genome.fa.s10247.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010247.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125079, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  384304

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913--1019	37	2.8	38	71	5	99	23	16	27	32	1.96
4607--4632	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
5944--5986	18	2.4	19	81	18	56	74	4	2	18	1.10
6599--6812	87	2.4	89	80	6	238	37	16	8	37	1.79
6903--6974	9	7.9	9	75	14	58	69	1	0	29	0.97
6917--6974	19	3.1	19	70	7	55	67	0	0	32	0.91
6926--6993	29	2.3	29	85	7	93	61	0	1	36	1.05
6957--7032	39	1.9	38	82	15	93	59	3	3	32	1.34
7339--7396	31	1.9	30	85	3	80	34	1	1	62	1.16
7535--7707	92	1.9	93	85	2	242	36	6	15	41	1.74
7492--7759	92	2.9	89	73	14	213	38	8	14	39	1.76
21229--21393	28	5.9	27	79	9	163	26	15	21	35	1.94
21231--21393	56	2.9	56	86	3	204	26	15	22	35	1.94
21229--21382	84	1.8	84	83	5	204	27	15	22	35	1.94
25571--25616	24	1.9	24	95	0	83	28	28	6	36	1.82
30644--30803	80	2.0	80	91	0	257	20	20	27	31	1.97
34144--34282	36	4.0	36	77	11	144	32	7	21	38	1.82
34970--35004	18	2.0	18	94	5	63	31	5	22	40	1.78
34921--35116	66	2.8	66	85	9	223	36	3	19	40	1.69
35047--35091	10	4.4	10	80	2	54	35	2	20	42	1.64
35162--35275	23	5.0	23	89	0	165	35	2	13	49	1.56
35162--35371	46	4.3	46	82	10	222	33	3	14	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35241--35304	32	2.0	32	93	0	110	29	1	17	51	1.54
35218--35330	55	2.1	55	98	0	217	30	1	17	50	1.56
35273--35371	23	4.3	23	88	1	135	32	4	17	46	1.66
35198--35353	78	2.0	78	92	0	258	31	3	16	49	1.61
35361--35402	21	2.0	21	86	9	59	33	2	23	40	1.68
41126--41171	18	2.5	18	76	16	58	19	13	0	67	1.23
50689--50715	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
54969--55011	22	2.0	22	81	9	52	34	0	13	51	1.42
59507--59736	105	2.2	105	92	0	388	32	15	25	26	1.95
67473--67609	65	2.1	64	86	1	184	36	20	17	25	1.94
67979--68042	33	1.9	33	100	0	128	26	21	17	34	1.95
70056--70122	30	2.3	29	80	10	73	41	2	4	50	1.37
73934--74002	32	2.3	28	77	22	70	23	10	7	59	1.54
74119--74153	19	1.9	17	88	11	52	20	0	8	71	1.11
80238--80287	17	2.9	18	70	8	50	28	10	18	44	1.81
80288--80343	18	3.2	18	75	12	53	25	10	17	46	1.80
94647--94677	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
101513--101585	28	2.6	29	79	12	73	35	1	0	63	1.04
101571--101596	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
102718--102941	71	3.3	71	66	20	177	32	20	10	36	1.87
102642--103105	134	3.5	134	85	0	579	33	18	10	36	1.86
106572--106622	21	2.5	21	87	3	68	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106917--106980	27	2.2	30	83	10	89	54	6	1	37	1.35
107901--107964	27	2.4	27	75	12	69	53	7	0	39	1.30
121059--121135	28	2.7	30	82	7	81	19	25	16	37	1.93
121088--121148	28	2.2	27	82	8	79	18	24	18	39	1.92
122775--123218	194	2.3	192	83	3	570	28	27	17	27	1.97
125555--125611	21	2.5	23	83	8	64	45	24	3	26	1.69
126993--127034	20	2.1	20	95	0	75	47	23	0	28	1.52
127341--127390	20	2.5	20	81	15	50	42	16	0	42	1.47
134563--134632	26	2.5	27	78	13	70	44	1	0	54	1.09
134581--134630	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
134573--134630	29	2.0	30	83	10	75	46	1	0	51	1.11
134595--134645	20	2.5	21	78	9	61	45	1	0	52	1.12
134634--134670	15	2.5	15	80	20	51	59	0	0	40	0.97
134634--134669	16	2.2	16	90	9	56	61	0	0	38	0.96
137587--137652	9	7.0	9	70	10	51	56	6	0	37	1.24
137615--137652	19	2.0	20	89	5	60	57	2	0	39	1.12
137913--137973	25	2.5	25	84	7	72	29	3	4	62	1.32
137910--138040	8	15.2	9	70	17	66	31	2	4	61	1.28
139123--139208	43	2.0	43	100	0	172	27	34	6	30	1.83
140150--140208	14	4.2	14	78	18	61	45	1	5	47	1.34
140822--140896	24	3.1	24	90	0	114	24	10	9	56	1.63
142835--142883	24	2.1	23	85	7	64	22	12	10	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143782--143812	5	6.2	5	96	0	53	35	19	19	25	1.95
144660--144700	19	2.2	18	87	12	57	60	0	0	39	0.96
150735--150776	21	2.0	21	81	9	50	50	0	4	45	1.23
152776--152803	6	4.7	6	100	0	56	35	32	0	32	1.58
153990--154343	123	2.9	122	89	1	528	39	9	7	43	1.66
154273--154493	106	2.1	106	92	0	361	42	8	5	42	1.58
155037--155077	18	2.2	19	83	12	50	29	12	19	39	1.88
159048--159175	60	2.1	60	94	0	229	10	27	25	36	1.89
159678--159721	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
171065--171155	18	5.1	18	87	0	128	21	20	24	32	1.98
171123--171184	18	3.4	18	84	4	79	33	20	19	25	1.96
171091--171172	36	2.2	37	82	2	94	25	21	20	31	1.98
177406--177545	18	7.8	18	83	4	176	32	27	19	20	1.97
177406--177543	35	3.9	35	84	1	177	32	26	19	21	1.97
177420--177545	53	2.4	53	86	5	175	34	26	19	19	1.96
180417--180488	31	2.3	32	83	9	96	23	8	23	44	1.80
182016--182047	12	2.7	12	95	0	55	43	34	0	21	1.53
182864--182901	17	2.2	17	86	13	51	26	0	2	71	1.00
182990--183031	17	2.5	17	76	7	50	59	4	0	35	1.19
186871--186991	63	1.9	63	88	3	181	24	5	31	38	1.79
186868--187002	63	2.1	63	82	2	173	26	7	30	35	1.84
194337--194410	23	3.2	23	84	0	94	43	22	13	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210217--210256	9	4.4	9	93	0	53	32	5	42	20	1.73
210399--210452	23	2.3	23	90	0	81	11	5	27	55	1.57
211971--212009	18	2.2	18	86	9	53	58	2	20	17	1.50
223492--223544	20	2.7	20	85	5	63	30	20	35	13	1.91
223512--223553	20	2.1	20	90	0	66	30	14	38	16	1.89
227286--227371	20	4.3	20	79	8	95	32	18	34	13	1.90
235408--235467	21	2.9	21	87	0	84	43	33	15	8	1.76
249299--249338	21	1.9	21	100	0	80	45	7	0	47	1.31
252448--252494	7	6.7	7	85	0	58	34	19	23	23	1.97
252447--252502	21	2.6	21	97	2	103	35	19	23	21	1.96
255784--255850	29	2.3	29	92	0	107	50	26	10	11	1.71
261410--261468	12	5.3	11	76	11	57	1	1	30	66	1.12
261416--261467	22	2.3	22	83	12	70	1	1	30	65	1.14
261418--261468	21	2.4	21	84	9	68	1	1	29	66	1.13
262362--262401	18	2.2	19	86	4	55	25	2	2	70	1.13
262772--262829	19	3.1	19	73	26	68	34	0	8	56	1.30
262770--262829	21	3.0	21	71	24	67	35	0	8	56	1.29
262895--262936	15	2.7	16	77	7	50	52	2	2	42	1.27
263084--263192	54	2.0	54	87	0	155	44	11	1	42	1.52
263302--263388	42	2.0	43	87	10	126	63	2	5	28	1.30
263665--263721	25	2.3	25	81	6	71	61	0	3	35	1.13
269664--269743	25	3.2	25	67	28	71	17	22	7	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269661--269758	49	2.0	49	97	0	187	18	23	8	50	1.73
269676--269752	24	3.1	26	66	16	72	15	23	6	54	1.64
272293--272362	26	2.7	26	78	10	81	35	17	10	37	1.83
282910--282939	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
283292--283338	17	2.8	16	81	15	51	27	4	0	68	1.08
283292--283324	17	2.1	17	88	11	52	27	3	0	69	1.03
287502--287691	94	2.0	94	100	0	380	30	17	22	30	1.97
297923--297987	29	2.2	30	88	2	96	27	3	4	64	1.28
298744--298795	23	2.3	23	80	6	63	34	7	0	57	1.27
305659--305818	83	1.9	82	81	7	189	46	4	4	44	1.43

Tables:   1   2