genome.fa.s9600.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009600.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116980_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  308658

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655--2698	21	2.1	21	100	0	88	34	20	18	27	1.96
8145--8186	21	2.0	22	85	4	59	78	2	9	9	1.05
10345--10388	12	3.8	12	90	3	63	11	9	47	31	1.71
10343--10388	24	2.0	24	91	4	76	10	10	47	30	1.73
10501--10544	13	3.5	13	87	3	63	13	13	52	20	1.74
12695--12788	31	3.1	31	76	6	102	35	20	18	26	1.95
12940--13030	2	45.5	2	100	0	182	49	0	0	50	1.00
13515--13662	64	2.3	64	84	5	192	28	17	20	33	1.96
16939--17032	31	3.1	31	79	1	100	34	20	18	27	1.95
17687--17833	63	2.3	62	83	9	181	28	17	20	33	1.95
19608--19674	27	2.5	28	86	9	88	43	7	1	47	1.40
34407--34468	31	2.0	31	96	0	115	22	14	38	24	1.91
34473--34523	22	2.4	22	96	3	95	21	29	35	13	1.92
34867--34917	20	2.5	20	93	0	84	49	11	19	19	1.79
36084--36108	7	3.6	7	100	0	50	64	24	0	12	1.27
36236--36271	16	2.2	16	90	9	56	58	8	0	33	1.28
36585--36640	21	2.8	20	75	10	60	41	1	0	57	1.09
38363--38397	17	2.0	17	94	5	61	37	5	0	57	1.23
41349--41415	33	2.0	33	97	0	125	5	16	34	43	1.72
46571--46604	17	2.0	17	100	0	68	29	5	5	58	1.45
58673--58727	27	2.0	27	100	0	110	21	3	32	41	1.71
60031--60084	27	2.1	25	89	6	81	35	27	5	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83529--84304	387	2.0	387	97	0	1471	33	20	22	23	1.97
85294--85318	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
87669--87737	30	2.3	30	82	7	77	37	1	2	57	1.22
109004--109098	30	3.2	29	85	5	118	58	10	14	15	1.62
109016--109099	30	2.8	30	89	3	125	59	11	11	16	1.61
109236--109285	24	2.1	23	85	3	64	26	6	2	66	1.26
112825--112982	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
112949--113138	20	9.4	20	81	5	213	36	25	18	19	1.95
112949--113138	60	3.2	60	83	0	245	36	25	18	19	1.95
113525--113595	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
113677--113784	21	5.7	20	73	17	104	46	17	25	11	1.81
113677--113791	33	3.2	37	86	10	134	45	19	25	10	1.82
113735--113791	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
113727--113807	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
113803--113900	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
113825--113914	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
113808--113922	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
115621--116089	93	5.1	93	99	0	913	22	12	18	46	1.83
116137--116232	19	5.3	19	78	13	94	46	27	16	9	1.77
116228--116362	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
116250--116306	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
116233--116325	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116757--116842	44	2.0	44	85	0	118	20	40	16	22	1.91
118287--118322	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
118429--118545	19	6.4	19	85	10	172	46	17	21	15	1.84
118429--118545	33	3.2	36	84	13	159	46	17	21	15	1.84
118447--118563	53	2.2	53	96	1	218	44	17	23	14	1.86
118590--118756	19	9.5	19	75	19	184	14	21	17	46	1.84
118570--118728	52	3.0	52	97	0	291	15	23	15	45	1.84
118570--118770	33	5.9	33	74	15	194	14	22	17	45	1.84
121054--121078	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
121253--121299	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
121982--122251	20	13.5	20	85	4	267	20	17	24	37	1.94
121982--122251	40	6.8	40	86	6	300	20	17	24	37	1.94
122218--122315	21	4.8	20	75	15	83	22	17	22	37	1.94
122218--122316	42	2.4	43	78	8	107	22	17	23	37	1.94
122990--123036	23	2.1	22	84	4	58	36	10	19	34	1.86
123515--123570	23	2.4	23	90	0	94	37	21	3	37	1.71
123110--127734	505	9.5	482	96	1	8108	40	10	7	41	1.68
123997--124059	23	2.7	23	85	0	81	38	17	4	39	1.71
124476--124531	23	2.4	23	90	0	94	37	21	3	37	1.71
124959--125044	23	3.7	23	88	0	127	39	17	4	38	1.70
125464--125549	23	3.7	23	88	0	127	39	17	4	38	1.70
125969--126054	23	3.7	23	88	0	127	39	17	4	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126474--126536	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
126955--127017	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
127394--127433	21	1.9	21	84	0	53	45	7	15	32	1.74
127439--127501	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
127533--128241	228	3.1	228	95	2	1273	39	8	7	44	1.62
129226--129251	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
129429--129717	148	2.0	141	84	8	368	38	17	10	32	1.85
133849--133979	48	2.8	48	85	3	167	23	4	45	26	1.72
145776--145939	81	2.0	82	96	1	303	53	7	11	28	1.64
151415--151439	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
159628--159685	28	2.1	28	100	0	116	53	17	6	22	1.67
161439--161478	10	3.9	10	83	6	53	67	2	5	25	1.23
161426--161499	31	2.4	29	76	12	76	70	4	4	21	1.21
163663--163740	30	2.6	30	83	0	111	48	8	16	25	1.75
173547--173627	37	2.3	36	75	12	87	50	3	3	41	1.38
175686--175894	109	2.0	104	95	4	373	30	7	19	42	1.78
176394--176458	31	2.1	31	97	0	121	40	20	10	29	1.86
182247--182362	21	5.6	21	77	11	123	30	24	21	24	1.99
182244--182362	41	2.9	41	82	8	134	31	23	21	24	1.98
182371--182424	21	2.6	20	80	8	54	20	22	27	29	1.98
182452--182506	19	2.9	19	78	5	58	25	18	20	36	1.94
182708--182765	28	2.1	28	80	6	64	43	8	0	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182748--182778	16	1.9	16	93	0	53	67	6	0	25	1.14
190142--190182	20	2.1	19	86	4	55	43	0	9	46	1.36
197471--197508	14	2.7	14	87	0	58	21	13	7	57	1.60
197695--197750	23	2.5	22	80	8	67	14	7	16	62	1.52
197756--197811	23	2.4	24	78	3	69	8	14	14	62	1.54
199171--199198	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
201222--201280	31	1.9	31	82	6	75	50	10	6	32	1.62
202365--202477	60	1.9	60	83	7	149	36	18	7	37	1.80
202385--202535	60	2.6	59	83	6	173	34	17	13	35	1.88
218278--218394	50	2.3	49	81	11	128	22	3	0	73	1.03
218258--218355	29	3.4	28	77	17	103	30	2	1	66	1.10
218278--218394	51	2.3	50	82	11	132	22	3	0	73	1.03
223564--223624	20	2.9	20	80	7	68	22	34	24	18	1.96
228341--228392	27	2.0	25	92	7	86	75	3	17	3	1.11
228343--228391	13	3.8	13	84	15	66	75	4	18	2	1.06
229930--230252	106	3.0	105	87	1	448	34	23	18	23	1.96
230509--230687	87	2.1	87	92	2	297	32	18	12	36	1.88
230596--230789	102	1.9	102	92	0	325	30	19	12	38	1.88
230481--230852	189	2.0	185	85	6	493	33	19	11	36	1.87
230902--231018	36	3.2	36	85	7	164	25	19	14	40	1.90
231016--231092	39	2.0	39	87	7	113	44	24	6	24	1.77
232321--232442	9	14.2	8	68	21	52	25	0	0	72	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232288--232527	4	59.8	4	70	17	72	25	4	1	69	1.14
232328--232427	27	3.4	29	70	22	93	27	1	1	71	0.99
232321--232436	36	3.4	33	78	17	121	25	0	0	73	0.95
232295--232438	36	4.2	36	77	14	117	28	1	0	69	1.02
232321--232459	32	4.4	30	71	15	102	25	2	0	71	1.01
232333--232455	58	2.1	60	83	10	157	26	2	0	70	1.05
232254--232457	47	4.3	45	72	18	82	28	2	0	67	1.10
247423--247464	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
248389--248458	34	2.3	30	83	14	81	11	35	22	30	1.90
254537--254586	26	1.9	25	88	8	73	76	4	18	2	1.04

Tables:   1   2