Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01010914.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125882, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22249
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.17, T:0.31
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3830 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3772--3830 Score: 64
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
3762 ACAATGGAGT
* * *
3772 AAAAATACCAAAGAAACAAATTAAATT
1 AAAAAAACCAAAGAAACAAAATAAATC
* *
3799 AAAAAAACCAAATAAATAAAATAATATC
1 AAAAAAACCAAAGAAACAAAATAA-ATC
3827 AAAA
1 AAAA
3831 CAAATAAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
27 20 0.77
28 6 0.23
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AAAAAAACCAAAGAAACAAAATAAATC
Found at i:5560 original size:16 final size:18
Alignment explanation
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5529 AGGAGCAGAC
5539 GAGGAG-ACTCT-GGGCA
1 GAGGAGCACTCTCGGGCA
*
5555 GAGGAGCAGTCTCGGGCA
1 GAGGAGCACTCTCGGGCA
5573 GAGGA
1 GAGGA
5578 ACAATCTCGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.30
17 4 0.20
18 10 0.50
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Consensus pattern (18 bp):
GAGGAGCACTCTCGGGCA
Found at i:5585 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5550--5586 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
5540 AGGAGACTCT
* *
5550 GGGCAGAGGAGCAGTCTC
1 GGGCAGAGGAACAATCTC
5568 GGGCAGAGGAACAATCTC
1 GGGCAGAGGAACAATCTC
5586 G
1 G
5587 AGAGCCGAGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.41, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
GGGCAGAGGAACAATCTC
Found at i:7874 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 6018--8695 Score: 2933
Period size: 339 Copynumber: 8.0 Consensus size: 336
6008 TCTACACATC
* * * *
6018 GTATTCGTGGCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGATGTATTTTGTGT
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTC-GGTAGACGTATTTTGCGA
* *
6083 ATAAAAAAATAAAATAAAAAATACAAAGTATGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
65 ATAAAAAAATAAAAT--AAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
* *
6148 TATCTT-GCAAAATTG-AAACTTACGATAACTAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
128 TAT-TTCGCAAAA-TGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGA
* * ** * *
6211 CTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGATTGTAGAGTTTTAA
191 CTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAA
* * * * ** *
6276 TGGGATCCGATGCATTATTGCTGGTATGATCGCACCCTTTAGGTTTTGTGCAATCTATTAACATA
256 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTTACATA
*
6341 AAGGCTATCTTTCATCA
321 AAGGCTACCTTTCAT-A
* * * *
6358 -CATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCT---T-G--G-A-TTTGCAAA
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGTAGACGTATTTTGCGAA
* * * * *
6414 TAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAACTACGCGAATAATTTTCATGTTTCCCAAGAAGCATTATTA
66 TAAAAAAATAAAAT-AAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTA
* * *
6479 TTTAGCAAAATGCAAACTTACGATATATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
130 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGACTTC
* * * *
6544 CCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCACGTCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTAATGGG
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAATGGG
* * *
6609 ATCCAGTGCATTAGTGCTGGAATGAACACACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAAAG
260 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCACAATCTATTTACATAAAG
*
6674 GCTACCTTTCATC
324 GCTACCTTTCATA
* * * *
6687 GTATTCGAGGCTCAAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTAGGATAGACGTATTTTGC-A
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGG-TAGACGTATTTTGCGA
* * * *
6751 A-AAAAAAATAAAAT----TGCAAAGTTCTCAAATAATGTTAATATTTCCCAATAAGCATTATTA
65 ATAAAAAAATAAAATAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTA
* * * * *
6811 TTTCGAAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAATAAAAAAGAGAGGTGCAACACGAGGACATC
130 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGACTTC
* * * * *
6876 CTAGGAGGTCACTCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGATTGCGGAGTTCTGATGGG
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAATGGG
* * *
6941 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGACCGCACCCGCTAGGTTTTGCACAATCT-TTTAACATAAAA
260 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTT-ACATAAAG
*
7005 GCTACCTTCCATCA
324 GCTACCTTTCAT-A
* * * * * *
7019 -CATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACTCAAATCAA-GTTCTGGTAAACATATTTTGC
1 GTATTCGTGCCTCGAA-TTCGAATGTAAATATACCCAAAT-AATGCTC-GGTAGACGTATTTTGC
* * *
7082 GAATAAGAATATAAAATAATAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCGAATAAGCATTA
63 GAATAAAAAAATAAAATAA-AATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTA
**
7147 TTATTTCATAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
127 TTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
* * *
7212 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTATCGCCCAAGCACGCTTGACTTC-GAAGTTCTAA
192 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAA-TTCTAA
* * * * * * * * *
7276 TGGGATCCGATGCATTAGTGATAGTATGACCGCACCCTTTAGATTTTACGCAATCTATTAACATA
256 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTTACATA
*
7341 AAGGCTACCTTTCATG
321 AAGGCTACCTTTCATA
* * * * * * *
7357 GTATTCGTTCCTCGAATTTGAATGTAAATATATCCAAATAAAGCTTGGGAAGACGTGA-TTTACG
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGC-TCGGTAGACGT-ATTTTGCG
* * * *
7421 --------AAT--AATAAAATGCAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTCCCAAGAAGCTTTATT
64 AATAAAAAAATAAAATAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATT
* * * * *
7476 ATTTCGTAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAGTAAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGATGAC
129 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATA--ATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
* * * * *
7541 TTCCCAAGAGGTCACCCATTCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTGACTGCGTAATTCTAAT
192 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAAT
* * * * * *
7606 GGAATCCGGTGCATTAATGCTGGTATGAATGCACCCATTAGGATTTTTCGCAATCTATTTACATA
257 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCACAATCTATTTACATA
*
7671 AAAGCTACCTTTCATA
321 AAGGCTACCTTTCATA
* ** * *
7687 GTATTCATGGGTCGAATTCAAAAGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGATAGACGTATTTTGCGA
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGG-TAGACGTATTTTGCGA
* * *
7752 ATAAAAAAATAAAATAAAACTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTCCCCAATAATCATTATT
65 ATAAAAAAATAAAATAAAA-TGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATT
* * * * *
7817 ATTTCGTAAAATACAAAATTATGATAATTAAAATAATAATAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
129 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT-A-AAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
** * * *
7882 TTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAATCATACTTGACTGCGGAATTCTAAT
192 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAAT
* *
7947 GGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTAAGGATTTTGCACAATCTATTTACATA
257 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCACAATCTATTTACATA
*
8012 AAGGCTACCTTTCATC
321 AAGGCTACCTTTCATA
* * * * * * *
8028 TTATTTGTGGCTCAAATTCGAATGTAAATATACTCAAATAATGATCGGGTAGACGTATTTTACGA
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTC-GGTAGACGTATTTTGCGA
* * * * *
8093 ATAAGAACATAAAATAAAAATGCAAAGTACACTAAAAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCAATATT
65 ATAAAAAAATAAAAT-AAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATT
* * * *
8158 ATTTTGCAAATTGCAAACTTATGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACATAAGGACT
129 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT-AAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGACT
* * * * *
8223 TCCCAGGAGGTCACCCGTCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC-CGTTGTCTGCAGAGTTCTGAT
193 TCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACAC-TTGACTGCGGAATTCTAAT
* ** * * * *** * *
8287 GGAATCTAGTGCATTAGCGCTGGTATCACCGCACCTACTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACATAA
257 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTTACATAA
*
8352 AGGCTACCTTTCATC
322 AGGCTACCTTTCATA
* * * * * * * * *
8367 GCATTTGTACCCCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCAGGTAGAAGTACTTCGCG-
1 GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTC-GGTAGACGTATTTTGCGA
* * *
8431 -------AAT-AAA-AAAATGTAAAGTATGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
65 ATAAAAAAATAAAATAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTA
* * ** * * * *
8487 TTTAGCAAAATGTAAACTTAAAATAAATAAAATAATAATAAAAAAGAAGGGTGAAACACAATGTC
130 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAAT--AA-AATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGAC
* * ** * * * *
8552 TTCCGAGGAGGTCACCCA-CTCTAGTACTACTCTCGCCCAAGTATGCTTGACAGTGGAGTTCTGA
192 TTCCCAGGAGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAA
* *
8616 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACACACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTACTTACATA
256 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTTACATA
8681 AAGGCTACCTTTCAT
321 AAGGCTACCTTTCAT
8696 CGTCTCGAAA
Statistics
Matches: 1986, Mismatches: 294, Indels: 126
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
327 75 0.04
328 76 0.04
329 309 0.16
330 322 0.16
331 52 0.03
332 225 0.11
333 6 0.00
334 13 0.01
335 2 0.00
337 16 0.01
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339 363 0.18
340 120 0.06
341 360 0.18
342 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (336 bp):
GTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGTAGACGTATTTTGCGAA
TAAAAAAATAAAATAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTAT
TTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCC
CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAATGGGA
TCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCACAATCTATTTACATAAAGGC
TACCTTTCATA
Found at i:10652 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10501--10929 Score: 253
Period size: 29 Copynumber: 15.0 Consensus size: 27
10491 TGGACATTCG
* * *
10501 GGGTAAAAGGGTAATATTTGGAAGTTTCG
1 GGGTAAAA-TGTAATTTTTGGAAGTTT-T
* * *
10530 GGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTCTG
1 GGGT--AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
* *
10558 GGGAAAAAAGTAATTTTTGGAAGTTTT
1 GGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
* * * * **
10585 AGGGTCAAAAATGGATTTTTTTGAGGTTCA
1 -GGGT--AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
*
10615 GGGCTAAAATGATAATTTTTGAAAGTTTT
1 GGG-TAAAATG-TAATTTTTGGAAGTTTT
* *
10644 GGGTTAAATCG-AGATTTTTGGAAG-TTC
1 GGGTAAAAT-GTA-ATTTTTGGAAGTTTT
* *
10671 GAGGTGAAATGTAATTTTTAGAAGTTTT
1 G-GGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
* *
10699 AGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAG
1 -GGG-T-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTT-T
10730 GGGTAAAATGTAATTTTT-GAAGTTTT
1 GGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
* ** * *
10756 AGGGCCAAAATCAAGATTTTTTGAAGTTTGG
1 -GGG-TAAAATGTA-ATTTTTGGAAGTTT-T
10787 GGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAGTTTT
1 GGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
*
10814 GGGTTAAAATCG-AGATTTTTGGAAGTTTAG
1 GGG-TAAAAT-GTA-ATTTTTGGAAGTTT-T
*
10844 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCA
1 GGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTT-T
10873 GGGTTAAAAT-TGAGATTTTTGGAAG-TTT
1 GGG-TAAAATGT-A-ATTTTTGGAAGTTTT
10901 GAGGATAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTT
1 G-GG-T-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTT
10930 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 50, Indels: 73
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
26 7 0.02
27 45 0.14
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31 5 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.27, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
GGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTT
Found at i:10752 original size:57 final size:59
Alignment explanation
Indices: 10500--10933 Score: 427
Period size: 57 Copynumber: 7.5 Consensus size: 59
10490 TTGGACATTC
* * ** * * *
10500 GGGGTAAAAGGGTAATATTTGGAAGTTTCGGGGTCAAAAAT-G-GAATTTTGGAAGTCT-
1 GGGGTAAAA-TGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
* * * * * *
10557 GGGGAAAAAAGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT-G-GATTTTTTTGAGGTTCA
1 GGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGA-TTTTTGGAAGTTTA
* * *
10615 GGGCTAAAATGATAATTTTTGAAAGTTTT-GGGTT--AAATCGAGATTTTTGGAAG-TTC
1 GGGGTAAAATG-TAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
* * * *
10671 GAGGTGAAATGTAATTTTTAGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
** * * *
10729 GGGGTAAAATGTAATTTTT-GAAGTTTTAGGG-CCAAAATCAAGATTTTTTGAAGTTTG
1 GGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
10786 GGGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAGTTTT-GGGTT-AAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
* *
10843 GGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAGGGTT-AAAATTGAGATTTTTGGAAGTTT-
1 GGGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
*
10901 GAGGATAAAAATGTAATTTTTGGAAG-TTTAGGG
1 G-GGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGG
10934 ACCTCCAAGG
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 42, Indels: 31
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
55 15 0.05
56 54 0.17
57 109 0.34
58 75 0.24
59 66 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.28, T:0.37
Consensus pattern (59 bp):
GGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATCGAGATTTTTGGAAGTTTA
Found at i:12557 original size:23 final size:26
Alignment explanation
Indices: 12531--12577 Score: 64
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
12521 CCAATTGCGA
12531 TTGGG-CCTTT-AAA-TTGGGCTTGT
1 TTGGGTCCTTTAAAATTTGGGCTTGT
*
12554 TTGGGTCTTTTAAAATTTGGGCTT
1 TTGGGTCCTTTAAAATTTGGGCTT
12578 AGGTTAGTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.25
24 4 0.20
25 3 0.15
26 8 0.40
ACGTcount: A:0.15, C:0.11, G:0.28, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTGGGTCCTTTAAAATTTGGGCTTGT
Found at i:12658 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12633--12687 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
12623 TAACTGGATT
*
12633 TTTTTAATTAATTTAAA
1 TTTTAAATTAATTTAAA
*
12650 TTTTAAATTCAAATTAAA
1 TTTTAAATT-AATTTAAA
12668 -TTTAAACTTAATTTAAA
1 TTTTAAA-TTAATTTAAA
12685 TTT
1 TTT
12688 AAACTTAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.66
18 11 0.34
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAATTAATTTAAA
Found at i:12678 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 12638--12696 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
12628 GGATTTTTTT
*
12638 AATT-AATTTAAATTTTAAATTCA
1 AATTAAATTTAAATCTT-AATTCA
*
12661 AATTAAATTTAAA-CTTAATTTA
1 AATTAAATTTAAATCTTAATTCA
*
12683 AATTTAAACTTAAA
1 AA-TTAAATTTAAA
12697 AGAAAAGTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.23
23 16 0.52
24 8 0.26
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
AATTAAATTTAAATCTTAATTCA
Found at i:12688 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12640--12727 Score: 88
Period size: 17 Copynumber: 5.0 Consensus size: 17
12630 ATTTTTTTAA
*
12640 TTAATTTAAATTTTAAA-
1 TTAAATTAAA-TTTAAAC
12657 TTCAAATTAAATTTAAAC
1 TT-AAATTAAATTTAAAC
*
12675 TTAATTTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
**
12692 TTAAAAGAAAAGTTTAAAC
1 TT-AAATTAAA-TTTAAAC
*
12711 TTAAACTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
12728 CCAAAATGAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 7, Indels: 8
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 31 0.52
18 20 0.33
19 9 0.15
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTAAATTTAAAC
Found at i:12695 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 12642--12715 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 6.2 Consensus size: 12
12632 TTTTTTAATT
*
12642 AATTTAAATTTTA
1 AATTTAAA-CTTA
*
12655 AATTCAAA-TTA
1 AATTTAAACTTA
12666 AATTTAAACTT-
1 AATTTAAACTTA
*
12677 AATTTAAATTTA
1 AATTTAAACTTA
* ***
12689 AACTTAAAAGAA
1 AATTTAAACTTA
12701 AAGTTTAAACTTA
1 AA-TTTAAACTTA
12714 AA
1 AA
12716 CTAAATTTAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 11, Indels: 6
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
11 20 0.43
12 12 0.26
13 15 0.32
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (12 bp):
AATTTAAACTTA
Found at i:15425 original size:339 final size:329
Alignment explanation
Indices: 14321--16869 Score: 3086
Period size: 339 Copynumber: 7.6 Consensus size: 329
14311 GAAATAATAA
* * * *
14321 AATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTCCCAATAAGTATTATTATTTCGC
1 AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* * *
14386 AAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATTAAAAAAAGAGGGGTGCAGCACGAGGACTTCCCAA
65 AAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAA-T-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAG
* * * * *
14451 GAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACACCTGACTGCGGAGTTCTGATAGGATCT
128 GAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGATCC
* * * *
14516 GGTGCATTAGTGCTGGTATGAACACACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAAAGGCTA
193 GATGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTA
* * * *
14581 CCTTTCATCGTATTCGAGACTCGAATTCGAATGTAAATAAACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGT
258 CCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC-T
*
14646 ATTTTGCG
322 TTTTTGCG
*
14654 AAAAAAATAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTAT
1 -----AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTAT
* * * *
14719 TTCGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAATAAAAAAG-GGGGTGCAACACAAGGACATT-
60 TTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAAC-TTC
** * *
14782 CCAGGAGGTCACTGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGATTGC--AAGTTCTGATGG
124 CCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAA-TTCTGATGG
* * *
14845 GATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGACCGCACCCGCTAGG-TTATGCGCAATCTATTAACATAAA
188 GATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAA
* ** * *
14909 AGCTACCTTTCATCACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCAGGT
253 GGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAA-TTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGT
* *
14974 AAACTTACTTTGCG
317 AGACTT-TTTTGCG
* * *
14988 AATAAAAAACGAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATTTTTCCAAATAAGCATTAT
1 AAT--------AAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
*
15053 TATTTCGCAAAATG-ATAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGTA
57 TATTTCGCAAAATGCA-AACTTACGATAAATAAAATAAT-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAA
* * ** * *
15117 CTTTCCTGGAATTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAA
120 CTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGA
* * * * * **
15182 TGGAATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGAATGCACCTGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTTGCAT
185 TGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACAT
* ** **
15247 AAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGGCTCGAA-CCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTTAG
250 AAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGG
15311 GTAGACTTTTTTGCG
315 GTAGACTTTTTTGCG
* * *
15326 AATAAAAAAATTTGCAAAGTACGCTAATAAT-TTCAATGTTTCCCAATAAGCAATATTATTTCTC
1 AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTT-AATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* * * * *
15390 AAAATACAAACTTACAATAATTAAAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAG
65 AAAATGCAAACTTACGATAA--ATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAG
* * * * *
15455 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AGACACGCTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATT
128 GAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAG-CACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGATC
* * * * *
15519 CGATGCATTAGTGCTGGTAT-AATCTCACCCTTTAGG-TTTTACGCAATCTGTTAACATAAAAGC
192 CGATGCATTAGTGCTGGTATGAA-CGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
* *
15582 TACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTACAC
256 TACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
15647 TTTTTTGCG
321 TTTTTTGCG
* *
15656 AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGTA
1 AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCA
* * * * *
15721 AAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAAAWAAAAAAAGAGGGCTGCAACACGAGAACTTCCCAGA
66 AAATGCAAACTTACGATAAATAAAAT-AA-TAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAGG
* * *
15786 AGATCTA-CCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATC
129 AGGTC-ACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGAT-
* * * *
15849 CCG-TACATTAGTACTTGTATGAACGCACCCGTTAGTATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
191 CCGATGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
* * *
15913 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTTGAATTTGAATGTAAATATACGCAAATAATGCTCGGGTAGAC
256 TACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
*
15978 GTATTTTGCAAATAAG
321 -TTTTTTGC------G
** * * * * *
15994 AAAATAAAATAAAAAAGCAAAGTACACTAATAATGTTAATCTTTCCGATTAAGCATTATTTTTTC
1 --AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTC
* *
16059 GCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAG
63 GCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAG
* * * * *
16124 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AGACACGCTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATT
128 GAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAG-CACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGATC
* * * * *
16188 CGATGCATTAGTGCTGGTAT-AATCTCACCCTTTAGG-TTTTACGCAATCTGTTAACATAAAAGC
192 CGATGCATTAGTGCTGGTATGAA-CGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
* *
16251 TACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTACAC
256 TACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
16316 TTTTTTGCG
321 TTTTTTGCG
* *
16325 AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGTA
1 AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCA
* * * *
16390 AAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAATAAAAAA-AGGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGAA
66 AAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGA-GGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGA
* * *
16454 GGTCTCCCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATCCG
130 GGTCACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGATCCG
* * *
16518 GTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCTAC
194 ATGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTAC
* * * * * *
16583 CTTTCATAGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACGCAAATAATGCTCGGGTAGACGTA
259 CTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC-TT
16648 TTTTGCG
323 TTTTGCG
* *
16655 AATAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGTTAATAATGTTAATGTTTCCGAATAAGCATTAT
1 AAT---AAAA-AAAAT-----TGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
* *
16720 TATTTCGAAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGAACT
57 TATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACT
* * * *
16785 TCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AGACACGCTTGATTGCGGAGTTCTGAT
122 TCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAG-CACACTTGACTGCGGAATTCTGAT
*
16849 GGGATTCGATGCATTAGTGCT
186 GGGATCCGATGCATTAGTGCT
16870 AATAATGTTA
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 247, Indels: 135
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
327 3 0.00
328 189 0.10
329 214 0.11
330 340 0.18
331 103 0.05
332 7 0.00
333 52 0.03
334 87 0.05
335 60 0.03
336 10 0.01
337 94 0.05
338 199 0.10
339 361 0.19
340 55 0.03
341 122 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (329 bp):
AATAAAAAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCA
AAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGAG
GTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGATGGGATCCGAT
GCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCT
TTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACTTTTT
TGCG
Found at i:16153 original size:669 final size:668
Alignment explanation
Indices: 14321--16869 Score: 3757
Period size: 669 Copynumber: 3.8 Consensus size: 668
14311 GAAATAATAA
* * *
14321 AATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTCCCAATAAGTATTATTATTTCGC
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* *
14386 AAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATTAAAAAAAGAGGGGTGCAGCACGAGGACTTCCCA-
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAA-TAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
* * * * * * *
14450 AGAGGTC-ACCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACACCTGACTGCGGAGTTCTGATAGGAT
130 A-AGATCTACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGAT
* * * *
14514 CTGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACACACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAAAGGC
194 CCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGC
* *
14579 TACCTTTCATCGTATTCGAGACTCGAATTCGAATGTAAATAAACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
259 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
* * *
14644 GTATTTTGCGAAA-AAAATAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATA
324 GTATTTTGCAAAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATA
* * *
14708 AGCATTATTATTTCGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAATAAAAAAG-GGGGTGCAACA
389 AGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACA
* ** * *
14772 CAAGGACATT-CCAGGAGGTCACTGATCCTAGTACTACTCTCGCCCA-AGCACACTTGATTGC-A
454 CAAGAAC-TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CACGCTTGATTGCGG
* * * * ** * * *
14834 AGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGACCGCACCCGCTAGGTTATGCGCAATCTA
517 AGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTG
*
14899 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCCAAATA
582 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAA-TTTGAATGTAAATATACCCAAATA
* * * *
14964 AAGCTCAGGTAAACTTACTTTGCG
646 ATGCTCGGGTACACTT-TTTTGCG
* * * *
14988 AATAAAAAACGAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATTTTTCCAAATAAGCATTAT
1 AAT--------AAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
* *
15053 TATTTCGCAAAATG-ATAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGTA
58 TATTTCGCAAAATGCA-AACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
* * *
15117 CTTTCCTGGA-AT-TCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCT
122 CTTCCCAGAAGATCT-ACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCT
* ** * * * **
15180 AATGGAATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGAATGCACCTGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTTGC
186 AATGGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAAC
* * * *
15245 ATAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGGCTCGAA-CCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTT
251 ATAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTC
* * **
15309 AGGTAGAC-TTTTTTGC----G--AATAAAA-AAATTTGCAAAGTACGCTAATAAT-TTCAATGT
316 GGGTAGACGTATTTTGCAAAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTT-AATGT
* * * * *
15365 TTCCCAATAAGCAATATTATTTCTCAAAATACAAACTTACAATAATTAAAAAATAATAAAAAAGA
380 TTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAA--ATAAAATAATAAAAAAGA
15430 GGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCT
443 GGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCT
15495 TGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTA
508 TGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTA
15560 CGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATA
573 CGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATA
15625 CCCAAATAATGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
638 CCCAAATAATGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
*
15656 AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGT
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* * * *
15720 AAAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAAAWAAAAAAAGAGGGCTGCAACACGAGAACTTCCCAG
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAAT-AATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
15785 AAGATCTA-CCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGAT
130 AAGATCTACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGAT
* * * * *
15848 CCCGTACATTAGTACTTGTATGAACGCACCCGTTAGTATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
194 CCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGC
* * *
15913 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTTGAATTTGAATGTAAATATACGCAAATAATGCTCGGGTAGAC
259 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
* * * * *
15978 GTATTTTGCAAATAAGAAAATAAAATAAAAAAGCAAAGTACACTAATAATGTTAATCTTTCCGAT
324 GTATTTTGC-AA-AAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAA
*
16043 TAAGCATTATTTTTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAA
387 TAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAA
16108 CACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGG
452 CACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGG
16173 AGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTG
517 AGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTG
16238 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAA
582 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAA
16303 TGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
647 TGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
*
16325 AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGT
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
*
16389 AAAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAATAAAAAAAG-GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
*
16453 AGGTCT-CCCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATC
131 AGATCTACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATC
16516 CGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCT
195 CGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCT
* * *
16581 ACCTTTCATAGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACGCAAATAATGCTCGGGTAGACG
260 ACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACG
* *
16646 TATTTTGCGAATAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGTTAATAATGTTAATGTTTCCGAAT
325 TATTTTGC-AA-AAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAAT
*
16711 AAGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAAC
388 AAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAAC
*
16776 ACGAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGA
453 ACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGA
16841 GTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCT
518 GTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCT
16870 AATAATGTTA
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 131, Indels: 76
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
659 77 0.04
660 168 0.10
661 35 0.02
662 8 0.00
665 2 0.00
666 67 0.04
667 431 0.25
668 37 0.02
669 433 0.25
670 103 0.06
671 62 0.04
672 9 0.01
673 34 0.02
674 165 0.10
675 82 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (668 bp):
AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
AGATCTACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATCC
GGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCTA
CCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGT
ATTTTGCAAAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAG
CATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACA
AGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGAGTT
CTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTGTTAA
CATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCT
CGGGTACACTTTTTTGCG
Found at i:16801 original size:667 final size:668
Alignment explanation
Indices: 14321--20466 Score: 4427
Period size: 667 Copynumber: 8.9 Consensus size: 668
14311 GAAATAATAA
* * *
14321 AATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTCCCAATAAGTATTATTATTTCGC
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* *
14386 AAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATTAAAAAAAGAGGGGTGCAGCACGAGGACTTCCCA-
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAA-TAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
* * * * * *
14450 AGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACACCTGACTGCGGAGTTCTGATAGGATC
130 A-AGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATC
* * * *
14515 TGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACACACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAAAGGCT
194 CGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCT
*
14580 ACCTTTCATCGTATTCGAGACTCGAATTCGAATGTAAATAA-ACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
259 ACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAA-AATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
* *
14644 GTATTTTGCG-A-AAAAAATAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAAT
323 GTATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAAT
* * *
14707 AAGCATTATTATTTCGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAATAAAAAAG-GGGGTGCAAC
388 AAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAAC
* ** *
14771 ACAAGGACATT-CCAGGAGGTCACTGATCCTAGTACTACTCTCGCCCA-AGCACACTTGATTGC-
453 ACAAGAAC-TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CACGCTTGATTGCG
* * * * * ** * *
14833 AAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGACCGCACCCGCTAGGTTATGCGCAATCT
516 GAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCT
* *
14898 ATTAACATAAAAGCTACCTTTCATCACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCCAAAT
581 GTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAA-TTTGAATGTAAATATACCCAAAT
* * * *
14963 AAAGCTCAGGTAAACTTACTTTGCG
645 AATGCTCGGGTACACTT-TTTTGCG
* * * *
14988 AATAAAAAACGAAAATAAAATTGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATTTTTCCAAATAAGCATTAT
1 AAT--------AAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
* *
15053 TATTTCGCAAAATG-ATAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGTA
58 TATTTCGCAAAATGCA-AACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
** *
15117 CTTTCCTGGAA-TTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTA
122 C-TTCCCAGAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTA
* ** * * * **
15181 ATGGAATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGAATGCACCTGTTAGGATTTTGCGCAATCTATTTGCA
186 ATGGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACA
* * * * **
15246 TAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGGCTCGAA-CCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTTA
251 TAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCG
* *
15310 GGTAGAC-TTTTTTGCGAAT---AAA-AAAAT----TTGCAAAGTACGCTAATAAT-TTCAATGT
316 GGTAGACGTATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTT-AATGT
* * * * *
15365 TTCCCAATAAGCAATATTATTTCTCAAAATACAAACTTACAATAATTAAAAAATAATAAAAAAGA
380 TTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAA--ATAAAATAATAAAAAAGA
15430 GGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCT
443 GGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCT
15495 TGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTA
508 TGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTA
15560 CGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATA
573 CGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATA
15625 CCCAAATAATGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
638 CCCAAATAATGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
*
15656 AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGT
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
* * * *
15720 AAAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAAAWAAAAAAAGAGGGCTGCAACACGAGAACTTCCCAG
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAAT-AATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
*
15785 AAGATCTA-CCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGAT
130 AAGGTC-ACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGAT
* * * * *
15848 CCCGTACATTAGTACTTGTATGAACGCACCCGTTAGTATTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGC
193 CCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGC
* * * *
15913 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTTGAATTTGAATGTAAATATACGCAAATAATGCTCGGGTAGAC
258 TACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCGGGTAGAC
* * * * * *
15978 GTATTTTGCAAATAAGAAAATAAAATAAAAAAGCAAAGTACACTAATAATGTTAATCTTTCCGAT
323 GTATTTTGCGAATAA-AAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAA
*
16043 TAAGCATTATTTTTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAA
387 TAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAA
16108 CACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGG
452 CACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGG
16173 AGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTG
517 AGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTG
16238 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAA
582 TTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAA
16303 TGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
647 TGCTCGGGTACACTTTTTTGCG
*
16325 AATAAAA-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGT
1 AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
*
16389 AAAATGCAAACTTACAATAATTAAAATAATAAAAAAAG-GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
66 AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
*
16453 AGGTCTCCCA-CCTTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATCC
131 AGGTCACCCATCC-TAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATCC
16517 GGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCTA
195 GGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCTA
* *
16582 CCTTTCATAGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACGCAAATAATGCTCGGGTAGACGT
260 CCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGT
* *
16647 ATTTTGCGAATAAGAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGTTAATAATGTTAATGTTTCCGAATA
325 ATTTTGCGAATAA-AAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATA
*
16712 AGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACA
389 AGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACA
*
16777 CGAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGAG
454 CAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGAG
** * ** ** *
16842 TTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATGAGGATTATTATTTC
519 TTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGT-A---TAATCTCACC-CTTTAGG-TT-TTA---C
** * ** * * * ** ** * *
16907 GCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATA-ATAATAAT-AAAGTGGGGTGCAACACGAGGTCTT
574 GC--AAT-C--TGTTAACAT-AA-AAGCTACCT-TTCATCGCA-T-TCGTGC--CTCGA---ATT
* *** ** * * * ** * * ***
16970 TCGAGGAGGTCAACCCT-CTTAGTACTACTCTAGCCCAAGCACGCTTGACTGCGG
624 T-GA--ATGT-AAATATACCCA--AATA--AT-GCTCGGGTACACTTTTTTGC-G
* *** ** * ** * * ** * *
17024 AGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTCGTGCTGGT-ATGAA-TGCACCCGGTAGGTTTTGCGCAATC
1 A-ATAAAAT---A-AAATTGCA-AAGTAC-GCTAAT-AATTTTA------ATG-TTT-CCCAAT-
* * *** *** * *
17087 TATTTA-CATAAAGGCTACCTTTCATCGCATTCGTGC---CTTGATTTTGAATGTAAAT-ATACC
49 -A---AGCAT-TA--TTA---TT--TCGCA-AAATGCAAACTT-ACAATAAAT-AAAATAATA--
* * ** ** ** *** * ** **
17147 CAAAATAATGCTCGGGTAGATGTATTTTACGAATAAAAAATAAAATAAAAAT-ACAAAGTACGCT
97 -AAAA-AA-G--AGGG--G-TGCA----AC-ACGAGGACTTCCCA-GAAGGTCACCCA-T-C-CT
* * * ** * ** * * *
17211 AATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCAGTATTACTTTGCAAAATTGAAACTTACAATAAATAAAA
145 AAT-A--CTACTCTCGCCC---AAGC---A-CAC-TTG-ACTA-CGGAA-TT-C--T-AAT---G
** ** * ** * * * **
17276 TAATAAAAAAGAGGGGTCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCAAGCTTGATTACGGAGTTTTG-
189 GGAT------CCGGTG-CAT--TAGTACTGGTATGA---ACGC-A-CCCG-TTA-GGA-TTTTGC
** * * * ** ** * * * * ** *
17340 ATGGGATCCGA-T-GCATTATTGCT-GGTATGATCGCACCCTT-TAGGTTTTGCGCAATCTACTA
237 A--CAAT-CTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATCGTA---TTCGA-G-CCT-CG-AAT-T-CGA
* ** * ** * * * ** * *
17401 ACGTAAAGGCT-GCC-TTTCAT-CGTAGTCGTACCTCG-AATTT--GAATATAAATATACCCAAA
290 ATGTAAA-AATACCCAAATAATGC-TCG-GGTA-GACGTATTTTGCGAATA-AAAAATA---AAA
** * ** * ** * *** * * * *
17460 TAAAGCTTGGGAAGACGTGTTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAATACAAAGTACGCTAATAATT
347 TAAA-AAT-GCAA-A---G-TACGCTAAT--AATGT-TAAT-GTTTCCCAA-TAAGC--AT--TA
** * *
17525 TTCATGTTTAC-CAAGAGGTATTATTATTTCGCAAAATGCAAAC-TTACGATAAATAAAATAATA
396 TT-A--TTT-CGC---A---A--A--A--T-GC-AAA--CTTACGATA-AAT-A---AAATAATA
* * * * * *
17588 GAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACTCATCCTAATACTACTCTCGCCCA
436 -AAAAAGAGGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCA
* * * * * * * * *
17653 -AGCACACTTGACTGCGAAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAA-CGCAACCG
500 GA-CACGCTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTAT-AATCTCACCCT
* * * * * * *
17716 TTAGGATTTTGCGCAATCTATT-ACATAAAGGCTACCTTTCATCGTATTTGTGGCTCGAATTCGA
563 TTAGG-TTTTACGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGA
** * *
17780 ATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTGGACGTATTTGGCG
627 ATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTACAC-TTTTTTGCG
* *
17823 AACAAAAAAAATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGTATTA
1 ---------AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTA
* * * * *
17888 TTATTTAGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAAT-AAAAAGGA-GGGTGCAACACGAGGA
57 TTATTTCGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
* * * * * * * * * * * *
17951 CATCCTAGGAGGTCACTCATCTTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACACTTAATTGCGGAGTTCTGA
122 CTTCCCAGAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAA
* * * ** *
18016 TGGGATCGGGTGCATTAGTGCTGGTATG-ACTGCACCCGCTAGG-TTTTGTGCAATTTATTAACA
187 TGGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGAAC-GCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACA
* ** * * * * *
18079 TAAAAGCTACCTTTCATCACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCAAAATAAAGCTC
251 TAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAA-TTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTC
* * * *
18144 GGGTAAACGTACTTCGCGAATAAAAAA-AGAATATAAAAGTGCAACAGTACGCTAATAATGTTAA
315 GGGTAGACGTATTTTGCGAATAAAAAATA-AA-ATAAAAATGCAA-AGTACGCTAATAATGTTAA
* * *
18208 TGTTTCCAAATAAGCATTATTATTTTGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATACAAAAA
377 TGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATA-AAAAA
* *
18273 GA-GAGGTGCAACACGAGAACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCA-AGCA
441 GAGGA-GTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CA
* * * * * * * * * * * * **
18336 CACTTGACTGCGGAATTCTGAAGGGATCCGGTGCATTAGCGCAGATATCACCACACCCGCTAGGT
504 CGCTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGT
* * * * *
18401 TTTGCGCAATCTATTAACCTAAAGGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGATTGTAAA
569 TTTACGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAA
* * * ** *
18466 TATACCCAAAAAAAGCTCGGGTAGACGTACTTCGCG
634 TATACCCAAATAATGCTCGGGTACAC-TTTTTTGCG
* * * *
18502 AATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGCTTCCAAATAAGCATTAT
1 AAT---AAAATAAAAT-----TGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTAT
* * * *
18567 TATTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAATTAATAATAAAAAAGAGGGCTGCAACACGAGG
58 TATTTCGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAAT-A-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGG
* * * ** * * * ** ** * *
18632 TCTTCCGAGGAGGTCACTTATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAACATGCTTGACTGTGGAGTTCTG
121 ACTTCCCAGAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTA
* * * * * *
18697 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTAGTATGAACGCATCCGTTAGGATTTCGCGCAATCTATTTACA
186 ATGGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACA
* * * * * * *
18762 TAAAGACTATCTTTCATCGTATTCGTA-CCTTGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTT
251 TAAAGGCTACCTTTCATCGTATTCG-AGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTC
* * * *
18826 AGGTAGACGTACTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCCAAGTACGTTAATAATGTTAATGT
315 GGGTAGACGTATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGT
* * **
18891 TTCCAAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAAATAATAACAAAAAAG
380 TTCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT---AAAAAAG
* * ** * * *
18956 AGGGGTGCAACACGAGGTCTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCGA-AGCACG
442 AGGAGTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CACG
* * * * * *
19020 CTTGATTGCGGAGTTCTGACGGGATTCGGTGCATTAGTGATAGTATGAAT-GCACCCGTTAGGTT
506 CTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTAT-AATCTCACCCTTTAGGTT
* * * * * *
19084 TTGCGCAATCTATTTACAT-AAAGACTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCAAATTCGAATGTAAA
570 TTACGCAATCTGTTAACATAAAAG-CTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAA
* *
19148 TATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGTGTTTTGCG
634 TATACCCAAATAATGCTCGGGTACAC-TTTTTTGCG
* * **
19184 CATAAAAAAATAAACTAAAAATT-CAAAGTATGCTAATAAAGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTA
1 --------AATAAAAT-AAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTA
* * *
19248 TTA-TTCGCAAAATGCACACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGGA
57 TTATTTCGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
* * * * ** *
19312 CTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAAAACTACTTTCGCCCAAGCACGTTTGACTACGAAATTCTAA
122 CTTCCCAGAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAA
* * * * * *
19377 TGGGATTCTGTGCATTAATGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATATATTTACAT
187 TGGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACAT
* **
19442 AAAGGCTACCTTTCATCGTATTC-ATGCCTCAAATTCGAATGTAAATTTACCCAAATAATGCTCG
252 AAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGA-GCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCG
*
19506 GGTAGAGGTATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTT
316 GGTAGACGTATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTT
* * * *
19571 TCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATACAAACTTAGGATAAATAAAATAATAAAATAGAGGG
381 TCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGA
* * ** * * *
19636 GTGCAACACGAGGACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAATATTACTCTCGCCCA-AGCACACTTG
446 GTGCAACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CACGCTTG
* * * * * * * * * *
19700 ACTGCGGAATTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGAA-CACACCCGTAAGGATTTTG
510 ATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTAT-AATCTCACCCTTTAGG-TTTTA
* * * * *
19764 CACAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC-CTATTCGTGGCTCGAATTTGAATGTAAATAT
573 CGCAATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCGC-ATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATAT
* * *
19828 ACTCAAATAATGCTCGGGTAGACGTATTTTGTGAATAAG
637 ACCCAAATAATGCTCGGGTACAC-T-TTTT-TG----CG
* ** *
19867 AACATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAAGGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTT
1 -A-ATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTC
* * * **
19932 GCAAATTGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAGCATAAGGACTTCCCA
64 GCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
* * * * *** * * * *
19997 GGAGGTCACCCGTCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACACTTTTTTGCGGAGTTCTGATGGAATC
129 GAAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATC
** * * * * *
20062 CGGTGCATTAGCGCTGGTATCACCGCACCCGCTAGG-TTTAGCGCAATCTATTAACATAAAGGCT
194 CGGTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCT
* * * * * * * * **
20126 ATCTTTCATCGCATTTGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACTCAAATAAAGCTCGGGTACTCG
259 ACCTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACG
* * * * *
20191 TACTTCGCG-------AAT--AA-AAAAATGCAAAGTATGCTAATAATTTTAATGTTTCCAAATA
324 TATTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATA
* ** *
20246 AGCATTATTATTTCGCAAAATGTAAACTTAAAATAAATGAAATAATAATAAAAAAGAAGG-GTGA
389 AGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAAT--AA-AATAATAAAAAAG-AGGAGTGC
* ** * * * * * *
20310 AACACGAGGTCTTTCGAGGAGGTCACCCA-CTTTAGTACTACTCTCGGCCA-AGTACGCTTGACT
450 AACACAAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAGA-CACGCTTGATT
* * * * *
20373 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATAAACGCACTCGTTT-GGTTTTGCGCA
513 GCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCAC-CCTTTAGGTTTTACGCA
* * *
20437 ATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATCG
577 ATCTGTTAACATAAAAGCTACCTTTCATCG
20467 TGTTGAAACA
Statistics
Matches: 4402, Mismatches: 752, Indels: 647
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
659 84 0.02
660 164 0.04
661 33 0.01
662 10 0.00
665 2 0.00
666 67 0.02
667 501 0.11
668 39 0.01
669 475 0.11
670 213 0.05
671 74 0.02
672 15 0.00
673 44 0.01
674 165 0.04
675 87 0.02
676 121 0.03
677 217 0.05
678 234 0.05
679 491 0.11
680 75 0.02
681 50 0.01
682 401 0.09
683 59 0.01
684 10 0.00
685 7 0.00
686 2 0.00
687 9 0.00
688 5 0.00
689 1 0.00
690 6 0.00
691 3 0.00
693 6 0.00
694 3 0.00
695 3 0.00
696 1 0.00
697 1 0.00
698 12 0.00
699 6 0.00
700 2 0.00
701 1 0.00
702 3 0.00
704 3 0.00
705 5 0.00
706 11 0.00
707 9 0.00
708 3 0.00
709 3 0.00
711 6 0.00
712 3 0.00
713 3 0.00
714 5 0.00
715 4 0.00
716 4 0.00
717 8 0.00
718 18 0.00
719 13 0.00
720 9 0.00
721 3 0.00
722 4 0.00
723 3 0.00
724 17 0.00
725 14 0.00
726 10 0.00
727 5 0.00
728 6 0.00
729 4 0.00
730 3 0.00
733 11 0.00
735 4 0.00
736 6 0.00
740 2 0.00
741 7 0.00
742 5 0.00
744 5 0.00
745 4 0.00
746 1 0.00
747 7 0.00
748 1 0.00
749 2 0.00
750 6 0.00
751 1 0.00
752 2 0.00
753 3 0.00
754 3 0.00
755 3 0.00
756 2 0.00
757 7 0.00
758 2 0.00
759 1 0.00
760 8 0.00
761 1 0.00
762 4 0.00
763 3 0.00
764 1 0.00
765 5 0.00
766 9 0.00
767 2 0.00
771 6 0.00
772 4 0.00
774 12 0.00
777 4 0.00
778 2 0.00
779 6 0.00
780 3 0.00
781 13 0.00
782 19 0.00
783 10 0.00
784 10 0.00
785 1 0.00
786 2 0.00
787 16 0.00
788 7 0.00
789 18 0.00
790 12 0.00
791 1 0.00
792 4 0.00
793 1 0.00
794 5 0.00
795 3 0.00
796 3 0.00
797 5 0.00
799 9 0.00
800 7 0.00
801 8 0.00
802 13 0.00
803 8 0.00
804 8 0.00
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815 4 0.00
816 2 0.00
817 1 0.00
818 1 0.00
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821 4 0.00
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824 4 0.00
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827 2 0.00
829 10 0.00
830 99 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (668 bp):
AATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATTTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTATTTCGC
AAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGA
AGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTACGGAATTCTAATGGGATCCG
GTGCATTAGTACTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATCTATTAACATAAAGGCTAC
CTTTCATCGTATTCGAGCCTCGAATTCGAATGTAAAAATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGTA
TTTTGCGAATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAG
CATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACA
AGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGACACGCTTGATTGCGGAGTT
CTGATGGGATTCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCTCACCCTTTAGGTTTTACGCAATCTGTTAA
CATAAAAGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAATGCT
CGGGTACACTTTTTTGCG
Found at i:17029 original size:184 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16688--17037 Score: 506
Period size: 184 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
16678 CAAAGTACGT
* **
16688 TAATAATGTTAATGTTTCCGAATAAGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTACGATAAATAAA
1 TAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAA
*
16753 ATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTC
66 ATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTA
*
16818 GCCCAGACACGCTTGATTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGC
131 GCCCAGACACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGC
* * *
16869 TAATAATGTTAATGTTTCCAAATGAGGATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAA
1 TAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAA
* * ** * * *
16934 ATAATAATAATAAAGTGGGGTGCAACACGAGGTCTTTCGAGGAGGTCAACCC-TCTTAGTACTAC
66 ATAAT-A-AA-AAAGAGGAGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGAGGTC-ACCCATCCTAGTACTAC
16998 TCTAGCCCA-AGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGAT
127 TCTAGCCCAGA-CACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGAT
17038 CCAGTGCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
181 64 0.43
182 1 0.01
183 3 0.02
184 77 0.52
185 4 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (181 bp):
TAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATTTCGAAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAA
ATAATAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGAACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTA
GCCCAGACACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGATGCATTAGTGC
Found at i:18431 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 17293--20467 Score: 3900
Period size: 338 Copynumber: 9.4 Consensus size: 336
17283 AAAGAGGGGT
* * * * *
17293 CATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCA-AGCTTGATTACGGAGTTTTGATGGGATCCGATGCATT
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACA-CTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * * * * * *
17357 ATTGCTGGTATGATCGCACCCTTTAGGTTTTGCGCAATCTACTAACGTAAAGGCTGCCTTTCATC
65 AGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * * * * *
17422 GTAGTCGTACCTCGAATTTGAATATAAATATACCCAAATAAAGCTTGGGAAGACGTGTTTTGCGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGA
* * * * * *
17487 ATAAAAAATAAAAT-AAAATACAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTACC-AAGAGGTATTATT
195 ATAAAAAA-AAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTT-CCAAATAAGCATTATT
17550 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAGAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
258 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATA-AAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
*
17615 TCCTAGGAGGTCACT
322 TCCTAGGAGGTCACC
* * *
17630 CATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGAAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
*
17695 GTGCTGGTATGAACGCAACCGTTAGGATTTTGCGCAATCTA-TTACATAAAGGCTACCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * * * * *
17759 GTATTTGTGGCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTGGACGTATTTGGCGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCG-
* * * *
17824 ACAAAAAAAATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGTATTAT
194 A-ATAAAAAA-AAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTAT
* * * * *
17889 TATTTAGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAATAAAAAGGA-GGGTGCAACACGAGGACA
257 TATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
*
17953 TCCTAGGAGGTCACT
322 TCCTAGGAGGTCACC
* * * * *
17968 CATCTTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACACTTAATTGCGGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * *
18033 GTGCTGGTATG-ACTGCACCCGCTAGGTTTTGTGCAATTTATTAACATAAAAGCTACCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAAC-GCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
** * * * *
18097 ACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCAAAATAAAGCTCGGGTAAACGTACTTCGCG
130 GTATTCGTGCCTCGAA-TTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCG
*
18162 AATAAAAAAAGAATATAAAAGTGCAACAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTA
194 AATAAAAAAA-AA-ATAAAAATGCAA-AGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTA
* * * *
18227 TTATTTTGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATACAAAAAGAGAGGTGCAACACGAGAA
256 TTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATA-AAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGA
18292 CTTCCTAGGAGGTCACC
320 CTTCCTAGGAGGTCACC
* *
18309 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTGAAGGGATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * * * * * *
18374 GCGCAGATATCACCACACCCGCTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACCTAAAGGCTACCTTTCATCG
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATCG
* * * * *
18439 CATTCGTGCCTCGAATTTGATTGTAAATATACCCAAAAAAAGCTCGGGTAGACGTACTTCGCGAA
131 TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGAA
* *
18504 TAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGCTTCCAAATAAGCATTATTA
196 T-AAAAAA-AAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
* ** * *
18569 TTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAATTAATAATAAAAAAGAGGGCTGCAACACGAGGTC
259 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAAT-AA--AATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGAC
* *
18634 TTCCGAGGAGGTCACT
321 TTCCTAGGAGGTCACC
* * * ** *
18650 TATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAACATGCTTGACTGTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * *
18715 GTGCTAGTATGAACGCATCCGTTAGGATTTCGCGCAATCTATTTACATAAAGACTATCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * ** *
18780 GTATTCGTACCTTGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTTAGGTAGACGTACTTTGCGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGA
* *
18845 ATAAAAAATAAAATAAAAATGCCAAGTACGTTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
195 ATAAAAAA-AAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
* ** *
18910 TTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAAATAATAACAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGTC
259 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT---AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGAC
*
18975 TTCCGAGGAGGTCACC
321 TTCCTAGGAGGTCACC
* * * * * *
18991 CATCCTAGTACTACTCTTGCCGAAGCACGCTTGATTGCGGAGTTCTGACGGGATTCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * *
19056 GTGATAGTATGAATGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGACTACCTTTCATCG
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATCG
* * * * *
19121 TATTCGTGCCTCAAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGACGTGTTTTGCGCA
131 TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGAA
* * * *
19186 TAAAAAAATAAACTAAAAATTCAAAGTATGCTAATAAAGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTA
196 TAAAAAAA-AAA-TAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
* *
19251 -TTCGCAAAATGCACACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGAGTGCAACACGAGGACTT
259 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
19315 CCTAGGAGGTCACC
323 CCTAGGAGGTCACC
** * ** * * * * * *
19329 CATCCTAAAACTACTTTCGCCCAAGCACGTTTGACTACGAAATTCTAATGGGATTCTGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * *
19394 ATGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATATATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * * * * *
19459 GTATTCATGCCTCAAATTCGAATGTAAATTTACCCAAATAATGCTCGGGTAGAGGTATTTTGCGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGA
*
19524 ATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATTA
195 ATAAAAAA-AAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
* * *
19589 TTTCGCAAAATACAAACTTAGGATAAATAAAATAATAAAATAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
259 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* **
19654 CCAAAAGGTCACC
324 CTAGGAGGTCACC
* * * *
19667 CATCCTAATATTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAATGGGATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * *
19732 GTGTTGGTATGAACACACCCGTAAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * * * *
19797 CTATTCGTGGCTCGAATTTGAATGTAAATATACTCAAATAATGCTCGGGTAGACGTATTTTGTGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGA
* * *
19862 ATAAGAACATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAAGGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATT
195 ATAA-AA-AAAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATT
* * * **
19927 ATTTTGCAAATTGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAGCATAAGGACT
258 ATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
*
19992 TCCCAGGAGGTCACC
322 TCCTAGGAGGTCACC
* * *** *
20007 CGTCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACACTTTTTTGCGGAGTTCTGATGGAATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * * * *
20072 GCGCTGGTATCACCGCACCCGCTAGGTTTAGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTATCTTTCATCG
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATCG
* * * ** * *
20137 CATTTGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACTCAAATAAAGCTCGGGTACTCGTACTTCGCGAA
131 TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGAA
* *
20202 T--------AA-AAAAATGCAAAGTATGCTAATAATTTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATT
196 TAAAAAAAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATT
* ** * * *
20258 TCGCAAAATGTAAACTTAAAATAAATGAAATAATAATAAAAAAGAAGGGTGAAACACGAGGTCTT
261 TCGCAAAATGCAAACTTACGATAAAT--AA-AATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
* *
20323 TCGAGGAGGTCACC
323 CCTAGGAGGTCACC
* * * * *
20337 CA-CTTTAGTACTACTCTCGGCCAAGTACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATT
1 CATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * *
20401 AGTGCTGGTATAAACGCACTCGTTTGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
65 AGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATC
20466 GT
130 GT
20468 GTTGAAACAT
Statistics
Matches: 2480, Mismatches: 322, Indels: 79
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
328 70 0.03
329 3 0.00
330 144 0.06
331 6 0.00
336 1 0.00
337 174 0.07
338 552 0.22
339 517 0.21
340 388 0.16
341 524 0.21
342 101 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (336 bp):
CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGGCTACCTTTCATCG
TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTATTTTGCGAA
TAAAAAAAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTATT
TCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCT
AGGAGGTCACC
Found at i:19594 original size:679 final size:676
Alignment explanation
Indices: 17293--20467 Score: 4041
Period size: 679 Copynumber: 4.7 Consensus size: 676
17283 AAAGAGGGGT
** * * * * *
17293 CATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCAAGCTTGATTACGGAGTTTTGATGGGATCCGATGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * * *
17358 TTGCTGGTATGATCGCACCCTTTAGGTTTTGCGCAATCTACTAACGTAAAGGCTGCCTTTCATCG
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATCG
* * * * * **
17423 TAGTCGTACCTCGAATTTGAATATAAATATACCCAAATAAAGCTTGGGAAGACGTGTTTTGCGAA
131 TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCGAA
* * * * * *
17488 TAAAAAATAAAAT-AAAATACAAAGTACGCTAATAATTTTCATGTTTACC-AAGAGGTATTATTA
196 TAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTT-CCAAATAAGCATTATTA
** *
17551 TTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAGAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
260 TTTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * * *
17616 CCTAGGAGGTCACTCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGAAGTTTTGATGG
325 CCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGG
*
17681 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCAACCGTTAGGATTTTGCGCAATCTA-TTACATAAA
390 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAAA
* * *
17745 GGCTACCTTTCATCGTATTTGTGGCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTG
454 GGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTA
* * *
17810 GACGTATTTGGCGAACAAAAAAAATAAAATAAAATTGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTC
519 GACGTATTTTGCGAA-TAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTC
* * * * *
17875 CCAATAAGTATTATTATTTAGGAAAATGCAAACTTACGATAATTAAAATAAT-AAAAAGGAGGGT
583 CCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGT
* *
17939 GCAACACGAGGACATCCTAGGAGGTCACT
648 GCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
* * * * *
17968 CATCTTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACACTTAATTGCGGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * *
18033 GTGCTGGTATG-ACTGCACCCGCTAGGTTTTGTGCAATTTATTAACATAAAAGCTACCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAAC-GCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATC
** * * *
18097 ACATTCGTGCCTCGAATTTTGAATGTAAATATACCAAAATAAAGCTCGGGTAAACGTACTTCGCG
130 GTATTCGTGCCTCGAA-TTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCG
*
18162 AATAAAAAA-AGAATATAAAAGTGCAACAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATT
194 AATAAAAAATA-AA-ATAAAAATGCAA-AGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATT
* * * * *
18226 ATTATTTTGCAAAATGCAAACTTACAATAAATAAAATAATACAAAAAGAGAGGTGCAACACGAGA
256 ATTATTTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGG
* *
18291 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTG
321 ACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTG
* * * * * * * * * *
18356 AAGGGATCCGGTGCATTAGCGCAGATATCACCACACCCGCTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACCT
386 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACAT
* * * * *
18421 AAAGGCTACCTTTCATCGCATTCGTGCCTCGAATTTGATTGTAAATATACCCAAAAAAAGCTCGG
451 AAAGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGG
* * * *
18486 GTAGACGTACTTCGCGAATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTATGCTAATAATGTTAATGCT
516 GTAGACGTATTTTGCGAATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTT
* * ** *
18551 TCCAAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAATTAATAATAAAAAAGA
581 TCCCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAAT-A-AAAAAAGA
* * *
18616 GGGCTGCAACACGAGGTCTTCCGAGGAGGTCACT
644 GGG-TGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
* * * *
18650 TATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAACATGCTTGACTGTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * * *
18715 GTGCTAGTATGAACGCATCCGTTAGGATTTCGCGCAATCTATTTACATAAAGACTATCTTTCATC
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATC
* * **
18780 GTATTCGTACCTTGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTTAGGTAGACGTACTTTGCGA
130 GTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCGA
* *
18845 ATAAAAAATAAAATAAAAATGCCAAGTACGTTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
195 ATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTA
* *
18910 TTTCGCAAAATGCAAAATTAAAATAAATAAAATAATAACAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGTC
260 TTTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAAT-A-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGAC
* * * * *
18975 TTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCGAAGCACGCTTGATTGCGGAGTTCTGAC
323 TTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGAT
* * * *
19040 GGGATTCGGTGCATTAGTGATAGTATGAATGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAA
388 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAA
* *
19105 AGACTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCAAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGT
453 AGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGT
* * * * * *
19170 AGACGTGTTTTGCGCATAAAAAAATAAACTAAAAATTCAAAGTATGCTAATAAAGTTAATGTTTC
518 AGACGTATTTTGCGAATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTC
*
19235 CCAATAAGCATTATTA-TTCGCAAAATGCACACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGAG
583 CCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGG-G
19299 TGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
647 TGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
** * * * * * * *
19329 CATCCTAAAACTACT-TTCGCCCAAGCACGTTTGACTACGAAATTCTAATGGGATTCTGTGCATT
1 CATCCTAGTACTACTCTT-GCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * * *
19393 AATGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGATTTTGCACAATATATTTACATAAAGGCTACCTTTCAT
65 AGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCAT
* * * * * * *
19458 CGTATTCATGCCTCAAATTCGAATGTAAATTTACCCAAATAATGCTCGGGTAGAGGTATTTTGCG
129 CGTATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCG
*
19523 AATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCAATAAGCATTATT
194 AATAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATT
* ** *
19588 ATTTCGCAAAATACAAACTTAGGATAAATAAAATAAT-AAAATAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
259 ATTTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
* ** * * * *
19652 TCCCAAAAGGTCACCCATCCTAATATTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAATTCTAATG
324 TCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATG
* * * *
19717 GGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGAACACACCCGTAAGGATTTTGCACAATCTATTTACATAA
389 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGG-TTTTGCGCAATCTATTTACATAA
* * * *
19782 AGGCTACCTTTCATCCTATTCGTGGCTCGAATTTGAATGTAAATATACTCAAATAATGCTCGGGT
453 AGGCTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGT
* * * *
19847 AGACGTATTTTGTGAATAAGAACATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAAGGTTAATGTTTC
518 AGACGTATTTTGCGAATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTC
* *
19912 CCAATAAGCATTATTATTTTGCAAATTGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGG
583 CCAATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGA-GGG
* ** *
19977 TGCAGCATAAGGACTTCCCAGGAGGTCACC
647 TGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
* ** * *** *
20007 CGTCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACACTTTTTTGCGGAGTTCTGATGGAATCCGGTGCATTA
1 CATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * * *
20072 GCGCTGGTATCACCGCACCCGCTAGGTTTAGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTATCTTTCATCG
66 GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATCG
* * * ** *
20137 CATTTGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACTCAAATAAAGCTCGGGTACTCGTACTTCGCG--
131 TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCGAA
* *
20200 -----AAT--AA-AAAAATGCAAAGTATGCTAATAATTTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTAT
196 TAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTAT
* * * * *
20257 TTCGCAAAATGTAAACTTAAAATAAATGAAATAATAATAAAAAAGAAGGGTGAAACACGAGGTCT
261 TTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAAT-A-AAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACT
* * * * *
20322 TTCGAGGAGGTCACCCA-CTTTAGTACTACTCTCGGCCAAGTACGCTTGACTGCGGAGTTCTGAT
324 TCCGAGGAGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGAT
* * * *
20386 GGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATAAACGCACTCGTTTGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAA
388 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAA
20451 AGGCTACCTTTCATCGT
453 AGGCTACCTTTCATCGT
20468 GTTGAAACAT
Statistics
Matches: 2149, Mismatches: 324, Indels: 60
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
667 79 0.04
668 2 0.00
669 39 0.02
670 111 0.05
674 1 0.00
675 120 0.06
676 164 0.08
677 239 0.11
678 248 0.12
679 555 0.26
680 75 0.03
681 51 0.02
682 419 0.19
683 46 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (676 bp):
CATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
GTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTAACATAAAGGCTACCTTTCATCG
TATTCGTGCCTCGAATTTGAATGTAAATATACCCAAATAAAGCTCGGGTAGACGTACTTTGCGAA
TAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCAAATAAGCATTATTAT
TTCGCAAAATGCAAACTTAAAATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
CGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTGACTGCGGAGTTCTGATGGG
ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAACGCACCCGTTAGGTTTTGCGCAATCTATTTACATAAAGG
CTACCTTTCATCGTATTCGTGCCTCGAATTCGAATGTAAATATACCCAAATAATGCTCGGGTAGA
CGTATTTTGCGAATAAAAAAATAAAATAAAAATGCAAAGTACGCTAATAATGTTAATGTTTCCCA
ATAAGCATTATTATTTCGCAAAATGCAAACTTACGATAAATAAAATAATAAAAAAAGAGGGTGCA
ACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACC
Done.