genome.fa.s10659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010659.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125602, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  281457

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278--322	23	2.0	23	95	0	81	8	20	8	62	1.51
1727--1807	6	14.0	6	79	17	91	48	2	1	48	1.23
1727--1807	17	4.7	18	78	18	91	48	2	1	48	1.23
1739--1806	23	2.9	23	97	2	127	50	2	0	47	1.16
1738--1807	29	2.4	29	86	9	90	50	2	0	47	1.16
3517--3745	29	7.8	28	77	13	203	37	30	2	30	1.71
3517--3705	60	3.2	58	83	9	199	39	30	2	28	1.69
15524--15554	16	1.9	16	93	0	53	70	0	29	0	0.87
20949--20993	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
30296--30331	18	1.9	18	88	5	54	16	8	2	72	1.21
31133--31171	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
43998--44042	9	5.0	9	82	17	58	86	0	13	0	0.57
43998--44042	18	2.5	18	89	7	65	86	0	13	0	0.57
43999--44035	15	2.5	15	91	8	58	86	0	13	0	0.57
49138--49177	21	2.0	21	85	5	55	17	15	17	50	1.79
49592--49662	22	3.2	22	66	15	65	32	23	28	15	1.95
49595--49683	44	2.0	45	97	2	171	31	22	26	19	1.97
62207--62236	12	2.5	12	88	0	51	66	6	23	3	1.30
74497--74612	35	3.0	35	78	21	142	40	9	18	31	1.83
74517--74606	45	2.0	45	100	0	180	40	11	17	31	1.85
74980--75039	17	3.7	16	70	16	52	45	1	1	51	1.21
75410--75477	32	2.1	33	88	2	102	8	5	48	36	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108294--108341	24	2.0	24	84	8	62	18	12	18	50	1.78
125683--125716	6	5.7	6	100	0	68	67	0	32	0	0.91
131809--131853	24	1.9	23	90	4	72	46	0	44	8	1.34
147303--147341	19	2.1	18	85	4	51	38	0	2	58	1.12
152515--152634	55	2.1	57	86	3	163	30	10	16	43	1.81
152888--152935	11	4.4	11	79	10	53	64	0	31	4	1.12
152873--152927	22	2.5	22	79	8	58	65	1	27	5	1.25
152871--152935	17	3.9	16	78	7	67	66	1	27	4	1.20
154465--154518	11	5.1	11	80	17	53	24	0	5	70	1.08
154934--155185	127	2.0	125	82	4	310	26	20	20	32	1.97
155055--155318	140	1.9	141	81	5	329	27	17	20	34	1.95
155314--155634	36	8.8	36	80	6	342	28	22	13	36	1.92
155314--155603	74	4.0	72	83	5	334	28	22	13	35	1.92
155314--155592	110	2.5	110	82	4	348	27	21	13	36	1.92
156491--156541	14	3.6	14	76	5	57	50	37	0	11	1.39
156649--156689	14	3.0	14	82	13	50	24	4	31	39	1.76
159349--159592	73	3.3	72	77	8	260	26	15	12	45	1.82
159349--159517	37	4.6	36	74	10	146	26	15	12	46	1.81
159351--159661	74	4.2	73	77	8	265	27	16	12	43	1.84
159351--159657	147	2.1	147	83	3	386	27	16	12	42	1.84
160486--160580	47	2.0	47	95	0	172	51	8	10	29	1.65
162368--162393	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163732--164074	30	11.6	30	76	8	247	35	27	3	34	1.73
163732--164075	59	5.8	59	77	13	278	35	27	3	34	1.73
165196--165342	76	1.9	76	88	0	222	44	6	5	43	1.54
171216--171262	16	3.0	15	81	12	51	40	2	2	55	1.24
171348--171413	19	3.7	18	72	24	59	51	1	0	46	1.10
173473--173660	52	3.6	52	81	3	191	27	14	22	35	1.93
176788--177066	139	2.0	139	98	0	540	25	6	14	53	1.64
179501--179535	17	2.1	17	89	5	54	54	5	5	34	1.48
180139--180173	17	2.0	18	88	5	54	60	8	5	25	1.49
180222--180247	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
181103--181186	19	4.4	18	69	21	64	40	7	1	51	1.37
181114--181201	19	4.7	18	67	21	56	40	4	1	53	1.29
181104--181214	58	1.9	58	94	1	197	40	6	0	52	1.33
187403--187467	22	2.8	22	77	11	60	60	4	0	35	1.18
188452--188519	34	2.0	34	97	0	127	44	13	17	25	1.85
189192--189240	23	2.1	23	96	0	89	61	0	0	38	0.96
190926--191203	138	2.0	138	94	0	484	29	27	15	28	1.96
192536--192587	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
193642--193673	15	2.1	15	94	0	55	12	15	0	71	1.14
193637--193697	21	2.9	21	85	7	70	13	13	1	72	1.21
195374--195432	21	2.9	21	76	2	57	52	1	5	40	1.33
195993--196022	12	2.5	12	94	0	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196026--196078	27	1.9	28	84	3	72	41	5	0	52	1.25
200237--200342	39	2.7	40	89	1	151	38	18	21	20	1.93
202125--202170	17	2.7	17	82	0	56	17	30	15	36	1.91
205497--205527	7	4.4	7	100	0	62	70	0	0	29	0.87
205602--205965	110	3.1	120	87	8	577	50	7	1	41	1.37
205911--206036	68	1.9	67	93	1	216	45	11	1	42	1.49
215445--215602	30	5.3	30	77	6	151	39	23	4	32	1.75
215425--215602	60	3.0	60	76	9	175	40	21	4	33	1.74
215647--215703	15	3.4	17	75	18	57	21	1	10	66	1.31
226826--226954	50	2.6	50	80	9	147	33	19	23	24	1.97
226993--227130	40	3.5	39	81	8	145	33	26	19	21	1.97
227039--227205	40	4.2	39	78	13	144	29	28	19	22	1.98
226985--227207	119	1.9	118	82	7	281	31	28	17	21	1.96
227223--227332	50	2.2	50	85	0	139	36	21	20	20	1.95
228768--228832	29	2.2	29	83	2	76	38	20	1	40	1.62
228778--228924	30	4.9	30	74	9	111	43	23	2	31	1.65
230752--230967	85	2.5	84	84	3	272	28	18	25	27	1.98
230756--230967	43	5.0	43	85	1	257	28	19	25	26	1.99
235002--235047	16	2.8	16	81	12	58	23	23	0	52	1.48
238201--238251	25	2.0	25	100	0	102	31	25	7	35	1.85
239628--239716	37	2.3	39	82	7	110	44	2	3	49	1.31
240372--240441	30	2.3	28	77	18	68	42	5	4	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241128--241172	20	2.2	20	84	4	54	55	2	4	37	1.32
241142--241234	10	10.2	9	69	16	50	53	4	0	41	1.20
241137--241200	19	3.3	19	80	8	67	54	4	0	40	1.21
241158--241205	19	2.6	18	81	12	53	54	4	0	41	1.20
241146--241201	27	2.1	27	83	12	71	51	5	0	42	1.24
245385--245464	40	2.0	40	97	0	151	36	7	5	51	1.52
245385--245475	40	2.4	35	77	19	101	37	6	6	49	1.55
246567--246610	21	2.2	20	87	4	61	36	0	4	59	1.18
252357--252407	27	1.9	26	84	4	66	45	0	31	23	1.53
255416--255574	80	2.0	80	98	0	309	24	15	22	37	1.93
256671--256726	28	2.0	28	82	0	67	53	10	10	25	1.67
261057--261088	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
272517--272718	92	2.2	91	84	4	255	34	9	18	37	1.84
272792--273090	23	13.1	23	72	9	175	33	5	21	40	1.75
272810--273048	69	3.5	69	81	5	270	32	5	21	40	1.76
272792--273095	69	4.4	69	79	4	269	33	4	21	40	1.74
277303--277398	41	2.3	41	90	0	147	20	19	26	33	1.97
279017--279075	24	2.4	24	85	2	73	10	0	32	57	1.32

Tables:   1

The End!