genome.fa.s9627.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009627.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  344030

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
556--589	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
911--964	21	2.6	21	93	0	90	27	20	22	29	1.98
1465--1491	10	2.7	10	100	0	54	51	22	7	18	1.70
2275--2322	21	2.2	22	81	7	53	56	0	12	31	1.37
3206--3261	29	1.9	29	88	0	85	30	19	3	46	1.67
3646--3675	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
4525--4569	22	2.0	22	100	0	90	33	40	8	17	1.81
14934--14992	31	1.9	31	82	6	75	25	10	18	45	1.81
27012--27080	27	2.6	27	90	0	111	27	33	11	27	1.91
27233--27374	36	3.9	36	96	1	250	47	15	6	30	1.70
29600--29740	64	2.2	63	81	7	160	26	24	17	31	1.97
33746--33803	20	2.7	20	84	10	71	27	22	18	31	1.97
36062--36116	28	2.0	28	100	0	110	56	3	10	29	1.51
37995--38028	15	2.3	15	90	5	52	47	5	0	47	1.26
38630--38660	16	1.9	16	93	0	53	29	12	6	51	1.65
44824--44948	31	4.0	31	92	2	198	20	18	23	37	1.94
48379--48418	20	2.0	20	85	4	55	35	32	15	17	1.91
48973--49087	59	2.0	58	82	5	142	40	10	20	27	1.85
49206--49330	31	4.0	31	94	2	207	20	19	23	37	1.94
49792--49834	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
58588--58620	11	2.9	12	86	13	52	42	0	0	57	0.98
58587--58620	12	2.9	11	91	8	50	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67494--67518	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
75261--75299	19	2.0	20	90	5	62	17	0	23	58	1.38
78662--78724	32	2.0	32	83	0	81	25	20	23	30	1.99
82372--82408	19	1.9	19	89	10	58	21	29	21	27	1.99
83417--83637	64	3.5	64	81	6	218	33	20	18	26	1.96
84561--84653	30	3.1	30	90	1	143	21	20	26	31	1.98
88069--88289	64	3.5	64	81	6	227	33	19	19	27	1.96
89215--89306	30	3.1	30	93	1	150	19	21	27	31	1.97
94297--94333	19	1.9	19	89	10	58	21	29	21	27	1.99
96352--96399	21	2.3	21	92	7	80	50	0	0	50	1.00
97775--97831	27	2.1	28	83	3	71	42	8	0	49	1.34
103861--103904	13	3.3	13	78	6	52	45	0	2	52	1.13
104259--104298	17	2.6	15	82	17	55	10	15	27	47	1.77
104424--104474	25	2.0	25	84	7	66	52	25	5	15	1.65
104774--104798	3	8.3	3	100	0	50	0	36	32	32	1.58
113105--113141	12	3.1	12	88	0	56	16	32	27	24	1.96
117108--117476	197	1.9	194	95	2	668	23	14	20	42	1.88
122101--122131	12	2.5	12	94	5	53	16	6	22	54	1.64
133292--133460	30	5.6	30	84	0	176	30	11	31	26	1.91
135153--135294	71	2.0	71	100	0	284	42	16	22	18	1.89
136781--137319	74	7.4	74	85	4	603	41	12	11	34	1.78
136781--137327	147	3.7	145	83	6	649	42	12	11	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136781--137319	221	2.5	221	83	3	660	41	12	11	34	1.78
137644--137781	72	1.9	73	83	4	181	42	12	12	32	1.80
137644--137805	73	2.2	72	82	5	184	43	12	11	31	1.79
137682--137918	128	1.9	127	86	4	343	43	10	11	33	1.76
137810--138394	74	7.9	74	85	3	725	41	13	11	33	1.81
137810--138388	149	3.9	148	87	4	771	41	13	11	33	1.81
139412--139473	24	2.6	24	86	0	88	12	11	22	53	1.71
140951--141011	16	3.8	16	95	0	113	6	11	24	57	1.57
141081--141111	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
143219--143263	21	2.2	20	88	4	63	37	4	0	57	1.19
151339--151388	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
152395--152424	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
152419--152460	20	2.1	20	86	0	57	30	0	35	33	1.58
152413--152461	24	2.0	26	88	8	75	32	0	32	34	1.58
168037--168162	47	2.7	47	86	3	175	27	11	20	40	1.86
174219--174246	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
177732--177803	18	4.5	15	76	21	51	73	0	18	8	1.07
177747--177864	8	13.9	8	69	24	55	72	0	21	6	1.08
177741--177795	18	3.1	18	82	17	71	72	0	18	9	1.10
179145--179254	37	3.0	37	86	1	159	40	18	20	21	1.92
179257--179740	55	8.9	55	83	6	519	28	16	25	29	1.97
181296--181324	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188170--188215	21	2.1	22	88	4	67	36	8	2	52	1.45
189655--189683	15	1.9	15	100	0	58	44	20	0	34	1.52
212019--212101	31	2.7	28	79	17	94	44	0	3	51	1.18
212019--212101	20	4.0	21	76	18	77	44	0	3	51	1.18
212057--212112	11	5.9	9	75	19	51	42	1	1	53	1.21
212826--212905	31	2.6	30	79	16	92	53	5	1	40	1.31
213772--213826	22	2.5	22	85	11	69	49	1	5	43	1.36
213793--213838	7	6.3	7	82	9	56	54	0	4	41	1.20
213793--213838	15	3.1	15	76	14	51	54	0	4	41	1.20
213793--213838	22	2.1	22	84	8	58	54	0	4	41	1.20
220282--220340	20	2.9	21	90	7	95	30	8	11	49	1.69
220376--220414	21	1.9	21	89	5	62	33	7	10	48	1.66
223559--223598	18	2.4	16	87	8	53	37	5	17	40	1.72
223559--223599	16	2.4	18	88	8	59	36	4	17	41	1.71
225288--225332	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
225759--225815	20	2.7	22	78	15	66	43	5	14	36	1.67
226345--226438	31	3.0	31	92	3	145	20	19	23	37	1.94
230152--230206	26	2.2	26	83	6	69	45	3	1	49	1.30
231761--231813	20	2.7	20	93	0	88	26	18	1	52	1.56
237294--237340	24	2.0	24	82	0	58	44	2	2	51	1.25
246384--246421	6	6.2	6	87	6	58	15	52	2	28	1.56
252944--252983	12	3.5	11	93	3	53	30	12	0	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252949--252987	12	3.2	12	100	0	78	35	15	0	48	1.45
256919--257004	42	2.0	43	97	2	165	18	24	30	26	1.98
257076--257107	15	2.1	15	94	0	55	53	3	12	31	1.54
257779--258174	203	2.0	200	92	6	672	34	7	11	46	1.67
265462--265773	162	1.9	162	91	2	511	33	18	12	34	1.89
265922--265962	16	2.3	18	84	12	50	39	0	9	51	1.35
266830--266862	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
270497--270526	6	5.0	6	95	0	51	33	20	46	0	1.51
271495--271549	20	2.6	21	77	8	58	52	10	18	18	1.73
271973--272011	17	2.3	17	86	0	51	69	5	0	25	1.09
272516--272683	37	4.7	37	69	14	113	43	7	10	38	1.67
286856--287736	179	4.9	179	93	0	1491	35	16	12	35	1.87
286856--287738	357	2.5	358	94	1	1504	35	16	12	35	1.87
288218--288292	31	2.4	32	91	6	118	37	10	1	50	1.46
302481--302559	39	2.0	39	92	4	133	37	11	17	32	1.86
315622--315658	16	2.3	16	100	0	74	43	0	5	51	1.24
319805--319838	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
321623--321657	18	1.9	18	88	11	54	54	25	0	20	1.45
321919--321986	34	2.0	34	94	0	118	61	0	0	38	0.96
324770--324809	21	1.9	21	89	0	62	27	10	2	60	1.42
329985--330046	30	2.1	30	90	0	97	17	20	25	35	1.95
330507--330666	85	1.9	85	94	0	284	38	20	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333696--333824	30	4.4	30	92	5	203	21	20	25	32	1.97
336608--336659	26	2.0	26	100	0	104	23	19	11	46	1.82

Tables:   1

The End!