCGAGGCCCCCG-CACCCGTGGCCTG-GGGTTG-
1 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCC-GATGG-TGA
3238 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
3270 CCGAGG-ACCC
1 CCGAGGCACCC
3280 CGCACCCAAC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 14, Indels: 11
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 26 0.48
32 28 0.52
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CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGA
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Indices: 3152--3286 Score: 261
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3142 GTGCGGCACT
*
3152 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
1 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
3215 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
1 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
3278 CCCGCACCC
1 CCCGCACCC
3287 AACTCTCGGC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 71 1.00
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CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
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Indices: 3152--3249 Score: 92
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3142 GTGCGGCACT
3152 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCA
1 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCA
**** * * *
3183 CCCGTCGGGGGTTGCC-GATGG-TGACCGAGGCC
1 CCCG-CACCCGTGGCCTG-GGGTTG-CCGAGGCA
3215 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCA
1 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCA
3246 CCCG
1 CCCG
3250 TCGGGGGTTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 14, Indels: 10
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 26 0.54
32 22 0.46
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CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCA
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Indices: 3333--3464 Score: 205
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
3323 CCTGGGGTTG
* *
3333 CCGAGCCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3364 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3396 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
* *
3428 CCGAGGCCACCCGCCTGGG-TTGCCGATGGTGA
1 CCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3460 CCGAG
1 CCGAG
3465 CCTCACGCAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 4, Indels: 4
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 14 0.15
32 69 0.73
33 12 0.13
ACGTcount: A:0.14, C:0.31, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
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Indices: 3017--3435 Score: 523
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3007 CCGATGGTGA
* * * *
3017 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGGTGAC
1 CCGAGACACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* * *
3082 CGAGGC-CACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GCCTCACGCACCAACGCTCGGTTCTGTG
66 CGAGGCAC-CCGTCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCTCACGCACCAACGCTCGGCTCTGTC
*
3145 CGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
130 CGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
* * * *** * *
3175 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCG-CACCCG-TGGCCTG-GGGTT
1 CCGAGACACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGGTTTGCC-GATGG-T
* * *
3237 G-CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACC-C-CGCACCCAACTCTCGGCTC
63 GACCGAGGCACCCGTCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG-CCTCACGCA-CCAACGCTCGGCTC
3299 TGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
126 TGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
*
3333 CCGAGCCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGAGACACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* *
3397 CGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
66 CGAGGCACCCGTCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCC
3436 ACCCGCCTGG
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 30, Indels: 23
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 75 0.34
158 143 0.65
159 2 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.34, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (159 bp):
CCGAGACACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCACCCGTCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCTCACGCACCAACGCTCGGCTCTGTCC
GGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
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Alignment explanation
Indices: 3017--3599 Score: 446
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3007 CCGATGGTGA
* * * *
3017 CCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGCTTTGCCAATGGTGAC
1 CCGAGCCACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* * * * *
3082 CGAGGC-CACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCACCAACGCTCGGTTCTGTG-
66 CGAGGCAC-CCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCACCAAAGTTCGG--ATGTGC
3145 CGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
127 CGGC-CTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
* * * * *** * *
3175 CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCG-CACCCG-TGGCCTG-GGGTT
1 CCGAGCCACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGGTTTGCC-GATGG-T
* * * * * * *
3237 G-CCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACC-CCGCACCCAACTCTCGGCTCT
63 GACCGAGGCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG-CCACC-CACCAAAGT-TCGGATGT
*
3300 GTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
125 G-CCGG-CCTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
3333 CCGAGCCACCCGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGAGCCACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* * * * *** *
3397 CGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTTGCCGATGGTGACC
66 CGAGGCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCACCAAAGTT-CGGAT-GTG-CC
* * * *
3462 GAGCCTCACGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
128 G-GCCTCCCGCACC--CG-T-GG-CCTG-G-GG--TTG
* *** * * *
3500 CCTCA-CCAATGGCCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTATGGTTTTGCCGATGGTGA
1 CC-GAGCCACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
3564 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCG
65 CCGAGG-CACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCG
3600 GGGCTCACGC
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 58, Indels: 49
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.02
157 85 0.25
158 146 0.43
159 1 0.00
160 2 0.01
161 1 0.00
162 2 0.01
163 3 0.01
164 1 0.00
165 2 0.01
167 8 0.02
168 53 0.16
169 27 0.08
ACGTcount: A:0.14, C:0.34, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (155 bp):
CCGAGCCACCCGTCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCACCAAAGTTCGGATGTGCCGGC
CTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTG
Found at i:3515 original size:347 final size:348
Alignment explanation
Indices: 2867--3525 Score: 1178
Period size: 347 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
2857 GTGCGGCACT
* *
2867 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGTGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCCC
1 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACCC
* * *
2932 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCG
66 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGCCACCCG
2997 TCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
131 TCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
3062 CTGGCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCA
196 CTGGCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCA
**
3127 CCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGG
261 CCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGG
3192 GGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
326 GGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
** *
3215 CCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACCC
1 CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACCC
3280 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGCCACCCG
66 CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGCCACCCG
3345 TC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
131 TCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
* *
3409 CTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGC
196 CTGGCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGC
*
3473 ACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCTCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGA
260 ACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGA
3526 TGGTGACCGA
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 13, Indels: 3
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
347 164 0.55
348 133 0.45
ACGTcount: A:0.13, C:0.35, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (348 bp):
CCCGCACCAATGGACTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACCC
CGCACCCAACTCTCGGCTCTGTCCGGAACTCCCGCACCCGTGGCCTGGGGTTGCCGAGCCACCCG
TCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
CTGGCTTTGCCAATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCCTCACGCA
CCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGAGGCACCCGTCGGG
GGTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
Found at i:3588 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3511--3599 Score: 115
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
3501 CTCACCAATG
*
3511 GCCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC
1 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGACACCC
** ** *
3543 GTATGGTTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
1 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC
3576 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCG
1 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCG
3600 GGGCTCACGC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 21 0.45
33 26 0.55
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (32 bp):
GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGACACCC
Done.