genome.fa.s10194.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010194.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125009, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232108

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647--689	17	2.5	17	88	0	59	46	4	27	20	1.71
3082--3139	28	2.1	28	83	6	73	32	1	15	50	1.55
3131--3180	26	1.9	26	87	0	73	30	0	12	58	1.34
3246--3286	6	6.8	6	83	10	57	65	14	2	17	1.37
5368--5439	33	2.2	33	76	14	78	44	2	0	52	1.15
6305--6489	96	1.9	95	83	8	241	34	14	20	30	1.93
6729--7105	29	12.8	29	79	6	384	29	3	31	35	1.74
6729--7105	59	6.4	59	85	2	470	29	3	31	35	1.74
7934--7987	21	2.8	20	80	11	67	44	3	0	51	1.19
8770--8817	6	8.2	6	76	4	53	54	2	2	41	1.24
8770--8848	41	1.9	41	84	5	106	51	3	6	37	1.45
9203--9821	206	3.0	205	85	3	771	22	23	18	36	1.95
14321--14348	10	2.8	10	100	0	56	28	0	28	42	1.56
17470--17508	21	1.9	21	89	5	62	12	28	12	46	1.79
21804--22175	117	3.2	115	83	5	453	30	1	33	34	1.66
21759--22175	29	14.2	29	83	3	451	30	1	32	35	1.69
21779--22175	146	2.7	143	86	4	494	31	1	32	34	1.68
21759--22175	117	3.5	113	82	7	449	30	1	32	35	1.69
23973--24020	6	8.2	6	76	4	53	54	2	2	41	1.24
23973--24051	41	1.9	41	84	5	106	51	3	6	37	1.45
24171--24204	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
27722--27756	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28231--28307	26	3.0	26	84	0	100	22	16	22	38	1.93
28295--28320	12	2.2	12	100	0	52	42	15	11	30	1.82
28235--28319	26	3.3	26	80	3	64	25	16	21	36	1.94
30584--30637	24	2.2	24	87	9	74	51	0	0	48	1.00
31910--31985	34	2.2	34	88	0	107	48	1	18	31	1.56
32122--32159	18	2.1	18	85	9	51	26	10	13	50	1.73
43974--44080	57	1.9	56	90	1	169	34	14	11	40	1.81
45841--45901	31	2.0	32	84	9	83	24	6	3	65	1.32
46082--46155	30	2.4	30	75	2	76	47	8	10	33	1.68
46225--46270	11	4.2	11	83	8	58	39	0	0	60	0.97
46231--46275	23	1.9	24	90	4	74	40	2	0	57	1.11
46413--46491	39	2.0	39	97	0	149	30	26	17	25	1.97
46865--46893	8	3.8	8	90	9	51	55	0	0	44	0.99
51709--51865	40	4.0	40	79	8	176	28	17	26	27	1.98
52195--52409	108	2.0	108	98	0	412	23	18	22	36	1.95
54712--54856	74	2.0	74	95	0	263	31	9	31	27	1.89
56146--56184	17	2.3	17	86	0	51	15	12	23	48	1.79
60752--60784	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
63685--63754	24	2.9	23	79	12	70	11	15	2	70	1.28
64123--64336	105	2.0	105	97	0	401	38	16	8	36	1.80
74870--74902	17	1.9	17	93	0	57	75	3	3	18	1.06
78577--78644	31	2.2	31	97	0	127	33	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85713--85743	15	2.0	16	93	6	55	19	29	6	45	1.75
91883--91913	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
92845--93469	209	3.0	209	88	1	880	40	16	11	31	1.84
97439--97473	17	2.0	18	88	5	54	17	5	5	71	1.25
113754--113830	38	2.0	38	100	0	154	45	7	10	36	1.67
116498--116523	9	2.9	9	100	0	52	23	11	11	53	1.69
119135--119193	18	3.3	18	83	4	66	42	25	15	16	1.88
123564--123670	20	5.8	18	70	18	69	52	3	1	42	1.30
123595--123666	37	1.9	37	86	10	103	54	2	1	41	1.23
128219--128250	7	4.6	7	100	0	64	31	0	40	28	1.57
128705--128741	18	2.1	18	100	0	74	24	10	5	59	1.52
140887--140916	12	2.6	12	94	5	53	20	0	10	70	1.16
141217--141255	19	2.1	19	90	4	62	38	0	5	56	1.22
144365--144504	58	2.4	57	80	4	145	33	9	25	32	1.87
144422--144494	29	2.5	28	73	8	67	34	10	28	26	1.90
144456--144559	55	1.9	54	82	5	129	35	5	24	34	1.79
144572--144774	30	6.8	30	78	5	198	37	3	20	38	1.69
144568--144777	89	2.4	88	80	7	219	36	3	22	37	1.72
144572--144777	59	3.5	59	84	6	229	37	3	21	37	1.70
146512--146585	17	4.4	17	81	6	80	54	6	1	37	1.36
146536--146585	6	8.7	6	80	8	50	58	4	0	38	1.17
146542--146586	11	4.0	11	82	5	63	60	4	0	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146536--146585	23	2.2	23	92	0	82	58	4	0	38	1.17
146962--147959	209	4.8	208	89	1	1476	22	22	19	36	1.95
146968--147959	419	2.4	418	89	1	1511	22	22	18	36	1.95
150114--150151	3	12.7	3	88	0	58	0	31	2	65	1.06
151131--151181	25	2.0	25	100	0	102	37	7	11	43	1.71
151623--151660	18	2.1	18	90	5	58	78	2	0	18	0.86
159161--159220	32	1.9	31	83	10	77	31	13	6	48	1.68
165591--165644	27	2.0	27	82	7	65	75	5	7	11	1.16
165631--165675	24	1.9	23	86	4	63	77	6	4	11	1.09
165830--165869	16	2.4	16	84	15	55	55	0	7	37	1.29
173028--173064	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
173363--173396	17	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
176281--176339	21	2.7	21	76	20	59	37	1	0	61	1.07
180086--180126	19	2.2	19	86	0	55	39	7	9	43	1.65
184681--184721	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
192359--192828	233	2.0	234	98	0	915	41	15	16	26	1.88
196888--196928	21	2.0	21	85	9	57	56	2	7	34	1.40
198736--198776	17	2.4	17	83	4	55	21	21	2	53	1.57
199064--199120	7	7.7	7	81	16	62	33	0	0	66	0.92
199064--199120	15	3.9	14	78	19	62	33	0	0	66	0.92
203903--203955	22	2.4	22	83	0	61	33	18	32	15	1.92
209857--210010	71	2.2	71	82	6	179	28	24	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210564--210703	24	5.8	24	84	5	131	25	21	19	33	1.97
210586--210703	24	5.0	24	87	4	150	26	22	18	32	1.97
210575--210703	46	2.7	48	79	7	154	27	22	17	32	1.97
212878--212912	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
214005--214042	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
215424--215471	19	2.5	20	75	6	53	52	6	2	39	1.39
215373--215565	94	2.0	97	89	3	302	49	11	2	36	1.53
215469--215708	51	4.7	51	68	15	138	45	10	3	40	1.56
215472--215980	152	3.4	148	83	7	634	44	9	3	42	1.54
216406--216442	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
216444--216657	104	2.0	105	96	0	394	43	18	22	14	1.87
216987--217288	42	7.0	41	83	5	307	37	23	16	22	1.93
217013--217266	132	1.9	132	89	0	391	37	24	16	22	1.93

Tables:   1

The End!