Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3386631
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 7 of 16
Found at i:1242067 original size:30 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1242027--1242084 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
1242017 TACTAATCAG
1242027 ATTATTTAATTATTTAAATGTATTTAATGAA
1 ATTATTTAATTA-TT-AA--TATTTAATGAA
1242058 ATTA-TTAATTATTAATATTTAATGAA
1 ATTATTTAATTATTAATATTTAATGAA
1242084 A
1 A
1242085 ATGATGATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.44
28 2 0.07
29 2 0.07
30 7 0.26
31 4 0.15
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
ATTATTTAATTATTAATATTTAATGAA
Found at i:1242522 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1242495--1242546 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
1242485 CGTTCATTTA
*
1242495 CGTTCGTGAACGTTCAGTTATGTT
1 CGTTCATGAACGTTCAGTTATGTT
* ** *
1242519 CGTTTATGTTCGTTCGGTTATGTT
1 CGTTCATGAACGTTCAGTTATGTT
1242543 CGTT
1 CGTT
1242547 TATGTTAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.15, G:0.25, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
CGTTCATGAACGTTCAGTTATGTT
Found at i:1242533 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1242516--1242546 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
1242506 GTTCAGTTAT
*
1242516 GTTCGTTTATGTTC
1 GTTCGGTTATGTTC
1242530 GTTCGGTTATGTTC
1 GTTCGGTTATGTTC
1242544 GTT
1 GTT
1242547 TATGTTAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.13, G:0.26, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
GTTCGGTTATGTTC
Found at i:1242547 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1242505--1242566 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 24
1242495 CGTTCGTGAA
1242505 CGTTCAGTTATGTTCGTTTATGTT
1 CGTTCAGTTATGTTCGTTTATGTT
*
1242529 CGTTCGGTTATGTTCGTTTATGTT
1 CGTTCAGTTATGTTCGTTTATGTT
** *
1242553 AATTCATTTATGTT
1 CGTTCAGTTATGTT
1242567 TAATCCAATC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 33 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.11, G:0.19, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
CGTTCAGTTATGTTCGTTTATGTT
Found at i:1243664 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1243649--1243723 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 7.7 Consensus size: 10
1243639 GGGTCTCCAA
1243649 CGTTTATGTT
1 CGTTTATGTT
1243659 CGTTTATGTT
1 CGTTTATGTT
1243669 CGTGTTCAT-TT
1 CGT-TT-ATGTT
* **
1243680 ATGTTCGTGTT
1 -CGTTTATGTT
1243691 CGTTTATGTT
1 CGTTTATGTT
1243701 CG----TGTT
1 CGTTTATGTT
1243707 CGTTTATGTT
1 CGTTTATGTT
*
1243717 AGTTTAT
1 CGTTTAT
1243724 TTATTAAATG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 16
0.68 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.12
10 33 0.66
11 7 0.14
12 4 0.08
ACGTcount: A:0.11, C:0.11, G:0.21, T:0.57
Consensus pattern (10 bp):
CGTTTATGTT
Found at i:1243680 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1243655--1243716 Score: 115
Period size: 16 Copynumber: 3.9 Consensus size: 16
1243645 CCAACGTTTA
1243655 TGTTCGTTTATGTTCG
1 TGTTCGTTTATGTTCG
*
1243671 TGTTCATTTATGTTCG
1 TGTTCGTTTATGTTCG
1243687 TGTTCGTTTATGTTCG
1 TGTTCGTTTATGTTCG
1243703 TGTTCGTTTATGTT
1 TGTTCGTTTATGTT
1243717 AGTTTATTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 44 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.11, G:0.23, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TGTTCGTTTATGTTCG
Found at i:1243786 original size:35 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1243720--1243780 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
1243710 TTATGTTAGT
*
1243720 TTAT-TTATTAAATGAACGAACATGAACAAA
1 TTATATTATTAAATAAACGAACATGAACAAA
*
1243750 TTATATTATTTAATAAACGAACATGAACAAA
1 TTATATTATTAAATAAACGAACATGAACAAA
1243781 AAAATTGTTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.14
31 24 0.86
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (31 bp):
TTATATTATTAAATAAACGAACATGAACAAA
Found at i:1244053 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1244012--1244104 Score: 107
Period size: 30 Copynumber: 3.1 Consensus size: 29
1244002 ATGTTAACAT
1244012 TAAAAGTATATTTTATTTTTATCTTAATTTA
1 TAAAA-TATATTTTATTTTTATCTTAA-TTA
** * *
1244043 TTGAATATATTTTATTATTATTTTAATTA
1 TAAAATATATTTTATTTTTATCTTAATTA
*
1244072 -AAAATATATTTTAATTTTATCTTAACTTA
1 TAAAATATATTTTATTTTTATCTTAA-TTA
1244101 TAAA
1 TAAA
1244105 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 5
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 20 0.39
29 6 0.12
30 22 0.43
31 3 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
TAAAATATATTTTATTTTTATCTTAATTA
Found at i:1244091 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1244005--1244109 Score: 99
Period size: 28 Copynumber: 3.6 Consensus size: 29
1243995 AAATTACATG
* *
1244005 TTAACATTAAAAGTATATTTTATTTTTATC
1 TTAAC-TTAAAAATATATTTTAATTTTATC
* ** *
1244035 TTAATTTATTGAATATATTTT-ATTATTATT
1 TTAACTTA-AAAATATATTTTAATT-TTATC
1244065 TTAA-TTAAAAATATATTTTAATTTTATC
1 TTAACTTAAAAATATATTTTAATTTTATC
*
1244093 TTAACTTATAAAT-TATT
1 TTAACTTAAAAATATATT
1244110 AAATTATTAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 10
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 22 0.36
29 18 0.30
30 21 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
TTAACTTAAAAATATATTTTAATTTTATC
Found at i:1244194 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1244158--1244212 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
1244148 AAATATTATT
1244158 TATTCTTATATTAACTT-AAATATA
1 TATT-TTATATTAACTTAAAATATA
* * *
1244182 TATTTTATTTTAATTTAAAATTTA
1 TATTTTATATTAACTTAAAATATA
1244206 TATTTTA
1 TATTTTA
1244213 ATCTTATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.37
24 17 0.63
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (24 bp):
TATTTTATATTAACTTAAAATATA
Found at i:1244221 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1244158--1244224 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
1244148 AAATATTATT
* *
1244158 TATTCTTATATTAACTT-AAATATA
1 TATT-TTATCTTAATTTAAAATATA
* *
1244182 TATTTTATTTTAATTTAAAATTTA
1 TATTTTATCTTAATTTAAAATATA
*
1244206 TATTTTAATCTTATTTTAA
1 TATTTT-ATCTTAATTTAA
1244225 TTTAAGAAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 3
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.28
24 16 0.44
25 10 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (24 bp):
TATTTTATCTTAATTTAAAATATA
Found at i:1254239 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1254198--1254239 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
1254188 TAAAATAAGC
1254198 AAAAA-AAAAAAAAACA
1 AAAAACAAAAAAAAACA
* *
1254214 AAAAACAAAATAAAACC
1 AAAAACAAAAAAAAACA
*
1254231 AAAACCAAA
1 AAAAACAAA
1254240 GTGAAACCAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.23
17 17 0.77
ACGTcount: A:0.83, C:0.14, G:0.00, T:0.02
Consensus pattern (17 bp):
AAAAACAAAAAAAAACA
Found at i:1261258 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 1261086--1261753 Score: 559
Period size: 114 Copynumber: 5.9 Consensus size: 114
1261076 ATTAACATCG
* * * * * *
1261086 TATTATTTTTAGT-AAATTGTCACATTAAATTAGAACTTCTTTCATA-TTGAATGAAAAATCTTA
1 TATTATTTTCAGTGAAA-TATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCTTA
* * * *
1261149 TATGATACAATAATAATTTCAAATGATAGATAATTTTAATTATTTATGTCC
65 TATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAGA-AATCTTAACTATTCATGTCC
* ** * * *
1261200 TGTTATTTTCAGTGAAATATCTTCTTAAATCAGAACTTATTTCATAGTT-AATGGAAAAT-TAAA
1 TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCT-TA
* * * * * *
1261263 TCTGGCACAATAATAATTTTAAATGAAAGAAAACTTTAGA-TA-TCTATGTCA
65 TATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAGAAATC-TTA-ACTATTC-ATGTCC
* * * * *
1261314 TTTTCTTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATAAGAACTTCTTTCATA-TTGAATTAAAAATCTTAT
1 TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCTTAT
* *
1261378 ATGGTACAATAATAATTTCAAATGATATAGAATCTTAACTATTCATGTCA
66 ATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAGA-AATCTTAACTATTCATGTCC
* * * * * *
1261428 TGTTATTTTCAGTTAAATATAACCTCAAATCAAAAATTATTTCATAG-TGAATGAAAAA--TTAG
1 TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCTTAT
** * * * * *
1261490 ATCCAATA-AAAAATCATTTCAAATGACAAAGAATCTTAACTATTCACGT-C
66 AT--GGTACAATAATAATTTCAAATGATAGA-AATCTTAACTATTCATGTCC
* * * * *
1261540 -ATT-TTTTCAATAAAATGTCACCTCAAATCAAAACTTCTTTCAT-GTTGAAT--AAAATCTTTT
1 TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATC--TT
* *
1261600 ATCTGGTACAATAATAATTTCAAATGACTGAGAAA-CTTAACTATTCACGTCC
64 ATATGGTACAATAATAATTTCAAATGA-T-AGAAATCTTAACTATTCATGTCC
* * * *
1261652 AATTATTTTCAATGAAATATCACCTTAAATCA-AACTTATTTCATAG-TGAATGAAAAAT-TAGA
1 TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCT-TA
* *
1261714 TATGGTATAATAATAATTTCAAATGATAGAAATATTAACT
65 TATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAGAAATCTTAACT
1261754 TTTTATGTTT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 76, Indels: 62
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
108 4 0.01
109 1 0.00
110 41 0.09
111 38 0.08
112 20 0.04
113 89 0.20
114 238 0.53
115 17 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (114 bp):
TATTATTTTCAGTGAAATATCACCTCAAATCAGAACTTATTTCATAGTTGAATGAAAAATCTTAT
ATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAGAAATCTTAACTATTCATGTCC
Found at i:1261735 original size:224 final size:223
Alignment explanation
Indices: 1261112--1261739 Score: 700
Period size: 228 Copynumber: 2.8 Consensus size: 223
1261102 TTGTCACATT
* *
1261112 AAATTAGAACTTCTTTCATATTGAATGAAAAATCTTATATGATACAATAATAATTTCAAATGATA
1 AAATAAGAACTTCTTTCATATTGAAT-AAAAATCTTATATGGTACAATAATAATTTCAAATGATA
* * * * **
1261177 GATAATTTTAATTATTTATGTCCTGTTATTTTCAGTGAAATATCTTCTTAAATCAGAACTTATTT
65 GA-AA-CTTAACTATTCATGTCCAGTTATTTTCAGTGAAATATCACCTTAAATCA-AACTTATTT
* * * * *
1261242 CATAGTTAATGGAAAATTAAATCTGGCACAATAATAATTTTAAATG-AAAGAAAACTTTAGATAT
127 CATAGTGAATGAAAAATTAGATCTGGTA-AATAATAATTTCAAATGAAAAGAAAACTTTAGATAT
* * *
1261306 CTATGTCATTTTCTTTTCAGTGAAATATCACCTC
191 CTACGTCA-TTTCTTTTCAATAAAATATCACCTC
1261340 AAATAAGAACTTCTTTCATATTGAATTAAAAATCTTATATGGTACAATAATAATTTCAAATGATA
1 AAATAAGAACTTCTTTCATATTGAA-TAAAAATCTTATATGGTACAATAATAATTTCAAATG--A
* * * * *
1261405 TAGAATCTTAACTATTCATGT-CATGTTATTTTCAGTTAAATATAACCTCAAATCAAAAATTATT
63 TAGAAACTTAACTATTCATGTCCA-GTTATTTTCAGTGAAATATCACCTTAAATC-AAACTTATT
*** * * *
1261469 TCATAGTGAATGAAAAATTAGATCCAATAAAAAATCATTTCAAATGACAAAG-AATC-TTA-ACT
126 TCATAGTGAATGAAAAATTAGATCTGGTAAATAATAATTTCAAATGA-AAAGAAAACTTTAGA-T
*
1261531 AT-TCACGTCA-TT-TTTTCAATAAAATGTCACCTC
189 ATCT-ACGTCATTTCTTTTCAATAAAATATCACCTC
* *
1261564 AAATCAA-AACTTCTTTCATGTTGAAT-AAAATCTTTTATCTGGTACAATAATAATTTCAAATGA
1 AAAT-AAGAACTTCTTTCATATTGAATAAAAATC--TTATATGGTACAATAATAATTTCAAATGA
* * *
1261627 CTGAGAAACTTAACTATTCACGTCCAATTATTTTCAATGAAATATCACCTTAAATCAAACTTATT
63 -T-AGAAACTTAACTATTCATGTCCAGTTATTTTCAGTGAAATATCACCTTAAATCAAACTTATT
*
1261692 TCATAGTGAATGAAAAATTAGATATGGTATAATAATAATTTCAAATGA
126 TCATAGTGAATGAAAAATTAGATCTGGTA-AATAATAATTTCAAATGA
1261740 TAGAAATATT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 44, Indels: 36
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
222 7 0.02
223 35 0.10
224 125 0.37
225 6 0.02
226 2 0.01
227 26 0.08
228 127 0.37
229 7 0.02
230 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (223 bp):
AAATAAGAACTTCTTTCATATTGAATAAAAATCTTATATGGTACAATAATAATTTCAAATGATAG
AAACTTAACTATTCATGTCCAGTTATTTTCAGTGAAATATCACCTTAAATCAAACTTATTTCATA
GTGAATGAAAAATTAGATCTGGTAAATAATAATTTCAAATGAAAAGAAAACTTTAGATATCTACG
TCATTTCTTTTCAATAAAATATCACCTC
Found at i:1264154 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1264104--1264148 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1264094 AATTTTTTTA
1264104 TCAA-TTA-ACTATTGTTGTTAT
1 TCAATTTACACTATTGTTGTTAT
*
1264125 TCAATTTACACTATTGTTTTTAT
1 TCAATTTACACTATTGTTGTTAT
1264148 T
1 T
1264149 TCATTTTTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.19
22 3 0.14
23 14 0.67
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
TCAATTTACACTATTGTTGTTAT
Found at i:1264170 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1264136--1264178 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1264126 CAATTTACAC
* *
1264136 TATTGTTTTTATTTCATTTTTA
1 TATTATTTATATTT-ATTTTTA
1264158 TATTATTTATATTTATTTTTA
1 TATTATTTATATTTATTTTTA
1264179 AATTTAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.37
22 12 0.63
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.02, T:0.72
Consensus pattern (21 bp):
TATTATTTATATTTATTTTTA
Found at i:1265055 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1265032--1265066 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1265022 ATTGAGAGTG
1265032 AGTATTAATTAGTTTAAA
1 AGTATTAATTAGTTTAAA
1265050 AGTATTAATTAGTTTAA
1 AGTATTAATTAGTTTAA
1265067 GTAGGTGTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
AGTATTAATTAGTTTAAA
Found at i:1269184 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1269117--1269204 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 31
1269107 AATTCGAGGG
* * * *
1269117 TTACCTATGTCTTTTGAGACATATGGATAGC
1 TTACCTATGTCCTTCGGGACATATGGACAGC
*
1269148 TTACCTATGTCCTTCGGGACATATGGACA-T
1 TTACCTATGTCCTTCGGGACATATGGACAGC
* * *
1269178 TTACCTATGTTCTTCGGAACAAATGGA
1 TTACCTATGTCCTTCGGGACATATGGA
1269205 TAGGTCCTTC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 24 0.49
31 25 0.51
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
TTACCTATGTCCTTCGGGACATATGGACAGC
Found at i:1269741 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1269715--1269748 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
1269705 GAAAATTCCA
*
1269715 TATGTAAATATAAGTTT
1 TATGTAAATAAAAGTTT
*
1269732 TATGTTAATAAAAGTTT
1 TATGTAAATAAAAGTTT
1269749 AAATTTCCCC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
TATGTAAATAAAAGTTT
Found at i:1270758 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1270751--1270782 Score: 55
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
1270741 ATGGTATGTG
*
1270751 AT AT AT AT AT AT AT TT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1270783 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1270787 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1270782--1270840 Score: 111
Period size: 2 Copynumber: 30.0 Consensus size: 2
1270772 TATATATATA
1270782 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG -G TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1270823 TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1270841 CTTACATAGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 55 0.98
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.51, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:1271359 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1271336--1271372 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
1271326 CAAGAGTCGA
1271336 GGGATACAGTGGTCCTAC
1 GGGATACAGTGGTCCTAC
1271354 GGGATACAGTGGTCCTAC
1 GGGATACAGTGGTCCTAC
1271372 G
1 G
1271373 AGACATATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
GGGATACAGTGGTCCTAC
Found at i:1271423 original size:153 final size:156
Alignment explanation
Indices: 1271228--1271538 Score: 567
Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
1271218 GACTTATGAT
1271228 TATGAAATCATATGAAAGTGAAACGTGCATGTGAATATGTGAAATG-ATAAAT-ATATTG-CATG
1 TATGAAATCATATGAAAGTGAAACGTGCATGTGAATATGTGAAATGAATAAATGATATTGACATG
1271290 TTATGTGATATGAGAGCT-GTGGTATAGTTAGCATGCCAAGAGTCGAGGGATACAGTGGTCCTAC
66 TTATGTGATATGAGAGCTAGTGGTATAGTTAGCATGCCAAGAGTCGAGGGATACAGTGGTCCTAC
1271354 GGGATACAGTGGTCCTACGAGACATA
131 GGGATACAGTGGTCCTACGAGACATA
1271380 TATGAAATCATATGAAAAGTGAAACGTGCATGTGAATATGTGAAATGATATAAATGATATTGCAC
1 TATGAAATCATATG-AAAGTGAAACGTGCATGTGAATATGTGAAATGA-ATAAATGATATTG-AC
1271445 ATGTTATGTGATATGAGAGCTAGTGGTATAGTTAGCATGCCAAGAGTCGAGGGATACAGTGGTCC
63 ATGTTATGTGATATGAGAGCTAGTGGTATAGTTAGCATGCCAAGAGTCGAGGGATACAGTGGTCC
1271510 TACGGGATACAGTGGTCCTACGAGACATA
128 TACGGGATACAGTGGTCCTACGAGACATA
1271539 GTGGTCCTTC
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 0, Indels: 7
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 14 0.09
153 32 0.21
155 6 0.04
156 6 0.04
158 22 0.14
159 72 0.47
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (156 bp):
TATGAAATCATATGAAAGTGAAACGTGCATGTGAATATGTGAAATGAATAAATGATATTGACATG
TTATGTGATATGAGAGCTAGTGGTATAGTTAGCATGCCAAGAGTCGAGGGATACAGTGGTCCTAC
GGGATACAGTGGTCCTACGAGACATA
Found at i:1271564 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1271498--1271636 Score: 161
Period size: 21 Copynumber: 7.0 Consensus size: 21
1271488 GAGTCGAGGG
1271498 ATACAGTGGTCCTACGGG---
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271516 ATACAGTGGTCCTACGAGAC-
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271536 AT--AGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271555 ATACAGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271576 ATACAGTGGTTCTACGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271597 ATACAGTCGTCCTACGGGAC-
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271617 AT--AGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACA
1271636 A
1 A
1271637 ATTTCAGTGC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 9, Indels: 11
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 45 0.42
19 3 0.03
20 4 0.04
21 54 0.51
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
ATACAGTGGTCCTACGGGACA
Found at i:1271596 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1271498--1271636 Score: 161
Period size: 39 Copynumber: 3.5 Consensus size: 42
1271488 GAGTCGAGGG
*
1271498 ATACAGTGGTCCTACGGG---ATACAGTGGTCCTACGAGAC-
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACAATACAGTGGTCCTACGGGACA
* *
1271536 AT--AGTGGTCCTTCGGGACAATACAGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACAATACAGTGGTCCTACGGGACA
* *
1271576 ATACAGTGGTTCTACGGGACAATACAGTCGTCCTACGGGAC-
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACAATACAGTGGTCCTACGGGACA
*
1271617 AT--AGTGGTCCTTCGGGACAA
1 ATACAGTGGTCCTACGGGACAA
1271637 ATTTCAGTGC
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 9, Indels: 11
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
36 13 0.15
38 2 0.02
39 34 0.40
40 2 0.02
41 2 0.02
42 33 0.38
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
ATACAGTGGTCCTACGGGACAATACAGTGGTCCTACGGGACA
Found at i:1271623 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1271516--1271636 Score: 156
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 59
1271506 GTCCTACGGG
* *
1271516 ATACAGTGGTCCTACGAGACATAGTGGTCCTTCGGGACAATACAGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGAGACATAGTCGTCCTACGGGACAATA-AGTGGTCCTTCGGGACA
* *
1271576 ATACAGTGGTTCTACGGGACAATACAGTCGTCCTACGGGAC-AT-AGTGGTCCTTCGGGACA
1 ATACAGTGGTCCTACGAGAC-AT--AGTCGTCCTACGGGACAATAAGTGGTCCTTCGGGACA
1271636 A
1 A
1271637 ATTTCAGTGC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 6
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
60 36 0.67
61 2 0.04
62 2 0.04
63 14 0.26
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (59 bp):
ATACAGTGGTCCTACGAGACATAGTCGTCCTACGGGACAATAAGTGGTCCTTCGGGACA
Found at i:1272341 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1272295--1272345 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
1272285 CTGTTAACGG
* *
1272295 TACTGTTTATACGGTATTAT
1 TACTGTTCATACCGTATTAT
1272315 TCACTGTTCATACCGTATT-T
1 T-ACTGTTCATACCGTATTAT
1272335 TACTGTTCATA
1 TACTGTTCATA
1272346 AAACATATAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.36
20 3 0.11
21 15 0.54
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TACTGTTCATACCGTATTAT
Found at i:1274264 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1274238--1274315 Score: 75
Period size: 23 Copynumber: 3.3 Consensus size: 23
1274228 CACCACATCT
1274238 CATATAATTGCACCGAAGTGCCA
1 CATATAATTGCACCGAAGTGCCA
* * **
1274261 CATATAATTACACCGGAGTGCTG
1 CATATAATTGCACCGAAGTGCCA
* * *
1274284 CGTAGAATTGCACCGTAGTGCCA
1 CATATAATTGCACCGAAGTGCCA
*
1274307 TATAATAAT
1 CAT-ATAAT
1274316 GTCCATAAGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 13, Indels: 1
0.75 0.24 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 37 0.90
24 4 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
CATATAATTGCACCGAAGTGCCA
Found at i:1275457 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 1275305--1275461 Score: 151
Period size: 64 Copynumber: 2.5 Consensus size: 63
1275295 TTCCCTATCG
* * * *
1275305 GTGCATCGATGCACTACCTGTGCATCGGTGCATAAAATACATTCGATGTTTGTTTATTACTGG
1 GTGCATCGATGCACTACCTGTGCATCGATGCATAAAATACATTCGATGTTTGTTGATTAATGA
* * * * *
1275368 GATGCATCGATGTA-TGCCTTATGCATCGATGCACT-AATTGCATTCGATGTTT-TTAGATTAAA
1 G-TGCATCGATGCACTACC-TGTGCATCGATGCA-TAAAATACATTCGATGTTTGTT-GATT--A
1275430 AT-A
60 ATGA
1275433 GTGCATCGATGCACTACCTGTGCATCGAT
1 GTGCATCGATGCACTACCTGTGCATCGAT
1275462 ACACCTTCAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 12, Indels: 13
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
63 6 0.08
64 62 0.83
65 5 0.07
66 2 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (63 bp):
GTGCATCGATGCACTACCTGTGCATCGATGCATAAAATACATTCGATGTTTGTTGATTAATGA
Found at i:1280588 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1280583--1280614 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
1280573 AATTTTTTGG
1280583 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1280615 TTAAAATTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1282370 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1282273--1282396 Score: 248
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
1282263 CTGAGGTTCA
1282273 AATTAAATTAACAATCGACAGAAAAATCTCTCTCTATATATATGGATATATTATACTCTTAC
1 AATTAAATTAACAATCGACAGAAAAATCTCTCTCTATATATATGGATATATTATACTCTTAC
1282335 AATTAAATTAACAATCGACAGAAAAATCTCTCTCTATATATATGGATATATTATACTCTTAC
1 AATTAAATTAACAATCGACAGAAAAATCTCTCTCTATATATATGGATATATTATACTCTTAC
1282397 TCACTAAACT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 62 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (62 bp):
AATTAAATTAACAATCGACAGAAAAATCTCTCTCTATATATATGGATATATTATACTCTTAC
Found at i:1283676 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1283655--1283689 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
1283645 AGTGAGTTAA
1283655 ATAAAATACATTTTTATT
1 ATAAAAT-CATTTTTATT
*
1283673 ATAAAATTATTTTTATT
1 ATAAAATCATTTTTATT
1283690 TATATTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.56
18 7 0.44
ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATAAAATCATTTTTATT
Found at i:1284642 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1284609--1284690 Score: 137
Period size: 29 Copynumber: 2.9 Consensus size: 28
1284599 CAACACATAG
1284609 GTCGCCATGCCCTCCGGGCGACCTTGTA
1 GTCGCCATGCCCTCCGGGCGACCTTGTA
1284637 TGTCGCCATGCCCTCCGGGCGACCTTGTA
1 -GTCGCCATGCCCTCCGGGCGACCTTGTA
*
1284666 GATCGCCATGCCCTCTGGGCGACCT
1 G-TCGCCATGCCCTCCGGGCGACCT
1284691 ACCCTCGCTC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 1 0.02
29 50 0.98
ACGTcount: A:0.11, C:0.39, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (28 bp):
GTCGCCATGCCCTCCGGGCGACCTTGTA
Found at i:1284731 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1284694--1284787 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 33
1284684 GCGACCTACC
*
1284694 CTCGCTCGGCTT-CCCTCGGATTCCCTCGCATAG
1 CTCGCTCGG-TTGCCCTCGGATGCCCTCGCATAG
1284727 CTCGCTCGGTTGCCCTCGGATGCCCTCGCATAG
1 CTCGCTCGGTTGCCCTCGGATGCCCTCGCATAG
* * * *
1284760 CTCGTTCGGATGGCCTCGGATGCTCTCG
1 CTCGCTCGGTTGCCCTCGGATGCCCTCG
1284788 GATGGCCTCG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.04
33 53 0.96
ACGTcount: A:0.09, C:0.38, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (33 bp):
CTCGCTCGGTTGCCCTCGGATGCCCTCGCATAG
Found at i:1284750 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1284706--1284798 Score: 60
Period size: 10 Copynumber: 8.7 Consensus size: 10
1284696 CGCTCGGCTT
*
1284706 CCCTCGGATT
1 CCCTCGGATG
*
1284716 CCCTCGCATAG
1 CCCTCGGAT-G
*
1284727 CTCGCTCGGTTG
1 C-C-CTCGGATG
1284739 CCCTCGGATG
1 CCCTCGGATG
*
1284749 CCCTCGCATAG
1 CCCTCGGAT-G
*
1284760 CTCGTTCGGATG
1 C-C-CTCGGATG
*
1284772 GCCTCGGATG
1 CCCTCGGATG
*
1284782 CTCTCGGATG
1 CCCTCGGATG
*
1284792 GCCTCGG
1 CCCTCGG
1284799 CCGGATGGCC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 14, Indels: 12
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
10 43 0.68
11 5 0.08
12 5 0.08
13 10 0.16
ACGTcount: A:0.10, C:0.37, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (10 bp):
CCCTCGGATG
Found at i:1284805 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1284786--1284826 Score: 82
Period size: 14 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
1284776 CGGATGCTCT
1284786 CGGATGGCCTCGGC
1 CGGATGGCCTCGGC
1284800 CGGATGGCCTCGGC
1 CGGATGGCCTCGGC
1284814 CGGATGGCCTCGG
1 CGGATGGCCTCGG
1284827 ATGCCCAGCG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 27 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.34, G:0.44, T:0.15
Consensus pattern (14 bp):
CGGATGGCCTCGGC
Found at i:1284809 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1284707--1284812 Score: 115
Period size: 33 Copynumber: 3.2 Consensus size: 33
1284697 GCTCGGCTTC
* * *
1284707 CCTCGGATTCCCTCGCATAGCTC-GCTCGGTTGC
1 CCTCGGATGCCCTCGCATAGCTCGGC-CGGATGG
**
1284740 CCTCGGATGCCCTCGCATAGCTCGTTCGGATGG
1 CCTCGGATGCCCTCGCATAGCTCGGCCGGATGG
* * *
1284773 CCTCGGATGCTCTCGGATGGCCTCGGCCGGATGG
1 CCTCGGATGCCCTCGCATAG-CTCGGCCGGATGG
1284807 CCTCGG
1 CCTCGG
1284813 CCGGATGGCC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 3
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 44 0.72
34 17 0.28
ACGTcount: A:0.09, C:0.36, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (33 bp):
CCTCGGATGCCCTCGCATAGCTCGGCCGGATGG
Found at i:1284906 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1284869--1284926 Score: 89
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1284859 GCAATCTCTT
*
1284869 GTAGCTCGCCGGGAAGACATGGCGACCTA
1 GTAGCTCGCCCGGAAGACATGGCGACCTA
* *
1284898 GTAGGTCGCCCGGAAGGCATGGCGACCTA
1 GTAGCTCGCCCGGAAGACATGGCGACCTA
1284927 CGGCCAACAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 26 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.36, T:0.14
Consensus pattern (29 bp):
GTAGCTCGCCCGGAAGACATGGCGACCTA
Found at i:1286338 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1286290--1286338 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
1286280 CGTGGTATGA
* *
1286290 TTAAAAAATAGTTATAACATTAT
1 TTAAAAAATAATTATAACATAAT
*
1286313 TTAAAAAAGTAATTATAATATAAT
1 TTAAAAAA-TAATTATAACATAAT
1286337 TT
1 TT
1286339 TTATATAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.36
24 14 0.64
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
TTAAAAAATAATTATAACATAAT
Found at i:1287769 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1287737--1287792 Score: 103
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
1287727 CGTTCGTGAA
*
1287737 CGTTCGGTTATGTTCGTTCGTTTATGTT
1 CGTTCGGTTATGTTCGTTCATTTATGTT
1287765 CGTTCGGTTATGTTCGTTCATTTATGTT
1 CGTTCGGTTATGTTCGTTCATTTATGTT
1287793 TAACTCAATC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 27 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.14, G:0.23, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
CGTTCGGTTATGTTCGTTCATTTATGTT
Found at i:1287789 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1287737--1287792 Score: 85
Period size: 14 Copynumber: 4.0 Consensus size: 14
1287727 CGTTCGTGAA
*
1287737 CGTTCGGTTATGTT
1 CGTTCGTTTATGTT
1287751 CGTTCGTTTATGTT
1 CGTTCGTTTATGTT
*
1287765 CGTTCGGTTATGTT
1 CGTTCGTTTATGTT
*
1287779 CGTTCATTTATGTT
1 CGTTCGTTTATGTT
1287793 TAACTCAATC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 38 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.14, G:0.23, T:0.54
Consensus pattern (14 bp):
CGTTCGTTTATGTT
Found at i:1288812 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1288791--1288833 Score: 68
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
1288781 GTCTCCAACG
1288791 TTTATGTTCGTGTTCA
1 TTTATGTTCGTGTTCA
*
1288807 TTTATGTTCGTGTTCG
1 TTTATGTTCGTGTTCA
*
1288823 TTTATATTCGT
1 TTTATGTTCGT
1288834 TTATTTAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 25 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.12, G:0.19, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTTATGTTCGTGTTCA
Found at i:1292434 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1292402--1292436 Score: 63
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
1292392 TGTAAATTTC
1292402 TAAAATAAAAATTAT
1 TAAAATAAAAATTAT
1292417 TAAAATAAAAATTA-
1 TAAAATAAAAATTAT
1292431 TAAAAT
1 TAAAAT
1292437 TACAATAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.30
15 14 0.70
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (15 bp):
TAAAATAAAAATTAT
Found at i:1294797 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1294739--1294797 Score: 66
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1294729 TTGGAATACA
* * **
1294739 ATCTATTATTTAATTAAATTTAAGTTTTT
1 ATCTATTATTTAACTAAATTAAAGAATTT
1294768 ATCTATTATTT-ACTAAATTGAAAGAATTT
1 ATCTATTATTTAACTAAATT-AAAGAATTT
1294797 A
1 A
1294798 GTCTGAACGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.28
29 18 0.72
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (29 bp):
ATCTATTATTTAACTAAATTAAAGAATTT
Found at i:1298220 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1298154--1298220 Score: 98
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
1298144 AGACACAACT
* * *
1298154 ACTTGAACCCAAGACTTCAAGATATAGCATCAATC
1 ACTTGAACCCAAGACTTCAAGAGACAACATCAATC
*
1298189 ACTTGAACCTAAGACTTCAAGAGACAACATCA
1 ACTTGAACCCAAGACTTCAAGAGACAACATCA
1298221 CTCTTTCTAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 28 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.25, G:0.12, T:0.21
Consensus pattern (35 bp):
ACTTGAACCCAAGACTTCAAGAGACAACATCAATC
Found at i:1303014 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1302984--1303025 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
1302974 TATAAAAAAT
1302984 TATTCTTTATTAAATATTTTTGG
1 TATTCTTTATTAAAT-TTTTTGG
*
1303007 TATT-TTTATTTAATTTTTT
1 TATTCTTTATTAAATTTTTT
1303026 AAATAATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.28
22 9 0.50
23 4 0.22
ACGTcount: A:0.24, C:0.02, G:0.05, T:0.69
Consensus pattern (22 bp):
TATTCTTTATTAAATTTTTTGG
Found at i:1313023 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1313014--1313041 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
1313004 ATATTTATTA
1313014 ATTTGAATTTTTAT
1 ATTTGAATTTTTAT
1313028 ATTTGAATTTTTAT
1 ATTTGAATTTTTAT
1313042 TTAATAAACA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.07, T:0.64
Consensus pattern (14 bp):
ATTTGAATTTTTAT
Found at i:1319241 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1319230--1319254 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
1319220 ATACTTTCCA
1319230 ACTCTC ACTCTC ACTCTC ACTCTC A
1 ACTCTC ACTCTC ACTCTC ACTCTC A
1319255 TTCAAGAAGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.48, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (6 bp):
ACTCTC
Found at i:1319849 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1319817--1319885 Score: 111
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
1319807 ATTAATATCC
1319817 ATCACATTAATTCAAATATTGATATTA
1 ATCACATTAATTCAAATATTGATATTA
1319844 ATCACATTAATTCAAATATTGATATTA
1 ATCACATTAATTCAAATATTGATATTA
* * *
1319871 GTCGCATTCATTCAA
1 ATCACATTAATTCAA
1319886 CTATAGCGTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 39 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
ATCACATTAATTCAAATATTGATATTA
Found at i:1321582 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1321561--1321613 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 17.7 Consensus size: 3
1321551 ATCTTTATCT
* *
1321561 TTA TTA CTA TTA CTA TTA TTA TTTA TTA TTTA TTA TT- TTA TTA TT-
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1321606 TTA TTA TT
1 TTA TTA TT
1321614 TTCTTTTTTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 8
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.10
3 32 0.76
4 6 0.14
ACGTcount: A:0.28, C:0.04, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:1321585 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1321555--1321612 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
1321545 CTTTTTATCT
1321555 TTATCTTTATTA-CTATTACTATTA
1 TTAT-TTTATTATCTATTA-TATTA
* *
1321579 TTA-TTTATTATTTATTATTTTA
1 TTATTTTATTATCTATTATATTA
1321601 TTATTTTATTAT
1 TTATTTTATTAT
1321613 TTTCTTTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.47
23 13 0.43
24 3 0.10
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (23 bp):
TTATTTTATTATCTATTATATTA
Found at i:1321588 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1321576--1321614 Score: 60
Period size: 7 Copynumber: 5.3 Consensus size: 7
1321566 ACTATTACTA
1321576 TTATTAT
1 TTATTAT
1321583 TTATTAT
1 TTATTAT
1321590 TTATTATT
1 TTATTA-T
1321598 TTATTATT
1 TTATTA-T
1321606 TTATTAT
1 TTATTAT
1321613 TT
1 TT
1321615 TCTTTTTTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
7 16 0.52
8 15 0.48
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (7 bp):
TTATTAT
Found at i:1321602 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1321576--1321630 Score: 71
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
1321566 ACTATTACTA
1321576 TTATTA-T
1 TTATTATT
1321583 TTATTA-T
1 TTATTATT
1321590 TTATTATT
1 TTATTATT
1321598 TTATTATT
1 TTATTATT
1321606 TTATTATT
1 TTATTATT
* *
1321614 TTCTTTTT
1 TTATTATT
1321622 TTA-TATT
1 TTATTATT
1321629 TT
1 TT
1321631 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
7 18 0.42
8 25 0.58
ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (8 bp):
TTATTATT
Found at i:1321622 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1321576--1321642 Score: 66
Period size: 15 Copynumber: 4.5 Consensus size: 15
1321566 ACTATTACTA
*
1321576 TTATTA-TTTATTAT
1 TTATTATTTTATTTT
1321590 TTATTATTTTATTATT
1 TTATTATTTTATT-TT
*
1321606 TTATTATTTTCTTTT
1 TTATTATTTTATTTT
*
1321621 TT-TATATTTTCTTTT
1 TTAT-TATTTTATTTT
*
1321636 TTTTTAT
1 TTATTAT
1321643 ATTTTTAACT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 7
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.15
15 26 0.55
16 14 0.30
ACGTcount: A:0.19, C:0.03, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (15 bp):
TTATTATTTTATTTT
Found at i:1321636 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1321604--1321647 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
1321594 TATTTTATTA
1321604 TTTTATTATTTTC-TTT
1 TTTTA-TATTTTCTTTT
1321620 TTTTATATTTTCTTTTT
1 TTTTATATTTTC-TTTT
1321637 TTTTATATTTT
1 TTTTATATTTT
1321648 TAACTTCATC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.27
16 5 0.19
17 14 0.54
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (16 bp):
TTTTATATTTTCTTTT
Found at i:1321647 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1321589--1321638 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
1321579 TTATTTATTA
* *
1321589 TTTATTATTTTATTAT
1 TTTA-TATTTTCTTTT
1321605 TTTATTATTTTCTTTT
1 TTTA-TATTTTCTTTT
1321621 TTTATATTTTCTTTT
1 TTTATATTTTCTTTT
1321636 TTT
1 TTT
1321639 TTATATTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.44
16 18 0.56
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (15 bp):
TTTATATTTTCTTTT
Found at i:1322329 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1322282--1322334 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
1322272 TCATTATATA
*
1322282 TATTAACTTATTAAATATATTTTAT
1 TATTAACTTATTAAAAATATTTTAT
1322307 TATTAACTTAATTTAAAAATATTTTAT
1 TATTAACTT-A-TTAAAAATATTTTAT
1322334 T
1 T
1322335 TTCATTTAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.36
26 1 0.04
27 15 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (25 bp):
TATTAACTTATTAAAAATATTTTAT
Found at i:1322355 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1322317--1322365 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
1322307 TATTAACTTA
*
1322317 ATTTAAAAATATTTTATTTT
1 ATTTAAAAATATTATATTTT
1322337 CATTT-AAAATATATATATTTT
1 -ATTTAAAAATAT-TATATTTT
1322358 ATGTTAAA
1 AT-TTAAA
1322366 CGTTATTTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 5
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.38
21 13 0.54
22 2 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
ATTTAAAAATATTATATTTT
Found at i:1322672 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1322656--1322681 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
1322646 ATTCATTTGC
1322656 TTTCTTGATTTAG
1 TTTCTTGATTTAG
1322669 TTTCTTGATTTAG
1 TTTCTTGATTTAG
1322682 AAGAAATGTC
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.08, G:0.15, T:0.62
Consensus pattern (13 bp):
TTTCTTGATTTAG
Found at i:1324275 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1324209--1324266 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
1324199 ATATATAATC
*
1324209 ATTAAATAAAGTT-AAAATT-
1 ATTAAATATA-TTAAAAATTA
*
1324228 ATTAATTATATTAAAAATTA
1 ATTAAATATATTAAAAATTA
1324248 ATTAAATATATGTAAAAAT
1 ATTAAATATAT-TAAAAAT
1324267 ATTGTAAATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.06
19 14 0.42
20 10 0.30
21 7 0.21
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATTAAATATATTAAAAATTA
Found at i:1324985 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1324938--1325247 Score: 269
Period size: 20 Copynumber: 15.2 Consensus size: 20
1324928 AATGACCAAC
*
1324938 AAAAGCGCAACGCGATATC--
1 AAAATCGCAACGCGAT-TCAG
* *
1324957 AAAACCGCAACGCGATTTAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
* * **
1324977 AAAAGCGCAACGTTGA-AAAG
1 AAAATCGCAACG-CGATTCAG
*
1324997 AAGATCGCAACGCGATCTTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGA--TT-CAG
* *
1325019 AGAATCGCAACGCGATTAAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1325039 AAAATCGCAACGCGATTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGATT-CAG
*
1325059 AGAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1325079 AAAATCGCAACGCGATTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGATT-CAG
*
1325099 AGAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1325119 AAAATCGCAACGCGATTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGATT-CAG
*
1325139 AGAATCGCAACGCGATCTTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGA--TT-CAG
* *
1325161 AGAATCGCAACGCGATTAAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1325181 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
* *
1325201 TAATTCGCAACGCGATCTTCCA-
1 AAAATCGCAACGCGA--TT-CAG
*
1325223 AGAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAG
1325243 AAAAT
1 AAAAT
1325248 GAGTAAATTC
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 30, Indels: 39
0.78 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.00
19 25 0.10
20 158 0.66
21 7 0.03
22 47 0.20
23 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.26, G:0.20, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
AAAATCGCAACGCGATTCAG
Found at i:1325069 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1324995--1325247 Score: 359
Period size: 40 Copynumber: 6.2 Consensus size: 40
1324985 AACGTTGAAA
* *
1324995 AGAAGATCGCAACGCGATCTTCCAAGAATCGCAACGCGATTA
1 AGAAAATCGCAACGCGA--TTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1325037 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1325077 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1325117 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATCTTCC
1 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGA--TT-C
*
1325160 A-AGAATCGCAACGCGATT--AAGAAAATCGCAACGCGATTC
1 AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAG--AATCGCAACGCGATTC
* *
1325199 AGTAATTCGCAACGCGATCTTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1 AGAAAATCGCAACGCGA--TTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
1325241 AGAAAAT
1 AGAAAAT
1325248 GAGTAAATTC
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 8, Indels: 20
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.01
40 116 0.60
42 70 0.36
43 2 0.01
44 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.26, G:0.20, T:0.17
Consensus pattern (40 bp):
AGAAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATTC
Found at i:1325186 original size:62 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1324938--1325247 Score: 321
Period size: 62 Copynumber: 5.1 Consensus size: 60
1324928 AATGACCAAC
* * ** * * *
1324938 AAAAGCGCAACGCGATATCAA-AACCGCAACGCGATTTAGAA-AAGCGCAACGTTGA-AAAG
1 AAAATCGCAACGCGAT-TCAAGAATCGCAACGCGATTTCCAAGAATCGCAACG-CGATTAAG
* ***
1324997 AAGATCGCAACGCGATCTTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAGAA-AATCGCAACGCGATTCCAAG
1 AAAATCGCAACGCGA--TT-CAAGAATCGCAACGCGATTTCCAAGAATCGCAACGCGATT--AAG
* *
1325061 --AATCGCAACGCGATTCAGAAAATCGCAACGCGA-TTCCAAGAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCA-AGAATCGCAACGCGATTTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAG
1325119 AAAATCGCAACGCGATTCCAAGAATCGCAACGCGATCTTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAG
1 AAAATCGCAACGCGATT-CAAGAATCGCAACGCGAT-TTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAG
*
1325181 AAAATCGCAACGCGATTC-AGTAATTCGCAACGCGATCTTCCAAGAATCGCAACGCGATTCAG
1 AAAATCGCAACGCGATTCAAG-AA-TCGCAACGCGAT-TTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAG
1325243 AAAAT
1 AAAAT
1325248 GAGTAAATTC
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 16, Indels: 29
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
58 2 0.01
59 18 0.08
60 63 0.29
61 11 0.05
62 122 0.56
64 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.26, G:0.20, T:0.16
Consensus pattern (60 bp):
AAAATCGCAACGCGATTCAAGAATCGCAACGCGATTTCCAAGAATCGCAACGCGATTAAG
Found at i:1325354 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1325343--1325427 Score: 156
Period size: 6 Copynumber: 14.5 Consensus size: 6
1325333 GACACGTATT
1325343 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG
1 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG
1325391 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACC-CG ACC-CG ACC
1 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACC
1325428 CGAGACGAGA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.13
6 69 0.87
ACGTcount: A:0.32, C:0.52, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
ACCACG
Found at i:1325951 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1325925--1326050 Score: 231
Period size: 6 Copynumber: 21.5 Consensus size: 6
1325915 TCTCGTCTCG
1325925 GGTCG- GGTCG- GGTCG- GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT
1 GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT
1325970 GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT
1 GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT
1326018 GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGT
1 GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGTCGT GGT
1326051 AATAGTAATA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
5 15 0.12
6 105 0.88
ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.52, T:0.32
Consensus pattern (6 bp):
GGTCGT
Found at i:1326184 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1326159--1326399 Score: 244
Period size: 20 Copynumber: 11.8 Consensus size: 20
1326149 CTCATTTTCT
1326159 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
1 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
*
1326179 GAATCGCGTTGCGATT-TTCT
1 GAATCGCGTTGCGATTCTT-G
1326199 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
1 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
1326219 GAATCGCGTTGCGATTTTCTT-
1 GAATCGCGTTGCGA--TTCTTG
1326240 -AATCGCGTTGCGATTCTTG
1 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
*
1326259 GAAGATCGCGTTGCGATT-TTCT
1 G-A-ATCGCGTTGCGATTCTT-G
* *
1326281 GAACCGCGTTGCGATT-TTCT
1 GAATCGCGTTGCGATTCTT-G
*
1326301 GAATCGCGTTGCGATT-TTCT
1 GAATCGCGTTGCGATTCTT-G
1326321 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
1 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
*
1326341 GAAGATCGCGTTGCGATT-TTAT
1 G-A-ATCGCGTTGCGATTCTT-G
*
1326363 GAATCGCATTGCGATTCTTG
1 GAATCGCGTTGCGATTCTTG
*
1326383 GAAGATCGTGTTGCGAT
1 G-A-ATCGCGTTGCGAT
1326400 CTTCTTTTCA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 11, Indels: 30
0.83 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.03
19 2 0.01
20 126 0.65
21 15 0.08
22 46 0.24
ACGTcount: A:0.17, C:0.19, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
GAATCGCGTTGCGATTCTTG
Found at i:1326207 original size:40 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1326152--1326404 Score: 385
Period size: 40 Copynumber: 6.2 Consensus size: 42
1326142 GAATTTACTC
1326152 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGG-A-ATCGCGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
1326192 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGG-A-ATCGCGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
*
1326232 ATTTTCTTAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
* *
1326274 ATTTTCTGAACCGCGTTGCGATT-TTCTG-A-ATCGCGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTT-GGAAGATCGCGTTGCG
1326314 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
* * *
1326356 ATTTTATGAATCGCATTGCGATTCTTGGAAGATCGTGTTGCG
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
*
1326398 ATCTTCT
1 ATTTTCT
1326405 TTTCAACGTT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 11, Indels: 10
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 101 0.52
41 7 0.04
42 88 0.45
ACGTcount: A:0.17, C:0.19, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCG
Found at i:1326292 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 1326152--1326404 Score: 395
Period size: 82 Copynumber: 3.1 Consensus size: 82
1326142 GAATTTACTC
1326152 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGG-A-ATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
1326215 CTTGGAATCGCGTTGCG
66 CTTGGAATCGCGTTGCG
* *
1326232 ATTTTCTTAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAACCGCGTTGCGATT
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
*
1326297 -TTCTGAATCGCGTTGCG
66 CTT-GGAATCGCGTTGCG
* *
1326314 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTATGAATCGCATTGCGATT
1 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
*
1326379 CTTGGAAGATCGTGTTGCG
66 CTTGG-A-ATCGCGTTGCG
*
1326398 ATCTTCT
1 ATTTTCT
1326405 TTTCAACGTT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 10, Indels: 8
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
80 27 0.17
81 3 0.02
82 108 0.69
83 3 0.02
84 16 0.10
ACGTcount: A:0.17, C:0.19, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (82 bp):
ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
CTTGGAATCGCGTTGCG
Found at i:1326431 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1326152--1326459 Score: 369
Period size: 82 Copynumber: 3.8 Consensus size: 81
1326142 GAATTTACTC
*
1326152 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGG-A-ATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
1 ATTTTCT-TATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
1326215 CTTGGAATCGCGTTGCG
65 CTTGGAATCGCGTTGCG
*
1326232 ATTTTCTTAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAACCGCGTTGCGATT
1 ATTTTCTT-ATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
*
1326297 -TTCTGAATCGCGTTGCG
65 CTT-GGAATCGCGTTGCG
* * *
1326314 ATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTATGAATCGCATTGCGATT
1 ATTTTCT-TATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATT
*
1326379 CTTGGAAGATCGTGTTGCG
65 CTTGG-A-ATCGCGTTGCG
* * * * ** *
1326398 ATCTTCTTTTCAACGTTGCGCTT-TTCTAA-ATCGCGTTGCG-GTTT-TGATATCGCGTTGCGAT
1 ATTTTCTTATC-GCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGA-ATCGCGTTGCGAT
1326459 T
64 T
1326460 TTGTTGGTCA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 18, Indels: 19
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
80 29 0.14
81 19 0.09
82 118 0.59
83 9 0.05
84 25 0.12
ACGTcount: A:0.16, C:0.19, G:0.26, T:0.39
Consensus pattern (81 bp):
ATTTTCTTATCGCGTTGCGATTCTTGGAAGATCGCGTTGCGATTTTCTGAATCGCGTTGCGATTC
TTGGAATCGCGTTGCG
Found at i:1326434 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1326411--1326461 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
1326401 TTCTTTTCAA
* *
1326411 CGTTGCGCTTTTCTAAATCG
1 CGTTGCGATTTTCTGAATCG
*
1326431 CGTTGCG-GTTT-TGATATCG
1 CGTTGCGATTTTCTGA-ATCG
1326450 CGTTGCGATTTT
1 CGTTGCGATTTT
1326462 GTTGGTCATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.08
19 14 0.54
20 10 0.38
ACGTcount: A:0.12, C:0.20, G:0.25, T:0.43
Consensus pattern (20 bp):
CGTTGCGATTTTCTGAATCG
Found at i:1330373 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 1330209--1332361 Score: 4103
Period size: 94 Copynumber: 23.0 Consensus size: 94
1330199 ACAAGCCATG
*
1330209 CGGTTTCAAAGAAATTATGTGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
*
1330274 AAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1330303 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330368 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1330397 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330462 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1330491 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330556 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1330585 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAAAAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330650 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1330679 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAAAAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330744 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1330773 CGGTTTCAAAG-AATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330837 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1330866 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGTTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1330931 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1330960 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
* *
1331025 AAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCAT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331054 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331119 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1331148 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACT-ACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGTTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
*
1331212 AAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331241 CGGTTTCAAAG-AATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331305 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1331334 TGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAAT-ACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331398 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331427 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331492 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331521 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331586 CAGCT-ACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331614 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCT-GTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331678 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331707 C-GTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAAT-ACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331770 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331799 CGGTTTCAAAG-AATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331863 CA-CTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1331891 C-GTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1331955 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1331984 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAAAAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
*
1332049 AAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1332078 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1332143 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
*
1332172 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGTTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
*
1332237 AAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1332266 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1 CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
1332331 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
66 CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
1332360 CG
1 CG
1332362 TCGTCCATCC
Statistics
Matches: 2022, Mismatches: 26, Indels: 22
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
91 9 0.00
92 245 0.12
93 483 0.24
94 1285 0.64
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (94 bp):
CGGTTTCAAAGAAATTATGCGTTACTAACAACCTGGTAGCTGAATAACAACCAGCTGAAACTAAT
CAGCTAACCCTTAAGGAAACTGTCATCGT
Found at i:1333387 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1333357--1333403 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
1333347 AATATATATT
1333357 TATTAATATTTCAAATAATATAA
1 TATTAATATTTCAAATAATATAA
** *
1333380 TATT-ATATTTTTAATATTATAA
1 TATTAATATTTCAAATAATATAA
1333402 TA
1 TA
1333404 AAATAATAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.81
23 4 0.19
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
TATTAATATTTCAAATAATATAA
Found at i:1333418 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1333395--1333429 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1333385 TATTTTTAAT
1333395 ATTATAATAAAATAATAA
1 ATTATAATAAAATAATAA
*
1333413 ATTATATTAAAATAATA
1 ATTATAATAAAATAATA
1333430 TAAGATATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
ATTATAATAAAATAATAA
Found at i:1333426 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1333393--1333444 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
1333383 TATATTTTTA
* *
1333393 ATATTATAATAAAATAATAAATT
1 ATATTAAAATAAAATAAGAAATT
* *
1333416 ATATTAAAATAATATAAGATATT
1 ATATTAAAATAAAATAAGAAATT
1333439 ATATTA
1 ATATTA
1333445 TTATTTTAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 25 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
ATATTAAAATAAAATAAGAAATT
Found at i:1333437 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1333402--1333439 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
1333392 AATATTATAA
*
1333402 TAAAATAATAAATTATAT
1 TAAAATAATAAATGATAT
1333420 TAAAATAATATAA-GATAT
1 TAAAATAATA-AATGATAT
1333438 TA
1 TA
1333440 TATTATTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.89
19 2 0.11
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TAAAATAATAAATGATAT
Found at i:1333471 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1333413--1333471 Score: 75
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
1333403 AAAATAATAA
*
1333413 ATTATATTAAAATAATATAAGATATTATATT
1 ATTATATTAAAATAATATAAGAAATTATATT
* *
1333444 ATTATTTTAATAAT-ATATAATAAATTAT
1 ATTATATTAA-AATAATATAAGAAATTAT
1333472 TAATAAAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 21 0.88
32 3 0.12
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (31 bp):
ATTATATTAAAATAATATAAGAAATTATATT
Found at i:1333563 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1333483--1333574 Score: 73
Period size: 27 Copynumber: 3.3 Consensus size: 27
1333473 AATAAAATTT
* *
1333483 ATATTATTTAT-TAATTTCATAGAAATA
1 ATATTATTTATAT-ATTTAATATAAATA
* *
1333510 ATATTA-TTAAAT-TATTAATAATGAATA
1 ATATTATTTATATAT-TTAAT-ATAAATA
1333537 ATATTATTTATATATTTAATATTAATATA
1 ATATTATTTATATATTTAATA-TAA-ATA
*
1333566 ATAATATTT
1 ATATTATTT
1333575 TAAAAAAGAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 7, Indels: 12
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.02
26 7 0.14
27 19 0.37
28 12 0.24
29 12 0.24
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
ATATTATTTATATATTTAATATAAATA
Found at i:1333769 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1333716--1333774 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
1333706 TAATAAAATT
1333716 ATAAAAATAATT-TTTAATA
1 ATAAAAATAATTATTTAATA
*
1333735 ATAAATA-AATTATCTTAATA
1 ATAAAAATAATTAT-TTAATA
*
1333755 TTTAAAAATAATTATATTAA
1 -ATAAAAATAATTAT-TTAA
1333775 GTTTTATGAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 5
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.12
19 7 0.22
20 6 0.19
21 5 0.16
22 10 0.31
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
ATAAAAATAATTATTTAATA
Found at i:1333947 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1333925--1333992 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 3.9 Consensus size: 17
1333915 TTTTATGAAA
1333925 AATATTTTAAAAAATAT
1 AATATTTTAAAAAATAT
1333942 AATATTTTAAAAAATAT
1 AATATTTTAAAAAATAT
** *
1333959 AATTCATTTTTTAAAATTT
1 AA-T-ATTTTAAAAAATAT
*
1333978 AAT-TTTCAAAAAATA
1 AATATTTTAAAAAATA
1333993 ATTACAGACT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 5
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.19
17 19 0.45
18 2 0.05
19 13 0.31
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATATTTTAAAAAATAT
Found at i:1346494 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1346446--1346494 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
1346436 TTCCAAAATA
1346446 ATCAAATTTC-ACATTCTAAC
1 ATCAAA-TTCAACATTCTAAC
1346466 ATCAAATTCAACATTCTAAC
1 ATCAAATTCAACATTCTAAC
*
1346486 ATTAAATTC
1 ATCAAATTC
1346495 CCGCATAGTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.11
20 24 0.89
ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
ATCAAATTCAACATTCTAAC
Found at i:1350926 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1350898--1350943 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
1350888 CTATATATAA
1350898 TTTA-TTTAAAAA-TAAAAATTTAT
1 TTTATTTTAAAAATTAAAAATTTAT
*
1350921 TTTATTTTAAAAATTAAATATTT
1 TTTATTTTAAAAATTAAAAATTT
1350944 TGTTAAAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.20
24 8 0.40
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (25 bp):
TTTATTTTAAAAATTAAAAATTTAT
Found at i:1353353 original size:198 final size:201
Alignment explanation
Indices: 1353013--1353421 Score: 781
Period size: 198 Copynumber: 2.0 Consensus size: 201
1353003 TTGAATAATA
1353013 ACATGTACCAGTCGTCATATACTGATTGTCCAGAAAAGCCTGTGAATGCCTCAAAGTAGAATAGG
1 ACATGTACCAGTCGTCA-ATACTGATTGTCCAGAAAAGCCTGTGAATGCCTCAAAGTAGAATAGG
1353078 GTGAGGCCAAATGCTATGTTCTTGTAGAAGGAATAGCAAACCTGAATAAAAAATATCAATTAAAT
65 GTGAGGCCAAATGCTATGTTCTTGTAGAAGGAATAGCAAACCTGAATAAAAAATATCAATTAAAT
1353143 TGGTACAAAAACAGAAGATGA-TGAGATAAAAATGCGCAACAAAATGAAAAATTAGTTCA-TCAA
130 TGGTACAAAAACAGAAGATGATTGAGATAAAAATGCGCAACAAAATGAAAAATTAGTTCAGTCAA
1353206 TCTGTTG
195 TCTGTTG
1353213 ACATGTACCAGTCGTC-ATACTGATTGTCCAGAAAAGCCTGTGAATGCCTCAAAGTAGAATAGGG
1 ACATGTACCAGTCGTCAATACTGATTGTCCAGAAAAGCCTGTGAATGCCTCAAAGTAGAATAGGG
1353277 TGAGGCCAAATGCTATGTTCTTGTAGAAGGAATAGCAAACCTGAATAAAAAATATCAATTAAATT
66 TGAGGCCAAATGCTATGTTCTTGTAGAAGGAATAGCAAACCTGAATAAAAAATATCAATTAAATT
1353342 GGTACAAAAACAGAAGATGATTGAGATAAAAATGCGCAACAAAATGAAAAATTAGTTCAGTCAAT
131 GGTACAAAAACAGAAGATGATTGAGATAAAAATGCGCAACAAAATGAAAAATTAGTTCAGTCAAT
1353407 CTGTTG
196 CTGTTG
1353413 ACAT-TACCA
1 ACATGTACCA
1353422 TCTGTGCAAT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 0, Indels: 5
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
198 133 0.64
199 43 0.21
200 31 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (201 bp):
ACATGTACCAGTCGTCAATACTGATTGTCCAGAAAAGCCTGTGAATGCCTCAAAGTAGAATAGGG
TGAGGCCAAATGCTATGTTCTTGTAGAAGGAATAGCAAACCTGAATAAAAAATATCAATTAAATT
GGTACAAAAACAGAAGATGATTGAGATAAAAATGCGCAACAAAATGAAAAATTAGTTCAGTCAAT
CTGTTG
Found at i:1358528 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1358496--1358531 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
1358486 GTAAAATAGG
1358496 ATATTAGATTATTTAAATA
1 ATATTAGATTATTTAAATA
1358515 ATATTAGA-TATTTAAAT
1 ATATTAGATTATTTAAAT
1358532 TTTGACATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.53
19 8 0.47
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
ATATTAGATTATTTAAATA
Found at i:1363967 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1363924--1364027 Score: 183
Period size: 29 Copynumber: 3.6 Consensus size: 29
1363914 TTTTATATGT
1363924 TCATGTA-CTCATGTCATTTCTCTTGTGA
1 TCATGTAGCTCATGTCATTTCTCTTGTGA
*
1363952 TCATGTAGTTCATGTCATTTCTCTTGTGA
1 TCATGTAGCTCATGTCATTTCTCTTGTGA
1363981 TCATGTAGCTCATGTCATTTCTCTTGTGA
1 TCATGTAGCTCATGTCATTTCTCTTGTGA
*
1364010 TCGTGTAGCTCATGTCAT
1 TCATGTAGCTCATGTCAT
1364028 GCTCTCATAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 3, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.10
29 65 0.90
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (29 bp):
TCATGTAGCTCATGTCATTTCTCTTGTGA
Found at i:1364472 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 1364398--1364554 Score: 167
Period size: 64 Copynumber: 2.5 Consensus size: 63
1364388 TAATAAAGGT
* *
1364398 ATGCATCGATGCACTACTTGTGCATCGGTGCA-TAAAATGCATTCGAT-GTTTTATTATTAATGA
1 ATGCATCGATGCACTACTTGTGCATCGATGCACT-AAATGCATTCGATCGTTTTATT-TTAA-AA
1364461 G
63 G
* * * *
1364462 ATGCATCGATGCA-TGCCTTATGCATCGATGCACTAATTGCATTCGATCTTTTTATTTTAAAAG
1 ATGCATCGATGCACT-ACTTGTGCATCGATGCACTAAATGCATTCGATCGTTTTATTTTAAAAG
* * *
1364525 AGTACATCGATGCACTACCTGTGTATCGAT
1 A-TGCATCGATGCACTACTTGTGCATCGAT
1364555 ACACCTTCAA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 11, Indels: 10
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
63 4 0.05
64 64 0.83
65 9 0.12
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (63 bp):
ATGCATCGATGCACTACTTGTGCATCGATGCACTAAATGCATTCGATCGTTTTATTTTAAAAG
Found at i:1370386 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1370362--1370395 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
1370352 CCGTAGGACC
1370362 ACTACATCCCGAAGG
1 ACTACATCCCGAAGG
*
1370377 ACTACGTCCCGAAGG
1 ACTACATCCCGAAGG
1370392 ACTA
1 ACTA
1370396 TTATACCCTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.32, G:0.21, T:0.15
Consensus pattern (15 bp):
ACTACATCCCGAAGG
Found at i:1370966 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1370897--1371053 Score: 162
Period size: 64 Copynumber: 2.5 Consensus size: 64
1370887 TAATAAAGGT
*
1370897 ATGCATCGATGCACTACTTGTGTATCGGTGCA-TAAAATGCATTCGAT-GTTTTATTATT-AATG
1 ATGCATCGATGCACTACTTGTGTATCGATGCACT-AAATGCATTCGATCGTTTTATT-TTAAAT-
1370959 AG
63 AG
* * * * * *
1370961 ATGCATCGATGCA-TGCCTTATGCATTGATGCACTAATTGCATTCGATCTTTTTATTTTAAAATA
1 ATGCATCGATGCACT-ACTTGTGTATCGATGCACTAAATGCATTCGATCGTTTTATTTT-AAATA
1371025 G
64 G
*
1371026 -TGCATCGATGCACTACCTGTGTATCGAT
1 ATGCATCGATGCACTACTTGTGTATCGAT
1371054 ACACCTTCAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 12, Indels: 12
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
63 1 0.01
64 60 0.80
65 11 0.15
66 3 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (64 bp):
ATGCATCGATGCACTACTTGTGTATCGATGCACTAAATGCATTCGATCGTTTTATTTTAAATAG
Found at i:1372506 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1372482--1372524 Score: 77
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
1372472 AATGGGTTGG
1372482 CAGTTCGAATCGAATGCTT
1 CAGTTCGAATCGAATGCTT
1372501 CAGTTCGAATCGAATGCTT
1 CAGTTCGAATCGAATGCTT
*
1372520 TAGTT
1 CAGTT
1372525 TGATGACATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 23 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
CAGTTCGAATCGAATGCTT
Found at i:1374608 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1374534--1374602 Score: 138
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
1374524 AATGAGTTTG
1374534 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1374555 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1374576 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1 GAACATAATGAATAGTCGGGT
1374597 GAACAT
1 GAACAT
1374603 TTTGAAACTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 48 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
GAACATAATGAATAGTCGGGT
Found at i:1374722 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1374608--1374723 Score: 133
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
1374598 AACATTTTGA
* * * *
1374608 AACTTTTAATAGTCAAGGGACTTAATAAAGTAACATTCTATAGTTAGAGGATCATTCAAT
1 AACTTTTAATAATCAAGGGACTTAATAAAATAACATTCTATAGTCAGAGAATCATTCAAT
** * * * * *
1374668 AACTTTTAATAATTGAGGGTCTTAATAAAATAATATTTTATAGTCGGATAATCATT
1 AACTTTTAATAATCAAGGGACTTAATAAAATAACATTCTATAGTCAGAGAATCATT
1374724 TTTGTATTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 11, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 45 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (60 bp):
AACTTTTAATAATCAAGGGACTTAATAAAATAACATTCTATAGTCAGAGAATCATTCAAT
Found at i:1377256 original size:124 final size:125
Alignment explanation
Indices: 1377036--1377287 Score: 497
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
1377026 CGAGGGGTTG
1377036 GGTCAATCGCTCTTAGTGAAAATTTAAAATTATCATATATTTTAAAAGTTGTGTGTATTTTCTAT
1 GGTCAATCGCTCTTAGTGAAAATTTAAAATTATCATATATTTTAAAAGTTGTGTGTATTTTCTAT
1377101 TAAAAATATGATTTTGCCTCCCATTGAATTTTATAAACTAGTTCCCCCTAAAA-TTTAGA
66 TAAAAATATGATTTTGCCTCCCATTGAATTTTATAAACTAGTTCCCCCTAAAATTTTAGA
1377160 GGTCAATCGCTCTTAGTGAAAATTTAAAATTATCATATATTTTAAAAGTTGTGTGTATTTTCTAT
1 GGTCAATCGCTCTTAGTGAAAATTTAAAATTATCATATATTTTAAAAGTTGTGTGTATTTTCTAT
1377225 TAAAAATATGATTTTGCCTCCCATTGAATTTTATAAACTAGTTCCCCCTAAAATTTTAGA
66 TAAAAATATGATTTTGCCTCCCATTGAATTTTATAAACTAGTTCCCCCTAAAATTTTAGA
1377285 GGT
1 GGT
1377288 TTGCCCCCTA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
124 118 0.93
125 9 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (125 bp):
GGTCAATCGCTCTTAGTGAAAATTTAAAATTATCATATATTTTAAAAGTTGTGTGTATTTTCTAT
TAAAAATATGATTTTGCCTCCCATTGAATTTTATAAACTAGTTCCCCCTAAAATTTTAGA
Found at i:1377703 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1377655--1377703 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
1377645 TCTTATCGAG
* *
1377655 TTTTTCTTATATTAGTTTACAATA
1 TTTTTCATATATTAGTTTACAAAA
*
1377679 TTTTTCATATA-TA-TTTATAAAA
1 TTTTTCATATATTAGTTTACAAAA
1377701 TTT
1 TTT
1377704 CGAGTAAAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.45
23 2 0.09
24 10 0.45
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (24 bp):
TTTTTCATATATTAGTTTACAAAA
Found at i:1392709 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1392672--1392741 Score: 79
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
1392662 ACACTAATTT
**
1392672 TAATTTCCTGTTAAT-ATTACTTTATATGTATCA
1 TAATTTCCAATTAATCA-TACTTTAT-T-TATCA
*
1392705 TAATTTCCAATTATTCATACTTTATTTATCA
1 TAATTTCCAATTAATCATACTTTATTTATCA
1392736 TAATTT
1 TAATTT
1392742 ATCATTTTGA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 11 0.33
32 1 0.03
33 20 0.61
34 1 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (31 bp):
TAATTTCCAATTAATCATACTTTATTTATCA
Found at i:1414656 original size:151 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1414483--1414800 Score: 588
Period size: 151 Copynumber: 2.1 Consensus size: 153
1414473 TCATCTTAAT
*
1414483 TTTTTAT-TTTTTAGAATTATTATTTAAAATATTAAAAAACAATTAAAACGGTTATGAGTCAAAA
1 TTTTTATATTTCTAGAATTATTATTTAAAATATTAAAAAACAATTAAAACGGTTATGAGTCAAAA
1414547 GTATAGGGATTTAATTGGAAATTA-TGAGTAGGATTGATTAGTTAATATGG-ATATAGAAGGGTA
66 GTATAGGGATTTAATTGGAAATTAGTGAGTAGGATTGATTAGTTAATATGGAATATAGAAGGGTA
1414610 AAATGGTCATTTGACGAGAAAGA
131 AAATGGTCATTTGACGAGAAAGA
1414633 TTTTTATATTTCTAGAATTATTATTTAAAATATTAAAAAACAATTAAAACGGTTATGAGTCAAAA
1 TTTTTATATTTCTAGAATTATTATTTAAAATATTAAAAAACAATTAAAACGGTTATGAGTCAAAA
1414698 GTATAGGGATTTAATTGGAAATTATGTGAGTAGGATTGATTAGTTAATATGGAAATATAGAAGGG
66 GTATAGGGATTTAATTGGAAATTA-GTGAGTAGGATTGATTAGTTAATATGG-AATATAGAAGGG
1414763 TAAAATGGTCATTTGACGAGAAAGA
129 TAAAATGGTCATTTGACGAGAAAGA
1414788 TTTTTATATTTCT
1 TTTTTATATTTCT
1414801 TTTATTGGCT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 1, Indels: 5
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 7 0.04
151 80 0.49
153 26 0.16
155 49 0.30
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (153 bp):
TTTTTATATTTCTAGAATTATTATTTAAAATATTAAAAAACAATTAAAACGGTTATGAGTCAAAA
GTATAGGGATTTAATTGGAAATTAGTGAGTAGGATTGATTAGTTAATATGGAATATAGAAGGGTA
AAATGGTCATTTGACGAGAAAGA
Found at i:1415318 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1415278--1415349 Score: 94
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
1415268 ATATAAAGTA
* *
1415278 TTCGAGACATATGTATAGTTTACCTATGTCC
1 TTCGAGACATATGGACAGTTTACCTATGTCC
* *
1415309 TTCGGGACATATGGACAGTTTACCTATGTTC
1 TTCGAGACATATGGACAGTTTACCTATGTCC
1415340 TTC-AGA-ATAT
1 TTCGAGACATAT
1415350 ATGGATATGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.11
30 2 0.06
31 30 0.83
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TTCGAGACATATGGACAGTTTACCTATGTCC
Found at i:1415676 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1415667--1421317 Score: 10455
Period size: 4 Copynumber: 1431.5 Consensus size: 4
1415657 TAGAACATAA
1415667 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1415715 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1415763 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1415811 ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GG ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1415857 ATGT ATTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
1415906 AGGT TTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1415954 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416001 ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416047 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416094 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416140 ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416187 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416233 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416280 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416326 -TGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416370 ATG- ATTGT ATGT ATGT ATGT ATAGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1416418 ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT CTGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416464 AATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT
1 -ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416510 ATGT ATGGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGGT
1 ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT
1416560 A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1416605 ATGT ATGT AGGT ATG- -TGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1416650 AT-T ATGT ATGT ATGG ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
1416696 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGG ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416744 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416790 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416838 ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416885 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1416932 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GG ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1416979 ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417025 ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417071 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417119 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417167 ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417213 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417261 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGTCT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG--T ATGT ATGT ATGT
1417311 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417359 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1417405 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGG ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417453 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417500 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1417547 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T
1417596 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417644 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATG- ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417690 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417738 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417784 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417832 ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417876 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417924 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1417972 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418020 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418068 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418116 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418163 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418211 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418259 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418307 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418353 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418401 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATG- ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418447 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418495 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1418543 ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418589 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1418637 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGG ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418685 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418733 ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418780 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418827 ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418874 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418922 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1418970 ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419017 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419065 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419113 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419160 A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419206 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1419253 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT GTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
1419301 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT GTGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419349 ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419396 A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419443 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419491 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419539 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419587 ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419634 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419682 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419730 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419778 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419826 ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419873 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419921 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1419969 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420017 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420064 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420112 ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420157 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420205 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420253 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
1420300 ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420347 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420395 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420443 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420491 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420539 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420587 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420635 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420683 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420731 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420779 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420827 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420875 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420923 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1420971 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421019 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421067 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421115 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421163 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421211 ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421256 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1421304 ATGT ATGT ATGT AT
1 ATGT ATGT ATGT AT
1421318 TTGATACATG
Statistics
Matches: 5516, Mismatches: 36, Indels: 190
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 27 0.00
3 168 0.03
4 5290 0.96
5 27 0.00
6 4 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.49
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:1424883 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1424858--1424890 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
1424848 CATGATCTAC
1424858 GTGATTACATG-TATAT
1 GTGATTACATGTTATAT
1424874 GTGA-TACATGTTATAT
1 GTGATTACATGTTATAT
1424890 G
1 G
1424891 ATATGAGATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.38
16 10 0.62
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.21, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
GTGATTACATGTTATAT
Found at i:1425074 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1425039--1425138 Score: 132
Period size: 31 Copynumber: 3.2 Consensus size: 31
1425029 CCTTCGGGGT
*
1425039 ATATGGACAATTTACCTATGTCTTCCGAGAC
1 ATATGGACAATTTACCTATGTCTTCAGAGAC
* *
1425070 ATATGGATAGTTTACCTATGTCCTTCAG-GAC
1 ATATGGACAATTTACCTATGT-CTTCAGAGAC
*
1425101 ATATGGACAATTTACCTATGTTCTTCGGA-AC
1 ATATGGACAATTTACCTATG-TCTTCAGAGAC
1425132 ATATGGA
1 ATATGGA
1425139 TAGGTCTTTC
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 6
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 54 0.90
32 6 0.10
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
ATATGGACAATTTACCTATGTCTTCAGAGAC
Found at i:1425120 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1425023--1425141 Score: 186
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
1425013 CGAGTGTTAT
* **
1425023 CTATGTCCTTCGGGGTATATGGACAATTTACCTATG-TCTTCCGAGACATATGGATAGTTTAC
1 CTATGTCCTTCAGGACATATGGACAATTTACCTATGTTCTTCCGA-ACATATGGATAGTTTAC
*
1425085 CTATGTCCTTCAGGACATATGGACAATTTACCTATGTTCTTCGGAACATATGGATAG
1 CTATGTCCTTCAGGACATATGGACAATTTACCTATGTTCTTCCGAACATATGGATAG
1425142 GTCTTTCGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 45 0.87
63 7 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (62 bp):
CTATGTCCTTCAGGACATATGGACAATTTACCTATGTTCTTCCGAACATATGGATAGTTTAC
Found at i:1425382 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1425348--1425406 Score: 118
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
1425338 TATGTGTGAT
1425348 ATGAGTTATTGCATCTTTTATAAGA
1 ATGAGTTATTGCATCTTTTATAAGA
1425373 ATGAGTTATTGCATCTTTTATAAGA
1 ATGAGTTATTGCATCTTTTATAAGA
1425398 ATGAGTTAT
1 ATGAGTTAT
1425407 AAGATATATG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 34 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
ATGAGTTATTGCATCTTTTATAAGA
Found at i:1425448 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1425417--1425449 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
1425407 AAGATATATG
1425417 ATATGAACATAAGAGATT
1 ATATGAACA-AAGAGATT
1425435 ATATGAAC-AAGAGAT
1 ATATGAACAAAGAGAT
1425450 AAGAAATATG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
18 8 0.53
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
ATATGAACAAAGAGATT
Found at i:1425509 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1425500--1425541 Score: 84
Period size: 4 Copynumber: 10.5 Consensus size: 4
1425490 AAATGATGAC
1425500 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT
1425542 TTGATACATG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 38 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.24, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:1426068 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1425989--1426206 Score: 298
Period size: 54 Copynumber: 4.1 Consensus size: 54
1425979 GGTGTTACAA
*
1425989 TGTGGAACTCACGGAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATG
1 TGTGGAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATG
* * *
1426043 TGTGGAACTCAAGGAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAACACTA--
1 TGTGGAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATG
*
1426095 TGTGCAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTAC-AGACACTATG
1 TGTGGAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAG-CACTATG
* * * * * * *
1426149 TGTGTAACCCACGAAATTCATCATACGTTGATGAACGACCGTATAGGCACTACG
1 TGTGGAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATG
1426203 TGTG
1 TGTG
1426207 CATCTTAATA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 13, Indels: 8
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.01
52 46 0.31
54 99 0.67
55 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (54 bp):
TGTGGAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATG
Found at i:1426200 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 1425988--1426191 Score: 320
Period size: 106 Copynumber: 1.9 Consensus size: 106
1425978 GGGTGTTACA
* * *
1425988 ATGTGGAACTCACGGAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATGTGTGGAACTC
1 ATGTGCAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATGTGTGGAACCC
* *
1426053 AAGGAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAACACT
66 AAGAAATTCATCATACGTTGATGAACAACCGTACAAACACT
*
1426094 ATGTGCAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTAC-AGACACTATGTGTGTAACC
1 ATGTGCAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAG-CACTATGTGTGGAACC
* *
1426158 CACGAAATTCATCATACGTTGATGAACGACCGTA
65 CAAGAAATTCATCATACGTTGATGAACAACCGTA
1426192 TAGGCACTAC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 8, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
105 2 0.02
106 87 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (106 bp):
ATGTGCAACTCACGAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTACAAGCACTATGTGTGGAACCC
AAGAAATTCATCATACGTTGATGAACAACCGTACAAACACT
Found at i:1426424 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1426357--1426544 Score: 277
Period size: 46 Copynumber: 4.1 Consensus size: 46
1426347 CTAAAAGACT
*
1426357 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGTCATAAATGA
1 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCATAAATGA
* * *
1426403 AAATGTATAACAGTGCGTAATTGGCTTGAAAGGATGTCATAAATGA
1 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCATAAATGA
* * * *
1426449 AAATGTATAACAATGCATAATTGACATAAAATGATGCCATAAATGA
1 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCATAAATGA
* * *
1426495 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAATGATGCCACATATGA
1 AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCATAAATGA
1426541 AAAT
1 AAAT
1426545 ACATATCGGT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 14, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 128 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (46 bp):
AAATGTATAACAGTGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCATAAATGA
Found at i:1429394 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1429354--1429397 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1429344 TGCCATAATT
1429354 TTTATTATAAAATTTAAAAAATC
1 TTTATTATAAAATTTAAAAAATC
*
1429377 TTTATTA-AAATTTTAAAAAAT
1 TTTATTATAAAATTTAAAAAAT
1429398 GTGAAATTAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.65
23 7 0.35
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (23 bp):
TTTATTATAAAATTTAAAAAATC
Found at i:1431732 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1431711--1431743 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
1431701 AAAAGGGGTC
1431711 ATAAATATACAT
1 ATAAATATACAT
*
1431723 ATATATATACAT
1 ATAAATATACAT
1431735 ATAAATATA
1 ATAAATATA
1431744 TAGAACACAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 19 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
ATAAATATACAT
Found at i:1433018 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1432978--1433024 Score: 69
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1432968 AGTCGAGGGT
*
1432978 TCTATGTGGTCCTTCGGGACAAA
1 TCTATGTAGTCCTTCGGGACAAA
1433001 TCTATGTAGT-CTTCCGGGACAAA
1 TCTATGTAGTCCTT-CGGGACAAA
1433024 T
1 T
1433025 TCTAGGTGGC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.14
23 19 0.86
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.23, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
TCTATGTAGTCCTTCGGGACAAA
Found at i:1433521 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1433468--1433521 Score: 56
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
1433458 TTTAAAATTT
*
1433468 ATAAAAATTTTAGAAAAAATAAAC
1 ATAAAAATTTTAGAAAAAAGAAAC
* *
1433492 TTAAAGAATTTTATAGAAAAAGAAA-
1 ATAAA-AATTTTAGA-AAAAAGAAAC
1433517 ATAAA
1 ATAAA
1433522 TTACTTATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 3
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.17
25 12 0.50
26 8 0.33
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.07, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
ATAAAAATTTTAGAAAAAAGAAAC
Found at i:1434224 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1434217--1434247 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
1434207 ATTATATCAT
1434217 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1434248 TAATGATTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1438341 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1438317--1438367 Score: 93
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
1438307 CCCTTAACTG
*
1438317 AGGTATCGGTACCATGCCT
1 AGGTATCGATACCATGCCT
1438336 AGGTATCGATACCATGCCT
1 AGGTATCGATACCATGCCT
1438355 AGGTATCGATACC
1 AGGTATCGATACC
1438368 CATATTGCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 31 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.24, T:0.25
Consensus pattern (19 bp):
AGGTATCGATACCATGCCT
Found at i:1440169 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1440154--1443753 Score: 7005
Period size: 4 Copynumber: 905.8 Consensus size: 4
1440144 CATGTAACAA
1440154 ATAC ACTAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC A-TAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440203 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440251 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440299 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440347 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440395 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440443 ATAC ATAC ATAC -TAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440490 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440538 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440586 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440634 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC --AC ATAC ATAC ATAC -TAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440679 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440727 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440775 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440823 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440871 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440919 ATAC ATAC ATAC ATAC AT-C ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1440966 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441014 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441062 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441110 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441158 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441206 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441254 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441302 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC -TAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441349 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC -TAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441396 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC --AC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441442 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
*
1441490 ATAC ATAC ATAC ATAC AGAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441538 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC --AC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441584 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC A-AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441631 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC -TAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441678 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441726 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441774 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441822 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441870 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441918 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1441966 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442014 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC --AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442060 --AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442106 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442154 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442202 ATAC ATAC A-AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442249 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442297 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442345 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442393 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442441 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442489 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442537 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442585 ATAC --AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442631 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442679 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442727 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442775 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442823 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442871 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442919 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1442967 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443015 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443063 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443111 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443159 --AC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC -TAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443204 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443252 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443300 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443348 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443396 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443444 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443492 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443540 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443588 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443636 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1443684 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC
*
1443732 ATAC AT-C ATAC ATAC ATTC ATA
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATA
1443754 TCTTATTCTG
Statistics
Matches: 3567, Mismatches: 4, Indels: 50
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 14 0.00
3 30 0.01
4 3519 0.99
5 4 0.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.25, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (4 bp):
ATAC
Found at i:1445121 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1445114--1445146 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
1445104 TCACATGAAT
1445114 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1445147 TCATATGATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1452937 original size:229 final size:228
Alignment explanation
Indices: 1452532--1453018 Score: 857
Period size: 229 Copynumber: 2.1 Consensus size: 228
1452522 GTAAATTATT
* * *
1452532 TATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAATATATTTATTATTATCTTTAGT
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAACATATTTATTATTATATTTAGT
*
1452597 TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTT
66 TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATATTT
1452662 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTG
131 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTG
1452727 AAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAGTATA
196 AAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAGTATA
* * *
1452760 TATCATTTTTATAAAAGTGTACATACTTATTTCACTATTGAAAACATATTTATTATTATATTTGG
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACT-GTGAAAACATATTTATTATTATATTTAG
*
1452825 TTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATATT
65 TTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATATT
* * *
1452890 TTGTGTAAATTAAATTATTAAATTAATATTGTATGTGGAAAACATGAAACACTATTAAATAAATT
130 TTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATT
*
1452955 GAAACATAAATTACATAACTTTCAAAGAAGTATA
195 GAAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAGTATA
1452989 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTAT
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTAT
1453019 AAAAGTAGGT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 13, Indels: 1
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
228 34 0.14
229 211 0.86
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (228 bp):
TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAACATATTTATTATTATATTTAGT
TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATATTT
TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTG
AAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAGTATA
Found at i:1453393 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1453144--1453481 Score: 516
Period size: 161 Copynumber: 2.1 Consensus size: 162
1453134 CGGTATAGAA
* * * *
1453144 ATGATAAAACCGGTCAAGCGCTACCGGATACATTTAAAGTGTCGGTACTTTAATATAAGGATCGA
1 ATGATAAAACCGGTAAAACGCTACCGGATACATTAAAAGTGTCGATACTTTAATATAAGGATCGA
* * * *
1453209 CACTTCGTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTTTAAATCCTATAAAGTGTCGATACTTTTAAAAAATG
66 CACTTCGTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTATAAAGCCTATAAAGTGTCGATACTTTAAAAAAATA
* *
1453274 TATCGATCCAAAACGATATACCAGGTAAAAAT
131 TATCGATCCAAAACGATATAACAGATAAAAAT
* *
1453306 ATGATAAAACCGGTAAAACGTTACCGGATATATTAAAAGTGTCGATACTTT-ATATAAGGATCGA
1 ATGATAAAACCGGTAAAACGCTACCGGATACATTAAAAGTGTCGATACTTTAATATAAGGATCGA
* * ** *
1453370 CACTTTGTGATTTTAAAAGAGAAGCAGTTATAGCGCCTATAATGTGTCGATACTTTAAAAAAATA
66 CACTTCGTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTATAAAGCCTATAAAGTGTCGATACTTTAAAAAAATA
1453435 TATCGATCCAAAACGATATAACAGATAAAAAT
131 TATCGATCCAAAACGATATAACAGATAAAAAT
1453467 ATGATAAAACCGGTA
1 ATGATAAAACCGGTA
1453482 TCAAAATGAT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 17, Indels: 1
0.90 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
161 114 0.72
162 45 0.28
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (162 bp):
ATGATAAAACCGGTAAAACGCTACCGGATACATTAAAAGTGTCGATACTTTAATATAAGGATCGA
CACTTCGTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTATAAAGCCTATAAAGTGTCGATACTTTAAAAAAATA
TATCGATCCAAAACGATATAACAGATAAAAAT
Found at i:1453506 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1453467--1453509 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
1453457 AGATAAAAAT
1453467 ATGATAAAACCGGTATCAAA
1 ATGATAAAACCGG-ATCAAA
1453487 ATGATAAAACCGG-T-AAA
1 ATGATAAAACCGGATCAAA
1453504 ATGATA
1 ATGATA
1453510 CCGGATATAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.39
18 1 0.04
20 13 0.57
ACGTcount: A:0.51, C:0.12, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
ATGATAAAACCGGATCAAA
Found at i:1455769 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1455742--1455806 Score: 76
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
1455732 AAGACAATCA
*
1455742 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAT
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
* * *
1455763 TGAGTCGTAGAGAAACTCGAG
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
* *
1455784 AGAGTCGAAGATACACTTGAG
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
1455805 AG
1 AG
1455807 GCATAAGGGG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 9, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 35 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
Found at i:1455882 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1455840--1455905 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
1455830 AAATAGATGG
*
1455840 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTGAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
* *
1455873 AGTGGTGAAAGAAGTTGGGGTGTTAAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
1455906 TATTAAGATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 30 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.48, T:0.23
Consensus pattern (33 bp):
AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
Found at i:1457721 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1457697--1457745 Score: 80
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
1457687 AATGTAGGGT
1457697 TAATTTTGTATAAGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
1457716 TAATTTTGTATACGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
1457735 TATTTTTGTAT
1 TAATTTTGTAT
1457746 GTGAATATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 28 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.10, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTGTATAAGATTTA
Found at i:1459504 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1459480--1459583 Score: 73
Period size: 6 Copynumber: 17.3 Consensus size: 6
1459470 AGCGGTCGCA
* * * * * *
1459480 GAAGAT GAAGCT GACGAT GAAGAT GACGAT GATGAT GACGAT GAAGCT
1 GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT
** * * * * * * *
1459528 GGCGAT GAAGAT GATGAC GACGAT GATGAT GATGAT GATGAT GATGAT
1 GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT
1459576 GAAGAT GA
1 GAAGAT GA
1459584 TGATCCAAAC
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 20, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 78 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (6 bp):
GAAGAT
Done.