genome.fa.s10125.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010125.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124918, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  194074

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 92 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3591--3658	23	3.0	22	79	14	75	48	1	2	47	1.26
3601--3665	11	5.8	11	80	10	78	55	1	1	41	1.18
3591--3647	17	3.3	17	80	11	71	47	0	3	49	1.18
3591--3659	17	4.0	17	80	12	70	49	1	2	46	1.25
3605--3665	23	2.8	22	82	9	72	54	1	1	42	1.20
4794--4886	34	2.7	34	86	3	134	44	1	35	19	1.58
4796--4885	17	5.3	17	67	19	71	42	1	36	20	1.59
8203--8244	22	1.9	22	95	0	75	16	26	11	45	1.82
11185--11226	14	3.0	14	76	10	50	66	4	9	19	1.38
11337--11676	30	11.5	29	75	10	174	37	3	21	36	1.72
11337--11526	58	3.2	60	78	5	156	36	4	21	37	1.73
11366--11532	29	5.7	29	83	5	158	37	4	21	36	1.75
11401--11553	29	5.2	29	86	0	153	35	4	23	36	1.76
11391--11617	58	3.9	58	76	10	171	37	4	23	34	1.76
11528--11674	61	2.4	60	87	1	204	38	3	21	36	1.71
13136--13220	17	5.1	17	77	7	84	55	4	2	37	1.34
14323--14559	117	2.1	114	95	2	420	31	25	18	24	1.98
19287--19372	17	5.1	17	84	0	100	40	2	4	52	1.35
19310--19390	34	2.3	35	85	2	110	46	2	1	49	1.23
19941--19974	9	3.7	9	88	4	50	38	8	0	52	1.33
26294--26343	8	6.4	8	77	13	59	72	2	22	4	1.12
26303--26351	8	6.4	8	80	17	50	69	2	22	6	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26306--26351	15	3.1	14	84	9	56	69	2	21	6	1.22
27774--27917	39	3.6	39	79	8	130	24	33	19	22	1.97
27890--28063	43	4.0	43	80	5	208	25	31	17	25	1.97
27894--28063	86	2.0	86	89	2	261	25	31	17	25	1.97
28037--28168	39	3.4	39	72	12	135	23	28	22	25	1.99
28149--28216	24	2.8	24	88	0	100	19	30	32	17	1.95
28309--28803	208	2.4	208	85	2	663	37	16	21	24	1.93
28741--28814	37	2.0	37	89	5	114	32	18	22	25	1.97
28628--28963	160	2.1	160	92	0	555	36	17	22	22	1.95
28412--29173	369	2.1	368	85	2	1030	37	17	21	23	1.94
28780--29344	209	2.7	204	83	4	659	37	16	22	23	1.93
29729--29815	17	5.1	17	82	0	111	40	2	4	52	1.34
29729--29832	34	3.1	33	77	5	100	44	1	3	50	1.31
32675--32723	26	2.0	25	88	8	73	32	12	4	51	1.58
37473--37525	13	4.1	13	76	9	54	58	7	7	26	1.52
37475--37527	26	2.0	26	92	0	88	60	5	7	26	1.46
39283--39327	5	9.0	5	95	0	81	77	0	22	0	0.76
43239--43263	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
50485--51219	39	18.9	38	69	9	279	25	18	30	25	1.98
50485--51219	78	9.4	77	82	4	765	25	18	30	25	1.98
50485--51219	156	4.7	155	83	2	875	25	18	30	25	1.98
50485--51220	234	3.1	231	81	3	877	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51549--51824	48	5.7	47	70	11	162	19	31	14	34	1.92
51440--51728	98	3.0	97	81	5	273	18	29	15	35	1.92
51440--51782	97	3.5	98	79	5	277	19	29	15	35	1.92
51549--51920	50	7.6	49	72	3	219	19	30	15	35	1.92
51532--51859	147	2.2	147	82	1	379	19	30	15	34	1.93
51693--51920	99	2.3	99	83	0	269	20	29	14	35	1.92
52780--52905	67	1.9	67	93	0	216	19	26	12	40	1.88
57386--57883	247	2.0	249	92	0	829	26	18	18	36	1.94
60764--60828	29	2.2	30	83	5	78	38	3	20	38	1.68
60861--60932	29	2.5	29	86	0	90	36	2	20	40	1.67
60926--61092	30	5.6	29	83	6	192	40	2	20	36	1.66
60926--61095	90	1.9	89	87	6	254	39	2	22	35	1.67
68957--69016	28	2.1	29	81	9	79	58	0	11	30	1.34
68969--69021	14	3.8	14	75	9	54	58	0	16	24	1.38
68967--69036	28	2.5	28	85	0	86	58	0	17	24	1.38
79778--79844	27	2.5	28	73	7	66	37	8	11	41	1.73
83687--84321	317	2.0	317	95	0	1153	30	16	17	35	1.92
87206--87259	26	2.1	26	82	6	65	31	24	16	27	1.96
87249--87346	38	2.6	38	76	7	110	32	15	22	29	1.95
87366--87445	37	2.2	37	83	0	106	30	21	25	23	1.99
91985--92023	19	2.1	19	90	0	60	33	30	17	17	1.94
92210--92256	21	2.2	21	77	7	51	46	4	2	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92282--92314	17	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
95739--95782	22	2.0	22	90	0	70	50	31	4	13	1.62
98063--98113	21	2.4	21	80	0	57	35	19	17	27	1.94
102443--102679	52	4.5	52	87	1	314	27	14	26	32	1.94
110263--110339	21	3.5	22	77	16	79	22	7	29	40	1.82
116765--116789	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
124492--124568	21	3.5	21	72	19	68	22	7	29	40	1.82
128565--128591	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
128580--128679	48	2.1	49	88	5	150	45	4	2	49	1.32
132472--132511	19	2.0	19	85	9	53	32	0	5	62	1.17
132460--132589	31	4.3	31	69	14	101	26	8	11	53	1.66
132826--132906	31	2.5	31	80	9	92	43	12	14	29	1.82
132772--132965	91	2.1	91	83	6	243	47	13	14	24	1.80
132826--132965	33	4.5	32	70	17	100	47	12	14	25	1.80
134964--135028	11	5.8	12	77	15	61	64	0	29	6	1.17
134965--135028	33	1.9	33	84	6	85	65	0	28	6	1.16
141561--141585	13	1.9	13	100	0	50	36	24	24	16	1.94
142134--142204	11	6.5	11	72	18	58	67	0	26	5	1.12
142134--142204	22	3.2	21	80	7	72	67	0	26	5	1.12
142139--142202	33	1.9	33	84	6	85	67	0	26	6	1.14
144048--144108	20	3.3	18	76	13	61	49	4	1	44	1.33
174690--174723	7	5.0	7	92	3	52	17	0	8	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180853--180910	18	3.0	20	80	10	84	48	10	12	29	1.73
187056--187107	16	3.3	15	82	15	61	3	13	5	76	1.10
187063--187109	15	3.1	15	79	11	51	6	10	6	76	1.15
193379--193423	6	7.8	6	80	9	58	31	20	0	48	1.49

Tables:   1

The End!