Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01010248.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125082, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1787
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.26, T:0.31


Found at i:95 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 6--769  Score: 521
    Period size: 29  Copynumber: 26.1  Consensus size: 29

          1 GAATC

                                    *    
          6 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                *  **     * *           * 
         35 -AAATTGTAATTTTCGAAAGGTTC--GGAT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                                          
         62 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *      *            * 
         92 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                         *            *  
        122 AAAAA-GGGATTTATGGAAGTTCGGGTGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                    * *                   
        150 -AAAATGGTAATTTTGGAAAGTTC-GGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGG-AAGTTCGGGGGT

                   *        *      **     
        178 CAAAAATAGGATTTTTTGAAGTTTAGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *      *         *  * 
        208 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                             *    * *    
        238 AAAAATGGGATTTTTGGGAGTTTGAGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *               ***   
        267 -AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT-TAAGGT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTCGGGGGT

                                          
        296 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *               *     
        326 -AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT-TGGGGT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTCGGGGGT

                                   *      
        355 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *      *       **   * 
        385 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                             *    **     
        415 AAAAATGGGATTTTTGGGAGTTTTGGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *              *    * 
        444 -AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTCGGGGGT

            *                     *      
        474 TAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *      *          *   
        503 -AAAATGGCAATTTTTAGAATGTTC-GAGGT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

            *                *     *     
        532 TAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCAGGGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *       *             
        561 -AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTC-GGGGT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                            *             
        590 CAAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCGGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     *     *               
        620 -AAAATGGTAATTTTAGGAAGGTTC-GGGGT
          1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                             *      *     
        649 CAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTCAGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                    * *             * *   
        679 -AAAATGGTAATTTTGGAAGGTT-TGAGGT
          1 AAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT

                                          
        707 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                     * *         *        
        736 CAAAAATGGTAATTTTGGAAGCTCGGGGGT
          1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

                
        766 AAAA
          1 AAAA

        770 TGGTAATTTT


Statistics
Matches: 585,  Mismatches: 99, Indels: 102
        0.74            0.13        0.13

Matches are distributed among these distances:
  27    7  0.01
  28  122  0.21
  29  227  0.39
  30  176  0.30
  31   53  0.09

ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.32, T:0.34


Consensus pattern (29 bp):   
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT

Found at i:131 original size:58 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 4--751  Score: 913
    Period size: 59  Copynumber: 12.8  Consensus size: 59

          1 GAA

                                      *         *         *            *
          4 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAATTGTAA-TTTTCGAAAGGTTC-GGA
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGG

                                                                       
         61 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

             *             *            *                 *   *        
        120 TTAAAAA-GGGATTTATGGAAGTTCGGGTGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAAGTTCGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

                    *        *      **                              *  
        177 TCAAAAATAGGATTTTTTGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

             *                 *    * *                   *   *   ***  
        236 TTAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

             *                                            *   *   *    
        295 TAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

                                    *                             **   
        354 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

             *                 *    **                    *   *   *    
        413 TTAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTTTGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

             **                     *             *           *     *  
        472 TTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAATGTTCGAGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

              *                *     *                                  
        531 T-TAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGG

                             *                                          
        589 TCAAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGGAAGGTTCGGGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTA-GAAGGTTCGGGG

                              *      *                    *       * *  
        648 TCAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTTTGAGG
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

                                                           
        706 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTCAAAAATGGTAATTTT
          1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTT

        752 GGAAGCTCGG


Statistics
Matches: 608,  Mismatches: 71, Indels: 21
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
  57   57  0.09
  58  161  0.26
  59  386  0.63
  60    4  0.01

ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.32, T:0.35


Consensus pattern (59 bp):   
TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGG

Done.