Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010297.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125152, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11695
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.20, T:0.33
Found at i:10975 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 10912--11355 Score: 375
Period size: 59 Copynumber: 7.5 Consensus size: 60
10902 GTTCGAAATC
* * *
10912 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT-AAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTCGGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGG-AATTTTTGG-AAGTTCGGGGT
* * * * *
10971 CAAAAATGG-GATTTTTAGAA-GTTTGAGGAT-AAAAA-GGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
1 -AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGGGGT
* ** *
11030 CAAAAAAGGGGATTTTTGGAAGGTTTG-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGT
1 -AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * * * *
11091 -AAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTT-AGGCTCAAAAATGGTATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCG-GGGT
* * *
11150 AAAAA-GGTAATTTTTGAAAGGTTTG-GGGTCAAAAAAGGATATTTTTAGAAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * * *
11210 -AAAATGGTAATTTTTGGAATGTTCGA-GGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * * * * *
11269 -ACAATGGTAATTTTTGTAAGGTTCG-GGGTCAAAAATGGGATTTTTAGAAGTTTGGGG-
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGT
*
11326 ATAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTT-AGGG
1 A-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGG
11356 ACCTCCGGAG
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 45, Indels: 37
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 7 0.02
59 193 0.60
60 95 0.30
61 24 0.07
62 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (60 bp):
AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGT
Found at i:11123 original size:149 final size:150
Alignment explanation
Indices: 10910--11247 Score: 479
Period size: 149 Copynumber: 2.3 Consensus size: 150
10900 ATGTTCGAAA
* *
10910 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTCGGGGTCAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTCAGGCTCAAA
10975 AATGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGATAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAAAAGGG
66 AATGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGATAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAAAAGGG
11040 GATTTTTGGAAGGTTTGGGG
131 GATTTTTGGAAGGTTTGGGG
*
11060 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-AGGGGT-AAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTTAGGCTCAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTCAGGCTCAA
* * * * *
11123 AAATGGTATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAAAGG
65 AAATGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGATAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAAAAGG
** * *
11188 ATATTTTTAGAA-GTTCGGGGG
130 GGATTTTTGGAAGGTT-TGGGG
* *
11209 T--AAAATGGTAATTTTTGGAATGTTCGAGGTTAAAAATGG
1 TCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGGTAAAAATGG
11248 GATTTTTGGA
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 14, Indels: 12
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
147 7 0.04
148 13 0.08
149 111 0.66
150 37 0.22
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (150 bp):
TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTCAGGCTCAAA
AATGGGATTTTTAGAAGTTTGAGGATAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAAAAGGG
GATTTTTGGAAGGTTTGGGG
Found at i:11215 original size:119 final size:117
Alignment explanation
Indices: 11010--11354 Score: 424
Period size: 119 Copynumber: 2.9 Consensus size: 117
11000 TAAAAAGGTA
* ** *
11010 ATTTTTGAAAGGTTCGA-GGTCAAAAAAGGGGATTTTTGGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATT
1 ATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--AAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATT
* * * *
11074 TTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTGTGGAAAGTTTAGGCTCAAAAATGGT
63 TTTAGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGG-TCAAAAATGGG
* * *
11130 ATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAAAGGATATTTT
1 ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAATGG-GATTTT
* * *
11195 TAGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAATGTTCGAGGTTAAAAATGGG
65 TAGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT-TAGGTCAAAAATGGG
* * * * *
11249 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTACAATGGTAATTTTTGTAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTT
1 ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTT
* *
11314 AGAAGTTTGGGGATAAAATGGTAATTTTTGG-AAGATTTAGG
66 AGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTTAGG
11355 GACCTCCGGA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 26, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 5 0.03
118 71 0.36
119 104 0.53
120 15 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (117 bp):
ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTT
AGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGTCAAAAATGGG
Done.