genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01000001.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130271, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  277740

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7732--7923	96	2.0	96	81	4	226	35	13	21	30	1.91
8215--8483	59	4.6	59	89	0	405	33	3	29	33	1.74
8215--8480	29	9.0	30	76	5	274	33	3	28	34	1.73
8550--8630	28	2.8	28	79	3	90	39	1	22	37	1.62
10148--10213	17	3.9	16	76	5	60	56	6	0	37	1.24
14641--14687	22	2.2	22	84	3	60	40	2	6	51	1.39
15416--15441	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
17653--17726	32	2.2	32	83	9	85	54	0	2	43	1.14
18238--18276	17	2.3	17	86	0	51	79	5	5	10	1.04
28917--29006	22	3.9	22	78	9	72	45	17	24	12	1.83
28917--29089	23	7.7	23	68	18	87	43	21	23	11	1.85
29029--29096	23	3.0	23	82	4	66	41	23	22	13	1.89
37753--37792	21	1.9	21	94	0	71	2	25	10	62	1.39
46520--46578	24	2.5	24	85	0	82	32	22	22	23	1.98
52775--52808	16	2.1	17	94	5	61	41	26	2	29	1.70
52977--53166	58	3.2	58	77	7	159	24	15	12	47	1.79
53363--53469	57	1.9	56	83	5	137	51	11	13	24	1.73
53404--53456	26	2.1	25	82	3	61	56	9	11	22	1.63
62181--62237	15	3.5	15	73	17	60	50	0	0	49	1.00
64286--64329	22	2.0	22	82	8	54	68	0	0	31	0.90
64292--64337	22	2.1	22	84	15	60	63	0	2	34	1.07
65427--65479	27	2.0	27	85	7	72	37	9	0	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68641--68737	51	1.9	50	83	6	124	34	2	10	53	1.46
72889--72952	27	2.4	25	78	14	65	46	0	1	51	1.10
72890--72983	31	3.2	28	74	12	73	46	0	2	51	1.13
72915--72983	31	2.2	31	82	7	86	47	0	2	49	1.16
74012--74044	11	3.3	10	88	12	50	69	0	0	30	0.88
74372--74404	18	1.9	17	88	11	50	54	12	9	24	1.66
85744--85855	55	2.0	55	84	0	143	27	19	25	26	1.99
85746--85862	18	6.4	18	80	2	135	26	19	26	27	1.99
87346--87379	17	1.9	18	88	5	52	38	2	11	47	1.55
96482--96626	78	1.9	78	89	2	229	31	14	8	44	1.76
97229--97292	23	2.9	22	77	11	53	64	4	1	29	1.23
98111--98173	24	2.6	24	84	0	90	25	12	11	50	1.73
106405--106438	18	1.9	18	88	5	52	41	14	0	44	1.45
111190--111231	15	2.9	15	79	10	52	19	2	0	78	0.86
111190--111232	21	2.0	21	86	0	59	18	2	0	79	0.85
115299--115375	31	2.5	31	97	2	147	42	9	16	31	1.80
119022--119056	17	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99
121007--121190	97	1.9	96	79	3	208	38	16	20	25	1.93
121733--121771	17	2.4	16	83	8	53	30	0	7	61	1.24
125167--125239	24	3.0	24	85	0	101	35	23	28	12	1.91
127448--127513	21	3.2	21	61	26	50	40	19	13	25	1.89
127448--127530	41	2.0	41	100	0	166	44	19	14	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132022--132067	21	2.1	21	81	18	51	34	6	2	56	1.37
136621--136720	39	2.5	40	87	7	150	32	20	17	31	1.95
141561--141698	39	3.5	39	93	2	240	31	21	16	30	1.95
141628--141691	21	3.1	21	63	24	55	29	20	12	37	1.89
141843--141958	31	3.7	31	86	4	171	39	14	12	32	1.84
141848--141898	17	3.2	17	69	25	56	39	11	13	35	1.82
141821--141981	62	2.6	62	89	1	243	39	16	13	31	1.86
141821--141982	31	5.3	31	80	10	154	39	16	12	30	1.87
142338--142365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
146861--146906	12	3.9	12	76	23	53	56	2	0	41	1.11
150363--150671	159	2.0	156	83	8	394	36	11	13	37	1.82
155999--156044	21	2.2	22	80	11	60	63	2	0	34	1.07
155996--156044	20	2.4	21	86	3	64	61	2	0	36	1.08
156374--156414	19	2.1	19	86	4	55	29	7	4	58	1.46
158600--158656	30	1.9	30	82	7	71	56	1	10	31	1.44
169217--169341	12	10.8	12	71	12	93	69	20	3	6	1.25
169199--169266	20	3.3	20	79	18	77	67	23	2	5	1.26
169216--169320	55	1.9	54	86	1	147	69	20	3	6	1.27
169203--169304	43	2.3	43	83	5	116	68	20	2	7	1.28
169275--169362	23	3.8	24	80	5	101	71	19	3	5	1.20
169250--169367	47	2.6	47	82	7	129	70	20	2	6	1.22
176011--176055	23	2.0	22	82	4	54	31	6	2	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180898--181205	154	2.0	154	99	0	607	45	15	11	26	1.81
181448--181477	3	10.0	3	100	0	60	0	0	66	33	0.92
188975--189017	14	3.0	14	81	18	61	67	4	0	27	1.10
195829--195888	18	3.3	18	92	2	102	40	20	21	18	1.92
196454--196483	10	3.0	10	95	0	51	66	0	33	0	0.92
198316--198382	16	4.2	16	66	21	50	46	0	2	50	1.16
199837--199873	17	2.2	17	90	4	58	56	0	2	40	1.13
199844--199922	19	4.3	20	74	17	57	64	1	2	31	1.15
201521--201546	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
208521--208620	23	4.3	22	77	14	85	12	24	21	43	1.86
208541--208620	21	3.4	23	81	11	92	12	21	22	43	1.86
208564--208668	21	4.7	21	79	15	79	12	22	21	42	1.86
211064--211134	12	5.8	12	77	19	51	49	1	2	46	1.25
211065--211197	17	8.3	16	65	19	64	51	3	1	44	1.26
211063--211126	33	2.0	32	84	3	83	50	1	3	45	1.27
211808--211847	21	2.0	20	90	5	62	65	0	0	35	0.93
217237--217261	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
223343--223406	32	2.0	32	100	0	128	28	28	3	40	1.71
230416--230495	29	2.6	30	75	16	85	33	13	8	43	1.75
247384--247572	98	1.9	97	84	5	247	38	14	17	28	1.90
247892--248011	30	4.1	29	72	13	111	37	6	23	32	1.81
247846--247996	57	2.6	57	80	3	169	37	7	24	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247846--248005	59	2.8	56	79	5	176	36	6	23	32	1.82
248054--248097	13	3.2	13	79	17	52	13	6	2	77	1.07
248888--248926	20	2.0	20	84	0	51	43	23	2	30	1.67
251988--252094	53	2.0	53	96	0	196	32	31	11	24	1.90
263763--263869	52	2.2	46	74	19	115	34	13	2	49	1.56
268624--268666	19	2.2	20	83	4	52	65	4	2	27	1.25
268629--268673	19	2.2	22	80	15	60	64	4	2	28	1.25
268639--268694	18	2.9	19	86	5	69	53	1	1	42	1.21
272484--272575	45	2.0	45	100	0	184	41	8	25	25	1.83
273059--273144	31	2.9	29	76	8	82	41	13	11	32	1.81
273100--273169	29	2.3	30	83	9	81	41	14	7	37	1.73
276073--276154	40	2.0	44	81	13	102	39	2	1	57	1.20
277357--277381	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53

Tables:   1

The End!