Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010415.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125301, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2951
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.19, T:0.32
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1729 original size:884 final size:834
Alignment explanation
Indices: 21--1738 Score: 2747
Period size: 884 Copynumber: 2.0 Consensus size: 834
11 TAGAGGTTGC
*
21 TGTTAAGCTTATGGGCTTAATGGGATGAAGATGGCCAACTGCCTGCCCCGTAAGGAAATCTCTCA
1 TGTTAAGCTTATGGGCTTAATGGGATGAAGATGGCCAACTGCCTGCACCGTAAGGAAATCTCTCA
86 AGGCTATAGCTATCCTAGAGTAAAAGTTAAATAAAGACAATTCTAACATGAATACGAGAGAATTA
66 AGGCTATAGCTATCCTAGAGTAAAAGTTAAATAAAGACAATTCTAACATGAATACGAGAGAATTA
151 GAGGGGAAGAATCATTATTATAGTAATCTAAAAAAGTACATTCATCTTGAATACCAGCAATAGAT
131 GAGGGGAAGAATCATTATTATAGTAATCTAAAAAAGTACATTCATCTTGAATACCAGCAATAGAT
216 TTTTATAATCCTTTGGACTAGGGTCTGAGATGATTAGCCCGTGGGTGTTGGAGCACAACGATATG
196 TTTTATAATCCTTTGGACTAGGGTCTGAGATGATTAGCCCGTGGGTGTTGGAGCACAACGATATG
*
281 GGGCTTTCGTCCTGGTTAGCTTTTGAGATCTTGGGTCGGGATGCTTGCCAGTTGCCACTTCCAAT
261 GGGCCTTCGTCCTGGTTAGCTTTTGAGATCTTGGGTCGGGATGCTTGCCAGTTGCCACTTCCAAT
346 ATCTCCCCTTTAGTATCTACCTATATTCTTTTATTTATTTTTATTTTTCCTCTCTTCTTTTCATA
326 ATCTCCCCTTTAGTATCTACCTATATTCTTTTATTTATTTTTATTTTTCCTCTCTTCTTTTCATA
*
411 AATGCCCACTTATAGTCTCACCCACATCTGCAACAAATTAAAGCAAGCTAGCCGCAGAGGAATAT
391 AATGCCCACTTATAGTCTCACCCACATCTGCAACAAATTAAAGCAAGCTAGCCACAGAGGAATAT
476 TGGGCCACTAAAAGCCTTCCCAATTTTTAAAATCGGCGTGACCACGGGGGGGTTATTAAGGTATT
456 TGGGCCACTAAAAGCCTTCCCAATTTTTAAAATCGGCGTGACCACGGGGGGGTTATTAAGGTATT
541 TCAATGCAGGCAACATGCTTTTTTTGGAGGGTAAAGTTAACTTCAGAGAATAGATTCCAGACCCC
521 TCAATGCAGGCAACATGCTTTTTTTGGAGGGTAAAGTTAACTTCAGAGAATAGATTCCAGACCCC
606 ACCCCTAGAAACTATATACACCGCTATTTGAAATTTTTTGTATGCCACAGTCATGAAAGTTTGTG
586 ACCCCTAGAAACTATATACACCGCTATTTGAAATTTTTTGTATGCCACAGTCATGAAAGTTTGTG
671 TTTTGTAATAATAATAGTAATACTTTTGCTTTTATTGATAAAGAGAATGATTTAATTACATTATA
651 TTTTGTAATAATAATAGTAATACTTTTGCTTTTATTGATAAAGAGAATGATTTAATTACATTATA
736 ATTATAAAGTCTCTGACAAAGGCTGTCAAGAATACGCTCCTTAAATGATATAAATAGGGTTTTTT
716 ATTATAAAGTCTCTGACAAAGGCTGTCAAGAATACGCTCCTTAAATGATATAAATAGGGTTTTTT
801 TAATACAAATAATTCGAAAAAATTTATTATTTACAAAATAATCAAAGTTAAAAA
781 TAATACAAATAATTCGAAAAAATTTATTATTTACAAAATAATCAAAGTTAAAAA
******** ** **
855 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTAAGCTT-ATGG
1 ------------------------------------------TGTTAAGCTTATGGGCTTAAT-G
*
919 GCTTAATGGGATGAAGATGGCCTACTGCCTGCACCGTAAGGAAATCTCTCAAGGCTATAGCTATC
23 G--------GATGAAGATGGCCAACTGCCTGCACCGTAAGGAAATCTCTCAAGGCTATAGCTATC
*
984 CTAGAGTAAAAGTTAAATAAAGACAATTCTAACATGAATCCGAGAGAATTAGAGGGGAAGAATCA
80 CTAGAGTAAAAGTTAAATAAAGACAATTCTAACATGAATACGAGAGAATTAGAGGGGAAGAATCA
1049 TTATTATAGTAATCTAAAAAAGTACATTCATCTTGAATACCAGCAATAGATTTTTATAATCCTTT
145 TTATTATAGTAATCTAAAAAAGTACATTCATCTTGAATACCAGCAATAGATTTTTATAATCCTTT
1114 GGACTAGGGTCTGAGATGATTAGCCCGTGGGTGTTGGAGCACAACGATATGGGGCCTTCGTCCTG
210 GGACTAGGGTCTGAGATGATTAGCCCGTGGGTGTTGGAGCACAACGATATGGGGCCTTCGTCCTG
1179 GTTAGCTTTTGAGATCTTGGGTCGGGATGCTTGCCAGTTGCCACTTCCAATATCTCCCCTTTAGT
275 GTTAGCTTTTGAGATCTTGGGTCGGGATGCTTGCCAGTTGCCACTTCCAATATCTCCCCTTTAGT
*
1244 ATCTATCTATATTCTTTTATTTATTTTTATTTTTCCTCTCTTCTTTTCATAAATGCCCACTTATA
340 ATCTACCTATATTCTTTTATTTATTTTTATTTTTCCTCTCTTCTTTTCATAAATGCCCACTTATA
* *
1309 GTCTCATCCACATCTGCAACAAATTAAAGCAAGCTAGCCACTGAGGAATATTGGGCCACTAAAAG
405 GTCTCACCCACATCTGCAACAAATTAAAGCAAGCTAGCCACAGAGGAATATTGGGCCACTAAAAG
*
1374 TCTTCCCAATTTTTAAAATCGGCGTGACCAC-GGGGGGTTATTAAGGTATTTCAATGCAGGCAAC
470 CCTTCCCAATTTTTAAAATCGGCGTGACCACGGGGGGGTTATTAAGGTATTTCAATGCAGGCAAC
*
1438 ATGCTTTTTTTGGAGGGTAAAGTTAACTTCAGAGAATAGATTCCATACCCCACCCCTAGAAACTA
535 ATGCTTTTTTTGGAGGGTAAAGTTAACTTCAGAGAATAGATTCCAGACCCCACCCCTAGAAACTA
1503 TATACACCGCTATTTGAAATTTTTTGTATGCCACAGTCATGAAAGTTTGTGTTTTGTAATAATAA
600 TATACACCGCTATTTGAAATTTTTTGTATGCCACAGTCATGAAAGTTTGTGTTTTGTAATAATAA
1568 TAGTAATACTTTTGCTTTTATTGATAAAGAGAATGATTTAATTACATTATAATTATAAAGTCTCT
665 TAGTAATACTTTTGCTTTTATTGATAAAGAGAATGATTTAATTACATTATAATTATAAAGTCTCT
*
1633 GACAAAGGCTGTCAAAGAATATGCTCCTTAAATGATATAAATAGGGTTTTTTTAATACAAATAAT
730 GACAAAGGCTGTC-AAGAATACGCTCCTTAAATGATATAAATAGGGTTTTTTTAATACAAATAAT
1698 TCGAAAAAATTTATTATTTACAAAATAATCAAAGTTAAAAA
794 TCGAAAAAATTTATTATTTACAAAATAATCAAAGTTAAAAA
1739 ATGTACATCG
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 23, Indels: 12
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
875 2 0.00
876 8 0.01
883 240 0.30
884 559 0.69
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (834 bp):
TGTTAAGCTTATGGGCTTAATGGGATGAAGATGGCCAACTGCCTGCACCGTAAGGAAATCTCTCA
AGGCTATAGCTATCCTAGAGTAAAAGTTAAATAAAGACAATTCTAACATGAATACGAGAGAATTA
GAGGGGAAGAATCATTATTATAGTAATCTAAAAAAGTACATTCATCTTGAATACCAGCAATAGAT
TTTTATAATCCTTTGGACTAGGGTCTGAGATGATTAGCCCGTGGGTGTTGGAGCACAACGATATG
GGGCCTTCGTCCTGGTTAGCTTTTGAGATCTTGGGTCGGGATGCTTGCCAGTTGCCACTTCCAAT
ATCTCCCCTTTAGTATCTACCTATATTCTTTTATTTATTTTTATTTTTCCTCTCTTCTTTTCATA
AATGCCCACTTATAGTCTCACCCACATCTGCAACAAATTAAAGCAAGCTAGCCACAGAGGAATAT
TGGGCCACTAAAAGCCTTCCCAATTTTTAAAATCGGCGTGACCACGGGGGGGTTATTAAGGTATT
TCAATGCAGGCAACATGCTTTTTTTGGAGGGTAAAGTTAACTTCAGAGAATAGATTCCAGACCCC
ACCCCTAGAAACTATATACACCGCTATTTGAAATTTTTTGTATGCCACAGTCATGAAAGTTTGTG
TTTTGTAATAATAATAGTAATACTTTTGCTTTTATTGATAAAGAGAATGATTTAATTACATTATA
ATTATAAAGTCTCTGACAAAGGCTGTCAAGAATACGCTCCTTAAATGATATAAATAGGGTTTTTT
TAATACAAATAATTCGAAAAAATTTATTATTTACAAAATAATCAAAGTTAAAAA
Done.