Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01010427.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125317, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 946

Length: 1577
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.13, T:0.34


Found at i:770 original size:17 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 735--843  Score: 84
    Period size: 17  Copynumber: 6.3  Consensus size: 18

        725 CCAAACCTTT

                    *    *    
        735 AAATTGATATTAAGTTTA
          1 AAATTGATTTTAAATTTA

                              
        753 AAATTGATTTTAAA-TTA
          1 AAATTGATTTTAAATTTA

             **     *          
        770 ATTTCTGAATTTAAATTTA
          1 AAAT-TGATTTTAAATTTA

              *          *    
        789 AACTTG-TTTTAAGTTT-
          1 AAATTGATTTTAAATTTA

                 *  *         
        805 AAATTTA-GTTAAATTTA
          1 AAATTGATTTTAAATTTA

                  *           
        822 AAA-TGGTTTTAAATTTA
          1 AAATTGATTTTAAATTTA

                 
        839 AAATT
          1 AAATT

        844 TAATTTGAAA


Statistics
Matches: 69,  Mismatches: 16, Indels: 12
        0.71            0.16        0.12

Matches are distributed among these distances:
  16   12  0.17
  17   28  0.41
  18   24  0.35
  19    5  0.07

ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.08, T:0.49


Consensus pattern (18 bp):   
AAATTGATTTTAAATTTA

Found at i:818 original size:33 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 780--845  Score: 98
    Period size: 33  Copynumber: 2.0  Consensus size: 34

        770 ATTTCTGAAT

                       * *       *            
        780 TTAAATTTAAACTTGTTTTAAGTTT-AAATTTAG
          1 TTAAATTTAAAATGGTTTTAAATTTAAAATTTAG

                                             
        813 TTAAATTTAAAATGGTTTTAAATTTAAAATTTA
          1 TTAAATTTAAAATGGTTTTAAATTTAAAATTTA

        846 ATTTGAAATG


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 3, Indels: 1
        0.88            0.09        0.03

Matches are distributed among these distances:
  33   22  0.76
  34    7  0.24

ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.08, T:0.50


Consensus pattern (34 bp):   
TTAAATTTAAAATGGTTTTAAATTTAAAATTTAG
Done.