Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010562.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125484, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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** * *
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*
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* * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * *
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1 -GTTCGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAA
*
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1 G-TTCGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA
*
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1 -GTTCGGGG-TAAAAATGGTAATTTTTGGAA
*
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1 G
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Statistics
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0.75 0.12 0.13
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GTTCGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA
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3219 AATTTTAAAC
*
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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1 GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCTG-GGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAA
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1 GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCTG-GGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAA
* * * * *
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1 -GTTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCT-GGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA
* * * *
3642 GGTTCGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT--AAAATGGCAATTTTTGGAA
1 -GTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-TGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA
3701 G
1 G
3702 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 39, Indels: 34
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
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58 119 0.33
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GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCTGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAA
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3219 AATTTTAAAC
* * *
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* * * *
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* *
3345 GTTCGGGGGTAAAATGGTCATTTTTGGAAGGCTCTGGGTCAAAAATGGAACTTTTTGGAATTTCG
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3410 GGGTTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAGGGTTAAAAATGGG-TTTTTGGAA
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* * *
3463 GTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGGAGGT-TCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTGGAAGTTC
1 GTTCGGGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTCT-G-GGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTC
*
3527 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTGGAA
62 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCG-GGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAA
* * * * *
3582 GGTTC-GGGGTAAAAAATGGGACTTTTTGAAAGTTTTGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGG
1 -GTTCGGGGGT--AAAATGGTA-TTTTTGGAAGGTCT-GGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAA-G
* * *
3644 TTCGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGCAATTTTTGGAA
59 TTCGGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTC-GGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA
3701 G
1 G
3702 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 30, Indels: 42
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
116 20 0.07
117 45 0.15
118 118 0.39
119 67 0.22
120 27 0.09
121 26 0.09
122 2 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (113 bp):
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TAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAA
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3219 AATTTTAAAC
* *
3229 GTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTT-TAGGGTCAAGAATGGGATTTTTGGAA
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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1 GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAA
* * * * * * *
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* * * *
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Done.