genome.fa.s10119.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010119.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124908, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  140055

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632--1112	29	16.4	29	74	14	364	33	29	4	33	1.78
632--1112	59	8.2	60	79	8	426	33	29	4	33	1.78
3815--3847	16	2.1	16	88	11	50	63	3	0	33	1.10
4201--4297	35	3.2	29	78	17	106	55	3	1	40	1.22
4216--4286	35	2.1	35	92	7	119	47	2	1	47	1.25
4420--4447	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
7451--7576	14	8.7	15	74	10	84	25	0	23	51	1.48
7457--7552	29	3.4	28	77	8	97	27	0	20	52	1.47
7457--7576	43	2.8	42	81	6	125	25	0	23	50	1.49
7588--7642	15	3.7	15	80	4	67	23	0	27	49	1.51
7594--7654	29	2.1	29	87	0	86	22	0	27	49	1.50
7883--7926	21	2.1	21	86	0	61	25	15	31	27	1.96
8029--8064	6	6.0	6	93	0	63	0	47	0	52	1.00
10415--10478	29	2.1	32	85	11	89	68	9	0	21	1.17
10687--10729	4	11.0	4	87	9	54	0	30	0	69	0.88
12705--12936	78	3.0	78	88	1	324	30	26	14	29	1.95
13597--13899	158	1.9	158	87	1	446	30	22	23	23	1.99
15538--15584	18	2.7	18	86	3	60	36	2	2	59	1.21
15555--15605	24	2.1	25	82	10	70	43	3	0	52	1.19
15540--15625	41	2.1	41	84	0	109	37	3	2	56	1.29
15575--15640	17	3.7	18	80	15	68	39	3	4	53	1.37
15552--15671	6	20.3	6	67	13	61	42	4	2	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15575--15649	35	2.2	34	83	7	89	41	2	4	52	1.34
15554--15649	17	5.6	16	73	9	66	41	3	3	52	1.33
16383--16476	49	2.0	47	87	8	136	53	3	4	39	1.37
17404--17555	29	5.3	29	72	15	127	37	25	2	34	1.70
17365--17570	29	7.1	28	74	11	121	35	26	2	35	1.70
17364--17559	57	3.4	57	84	9	229	37	25	2	34	1.70
17424--17570	28	5.1	28	73	17	106	36	26	2	34	1.68
17548--17691	62	2.4	61	77	9	143	26	20	10	42	1.84
24484--24719	100	2.4	100	86	3	332	36	19	26	18	1.94
24786--25008	100	2.2	98	79	10	222	39	16	25	17	1.91
25101--25302	101	2.0	101	89	1	307	36	16	17	29	1.92
25364--25573	39	5.4	39	68	10	133	27	30	18	24	1.98
25373--25577	78	2.6	78	86	3	270	25	29	19	25	1.98
25661--27088	206	6.9	206	90	0	2068	35	19	21	23	1.95
27461--27578	6	20.0	6	69	13	75	43	4	2	50	1.35
27426--27552	17	7.4	17	75	9	82	37	3	4	54	1.37
27443--27528	41	2.1	41	84	0	109	36	4	3	55	1.37
28275--28381	46	2.3	45	84	12	130	53	2	5	38	1.39
29483--29677	29	6.7	29	73	15	136	35	24	3	36	1.73
29583--29689	29	3.7	29	75	15	103	35	26	1	36	1.67
29790--29851	29	2.1	29	85	5	81	35	27	9	27	1.88
29897--29940	23	1.9	23	86	9	63	25	2	4	68	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35467--35612	73	2.0	73	100	0	292	53	9	8	28	1.62
36698--36746	16	3.2	16	73	26	61	32	0	8	59	1.27
43904--44078	93	1.9	93	93	0	305	34	29	8	27	1.87
45794--46005	30	7.1	30	78	11	186	34	7	19	38	1.79
45734--46005	119	2.3	118	79	10	263	35	6	19	37	1.79
48689--48725	19	1.9	19	88	0	56	62	8	2	27	1.37
49328--49413	27	3.0	28	78	11	86	47	33	0	18	1.49
49894--49935	18	2.4	18	80	4	50	21	0	7	71	1.09
52360--52424	33	2.0	33	84	0	85	23	32	0	44	1.53
52363--52438	11	6.9	11	73	5	64	22	34	1	42	1.62
54756--54810	28	2.0	28	82	7	67	40	5	5	49	1.49
57776--57866	45	2.0	45	100	0	182	26	2	26	45	1.65
59303--59373	22	3.2	21	76	9	61	15	5	9	69	1.35
64071--64118	24	2.0	24	87	0	69	39	0	2	58	1.10
64305--64356	23	2.3	23	83	9	63	42	3	5	48	1.45
67128--67323	43	4.5	43	76	7	187	29	24	18	22	1.96
67295--67393	35	2.8	35	93	0	171	40	23	11	25	1.87
67396--67497	43	2.4	43	89	0	150	29	26	17	26	1.98
68960--69007	18	2.6	18	90	3	69	41	0	25	33	1.55
69119--69166	18	2.6	18	90	3	69	41	0	25	33	1.55
68879--69167	159	1.8	159	91	1	436	31	4	35	27	1.78
69324--69434	43	2.6	43	81	1	125	24	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69360--69455	43	2.3	43	89	3	142	23	22	11	41	1.87
69928--69990	24	2.6	24	87	0	90	25	14	11	49	1.76
70572--70634	24	2.6	24	79	0	72	28	9	7	53	1.61
72270--72411	41	3.4	41	81	7	162	20	21	19	39	1.93
72291--72410	41	2.9	41	88	0	168	22	20	19	37	1.94
72522--72626	40	2.6	40	84	3	122	21	16	19	42	1.88
82390--82439	15	3.5	15	71	15	52	38	34	18	10	1.84
82391--82515	27	4.6	27	86	5	182	37	30	20	12	1.88
82582--82619	3	12.7	3	100	0	76	34	65	0	0	0.93
85049--85077	6	4.8	6	100	0	58	68	0	31	0	0.89
87239--87556	164	1.9	164	99	0	627	47	14	11	26	1.78
92316--92659	30	11.4	30	75	13	244	32	4	26	36	1.76
92369--92447	37	2.1	39	88	7	117	26	2	29	41	1.69
92342--92475	67	2.0	68	88	1	198	29	3	28	38	1.74
92409--92663	59	4.3	60	79	9	240	33	4	27	35	1.76
93734--93825	3	29.7	3	79	6	67	42	2	1	54	1.19
93735--93823	13	6.9	12	71	13	61	43	2	1	52	1.20
93746--93808	29	2.2	28	81	15	85	42	3	1	52	1.27
94505--94564	17	3.5	17	83	0	84	48	3	0	48	1.18
98128--98161	17	1.9	18	88	5	52	52	2	2	41	1.31
99964--99990	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
104909--104948	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115710--115763	23	2.3	23	77	0	63	55	0	1	42	1.10
116708--116780	30	2.5	29	80	8	85	49	0	2	47	1.15
117438--117483	18	2.6	18	78	0	56	17	4	2	76	1.06
124404--124428	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
135353--135395	21	2.0	21	86	0	59	60	11	4	23	1.50
135319--135489	51	3.2	52	79	10	184	48	17	6	27	1.71
139122--139245	10	12.8	10	67	18	57	58	4	1	35	1.26
139122--139245	19	6.4	18	68	22	74	58	4	1	35	1.26
139124--139197	30	2.5	31	80	12	84	59	4	1	35	1.25
139162--139217	21	2.8	21	75	21	57	55	5	3	35	1.40
139121--139236	29	4.0	28	74	18	78	58	4	1	35	1.28
139122--139245	9	12.9	9	66	18	56	58	4	1	35	1.26
139764--139823	20	3.2	19	70	25	56	35	1	3	60	1.23
139869--139908	19	2.0	20	85	4	55	27	0	10	62	1.27

Tables:   1

The End!