genome.fa.s11008.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011008.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125978, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  320535

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630--1765	33	4.2	32	75	11	123	26	2	47	22	1.65
1634--1760	65	1.9	66	81	7	152	26	3	45	24	1.68
5063--5096	17	1.9	18	88	5	52	26	14	8	50	1.72
9602--9635	10	3.3	10	87	4	50	0	20	0	79	0.73
10229--10265	18	2.1	18	90	5	58	54	10	18	16	1.71
10246--10288	19	2.1	20	87	12	61	55	9	11	23	1.64
10377--10417	21	2.0	21	85	9	57	7	26	4	60	1.43
13232--13309	25	3.0	26	71	15	81	34	3	7	53	1.48
14132--14179	11	4.3	11	80	15	53	33	2	0	64	1.05
15920--15946	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
17552--17610	26	2.3	26	90	0	100	33	18	20	27	1.96
20407--20597	78	2.4	78	84	5	235	28	16	26	28	1.97
20419--20640	26	8.5	26	80	4	198	28	17	26	27	1.97
20407--20628	78	2.8	78	82	5	227	29	16	25	28	1.97
21376--21483	55	2.0	55	80	10	123	24	21	25	28	1.99
22980--23035	19	2.9	19	75	2	58	17	23	21	37	1.94
29339--29529	52	3.7	52	86	1	249	31	17	25	26	1.97
29339--29529	104	1.8	104	86	2	276	31	17	25	26	1.97
29349--29546	26	7.6	26	78	4	193	31	18	25	25	1.97
31149--31185	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
36348--36386	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
57456--57494	19	2.1	19	85	9	53	46	0	7	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64311--64339	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
70280--70311	14	2.1	16	88	11	50	31	6	12	50	1.65
72143--72194	18	2.9	18	85	0	77	44	15	15	25	1.85
98932--98969	19	2.0	19	100	0	76	26	15	21	36	1.93
104919--104954	17	2.1	17	89	0	54	16	13	25	44	1.85
110087--110123	18	2.0	19	89	5	58	45	2	0	51	1.15
110087--110123	19	2.0	19	89	5	58	45	2	0	51	1.15
112920--113066	27	5.6	27	79	3	122	22	14	23	38	1.92
113009--113095	25	3.4	25	84	4	104	22	14	26	35	1.94
115969--116016	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
116433--117118	140	4.7	143	82	9	697	43	3	9	44	1.53
116552--117077	149	3.6	148	85	6	691	43	2	9	44	1.51
116552--116787	53	4.7	51	70	16	143	41	2	10	45	1.54
116443--117077	290	2.2	282	83	8	789	42	3	9	44	1.53
134030--134073	20	2.2	20	88	8	63	13	13	2	70	1.26
134038--134074	14	2.7	14	88	12	51	13	13	2	70	1.28
140764--140797	10	3.3	10	91	4	50	82	2	5	8	0.93
141197--141448	42	6.0	42	86	2	337	21	15	24	38	1.92
142598--142636	20	2.0	20	89	0	60	48	0	10	41	1.37
142341--143148	150	5.4	149	83	9	913	41	3	10	43	1.57
142889--142992	50	2.1	51	83	5	131	37	1	9	50	1.46
149051--149240	25	7.5	25	78	2	173	25	16	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149051--149265	50	4.2	50	81	7	220	25	15	24	34	1.95
149051--149265	25	8.4	25	79	5	150	25	15	24	34	1.95
150844--150881	20	1.9	20	94	0	67	15	18	21	44	1.86
151778--151811	17	2.1	16	88	5	50	14	2	2	79	0.97
156185--156235	26	2.0	26	88	0	75	15	23	15	45	1.85
161916--162060	68	2.1	66	96	0	200	6	36	3	53	1.45
163007--163097	23	4.0	23	81	8	105	30	9	13	46	1.75
170415--170448	17	1.9	17	94	5	59	29	5	8	55	1.54
170536--170571	3	12.0	3	87	0	54	27	2	2	66	1.19
170570--170607	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
186035--186059	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79
186056--186095	21	2.0	21	95	5	73	25	17	15	42	1.88
193561--193602	15	2.8	16	78	10	52	11	11	0	76	1.03
193640--193664	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
194199--194238	16	2.4	17	83	8	55	57	12	10	20	1.63
194640--194697	3	20.3	3	75	16	52	1	29	0	68	0.99
194643--194704	22	2.8	23	76	16	76	1	30	0	67	1.00
207078--207115	19	2.0	19	100	0	76	21	21	26	31	1.98
217370--217573	71	2.9	72	85	2	286	35	25	14	24	1.93
218035--218066	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
222248--222508	71	3.7	70	85	2	324	33	19	19	27	1.96
227503--227763	130	2.0	130	93	0	450	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229631--229671	21	2.0	21	85	0	55	17	56	19	7	1.64
230544--230577	15	2.2	16	89	5	52	70	0	0	29	0.87
230867--230903	17	2.1	18	85	14	51	24	5	8	62	1.44
230943--231029	27	3.2	25	80	15	93	57	5	6	29	1.48
231129--231190	26	2.6	22	76	16	61	62	4	1	30	1.25
231131--231188	24	2.3	24	82	5	71	67	3	1	27	1.17
231535--231848	156	2.0	157	94	0	558	30	10	12	46	1.74
233098--233125	5	5.6	5	100	0	56	35	0	42	21	1.53
234183--234270	17	4.8	18	69	21	58	52	2	2	43	1.26
241592--241667	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
241560--241666	20	5.8	18	71	18	69	53	3	1	41	1.30
241592--241667	37	2.1	36	85	11	102	55	2	1	40	1.22
242583--242616	11	2.9	12	86	4	52	50	11	2	35	1.54
243585--243686	45	2.3	45	83	6	129	50	20	6	22	1.72
246228--246253	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
246462--246513	20	2.6	20	78	0	59	23	25	19	32	1.97
261245--261714	152	3.2	148	85	3	622	44	10	4	40	1.58
262267--262291	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
262606--263215	42	14.5	42	84	2	740	36	23	18	20	1.95
275690--275728	20	2.0	20	84	0	51	33	7	0	58	1.26
276024--276065	16	2.6	16	81	7	50	66	9	7	16	1.42
276649--277113	149	3.2	147	88	2	684	44	10	3	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277760--278292	221	2.4	221	77	9	516	38	15	12	33	1.84
278174--278525	158	2.2	158	81	5	390	39	15	12	32	1.85
278174--278537	159	2.3	158	81	5	405	39	15	12	32	1.85
279350--279424	14	5.3	14	80	6	80	38	21	12	28	1.89
279348--279439	15	6.4	14	77	7	78	39	22	10	27	1.87
279348--279439	29	3.2	29	78	4	98	39	22	10	27	1.87
279654--279748	31	3.1	31	85	0	127	26	34	20	18	1.96
279657--279769	31	3.6	31	83	2	111	28	28	22	21	1.99
280350--280433	21	4.0	21	80	11	82	45	17	14	22	1.85
282091--282945	379	2.3	377	78	7	876	42	13	9	34	1.77
283012--283132	62	2.0	61	85	4	163	38	10	9	40	1.73
283207--283618	158	2.6	156	80	8	421	40	12	12	34	1.81
284010--284386	159	2.4	161	80	3	422	39	14	12	33	1.84
284374--284786	220	1.9	220	82	5	521	40	14	9	34	1.79
287185--287302	26	4.5	26	91	1	182	33	20	23	22	1.97
291144--291515	154	2.5	146	85	7	485	43	3	10	42	1.55
295111--295155	4	11.2	4	80	0	54	22	33	0	44	1.53
299033--299088	28	2.0	29	92	3	96	78	3	10	7	1.06
299487--300026	42	12.9	42	81	4	626	20	20	24	35	1.96
301234--301286	23	2.2	24	77	9	56	47	3	1	47	1.31
300877--301685	151	5.4	150	86	6	1009	43	3	9	44	1.52
302279--302320	16	2.6	16	85	7	50	19	4	7	69	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303539--303568	14	2.1	14	93	0	51	26	26	10	36	1.88
306381--306433	21	2.5	21	84	6	63	33	13	18	33	1.90
308165--308217	24	2.2	24	86	0	70	26	26	24	22	2.00
308176--308230	24	2.3	24	100	0	110	25	27	25	21	2.00
313317--313423	26	4.1	26	83	0	124	31	21	22	24	1.98
314367--314400	17	2.0	17	100	0	68	29	29	5	35	1.81
315569--315610	22	1.9	22	95	0	75	61	21	4	11	1.48

Tables:   1

The End!