Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010159.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124964, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 787
Length: 1312
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.24, T:0.28
Found at i:275 original size:30 final size:27
Alignment explanation
Indices: 234--726 Score: 340
Period size: 29 Copynumber: 16.7 Consensus size: 27
224 CGGATGCACG
* *
234 GGGGCAAAATGGTAGTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGGTATTTTTGGAA-GTTC
* *
262 GGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
* *
291 AGGGGTAAAATGGTATTTTTTTTAGAAAGTTT
1 -GGGGTAAAATGGTA---TTTTT-GGAAGTTC
* *
323 AGGGTCAAAAATGG-AGTTTTTAGAAGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTA-TTTTTGGAAGTTC
*
352 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTC
*
382 GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
*
411 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTC
*
441 GGGGTCAAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT--AAAA-TGGTATTTTTGGAAGTTC
*
471 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTC
* ** * *
501 GAGGTCAAAATGGGGTTTTAGGAAGTTT
1 GGGGT-AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
* *
529 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTT
1 G-GGGTAAAATGGT-ATTTTT-GGAAGTTC
* *
559 GGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGG-T-AAAATGGTATTTTTGGAAG-TTC
* * *
589 AGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTT
1 GGGGTAAAATGGT-ATTTTT-GGAAGTTC
*
618 GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
*
647 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTC
*
677 GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
706 GAGGGTAAAATGGTAATTTTT
1 G-GGGTAAAATGGT-ATTTTT
727 AGAAAGTTTA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 49, Indels: 83
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
28 60 0.16
29 123 0.33
30 119 0.32
31 55 0.15
32 10 0.03
33 7 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GGGGTAAAATGGTATTTTTGGAAGTTC
Found at i:402 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 232--730 Score: 707
Period size: 59 Copynumber: 8.4 Consensus size: 59
222 TTCGGATGCA
* * * *
232 CGGGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * ** *
290 CAGGGGTAAAATGGTATTTTTTTTAGAAAGTTTAGGGTCAAAAAT-GGAGTTTTTAGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTA--ATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTT
351 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
410 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATTGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAA-TGGGATTTTTGGAAGTT
* * * *
470 CAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGGTTTTAGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * * * *
528 TGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*** * *
587 TAAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
646 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*
705 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA
731 AGTTTAGGGA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 39, Indels: 13
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 58 0.15
59 233 0.59
60 58 0.15
61 46 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Done.