genome.fa.s1100.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01001100.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112372, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338068

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--35	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
913--961	23	2.1	23	82	14	57	36	2	0	61	1.08
936--1100	61	2.8	58	80	10	165	42	1	3	53	1.24
3429--3468	16	2.5	16	83	0	53	35	25	0	40	1.56
3808--3857	26	1.9	26	92	8	84	58	8	4	30	1.45
9692--9741	26	1.9	26	87	0	73	74	10	4	12	1.21
10481--10740	30	8.7	29	73	11	188	36	22	3	37	1.70
10484--10800	60	5.3	59	75	13	231	35	23	3	37	1.72
10510--10740	59	3.9	59	78	12	201	35	22	3	38	1.69
10481--10740	91	2.9	89	77	7	233	36	22	3	37	1.70
10692--10772	28	2.8	28	83	5	81	35	24	2	37	1.69
10724--10806	30	2.8	30	76	7	87	31	27	4	36	1.78
14825--14863	15	2.6	14	84	8	51	43	5	0	51	1.24
17627--17658	16	2.0	16	100	0	64	31	12	6	50	1.65
19249--19283	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
20184--20240	26	2.2	25	84	3	69	64	5	1	28	1.25
20186--20243	25	2.3	24	82	8	71	63	5	1	29	1.25
20203--20243	16	2.5	17	80	7	50	63	2	2	31	1.20
31655--32203	52	10.6	52	87	2	719	26	13	23	36	1.92
32093--32174	26	3.2	26	62	25	64	29	9	21	39	1.86
36637--36668	16	1.9	17	93	6	57	56	12	0	31	1.37
39339--39403	13	4.9	13	79	3	76	44	15	18	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39338--39408	27	2.7	27	84	2	81	46	15	16	21	1.84
39369--39436	14	4.6	14	71	16	57	36	17	19	26	1.94
39454--39547	7	15.1	7	66	24	50	25	23	29	21	1.99
39454--39533	25	3.5	24	72	22	82	25	22	30	22	1.99
39419--39546	18	6.7	18	83	11	166	26	21	29	21	1.99
44427--44461	13	2.6	13	86	4	52	22	2	14	60	1.48
51976--52001	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
52964--53010	20	2.3	21	78	10	53	36	6	10	46	1.64
55193--55247	20	2.8	20	86	5	67	34	5	10	49	1.61
62275--62356	41	2.0	41	95	4	148	17	15	17	50	1.79
62817--62924	39	2.8	39	79	0	117	26	26	13	32	1.94
62817--62939	39	3.2	38	76	2	111	26	26	13	33	1.93
63235--63284	23	2.2	22	79	6	55	4	16	10	70	1.30
84810--84861	3	17.3	3	80	7	61	0	30	0	69	0.89
84813--84862	18	2.7	19	84	9	68	0	30	0	70	0.88
85591--85616	11	2.4	11	100	0	52	26	30	15	26	1.96
100222--100246	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
110424--110462	17	2.3	17	86	0	51	17	17	12	51	1.76
113325--113364	18	2.2	19	86	4	55	27	2	2	67	1.16
113348--113400	28	2.0	26	82	14	63	35	7	1	54	1.40
115371--115430	26	2.3	26	80	5	68	31	15	21	31	1.94
117683--117716	17	2.0	17	88	0	50	32	14	20	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117877--117919	16	2.8	15	85	3	59	55	9	2	32	1.44
131340--131385	23	2.0	23	100	0	92	69	4	4	21	1.24
135310--135355	19	2.4	19	81	0	56	15	28	23	32	1.95
160157--160491	52	6.5	52	82	3	354	36	22	13	27	1.91
160157--160498	104	3.3	104	84	2	422	36	23	13	27	1.92
160157--160500	156	2.2	155	82	3	404	36	22	13	27	1.92
178306--178393	44	2.0	44	95	0	158	26	19	21	32	1.97
186576--186620	23	2.1	20	84	12	54	55	8	6	28	1.56
187348--187389	21	2.0	21	86	4	59	33	7	2	57	1.39
193841--193971	63	2.1	63	97	1	246	27	12	22	38	1.89
194953--195310	143	2.4	147	86	4	503	43	9	2	44	1.50
198142--198171	11	2.7	11	100	0	60	83	0	16	0	0.65
213708--214034	161	2.0	161	98	0	627	31	23	14	29	1.95
217701--217734	15	2.3	15	89	0	50	50	20	0	29	1.49
227069--227102	10	3.4	10	84	15	52	58	11	8	20	1.59
227308--227338	15	2.1	15	93	0	53	35	6	3	54	1.42
228272--228335	31	2.1	30	85	2	83	65	4	4	25	1.31
228397--228597	30	6.8	30	78	6	151	31	3	22	41	1.71
228397--228527	59	2.2	59	83	2	165	32	3	22	41	1.69
229803--229846	19	2.3	19	84	7	63	77	0	4	18	0.94
230265--230402	40	3.5	39	84	4	161	27	16	27	28	1.97
230421--230526	50	2.1	50	84	3	133	21	28	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230437--230578	50	2.8	50	86	6	173	21	26	17	35	1.95
242830--242955	39	3.3	37	71	20	89	27	18	32	21	1.96
242924--243314	78	4.8	86	75	16	239	28	20	28	23	1.99
243015--243667	39	16.7	39	69	3	303	28	20	27	24	1.99
242999--243353	78	4.6	78	83	2	428	28	20	27	23	1.99
243015--243392	156	2.4	155	81	5	404	29	21	26	22	1.99
243171--243665	117	4.2	117	72	8	414	27	19	27	25	1.99
243297--243665	156	2.4	156	79	3	404	28	18	28	25	1.98
253626--253689	30	2.1	30	88	5	92	62	1	1	34	1.14
254073--254097	13	1.9	13	100	0	50	4	0	32	64	1.12
256422--256628	30	6.9	30	77	3	193	36	4	18	40	1.71
256422--256636	60	3.6	58	80	8	236	35	4	19	40	1.71
256429--256630	90	2.2	90	84	4	255	36	3	19	40	1.70
256612--256677	30	2.2	30	88	0	96	37	1	16	43	1.57
258440--258575	31	4.5	31	73	10	113	25	14	10	50	1.74
258440--258613	88	2.0	89	80	4	199	24	14	11	49	1.77
265460--265539	38	2.1	39	83	6	101	48	2	0	48	1.14
268433--268478	20	2.3	20	82	14	51	36	8	0	54	1.32
273763--273803	21	1.9	22	85	14	59	36	24	12	26	1.91
275444--275489	20	2.3	20	82	14	51	36	8	0	54	1.32
277034--277072	19	2.0	21	90	10	64	58	0	5	35	1.20
277918--277995	23	3.4	23	87	0	111	33	16	21	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277918--278015	46	2.1	46	82	0	115	36	14	19	29	1.91
280066--280756	233	3.0	233	94	0	1229	36	21	7	34	1.82
282689--282758	37	1.9	36	91	2	113	60	12	10	17	1.59
285369--285419	6	8.3	6	77	12	50	19	0	3	76	0.94
285230--285425	101	1.9	101	83	9	254	23	5	5	65	1.36
285467--285532	26	2.6	26	79	13	66	24	3	1	71	1.09
286568--286601	15	2.4	14	95	5	59	14	11	8	64	1.49
299589--299652	13	4.8	13	76	5	56	21	17	23	37	1.94
299588--299640	14	3.9	14	78	9	56	18	18	24	37	1.94
302797--302837	6	6.5	6	83	10	55	85	0	12	2	0.70
302797--302837	13	3.2	13	90	10	59	85	0	12	2	0.70
303898--304688	49	16.2	49	73	5	492	39	18	23	18	1.92
303983--304200	99	2.2	98	79	4	233	40	18	21	19	1.91
304017--304344	145	2.2	146	77	8	335	39	18	22	19	1.92
305719--305816	25	3.8	25	70	17	67	21	3	3	72	1.12
313031--313093	31	2.0	31	100	0	126	26	25	6	41	1.79
320916--320961	23	2.0	24	83	12	60	52	4	6	36	1.47
337645--337699	21	2.5	21	75	21	51	70	0	25	3	1.03
337661--337721	17	3.8	17	70	10	56	70	0	29	0	0.88

Tables:   1

The End!