genome.fa.s972.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000972.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001941_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104210

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204--2254	2	27.5	2	77	15	56	49	3	0	47	1.20
4138--4974	145	6.0	144	78	8	730	38	15	10	35	1.81
4303--4974	285	2.4	274	79	7	627	39	15	9	35	1.80
5098--5549	231	2.0	229	82	5	563	38	16	12	33	1.86
6170--6339	83	2.0	84	93	2	288	37	8	15	37	1.79
6855--7079	98	2.3	99	82	2	265	34	12	10	42	1.77
7502--7544	18	2.4	17	81	11	50	23	30	4	41	1.74
12360--12411	20	2.6	19	77	16	61	36	7	9	46	1.66
12473--12765	103	2.9	103	82	6	337	39	11	11	36	1.78
14786--14833	18	2.7	18	100	0	96	39	8	29	22	1.83
16345--16412	20	3.4	20	93	0	118	26	14	14	44	1.84
16342--16454	40	2.8	42	81	5	126	28	17	14	39	1.89
17251--17444	100	1.9	100	85	0	262	40	11	12	35	1.80
17697--17744	25	1.9	25	95	0	87	52	31	2	14	1.54
18654--19014	100	3.6	99	89	3	501	39	13	13	33	1.83
18955--19113	76	2.1	76	83	0	192	40	11	14	32	1.82
19677--19731	13	4.5	13	73	19	55	74	0	9	16	1.06
20718--20748	12	2.6	12	94	0	53	32	3	3	61	1.28
22553--22914	108	3.4	107	82	4	392	36	14	11	38	1.82
23262--23317	3	18.7	3	96	0	103	66	0	1	32	1.03
24659--24698	19	2.1	19	100	0	80	30	10	10	50	1.69
31182--31261	18	4.4	18	75	17	85	17	48	20	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31182--31230	23	2.1	23	92	0	80	18	51	20	10	1.75
31203--31263	31	2.0	31	90	0	95	18	45	18	18	1.85
31184--31243	13	4.8	13	82	12	72	18	48	20	13	1.81
32592--32627	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
33717--33846	48	2.8	48	80	6	149	22	15	19	43	1.88
33731--33846	24	4.9	25	81	15	147	23	16	19	40	1.91
36050--36110	31	2.0	31	90	0	95	18	45	18	18	1.85
36050--36108	18	3.6	18	73	21	65	18	47	18	15	1.83
36035--36131	13	7.2	13	69	20	58	15	45	22	16	1.85
36103--36137	15	2.2	16	90	5	54	11	37	28	22	1.89
36103--36137	8	4.5	8	85	7	54	11	37	28	22	1.89
37448--37483	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
38577--38708	48	2.8	48	79	6	151	21	15	18	43	1.87
38591--38708	24	4.9	25	83	11	156	22	16	19	41	1.90
40023--40051	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
40244--40505	40	6.1	43	71	11	126	23	18	30	27	1.98
40840--40883	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
40872--40946	31	2.4	30	82	8	80	38	13	16	32	1.87
41026--41090	28	2.3	29	87	10	91	44	13	12	29	1.81
41040--41097	28	2.0	29	86	3	82	48	15	12	24	1.79
41759--41804	4	12.2	4	82	13	62	26	0	21	52	1.47
41761--41796	18	2.1	17	94	5	63	25	0	22	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49381--49422	3	15.0	3	90	9	63	71	0	0	28	0.86
49373--49419	22	2.2	21	92	3	76	72	0	2	25	0.96
52084--52136	16	3.2	17	76	12	58	60	1	0	37	1.08
52582--52615	10	3.4	10	91	0	59	0	20	17	61	1.34
52905--53040	41	3.3	42	87	4	195	33	18	15	32	1.92
56764--56968	95	2.2	95	84	3	263	34	16	23	25	1.95
57331--57819	59	8.3	59	90	0	773	33	11	21	34	1.89
57331--57819	176	2.8	177	92	0	800	33	11	21	34	1.89
58093--58397	59	5.2	59	88	0	448	34	11	19	34	1.88
57515--58652	578	2.0	578	97	0	2159	37	10	19	31	1.87
58656--59003	81	4.3	81	94	0	570	36	12	22	28	1.91
59017--59393	59	6.4	59	89	0	565	33	10	20	35	1.87
59652--60028	81	4.7	81	91	0	583	37	12	21	28	1.90
59652--60094	81	5.5	81	87	2	577	37	12	21	29	1.90
61952--62024	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
63862--64044	95	1.9	94	85	3	251	34	15	25	25	1.95
63863--64086	95	2.4	95	81	5	231	35	13	25	25	1.93
64412--64839	59	7.3	59	90	0	646	31	11	21	35	1.90
65029--65166	68	2.0	68	88	0	204	31	13	24	29	1.94
65098--65504	81	5.0	81	89	1	627	38	11	21	28	1.88
68236--68278	2	22.5	2	81	9	54	48	4	0	46	1.22
68545--68590	24	1.9	24	86	8	67	36	13	0	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68723--68910	22	8.7	21	74	16	104	53	2	7	36	1.42
68719--68910	44	4.5	42	75	16	137	53	2	8	36	1.43
68758--68903	36	3.9	37	77	18	101	53	2	8	36	1.43
68725--68910	28	6.4	28	70	23	113	53	2	8	36	1.43
68767--68911	14	10.2	13	70	25	59	54	2	7	35	1.41
69508--69697	39	4.9	39	85	1	220	30	24	27	17	1.97
70440--70469	15	1.9	16	93	6	53	36	6	10	46	1.64
71103--71146	15	2.8	16	75	10	54	38	13	20	27	1.90
71721--72112	182	2.2	182	92	1	660	40	14	17	28	1.88
74577--74643	33	2.0	33	88	5	100	32	0	41	25	1.56
74825--74863	18	2.2	18	100	0	78	56	0	38	5	1.22
76418--76466	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
76778--76816	15	2.6	15	91	0	60	38	23	12	25	1.90
76836--78000	199	5.8	200	87	2	1586	37	14	16	32	1.88
76836--78000	402	2.9	400	91	1	1776	37	14	16	32	1.88
80731--80767	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
80723--80775	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
81003--81764	200	3.8	198	83	5	928	39	13	15	31	1.87
85438--85961	200	2.6	198	84	6	664	39	12	14	33	1.84
85962--86172	86	2.5	86	96	0	377	33	14	9	42	1.79
86045--86089	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
86131--86193	23	2.7	23	95	0	117	36	22	7	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86545--86944	198	2.0	196	83	7	515	39	13	14	33	1.84
86948--87148	86	2.3	86	87	1	305	34	12	8	44	1.72
87100--87180	23	3.5	23	87	0	117	34	17	7	40	1.77
94322--94353	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94527--94578	21	2.5	21	84	9	63	51	0	9	38	1.35
94664--94976	14	22.4	14	70	21	87	53	3	6	37	1.42
94769--94915	8	20.1	8	69	22	76	55	4	6	33	1.45
94837--94976	2	73.0	2	73	18	120	53	1	3	41	1.27
95013--95152	40	3.5	39	74	11	95	35	10	2	52	1.47
95082--95118	19	2.0	19	89	5	58	29	5	5	59	1.42
95135--95189	21	2.6	21	80	16	60	36	5	3	54	1.41
95265--95345	2	40.0	2	85	7	110	44	2	1	51	1.22
95258--95345	24	3.8	23	88	5	142	43	3	1	52	1.25
95368--95460	20	4.7	20	71	12	75	46	3	4	46	1.38
95431--95483	17	2.9	17	83	8	52	50	3	1	43	1.30
95606--95672	2	33.0	2	77	14	57	44	2	4	47	1.38
95590--95672	20	4.0	21	77	11	73	42	3	6	48	1.45
95767--96234	6	69.0	6	69	18	96	37	5	2	55	1.34
95697--96106	22	18.4	22	73	17	200	36	5	2	55	1.36
95865--96923	2	538.0	2	63	23	177	41	5	3	49	1.41
95772--95910	7	19.9	7	71	22	57	32	7	2	57	1.41
96239--96296	21	2.7	21	83	5	80	34	10	1	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96515--96736	81	2.7	81	77	12	199	45	4	4	45	1.45
96628--96923	7	42.1	7	67	20	79	47	4	3	44	1.39
96596--96713	11	11.4	11	69	17	56	45	2	5	46	1.38
96603--96920	72	4.5	70	70	18	232	46	4	3	44	1.42
96613--96794	11	17.5	10	66	18	54	45	4	3	46	1.41
96614--96869	137	1.9	137	92	1	433	45	5	3	45	1.45
99437--99775	132	2.6	131	84	5	443	39	17	12	31	1.86
101725--101773	3	16.3	3	95	0	89	65	0	2	32	1.04
101959--102410	136	3.4	134	83	3	581	30	15	23	30	1.95
103578--103625	9	5.4	9	80	11	55	12	14	0	72	1.11

Tables:   1   2