genome.fa.s9580.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009580.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116954_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1633873

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184--310	19	7.3	19	73	20	116	45	29	16	8	1.77
220--310	33	2.8	32	91	4	148	46	28	17	7	1.76
326--384	14	4.1	14	73	14	57	8	22	22	47	1.77
313--401	31	2.7	33	84	10	119	10	20	21	48	1.78
313--438	20	7.1	19	68	23	87	10	18	23	47	1.79
2294--2329	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2434--2516	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
2545--2818	19	15.4	19	81	15	345	13	21	18	46	1.83
2523--2790	52	5.0	52	92	4	446	14	22	17	45	1.84
2523--2790	109	2.5	105	90	6	450	14	22	17	45	1.84
5078--5102	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
5987--6373	20	19.5	20	83	7	439	20	18	25	35	1.95
12869--12915	14	3.4	14	93	0	85	4	29	14	51	1.62
13483--13522	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
13768--13792	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13977--14005	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
15052--15080	10	2.9	10	100	0	58	17	0	0	82	0.66
18529--18584	18	3.2	16	77	18	58	76	7	14	1	1.07
18538--18575	20	1.9	20	89	10	60	76	7	15	0	1.01
19613--19648	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
20135--20211	36	2.1	38	92	4	131	24	23	15	36	1.94
20383--20454	37	1.9	37	83	5	92	27	19	12	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20971--21939	106	9.0	106	88	3	1356	34	23	18	23	1.96
20971--21940	431	2.3	427	87	5	1386	34	23	18	23	1.96
23158--23197	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
23539--23616	41	1.9	39	89	5	120	16	23	6	53	1.65
23633--23709	40	2.0	40	85	10	106	31	3	7	57	1.45
23789--23828	14	2.9	14	88	0	53	12	10	0	77	0.99
23776--23829	19	2.8	18	74	20	56	14	9	0	75	1.03
26507--26624	21	5.7	21	70	6	71	34	26	17	21	1.95
26612--26784	20	8.6	20	87	5	242	33	28	19	19	1.96
27164--27234	33	2.2	33	92	0	115	11	22	16	49	1.78
27347--27391	19	2.4	19	92	0	72	46	26	17	8	1.78
27387--27514	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
27409--27465	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
27392--27514	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
27450--27514	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
29165--29534	93	4.0	93	99	0	731	21	12	18	46	1.83
29650--29706	14	3.7	14	72	20	51	45	24	21	8	1.80
29632--29753	33	3.7	33	84	4	149	45	27	17	9	1.79
29749--29864	19	6.6	19	71	19	90	12	21	22	43	1.85
29771--29827	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
29754--29846	33	2.8	33	93	0	159	10	22	21	45	1.83
30448--30694	33	7.1	33	75	15	230	14	21	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30448--30694	53	4.7	52	86	9	351	14	21	17	46	1.83
30448--30680	72	3.3	71	82	9	275	15	21	17	46	1.83
30447--30694	105	2.4	102	88	8	358	14	21	17	46	1.84
32962--32986	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
33161--33207	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
33896--34124	20	11.4	20	86	1	244	20	17	25	36	1.94
35458--35510	3	17.7	3	96	0	97	66	1	0	32	1.03
39413--39511	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
39497--39551	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
39748--39804	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
40085--40116	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
49955--49984	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
54086--54124	2	19.0	2	89	5	60	46	5	0	48	1.24
54375--54429	29	1.9	28	92	3	92	41	16	14	27	1.87
55699--55758	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
62230--62272	22	1.9	23	85	4	61	16	9	13	60	1.58
63188--63218	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
65645--65737	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
65645--65737	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
65664--65798	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
65726--65819	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
66336--66416	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66412--66577	20	9.1	19	74	16	136	12	22	22	43	1.86
66417--66493	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
66465--66552	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
68577--68699	42	2.9	42	80	2	122	23	36	17	22	1.94
68633--68699	21	3.2	21	68	4	55	25	35	19	19	1.95
70058--70093	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
70273--70390	19	6.7	19	66	19	67	13	22	20	43	1.87
70277--70370	33	2.8	33	96	0	170	12	23	19	44	1.85
72616--72640	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
72815--72868	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
73978--74045	19	3.8	19	83	12	83	16	20	16	47	1.83
76064--76130	19	3.5	19	79	4	80	38	22	22	16	1.92
76119--76176	14	3.9	14	79	16	71	50	25	15	8	1.73
76103--76181	32	2.4	33	91	2	133	48	24	17	10	1.78
76210--76267	14	3.9	14	77	16	62	12	17	22	48	1.80
76191--76283	32	2.8	33	91	3	161	13	19	20	46	1.84
76270--76322	20	2.7	20	90	0	79	15	20	24	39	1.91
76794--76838	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
78157--78194	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
78458--78501	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
78689--78741	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
78752--78844	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78734--78844	41	2.7	41	94	4	188	17	22	18	42	1.89
92913--92970	2	29.0	2	83	13	75	50	1	1	46	1.22
97999--98074	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
100468--100531	23	2.8	23	79	9	76	20	25	25	29	1.99
107128--107351	103	2.2	103	93	1	378	26	13	23	36	1.92
107358--107421	23	2.8	23	88	9	94	18	23	26	31	1.98
108314--108373	13	4.6	13	76	13	52	50	0	0	50	1.00
114182--114276	47	2.0	47	83	4	120	23	13	28	34	1.93
122460--122644	57	3.2	57	83	5	194	38	5	23	32	1.77
124475--125631	198	5.9	198	96	2	2140	36	15	16	31	1.90
124475--125631	387	2.9	391	96	3	2103	36	15	16	31	1.90
127325--127389	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
127730--127793	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
127730--127802	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
127845--128509	334	2.0	330	97	1	1249	43	7	10	38	1.68
131531--131590	20	3.0	20	87	0	93	38	5	15	41	1.68
134611--134645	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
136033--136189	79	2.0	79	97	0	296	18	20	27	33	1.96
136105--136679	105	5.5	105	93	2	944	22	17	26	34	1.95
136115--136679	310	1.8	312	93	0	981	22	17	26	33	1.96
136105--136679	205	2.8	207	91	2	911	22	17	26	34	1.95
137318--137469	68	2.3	68	82	6	181	36	9	23	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137445--137568	36	3.4	36	82	6	160	40	13	20	25	1.89
138529--138572	22	2.0	22	86	8	63	29	11	20	38	1.87
139203--139246	23	2.0	23	86	4	63	0	20	4	75	0.98
140433--140471	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
140433--140471	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
143104--143138	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
143149--143207	25	2.5	24	78	8	66	66	1	5	27	1.22
145894--145953	20	3.0	20	92	0	102	36	5	16	41	1.70
153005--153036	16	2.0	16	93	0	55	0	40	0	59	0.97
153184--153225	21	2.0	21	81	9	50	40	7	0	52	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6