Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010127.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124920, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 979
Length: 1632
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.26, T:0.29
Found at i:167 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 125--871 Score: 141
Period size: 30 Copynumber: 25.3 Consensus size: 30
115 GTATTGGTAG
*
125 TTTTGGAAGGTTCGAAATCAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
*
155 TTTTGGAA-GTTCGAGGAT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGA-GATCAAAAATGG-GAT
*
184 TTTCT-AAAGGTTCG-GATCAAAAATGGGAT
1 TTT-TGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* * *
213 TTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTC-GAGATCAAAAATGG-GAT
* * *
242 TTTTAGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
**** * *
272 TTTTGGAA-GTTCGAGGGGTAAAATGGTAAA
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGG-GAT
* * *
302 TTTTGGAAAGTTTTG-GGTCAAAAATGGGAT
1 TTTTGG-AAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* * **
332 TTTTAGAA-GTTCGAGGGT--AAAATGTTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGA-GATCAAAAATG-GGAT
* * * * *
361 TTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAACGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* *
391 TTTT-G-AGAGTTCAGAGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAG-GTTC-GAGATCAAAAATGG-GAT
* * *
420 TTTTGGTAAGCTT-AAGGTCAAAAATGGGAT
1 TTTTGG-AAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* **** **
450 TTTTGGAA-GTTCGGGGGGTAAAATGTTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATG-GGAT
* * * * *
480 TTTTGGAAAGTT-TAGTGTCAAAAATAGGAG
1 TTTTGGAAGGTTCGAG-ATCAAAAATGGGAT
* * *
510 TTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTC-GAGATCAAAAATGG-GAT
** * * * *
539 TTTTAAAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* * *
569 TTTTGGGA-GTTCGAGGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGA-GATCAAAAATGG-GAT
** * * *
598 TTTTGGTAA-GTTTAAGGTTAAAAATAGGAT
1 TTTTGG-AAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* ** **
628 TTTTGGAA-GTTCAGGGGGC-AAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTC-GAGATCAAAAATGGGAT
* * *
657 TTTTGGAAAGTT-TAGTGTCAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAG-ATCAAAAATGGGAT
* * * * *
687 TTTTGGAAGTTTAGGGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGG-GAT
* * * * *
716 TTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATGAGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* * *
746 TTTTGGGAGG-TCGGGAT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGG-GAT
** * *
774 TTTTGG-AGAGTTTAAGGTTAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAG-GTTCGAGATCAAAAATGGGAT
* * *
804 TTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTC-GAGATCAAAAATGG-GAT
* * * *
833 TTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGAT
1 TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
863 TTTTGGAAG
1 TTTTGGAAG
872 TTTGAGGGTA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 120, Indels: 128
0.68 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.02
28 78 0.15
29 182 0.34
30 183 0.34
31 77 0.14
32 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
TTTTGGAAGGTTCGAGATCAAAAATGGGAT
Found at i:283 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 125--904 Score: 889
Period size: 59 Copynumber: 13.2 Consensus size: 59
115 GTATTGGTAG
* ** * *
125 TTTTGGAAGGTTCGAAATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGATAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * *
184 TTTCT-AAAGGTTCG-GATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTT-TGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* *
242 TTTTAGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGGTAAAATGGTAAA
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGGTAAAATGGTAAT
* * * *
302 TTTTGGAAAGTTTTG-GGTCAAAAATGGGATTTTTAGAAGTTCGAGGGTAAAATGTTAAT
1 TTTTGG-AAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * * * * * *
361 TTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAACGGGATTTTT-GAGAGTTCAGAGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGA-AGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * *
420 TTTTGGTAA-GCTTAAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGTTAAT
1 TTTTGG-AAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGGTAAAATGGTAAT
* * *
480 TTTTGGAAAGTTT-AGTGTCAAAAATAGGAGTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAG-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
** * * * *
539 TTTTAAAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * * *
598 TTTTGGTAA-GTTTAAGGTTAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGGCAAAAT-GTAAT
1 TTTTGG-AAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGGTAAAATGGTAAT
* **
657 TTTTGGAAAGTTT-AGTGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAG-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * * * * * * *
716 TTTTAGAAGATTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTGGGAGGTC-GGGATAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* *
774 TTTTGG-AGAGTTTAAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAG-GTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
* * * *
833 TTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
*
892 TTTTGGAAAGTTT
1 TTTTGGAAGGTTT
905 AAGGACCTCC
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 83, Indels: 44
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 3 0.00
58 119 0.19
59 373 0.61
60 114 0.19
61 7 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
Found at i:470 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 142--895 Score: 1061
Period size: 178 Copynumber: 4.3 Consensus size: 176
132 AGGTTCGAAA
* * *
142 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGATAAAATGGTAATTTTCTA-AAGGTTC-GGATCAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTT-TAGAAGGTTCGGGGTTAAA
* * * *
205 AATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGGG
65 AATGGGATTTTTGGGAGTTC-GAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTAAGGTCAAAAATGGG
* * *
270 ATTTTTGGAAGTTCGAGGGGTAAAATGGTAAATTTTGGAAAGTTTTGGG
128 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
* *
319 TCAAAAATGGGATTTTTAGAAGTTCGAGGGTAAAATGTTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAA
* * *
384 ACGGGATTTTTGAGAGTTCAGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGTAAGCTTAAGGTCAAAAATGGGA
66 ATGGGATTTTTGGGAGTTC-GAGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTAAGGTCAAAAATGGGA
* *
449 TTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGTTAATTTTTGGAAAGTTTAGTG
129 TTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
* * * * *
497 TCAAAAATAGGAGTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTTGGGGTTAAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAA
* *
562 ATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTAAGTTTAAGGTTAAAAATAGGA
66 ATGGGATTTTTGGGAGTTCGA-GGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTAAGGTCAAAAATGGGA
* * *
627 TTTTTGGAAGTTCAGGGGGCAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTAGTG
129 TTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
* * *
674 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGAGGTTAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAA
* * *
738 AATGAGATTTTTGGGAGGTCG-GGATAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTTAAGGTTAAAAATGGG
65 AATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGG-TAAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTTAAGGTCAAAAATGGG
*
802 ATTTTTGGAAGTTC-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGG
128 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
*
850 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTT
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT
896 GGAAAGTTTA
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 48, Indels: 19
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
175 13 0.03
176 116 0.22
177 147 0.28
178 242 0.47
179 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (176 bp):
TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAA
ATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTAAGGTCAAAAATGGGATT
TTTGGAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
Done.