Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01010588.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125515, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2002
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.21, T:0.30


Found at i:1263 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 1222--1683  Score: 355
    Period size: 30  Copynumber: 15.7  Consensus size: 29

       1212 GTTTGGAGTC

                    *                    
       1222 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                             *             
       1251 -AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCG-GGGT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT

                     *                    
       1280 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                            *              
       1310 -AAAATGGAAATTTTTAGAAGGTTCG-GGGT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT

                     *              *      
       1339 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGGT
          1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT

                            *            * 
       1369 --AAATGGTAA-TTTTAGAAGGTTCGAGGTT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT

                    *         *           
       1397 AAAAATGGGATTTTTGGAGGTTCG-GCGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAG-GGT

                            *              
       1426 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-AGGGT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT

                                            
       1455 CAAAAATAGG-ATTTTTGGAAGTTC-AGGGGT
          1 -AAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT

                            * *          * 
       1485 -AAAATGGTAATTTTCAGAAAGTTCGAGGTT
          1 AAAAATGG-AATTTT-TGGAAGTTCGAGGGT

                    *               *    
       1515 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                            *       *       
       1544 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTG-GGGTT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGG-T

            *       *      *             
       1575 TAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                            *              
       1604 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCG-GGGT
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT

                     *             * *    
       1634 AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
          1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                            *    
       1664 -AAAATGGTAATTTTTAGAAG
          1 AAAAATGG-AATTTTTGGAAG

       1684 GTTTAGGGAC


Statistics
Matches: 350,  Mismatches: 44, Indels: 78
        0.74            0.09        0.17

Matches are distributed among these distances:
  27   15  0.04
  28   41  0.12
  29  109  0.31
  30  131  0.37
  31   52  0.15
  32    2  0.01

ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33


Consensus pattern (29 bp):   
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

Found at i:1273 original size:59 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 1193--1687  Score: 635
    Period size: 59  Copynumber: 8.4  Consensus size: 59

       1183 GCGCGGGGGC

                      *    * *        *                                
       1193 AAAATGGT-AGTTTTGGTAGGTTTGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                                    *                                   
       1251 AAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                   *               *                             *      
       1310 AAAATGGAAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT

                                   * *   *                  *           
       1369 -AAATGGTAA-TTTTAGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAGGTTCG-GCGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAG-GGT

                                   **           *                       
       1426 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGTCAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTC-AGGGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGT

                          *    *   * *   *                        *    
       1485 AAAATGGTAATTTTCAGAAAGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                                          **              *             
       1544 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTTTAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCGAGGGT
          1 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                                    *     *                      * *    
       1604 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
          1 -AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

                                    
       1664 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTT
          1 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTT

       1688 AGGGACCTCC


Statistics
Matches: 388,  Mismatches: 37, Indels: 23
        0.87            0.08        0.05

Matches are distributed among these distances:
  56    1  0.00
  57   41  0.11
  58   27  0.07
  59  211  0.54
  60  108  0.28

ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34


Consensus pattern (59 bp):   
AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT

Done.