genome.fa.s10508.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010508.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125419, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255767

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410--1492	4	20.2	4	74	9	69	3	30	0	66	1.09
1423--1488	20	3.4	20	84	12	84	3	30	0	66	1.06
1440--1491	13	3.8	13	76	14	59	1	26	0	71	0.97
1409--1492	25	3.2	25	71	19	64	3	30	0	65	1.10
4380--4409	6	5.0	6	95	0	51	33	3	46	16	1.64
6488--6563	35	2.2	35	95	0	134	44	14	14	26	1.83
38204--38268	17	3.9	16	78	13	69	49	13	18	18	1.80
53685--53987	158	1.9	158	86	0	435	24	23	23	29	1.99
55622--55830	72	2.9	71	77	3	213	21	19	21	38	1.94
56892--57343	43	10.5	43	71	8	265	22	15	22	39	1.92
56931--57327	86	4.6	85	78	5	359	22	15	22	38	1.92
60399--60455	27	2.1	27	100	0	114	49	3	21	26	1.65
75221--75251	8	3.8	8	95	4	53	29	0	0	70	0.87
93717--93782	32	2.1	32	88	0	96	25	15	15	43	1.85
97570--97640	7	10.6	7	73	14	60	83	1	12	2	0.83
97567--97647	13	6.2	12	78	14	81	81	2	13	2	0.90
97567--97647	27	3.1	26	85	7	103	81	2	13	2	0.90
97565--97633	20	3.5	20	73	21	65	81	0	15	2	0.81
97570--97646	20	4.0	18	77	12	64	83	2	11	2	0.86
97570--97646	16	4.7	15	73	19	57	83	2	11	2	0.86
97959--98175	112	1.9	116	83	6	291	31	20	10	37	1.87
98603--98829	50	4.6	49	74	6	163	37	15	29	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98603--98830	99	2.3	99	81	4	262	37	15	29	17	1.91
98651--98814	49	3.3	48	75	8	150	37	14	29	18	1.90
99032--100511	78	18.7	79	77	10	1083	32	23	16	27	1.96
99101--99221	38	3.1	38	71	15	104	37	19	16	27	1.93
99024--100511	42	37.5	40	76	13	999	32	23	16	27	1.96
99030--100278	197	6.3	197	78	11	1072	31	23	16	27	1.96
99898--99999	35	2.9	35	97	0	186	31	25	16	26	1.97
103310--103622	38	8.0	40	75	7	216	32	23	16	27	1.96
103399--103545	40	3.8	39	73	8	129	36	21	13	27	1.91
103360--103590	78	3.0	78	80	2	259	34	23	14	27	1.94
109428--109598	25	6.8	25	72	9	107	23	18	24	33	1.96
109405--109581	50	3.5	50	80	5	169	23	19	23	33	1.97
110240--110295	21	2.7	20	81	8	67	33	12	21	32	1.91
112172--112302	21	6.2	21	74	11	99	13	33	20	32	1.92
112185--112312	42	3.0	42	82	0	166	13	32	21	32	1.92
112277--112337	21	2.9	21	82	4	79	11	21	24	42	1.86
118429--118573	50	2.9	50	85	0	182	27	17	24	31	1.97
118439--118569	25	5.2	25	77	7	104	28	16	23	31	1.96
121074--121128	28	2.0	28	100	0	110	21	14	10	52	1.72
125696--125729	15	2.1	17	89	10	54	29	0	2	67	1.05
126726--126755	11	2.6	11	94	5	51	36	0	0	63	0.95
132789--132844	29	1.9	29	85	7	78	58	1	1	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132817--132855	19	2.1	19	85	9	53	61	0	0	38	0.96
134258--134327	29	2.4	30	80	7	81	31	5	22	40	1.78
140178--140250	34	2.2	34	97	2	139	38	12	19	30	1.88
144107--144169	23	2.8	22	82	4	72	39	19	20	20	1.92
145373--145430	21	2.8	21	91	0	98	32	29	13	24	1.94
146119--146298	52	3.5	52	84	0	236	35	23	12	27	1.92
152101--152154	21	2.6	21	91	5	83	31	27	12	27	1.93
158857--158925	21	3.5	20	71	15	54	36	5	2	55	1.39
158849--158925	10	7.8	10	68	17	54	35	5	2	57	1.35
160686--160752	22	3.2	22	60	20	52	29	5	26	37	1.80
160681--160768	41	2.1	42	95	4	169	28	9	20	42	1.82
165200--165224	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
174717--174780	29	2.2	28	89	5	101	39	14	10	35	1.81
176580--176618	9	4.3	9	83	0	51	25	30	0	43	1.55
178779--178839	26	2.3	27	83	13	74	44	4	11	39	1.62
179056--179105	24	2.1	24	100	0	100	30	20	24	26	1.98
184328--184672	52	6.6	52	88	3	471	35	23	14	26	1.93
189269--189610	52	6.6	52	88	3	494	34	23	15	25	1.95
191058--191098	18	2.3	18	86	0	55	43	19	7	29	1.78
194512--194573	22	2.8	22	97	0	115	19	19	14	46	1.83
194916--194946	16	2.0	16	93	6	55	58	3	0	38	1.15
195078--195188	12	8.8	12	66	13	53	70	17	1	10	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195074--195188	33	3.5	32	77	10	108	70	16	1	11	1.24
195078--195253	24	8.1	22	72	13	91	70	18	2	8	1.25
195105--195195	44	2.1	42	84	8	112	71	15	2	10	1.23
195214--195260	10	4.5	10	82	15	51	78	19	0	2	0.85
195143--195274	43	3.1	42	73	11	63	71	18	3	6	1.22
195081--195259	21	8.2	21	73	16	109	70	17	2	8	1.24
195183--195274	22	4.3	21	79	6	96	71	19	3	5	1.19
195143--195274	42	3.1	43	74	9	65	71	18	3	6	1.22
195192--195274	21	4.0	20	80	9	94	72	20	2	4	1.15
206982--207006	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
213308--213366	23	2.6	23	91	0	100	25	18	23	32	1.97
213405--213437	15	2.3	15	89	5	50	60	6	12	21	1.53
215669--215752	41	2.0	41	97	0	159	25	16	25	33	1.96
223233--223278	20	2.3	20	84	0	65	47	2	13	36	1.54
224593--224622	14	2.1	15	93	6	53	30	23	0	46	1.52
229086--229349	24	11.0	24	89	0	375	27	25	18	28	1.98
229906--229964	9	6.2	9	78	18	50	49	0	0	50	1.00
229898--229938	11	3.9	11	84	12	59	46	0	2	51	1.14
230792--230825	9	3.6	9	85	14	50	44	0	0	55	0.99
230792--230833	20	2.1	20	86	0	57	42	4	0	52	1.22
236413--236458	24	1.9	24	86	0	65	36	2	2	58	1.22
237370--237454	24	3.5	24	86	0	107	51	10	10	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239371--239443	24	3.0	24	80	4	85	54	6	10	27	1.60
241576--241609	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
246737--246786	18	2.8	17	78	3	55	46	0	4	50	1.20
247040--247070	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
249685--249718	16	2.1	16	88	5	50	29	23	26	20	1.99
250546--250581	16	2.2	16	95	0	63	27	0	0	72	0.85
250628--250667	3	13.0	3	94	5	71	32	0	0	67	0.91
250722--250779	25	2.3	26	87	3	82	46	37	5	10	1.60
251990--252014	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
255676--255703	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!