Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010730.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125683, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:384 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1--1055 Score: 279
Period size: 42 Copynumber: 25.0 Consensus size: 42
* * *
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-TACTGGTGGGGTTAAGGAGTGGACGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTGAT-CTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* *
43 GTGGTGGTTGTAAGTGCAT-TGATGGGGGTGAGGAGTGGACGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * *
85 GTGGTGGTTGTGAATGCA-CTAGTGGAGGTGAGGAATGGACGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * *
127 GTGGCGATTGTGAGT-ACTCTGGTAGGCGTGAGGATTGGACTG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGA-TCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * *** ***
169 GTGGTGATGGTGAATGCAT-TGGTATTGGTGAGGAGTGGTTTG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * ** **
211 GTGATGATTGTGAGTGCAT-TGGTGAGGGTGAGGAGTAAACTA
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * *
253 GTGGTGGTTGTAAGCGCTCTGGTGGTGGTGAGGAGTGGCCGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * ** * * **
295 GTGGTGATGGGGAATGCA-CTGATGTTGGTGATGAGTGGTCTA
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* *
337 ATGGTGGTTGTGAGTGATCTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * **** * * *
379 GTGGTGATGGTGAATGCA-CTGGTTTTTGTGATGAGTGGTCTG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * *
421 GTAGTGGTTGTGAGTGCAT-TGGTGGGGGTGAGGAATGGATGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * ** * * *
463 TTGGTGGTTGTGAATGCTTTGGTGTAGTTGAAGAGTGGACGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * ** *
505 GTGATGGTGGTGAATGCAT-TGGTGTGGGTGACAAGTGGATGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * ** * *
547 GTGGTGGTTGTGAGTGCA-CCGATGATGGTGTGGAGTGGACGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * *
589 GTGGTGGTTGTGAGTGCA-CTGGTGAGGGTGTGGAGTGGATGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * * *
631 GTAGTGGTGGTGAGTCTAT-TTGTGAGGGTGATGAGTGGACAG
1 GTGGTGGTTGTGAGT-GATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * * **
673 GTAGTGGTGGTGAGTGCGT-TAGTGGGTGTG-GAGAGTGAATAG
1 GTGGTGGTTGTGAGTG-ATCTGGTGGGGGTGAG-GAGTGGACGG
* * * * * *
715 GTGATGATGGTGAGTCCA-CTGGTGAGGGTGAGGAGTGGACAG
1 GTGGTGGTTGTGAGT-GATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * ** * * *
757 GTAGTGGTGGTGACTGCGCTAGTGGGGGTG-GAGAGTAGACGA
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAG-GAGTGGACGG
* * * *
799 GTGGTAGTGGTGAGTCCAT-TGGTGATGGTGAGGGTGAGGAGTGGACAG
1 GTGGTGGTTGTGAGT-GATCT-G-G-T-G-G-GGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * *
847 GTTGTGGTGGTGA--CATCGCTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACAG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGAT--CTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * * * * ** **
889 ATTGTGGTTGTGAGTGAAC-GAGTGGTGATG-GTGAGTACACTAA
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTG-GTGGGGGTGAG-GAGTGGAC-GG
* * * * *
932 TTCG-GGTGGTGAGTG-TACTAGTGGGGGTTG-GGAGTGGAAGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGAT-CTGGTGGGGG-TGAGGAGTGGACGG
* * * * * * * *
973 ATGGTGTTTGAGAGTGTTCTGGTAGGGCTGGGGAATGGACGG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
* * *
1015 ATGGTGGTTGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACG
1 GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACG
1056 AGTGACTGTG
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 231, Indels: 92
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.00
41 9 0.01
42 676 0.92
43 12 0.02
44 5 0.01
45 5 0.01
46 2 0.00
47 1 0.00
48 24 0.03
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.06, G:0.47, T:0.28
Consensus pattern (42 bp):
GTGGTGGTTGTGAGTGATCTGGTGGGGGTGAGGAGTGGACGG
Found at i:562 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 538--645 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 5.1 Consensus size: 21
528 GTGGGTGACA
538 AGTGGATGGGTGGTGGTTGTG
1 AGTGGATGGGTGGTGGTTGTG
* ** * *
559 AGTGCACCGATGATGG-TGTGG
1 AGTGGATGGGTGGTGGTTGT-G
* *
580 AGTGGACGAGTGGTGGTTGTG
1 AGTGGATGGGTGGTGGTTGTG
*
601 AGTGCACT-GGTGAG-GG-TGTGG
1 AGTGGA-TGGGTG-GTGGTTGT-G
* *
622 AGTGGATGGGTAGTGGTGGTG
1 AGTGGATGGGTGGTGGTTGTG
643 AGT
1 AGT
646 CTATTTGTGA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 16, Indels: 16
0.66 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.13
21 49 0.78
22 6 0.10
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.52, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
AGTGGATGGGTGGTGGTTGTG
Found at i:1086 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1040--1574 Score: 308
Period size: 42 Copynumber: 12.7 Consensus size: 42
1030 GCTCTAGTGG
* *
1040 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGACT-GTGGTGTGTCTACTTTTGA
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * * * * *
1082 GGGTGATGTGCGGGCGGGTGATGGTGGTGAGTGCT-CTGGTG-
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGT-CTACTTGTGA
* *
1123 GGGCTG-GAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCCACTAGTGA
1 GGG-TGAG-GAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * * *
1166 GGGTAATGAGTGGTCGATTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * *
1208 GGGTGTGGAGTGGACGGGT-AGTGGTGGTGAGTCCACTTGTGTA
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGTGAGTCTACTTGTG-A
* * *
1251 -GGTGAGGAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTCTAGTGGTGA
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * * *
1292 GGGTTTA-GAGTGTACGGGTGATGGTGGTGAGTCTACTGGTGA
1 GGG-TGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * * * *
1334 GGGTGTA-GAGTGTACGGGTGGTGATGGTGAGTCCAC-TGTTGA
1 GGGTG-AGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTG-TGA
* * * * * * * *
1376 GGGTGAAGAATGAACAATTGGTGGTGGTGAGTCAACTGGTGA
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
* * * * * * ** *
1418 GGTTAAAGAGTGGACGGGTGGTGATGGTGTTTGTAC-TGATTG-
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTG--TGA
* * **
1460 GGGTG-GTGAGTGGACG-GATGGTGTTGGTGAGTGGAC-TGTTGA
1 GGGTGAG-GAGTGGACGAG-TGATGGTGGTGAGTCTACTTG-TGA
* * * * * *
1502 GGGTGAAGAGTGGGCGGGTAATGGTGGTGAGTGTA-TTAGTGG
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTT-GTGA
* *
1544 GGGTGAAGAGTGGACGAGCGATGGTGGTGAG
1 GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAG
1575 CGCACAGGTA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 79, Indels: 50
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 15 0.04
42 360 0.93
43 14 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.48, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
GGGTGAGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGA
Found at i:1112 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 579--1574 Score: 398
Period size: 84 Copynumber: 11.8 Consensus size: 83
569 TGATGGTGTG
* * * * * * * *
579 GAGTGGACGAGTGGTGGTTGTGAGTGCACTGGTGAGGGTGTGGAGTGGATGGGT-AGTGGTGGTG
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTG-GGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGTG
* *
643 AGTCTATTTGTGAGGGTGAT
64 AGTCCACTTGTGAGGGTGAT
* * ** *
663 GAGTGGACAGGT-AGTGGTGGTGAGTGCGT-TAGTGGGTGTGGAGAGT-GAATAGGTGATGATGG
1 GAGTGGACGGGTGA-TGGTGGTGAGTGC-TCTAGTGGGGGTGG-GAGTGGACGA-GTGATGGTGG
* *
725 TGAGTCCACTGGTGAGGGTGAG
62 TGAGTCCACTTGTGAGGGTGAT
* * * * * *
747 GAGTGGACAGGT-AGTGGTGGTGACTGCGCTAGTGGGGGTGGAGAGTAGACGAGTGGTAGTGGTG
1 GAGTGGACGGGTGA-TGGTGGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTGG-GAGTGGACGAGTGATGGTGGTG
* *
811 AGTCCATTGGTGATGGTGAGGGTGAG
64 AGTCCA---CT--T-GTGAGGGTGAT
* * * * *
837 GAGTGGACAGGTTG-TGGTGGTGACAT-CGCTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACAGATTG-TGGTTG
1 GAGTGGAC-GGGTGATGGTGGTGA-GTGCTCTAGTGGGGGTG-GGAGTGGAC-GAGTGATGGTGG
**
899 TGAGTGAAC----GAGTGGTGAT
62 TGAGTCCACTTGTGAG-GGTGAT
** *
918 G-GTGAGTAC-ACTAATTCGGGTGGTGAGTG-TACTAGTGGGGGTTGGGAGTGGA--AG-GATGG
1 GAGTG-G-ACGGGTGA-T--GGTGGTGAGTGCT-CTAGTGGGGG-TGGGAGTGGACGAGTGATGG
* *** * **
977 TGTTTGAGAGTGTTCTGGT-AGGGCTGGG
59 TG---GTGAGTCCACTTGTGAGGG-TGAT
* * * *
1005 GAATGGACGGATGGTGGTTGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACGAGTGACT-GTGGTG
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTG-GGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGTG
* * *
1069 TGTCTACTTTTGAGGGTGAT
64 AGTCCACTTGTGAGGGTGAT
* * * * *
1089 GTGCGGGCGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTGGTGGGGCTGGAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGA
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTGG-GAGTGGACGAGTGATGGTGGTGA
* *
1154 GTCCACTAGTGAGGGTAAT
65 GTCCACTTGTGAGGGTGAT
* ** * * *
1173 GAGTGGTCGATTGATGGTGGTGAGT-CTACTTGTGAGGGTGTGGAGTGGACGGGT-AGTGGTGGT
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCT-CTAGTGGGGGTG-GGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGT
*
1236 GAGTCCACTTGTGTA-GGTGAG
63 GAGTCCACTTGTG-AGGGTGAT
* * * ** * *
1257 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGT-CTAGTGGTGAGGGTTTAGAGTGTACGGGTGATGGTGGTG
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCT-CTAGTG-GGGGTGGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTG
* *
1321 AGTCTACTGGTGAGGGTG-T
64 AGTCCACTTGTGAGGGTGAT
* * * * * * * * * * * *
1340 AGAGTGTACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACT-GTTGAGGGTGAAGAATGAACAATTGGTGGTGGT
1 -GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTAG-TGGGGGTG-GGAGTGGACGAGTGATGGTGGT
* * * * *
1404 GAGTCAACTGGTGAGGTTAAA
63 GAGTCCACTTGTGAGGGTGAT
* * ** * * *
1425 GAGTGGACGGGTGGTGATGGTGTTTG-TACT-GATTGGGGTGGTGAGTGGACG-GATGGTGTTGG
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCT-CTAG-TGGGGGTGG-GAGTGGACGAG-TGATGGTGG
** *
1487 TGAGTGGAC-TGTTGAGGGTGAA
62 TGAGTCCACTTG-TGAGGGTGAT
* * * * *
1509 GAGTGGGCGGGTAATGGTGGTGAGTG-TATTAGTGGGGGTGAAGAGTGGACGAGCGATGGTGGTG
1 GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCT-CTAGTGGGGGTG-GGAGTGGACGAGTGATGGTGGTG
1573 AG
64 AG
1575 CGCACAGGTA
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 151, Indels: 134
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
80 8 0.01
81 12 0.02
82 3 0.00
83 17 0.02
84 544 0.78
85 20 0.03
86 7 0.01
87 13 0.02
88 3 0.00
90 59 0.09
91 8 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.48, T:0.27
Consensus pattern (83 bp):
GAGTGGACGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTAGTGGGGGTGGGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAG
TCCACTTGTGAGGGTGAT
Found at i:1155 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1131--1281 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 7.2 Consensus size: 21
1121 TGGGGCTGGA
1131 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
1 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
** * * **
1152 GAGTCCACTAGTGAGGGTAAT
1 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
* *
1173 GAGTGGTCGATTGATGGTGGT
1 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
** ** *
1194 GAGTCTACTTGTGAGGGT-GT
1 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
*
1214 GGAGTGGACGGGT-AGTGGTGGT
1 -GAGTGGACGAGTGA-TGGTGGT
** **
1236 GAGTCCACTTGTG-TAGGTGAG-
1 GAGTGGACGAGTGAT-GGTG-GT
*
1257 GAGTGGACGGGTGATGGTGGT
1 GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
1278 GAGT
1 GAGT
1282 CTAGTGGTGA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 34, Indels: 16
0.64 0.25 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.06
21 79 0.90
22 4 0.05
ACGTcount: A:0.18, C:0.08, G:0.47, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
GAGTGGACGAGTGATGGTGGT
Found at i:1344 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1263--1353 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 4.3 Consensus size: 21
1253 TGAGGAGTGG
*
1263 ACGGGTGATGGTGGT-GAGTCT
1 ACGGGTGAGGGT-GTAGAGTCT
* *
1284 A-GTGGTGAGGGTTTAGAGTGT
1 ACG-GGTGAGGGTGTAGAGTCT
*
1305 ACGGGTGATGGTGGT-GAGTCT
1 ACGGGTGAGGGT-GTAGAGTCT
* *
1326 ACTGGTGAGGGTGTAGAGTGT
1 ACGGGTGAGGGTGTAGAGTCT
1347 ACGGGTG
1 ACGGGTG
1354 GTGATGGTGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 10
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.07
21 49 0.89
22 2 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.07, G:0.48, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
ACGGGTGAGGGTGTAGAGTCT
Found at i:1365 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1257--1365 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 5.2 Consensus size: 21
1247 TGTAGGTGAG
* *
1257 GAGTGGACGGGTGATGGTGGT
1 GAGTGTACGGGTGGTGGTGGT
* *
1278 GAGTCTA-GTGGTGAG-GGT-TT
1 GAGTGTACG-GGTG-GTGGTGGT
*
1298 AGAGTGTACGGGTGATGGTGGT
1 -GAGTGTACGGGTGGTGGTGGT
* *
1320 GAGTCTACTGGTGAG-GGT-GT
1 GAGTGTACGGGTG-GTGGTGGT
*
1340 AGAGTGTACGGGTGGTGATGGT
1 -GAGTGTACGGGTGGTGGTGGT
1362 GAGT
1 GAGT
1366 CCACTGTTGA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 13, Indels: 20
0.66 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.08
21 56 0.86
22 4 0.06
ACGTcount: A:0.17, C:0.06, G:0.50, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
GAGTGTACGGGTGGTGGTGGT
Found at i:1381 original size:126 final size:125
Alignment explanation
Indices: 1019--1574 Score: 444
Period size: 126 Copynumber: 4.4 Consensus size: 125
1009 GGACGGATGG
* * * * * **
1019 TGGTTGTGAGTGCT-CTAGTGGGGGTGAGGAGTGGACGAGTGACT-GTGGTGTGTCTACTTTTGA
1 TGGTGGTGAGT-CTACTAGTGAGGGTTAAGAGTGGACGAGTGA-TGGTGGTGAGTCTACTGGTGA
* * * * * * * * *
1082 GGGTGATGTGCGGGCGGGTGATGGTGGTGAGTGCTCTGGTG-GGGCTGGAGAGTGGACGAGTGA
64 GGGTG-TGAGTGGACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGTTGAGGG-TGAAGAGTGGACGAGTGA
* * * *
1145 TGGTGGTGAGTCCACTAGTGAGGG-TAATGAGTGGTCGATTGATGGTGGTGAGTCTACTTGTGAG
1 TGGTGGTGAGTCTACTAGTGAGGGTTAA-GAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTGGTGAG
* * * *
1209 GGTGTGGAGTGGACGGGTAGTGGTGGTGAGTCCACT-TGTGTA-GGTGAGGAGTGGACGGGTGA
65 GGTGT-GAGTGGACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGT-TG-AGGGTGAAGAGTGGACGAGTGA
* * * * *
1271 TGGTGGTGAGTCTAGTGGTGAGGGTTTAGAGTGTACGGGTGATGGTGGTGAGTCTACTGGTGAGG
1 TGGTGGTGAGTCTACTAGTGAGGGTTAAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTGGTGAGG
* * * * * *
1336 GTGTAGAGTGTACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGTTGAGGGTGAAGAATGAACAATTGG
66 GTGT-GAGTGGACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGTTGAGGGTGAAGAGTGGACGAGTGA
* * * * * ** * *
1397 TGGTGGTGAGTCAACTGGTGA-GGTTAAAGAGTGGACGGGTGGTGATGGTGTTTGTACTGATTG-
1 TGGTGGTGAGTCTACTAGTGAGGGTT-AAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTG-GTGA
* * ** * * *
1460 GGGTGGTGAGTGGACGGATGGTGTTGGTGAGTGGACTGTTGAGGGTGAAGAGTGGGCGGGTAA
64 GGGT-GTGAGTGGACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGTTGAGGGTGAAGAGTGGACGAGTGA
* * * * *
1523 TGGTGGTGAGTGTATTAGTGGGGGTGAAGAGTGGACGAGCGATGGTGGTGAG
1 TGGTGGTGAGTCTACTAGTGAGGGTTAAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAG
1575 CGCACAGGTA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 75, Indels: 28
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
125 9 0.03
126 320 0.94
127 12 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.07, G:0.47, T:0.28
Consensus pattern (125 bp):
TGGTGGTGAGTCTACTAGTGAGGGTTAAGAGTGGACGAGTGATGGTGGTGAGTCTACTGGTGAGG
GTGTGAGTGGACGGGTGGTGATGGTGAGTCCACTGTTGAGGGTGAAGAGTGGACGAGTGA
Found at i:1675 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1582--1678 Score: 103
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
1572 GAGCGCACAG
* * *
1582 GTAG-GGGTGGAGAGTGGATAAGTGGTGGTGGTGAATGCATTG
1 GTAGTGGGTGGAGAGTGGATAAGTGGCGGTGGTGAATGCACTA
* * *
1624 GTAGT-GGTGGGGAGTGGACT-TGTGGCGGTGTTGAATGCACTA
1 GTAGTGGGTGGAGAGTGGA-TAAGTGGCGGTGGTGAATGCACTA
1666 GT-GTGGGTGGAGA
1 GTAGTGGGTGGAGA
1679 TTGAACCAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 6
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.04
42 42 0.93
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.49, T:0.27
Consensus pattern (43 bp):
GTAGTGGGTGGAGAGTGGATAAGTGGCGGTGGTGAATGCACTA
Found at i:3436 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 3231--3620 Score: 566
Period size: 77 Copynumber: 5.0 Consensus size: 77
3221 TTTACCAAAT
* * *
3231 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGATCCTTATACTTTAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
3296 CTAAAATTCATG
66 CTAAAATTCATG
* * * *
3308 ATAATTAACTTGTATTTTATATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTTTATTTTGGTCCTTATACT
1 ---A-TAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACT
* *
3373 ATATTTAAAATTCTTG
62 ATATCTAAAATTCATG
* * *
3389 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTAAAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
*
3454 CTAAAATTCACG
66 CTAAAATTCATG
* * *
3466 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTATA-TTTGGTCCTTATACTATAC
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
*
3530 CTAAACTTCATG
66 CTAAAATTCATG
*
3542 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTGAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
*
3607 CTAAAATTAATG
66 CTAAAATTCATG
3619 AT
1 AT
3621 TTAGTTTTTA
Statistics
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Consensus pattern (77 bp):
ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTAAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
CTAAAATTCATG
Found at i:3479 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 3355--3479 Score: 104
Period size: 42 Copynumber: 3.1 Consensus size: 41
3345 GGTTATATTT
* *
3355 TATTTTGGTCCTTATACTATATTTAAAATTCTTGATAACTTG
1 TATTTTGGTCCTTATACTTTATTTAAAATTC-AGATAACTTG
* * *
3397 TA-TTT--T-C-TAT-CTTTAGTTTAAAA-T-AGGTCAAATTA
1 TATTTTGGTCCTTATACTTTA-TTTAAAATTCAGAT-AACTTG
*
3432 TATTTTGGTCCTTATACTTTATCTAAAATTCACGATAACTTG
1 TATTTTGGTCCTTATACTTTATTTAAAATTCA-GATAACTTG
3474 TATTTT
1 TATTTT
3480 CTATCTTTAG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 22
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.50
Consensus pattern (41 bp):
TATTTTGGTCCTTATACTTTATTTAAAATTCAGATAACTTG
Found at i:3577 original size:153 final size:156
Alignment explanation
Indices: 3231--3614 Score: 621
Period size: 153 Copynumber: 2.5 Consensus size: 156
3221 TTTACCAAAT
*
3231 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGATCCTTATACTTTAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
* *
3296 CTAAAATTCATGATAATTAACTTGTATTTTATATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTTTATTTT
66 CTAAAATTCACG--AATTAACTTGTATTTTATATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTATATTTT
** *
3361 GGTCCTTATACTATATTTAAAATTCTTG
129 GGTCCTTATACTATACCTAAAATTCATG
*
3389 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTAAAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
*
3454 CTAAAATTCACG-A-TAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTATA-TTTGG
66 CTAAAATTCACGAATTAACTTGTATTTTATATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTATATTTTGG
*
3516 TCCTTATACTATACCTAAACTTCATG
131 TCCTTATACTATACCTAAAATTCATG
** *
3542 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTTGAATTATATTTTGGTCCTTATACTATAT
1 ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
3607 CTAAAATT
66 CTAAAATT
3615 AATGATTTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.49
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ATAACTTGTATTTTCTATCTTTAGTTTACAATAGGTCAAATTATATTTTGGTCCTTATACTTTAT
CTAAAATTCACGAATTAACTTGTATTTTATATCTTTAGTTTACTATAGGTTATATTATATTTTGG
TCCTTATACTATACCTAAAATTCATG
Found at i:8793 original size:7 final size:7
Alignment explanation
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Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
8773 GTTCCTTGTG
8783 AAGAAGA
1 AAGAAGA
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1 AAGAAGA
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1 AAGAAGA
8804 AAGAA
1 AAGAA
8809 AATGTGATGA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.27, T:0.00
Consensus pattern (7 bp):
AAGAAGA
Found at i:16479 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 16350--16508 Score: 309
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
16340 ATTAATAAAA
*
16350 TAAAAGGATTAAATCGTAAAAGGTGCAAAAGTTGAATTTTTCTAATTAAAAGTATTAGGTATCAA
1 TAAAAGGATTAAATCGTAAAAGGTGCAAAAGTTGAAATTTTCTAATTAAAAGTATTAGGTATCAA
16415 TTGGAGGTTTAGT
66 TTGGAGGTTTAGT
16428 TAAAAGGATTAAATCGTAAAAGGTGCAAAAGTTGAAATTTTCTAATTAAAAGTATTAGGTATCAA
1 TAAAAGGATTAAATCGTAAAAGGTGCAAAAGTTGAAATTTTCTAATTAAAAGTATTAGGTATCAA
16493 TTGGAGGTTTAGT
66 TTGGAGGTTTAGT
16506 TAA
1 TAA
16509 GGCACCTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAGGATTAAATCGTAAAAGGTGCAAAAGTTGAAATTTTCTAATTAAAAGTATTAGGTATCAA
TTGGAGGTTTAGT
Found at i:16680 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 16631--16679 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
16621 CAAATTAAAA
16631 CGAAAGATAAAAATTCATCGTTTTT
1 CGAAAGATAAAAATTCATCGTTTTT
* *
16656 CGAAAGTTAAAATTTCATCGTTTT
1 CGAAAGATAAAAATTCATCGTTTT
16680 CTTTCTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (25 bp):
CGAAAGATAAAAATTCATCGTTTTT
Found at i:23179 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 23052--23205 Score: 166
Period size: 60 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
23042 TAAAATAGGA
** * * * * *
23052 GGAGGTGATAGAGCCGATGAAGGTTGGGATTGTACTGGTGGTGATAGAGACCTGACGGGT
1 GGAGGTGATAGAGTTGGTGGAGGTTGGGATTGTACAGGTGGTGATAAAGACCTGACCGGT
*** * *
23112 TTTGGTGATGGAGTTGG-GAGAGGTTGGGATTGTACAGGTGGTGATAAAGACCTGACCTGT
1 GGAGGTGATAGAGTTGGTG-GAGGTTGGGATTGTACAGGTGGTGATAAAGACCTGACCGGT
* *
23172 GGAGGTGATAGAGTTGGTGGAAGTGGGGATTGTA
1 GGAGGTGATAGAGTTGGTGGAGGTTGGGATTGTA
23206 TTGGAGGTGG
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 18, Indels: 4
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
59 1 0.01
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ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.44, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
GGAGGTGATAGAGTTGGTGGAGGTTGGGATTGTACAGGTGGTGATAAAGACCTGACCGGT
Found at i:23333 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23308--23357 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
23298 GGTGATAGAG
*
23308 TTGGTGGAGGTCGAGA-TTGTA
1 TTGGTGGAGGTAGAGACTTG-A
*
23329 TTGGTGGTGGTAGAGACTTGA
1 TTGGTGGAGGTAGAGACTTGA
*
23350 TGGGTGGA
1 TTGGTGGA
23358 AAGTGCTCAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 2
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 21 0.88
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Consensus pattern (21 bp):
TTGGTGGAGGTAGAGACTTGA
Found at i:23402 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 23356--23477 Score: 145
Period size: 42 Copynumber: 2.9 Consensus size: 41
23346 TTGATGGGTG
* *
23356 GAAAGTGCTCAGGTAATGGTGGTGACTGCACTGGTGGAGGTA
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** * *
23398 GAAAGTGCTCTGGTAGTATTGGTGAGTGCACTGGTGGGGGTG
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* *
23440 GAAAGTGCTCGAATAGTGGTGGTGGGTGCACTGGTGGA
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23478 TGCTGGGATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 12, Indels: 2
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41 1 0.01
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GAAAGTGCTCGGTAGTGGTGGTGAGTGCACTGGTGGAGGTA
Found at i:23522 original size:18 final size:18
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Indices: 23499--23534 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
23489 GACAGATAGA
*
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23517 GGTGGTGAGTACACTGGT
1 GGTGGTGAGTACACTGGT
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Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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GGTGGTGAGTACACTGGT
Done.