Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010002.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124761, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2455
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.16, T:0.39
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:946 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 569--2455 Score: 2042
Period size: 216 Copynumber: 8.8 Consensus size: 216
559 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
569 CGAACTTGCCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATAC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
** * * ** * * * *
634 AATAATTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGCCACATCGTTTCGTCT-AATAGGT
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATA-GT
* * *
698 TTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTTG-CCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTGACAATTGTTTCT
130 TTGTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
**
762 CTCTTGGTTGGTGGACGAACTTC
194 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * ** * *
785 CGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAACCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * ** * * *
850 ATTTCTTCGAGTAATTTACCGAACATTCCATGCGAGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* * * * *
915 TTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGTGAATTGTGTCTCT
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* *
980 CTT-GCTCTTGGACGAACTTT
196 CTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* **
1000 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * **
1065 AATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAA-AGGT
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATA-GT
* *
1129 TTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
130 TTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
1194 -CGTTGGTTCTTGGACGAACTTC
195 TC-TTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * * * * * *
1216 CGAACTTTTAAAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAGA-TCAGGCTCCTTAAAGTGTTCAAGATGAT
1 CGAACTTGT-CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAT
* ** * * * *
1280 CCATTCCTTTAAGTAATTTTTCGAACATT-CATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGATCTTAATAG
64 CCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * * *
1344 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTAAATTAAATACTTATTATA--TGAGAATTGTGTC
129 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATT-TACGTGAGAATTGTTTC
*
1407 TCTCTTGGTTATT-G--G-A----
193 TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * * * ** *
1423 CGAACTTGTCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAGATTTGGTTCCTTAACGTATTCATCACAATCC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* ** * *
1488 AATCCTTCGAGTAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGTTCTAAAAAGTT
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
*
1553 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC-
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
*
1617 CGTTGGTTCTTGGACGAACCTC
196 C-TTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * * * * * *
1639 CGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTATA-TCGAATACCTTAAAGTGTTCAAGATGATC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCG-GTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATC
* * * * * * *
1703 CATTCCTTCGTGTAATTTTTCGAACATTCCATGGGAGGGAAATCGTATCATTTGATCTAAATAGT
65 CAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAGT
* * * *
1768 TTCTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTGTCTC
130 TTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
1832 TCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
195 TCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
** * * * * *
1854 CGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGATTTGGTTCCTTAACGTATTCATGACAATCC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
** *
1919 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTT
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* *
1984 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTATCTCT
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
** * * *
2049 CTTGGTTGATGGATGAGCTTA
196 CTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * * * * *
2070 CGAAATTATGAAACTTTTACGAGTTGTTTTTTAAA-TCTGGTTCCTGAAAGTGTTCAAGACGATC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATC
* * * * * *
2134 CATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCATGCGATGAAAATCGCATCATTTGGTTTAAATAG
65 CAATCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * * * *
2198 TTTTTCATTTTATGAACATGTTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGTTTC
129 TTTGTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
* * * *
2263 TCTCTTGGTACTTGGATGAAATTT
193 TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* ** * ** *
2287 CGAACATGTTGAACTTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCC
1 CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * * *
2352 AATCCTTTGTGCAATTTTTCGAACATTACATGCTG-GGGAAGTAGCATCATTTGGTCTAAA-AGG
66 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATA-G
2415 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTTG-CCTTTGAATTAAAAA
129 TTTGTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGACCTTTGAATTAAAAA
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 257, Indels: 68
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
206 66 0.05
207 80 0.06
208 22 0.02
209 1 0.00
211 2 0.00
212 2 0.00
214 3 0.00
215 395 0.29
216 555 0.40
217 246 0.18
218 8 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
CGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
CTTGGTTCTTGGACGAACTTC
Found at i:1372 original size:431 final size:430
Alignment explanation
Indices: 569--2455 Score: 2634
Period size: 431 Copynumber: 4.4 Consensus size: 430
559 NNNNNNNNNN
* * * *
569 CGAACTTGCCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATAC
1 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
** * * * * * *
634 AATAATTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGCCACATCGTTTCGTCTAATAGGTT
66 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
* * * *
699 TGTCATTTTGTAAACAGGTTTTTGCCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTGACAATTGTTTCTCT
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
** * *
764 CTTGGTTGGTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAACCCA-GTTC
196 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAA-TCAGGTTC
* ** *
828 CTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTTCTTCGAGTAATTTACCGAACATTCCATGCGAGAGAAATC
260 CTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATC
*
893 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA
325 GCATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA
* *
958 TTTAAGTGTGAATTGTGTCTCTCTTGCTCTTGGACGAACTTT
390 -TTAAGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTCTTGGACGAACTTT
*
1000 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
1 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
*
1065 AATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
66 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
*
1130 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC-
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * *
1194 CGTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTTAAAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAGATCAGGCT
196 C-TTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTT-CAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCAGGTT
* **
1259 CCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTTAAGTAATTTTTCGAACATT-CATGCGAGGGAAAT
259 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
* * * *
1323 CGTATCATTTGATCTTAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTAAATTAAATACTT
324 CGCATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
*
1388 ATTATA-TGAGAATTGTGTCTCTCTTGGT-TATTG--G-A----
389 ATTA-AGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTCT-TGGACGAACTTT
* * * ** *
1423 CGAACTTGTCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAGATTTGGTTCCTTAACGTATTCATCACAATCC
1 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * * *
1488 AATCCTTCGAGTAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGTTCTAAAAAGTT
66 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
1553 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC-
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * *
1617 CGTTGGTTCTTGGACGAACCTCCGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTATATC-GAATA
196 C-TTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCAG-GTT
* * *
1681 CCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTCGTGTAATTTTTCGAACATTCCATGGGAGGGAAAT
259 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
* *
1746 CGTATCATTTGATCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
324 CGCATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
*
1811 ATTAAGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
389 ATTAAGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGG-TCTTGGACGAACTTT
* * * * *
1854 CGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGATTTGGTTCCTTAACGTATTCATGACAATCC
1 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* *
1919 AATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTT
66 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
*
1984 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTATCTCT
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
** * * * * * * * * *
2049 CTTGGTTGATGGATGAGCTTACGAAATTATGAAACTTTTACGAGTTGTTTTTTAAATCTGGTTCC
196 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCAGGTTCC
* * *
2114 TGAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCATGCGATGAAAATC
261 TTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCGAGGGAAATC
* * * * *
2178 GCATCATTTGGTTTAAATAGTTTTTCATTTTATGAACATGTTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
325 GCATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
* * * *
2243 ATTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTACTTGGATGAAATTT
389 A-TTAAGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGT-CTTGGACGAACTTT
* * * * *
2287 CGAACATGTTGAACTTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCC
1 CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * * *
2352 AATCCTTTGTGCAATTTTTCGAACATTACATGCTGGGGAAGTAGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
66 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
*
2417 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTTGCCTTTGAATTAAAAA
131 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAA
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 120, Indels: 44
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
421 1 0.00
422 74 0.06
423 312 0.24
424 3 0.00
425 1 0.00
426 1 0.00
427 2 0.00
428 1 0.00
429 1 0.00
430 31 0.02
431 599 0.46
432 98 0.07
433 189 0.14
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (430 bp):
CGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGGTT
TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTTTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCAGGTTCC
TTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCG
CATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
TAAGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTCTTGGACGAACTTT
Done.