Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010178.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124984, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2151
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.22, T:0.27
Warning! 200 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:592 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 491--1018 Score: 700
Period size: 60 Copynumber: 8.9 Consensus size: 59
481 TTCGGATGCA
* * * * * *
491 CGGGGGCAAAATGGTAGTTTTGGGGAAGGTTCAGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
551 CGGGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTT
* * * *
611 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGACTTTTTGTAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTT
* * *
671 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*
730 CGGGGGTAAAAT-GTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
788 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTAGAA-GTGTAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTTGGAAGGT-TCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
** * * * *
848 TAGGGATAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTTAGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTT
** * *
908 TAGTGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
967 CGAGGATAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT
1019 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 44, Indels: 13
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 54 0.13
59 131 0.31
60 233 0.56
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Found at i:1019 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 498--1018 Score: 699
Period size: 119 Copynumber: 4.4 Consensus size: 118
488 GCACGGGGGC
* * * * * *
498 AAAATGGTAGTTTTGGGGAAGGTTCAGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGCAAAAT
1 AAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
* * *
563 GGTAATTTTTGGAAGGTTAGGGGTCAAAAATGGGACTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
65 GGTAATTTTTGGAAGGTTAGGGATTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGAGGAT
* * *
618 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGACTTTTTGTAAGTTCGGGGGTAAAAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
* * * * *
683 GGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGG-TTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
65 GGTAATTTTTGGAAGGTTAG-GGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGAT
*
737 AAAAT-GTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
* *
801 GTAATTTTTTAGAA-GTGTAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGAT
66 GTAA-TTTTTGGAAGGT-TAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGAT
* * * ** *
855 AAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCAGGGTTAAAAATGGGATTTTTTAGAAGTTTAGTGGTAAAAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAT
*
920 GGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGAT
65 GGTAATTTTTGGAAGGTTAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGAT
974 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT
1019 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 35, Indels: 22
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 32 0.09
118 75 0.21
119 156 0.44
120 91 0.26
121 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (118 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
GTAATTTTTGGAAGGTTAGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGAT
Done.