Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010793.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125760, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4793
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Found at i:384 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 1--4793 Score: 6846
Period size: 221 Copynumber: 21.4 Consensus size: 221
*
1 AAGGATTGTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * *
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66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
** *
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGAAACACAAATGACGTGGTGCCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
196 TCAATCCTTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* **
222 AAGGATTGTATGACACAAAGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * *
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66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
352 AAAATATTGATGTGGCGTAAAATTATTGGAAAAGGGGCACAAATAACGTGGTGTCACTGTTTTAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTG---T-T
*
417 TCAATCCTTTTCCATTTTATTAAATCATTTTCCATTGACGAAGAGA
192 TC-A-----TT-C---------AATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
463 AAGGATTGTATGAAACAAGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * *
528 CCTAAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTCTCAAGATGAAAATGTTGATATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
593 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACCAATAGAAAAGGGACACAAATGATGTGGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
658 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
684 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGACACATCAACAATTTAAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * *
749 CCTGAATTTCAGGATTTTATTTTTAATTTGATTTTTACAGGATGAAAATGTTAAAATTAAGAAAG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * * *
814 AAAATATTGATGTGGCGTAAAACTATTAGAAAAGGGACACAAATGTCGTTGTGTAACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
879 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
905 AAGGATTGTATGAAACAAGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * *
970 CCTAAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTCTCAAGATGAAAATGTTGACATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
1035 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACCAATAGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACAGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
1100 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
*
1126 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGACACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * *
1191 CCTGAATTTCAGGATTTTATTTTTAATTTGATTTTTACAGAATGAAAATGTTAAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
1256 AAAATATTGATGTGGCGTAAAACTATTAGAAAAGGGACACAAATGACGTTGTGTAACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
1321 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGT
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
1347 AAGGATAGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* *
1412 CCTGAATTTCAGGACTTTAATTTTAATTTGATTTTCTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * * *
1477 GAAATACTGATGTGGTGTAAAACTGTTGGAAAACGGACACAAATGACGTTGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
1542 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
*
1568 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATTGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
** * * ** *
1633 TTTGAATTTTAGGATTTTAATTTTAATTTTAAATTTTCAGGATGAAAATGTTCAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
*
1698 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTAATGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
* *
1763 TCAATTC-TTTTCCATTGAAGAGGGGA
196 TCAA-TCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
1789 AAGAATTGTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACA-CTAACAATTTCA
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATC-AACAATTTCA
* * *
1853 TCCTGTATTTCAGGATTTTGATTTTAATAT-ATTTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAA
65 TCCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGA-TTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAA
* * *
1917 TGAAAATAATGATATGGCGTAAAACTATTGTAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTC
129 TGAAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTC
*
1982 ATTCAATCCTTTTCCATTGAAGAAGAGA
194 ATTCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * *
2010 AAGGATTCTATGAAACTGGGATATTATCCCTTTCCATTAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* ** *
2075 CTTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAATATGAAAATGTTAAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * * **
2140 AAAATACTGATGTGTCGTAAAACTATTAGAAAAGGGACACAGATGACGTCGTGTCACAATTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
2205 TCAATCCTTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * *
2231 AAGGATTGTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAGTAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* *
2296 CCTGTATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGTTTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
2361 AAAATACTGATATGGTGTAAAACTATTAGAAAAGGAACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
* * *
2426 TCAATCCTTTTCCATTAAAGAATAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * ** * * *
2452 AAGGGTAGTATGAAGTAGGGATATTATCCCTTTCCGATAGTTTTTTGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * * *
2517 CTTGAATTTTCAGGATTTTTATTTTAATTTGTTTCTTTTCAGGATGTAAATGTTGAAATTAAGAC
66 CCTGAA-TTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATT-TTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAA
* * * *
2582 TGAAAATACTGATGTAGCGTAAAATTATTGAAAAAGGGACACAAATGACGTGGTTTCACTGTTTT
129 TGAAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTG---T
2647 ATTCAATCCTTTTCCATTTTATTAAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
191 -TTC-A-----TT-C---------AATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
** *
2695 AAGGATTGTATGAAACAAAGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * *
2760 CCTAAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTCTCAGGATGAAAATGTTGACATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
2825 AAAATACTGATGTGGCATAAAAAC-AATAGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTGTCA
131 AAAATACTGATGTGGCGT-AAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCA
*
2889 TTCAATCATTTTCCATTAAAGAAGAGA
195 TTCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
2916 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
** * * *
2981 TTTCAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTTAATTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* ** ** *
3046 AAAATACTGATTTGGCGTAAAACTAACGGAAAAGATACACAAATGACGTGGTGTAACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
* *
3111 TCAATCCTTTTCCATTGAAGAGGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * *
3137 AAGGATTTTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* *
3202 CCTGTATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATATTGAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* *
3267 AAAATACTGATATGGCGTAAAACTATTAGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
* * *
3332 TCAATCCTTTCCCATTGAAGAAAAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * * *
3358 AAGGATTGTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAGTAGTTTTATGCCACACCAACAATTTAAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * *
3423 CCTGTATTTTAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTCCAGGATGAAAATGTTAAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * ** * *
3488 AAAATACTGATGTGGCATAAAATTATTGGAAAAGGGACTGAAATGACGTTGTTTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
3553 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
*
3579 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACACCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* *
3644 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTACAGGATGAAAATGTTAAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* *
3709 AAAATATTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTTGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
3774 TCAATCATTTTCCATTGAAGAGGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
3800 AAGGATTGTATAAAATAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * * * *
3865 CTTGAATTTCAGGATTTTGATTTTAATTTGATTTTTCCAGGATGAAAATGTTTAAATTAAGAATC
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* ** * *
3930 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACAATTGGAAAAGAAACACCAATGACGTGGTGCCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
3995 TCAATCCTTTTCCATTGAAGAAGAGA
196 TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* **
4021 AAGGATTGTATGACACAAAGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
* * *
4086 CCGGAATTTCAGGATTATAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATT
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * *
4151 AAAATATTGATGTGGCGTAAAATTATTGGAAAAGGGGCACAAATAACGTGGTGTCACTGTTTTAA
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTG------
4216 TCCTTTTCCATTTTATTCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
190 ----TTT-C-----ATTCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* *
4258 AAGGATTGTACGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATTGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
** * * * *
4323 TTTGAATTTTAGGATTTTAATTTTATTTTTATTTTTTCAGGATGAAAATGTTAAAATTAAGAATG
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
* * * * *
4388 AAAGTATTGATGTAGTGTAAAACTAATGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
131 AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
*
4453 TCAATTC-TTTTCCATTGAAGAGGAGA
196 TCAA-TCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
*
4479 AAGGATTGTATAAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACA-CTAACAATTTCA
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATC-AACAATTTCA
* * *
4543 TCCTGTATTTCAGGATTTTGATTTTAATAT-ATTTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAA
65 TCCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGA-TTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAA
* * *
4607 TGAAAATAATGATATGGCGTAAAACTATTGTAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTC
129 TGAAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTC
*
4672 ATTCAATCCTTTTCCATTGAAGAAGAGA
194 ATTCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
* * *
4700 AAGGATTCTATGAAACTGGGATATTATCCCTTTCCATTAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
1 AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
*
4765 CCTGAATTTCAGGCTTTTAATTTTAATTT
66 CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTT
Statistics
Matches: 4102, Mismatches: 399, Indels: 142
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
220 13 0.00
221 3362 0.82
222 33 0.01
223 81 0.02
224 1 0.00
225 3 0.00
226 3 0.00
227 6 0.00
228 1 0.00
230 2 0.00
231 9 0.00
232 2 0.00
233 2 0.00
234 1 0.00
236 2 0.00
237 200 0.05
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241 268 0.07
242 29 0.01
243 82 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (221 bp):
AAGGATTGTATGAAACAGGGATATTATCCCTTTCCAATAGTTTTATGCCACATCAACAATTTCAT
CCTGAATTTCAGGATTTTAATTTTAATTTGATTTTTTCAGGATGAAAATGTTGAAATTAAGAATG
AAAATACTGATGTGGCGTAAAACTATTGGAAAAGGGACACAAATGACGTGGTGTCACTGTTTCAT
TCAATCATTTTCCATTGAAGAAGAGA
Found at i:436 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 411--452 Score: 66
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
401 GGTGTCACTG
* *
411 TTTTATTCAATCCTTTTCCA
1 TTTTATTAAATCATTTTCCA
431 TTTTATTAAATCATTTTCCA
1 TTTTATTAAATCATTTTCCA
451 TT
1 TT
453 GACGAAGAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATTAAATCATTTTCCA
Found at i:2668 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2643--2684 Score: 66
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
2633 GGTTTCACTG
* *
2643 TTTTATTCAATCCTTTTCCA
1 TTTTATTAAATCATTTTCCA
2663 TTTTATTAAATCATTTTCCA
1 TTTTATTAAATCATTTTCCA
2683 TT
1 TT
2685 GAAGAAGAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATTAAATCATTTTCCA
Done.