genome.fa.s11040.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011040.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126011, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  165772

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662--691	16	1.9	15	93	6	51	0	16	0	83	0.65
2048--2155	53	2.0	53	100	0	216	25	24	5	44	1.75
6925--7455	200	2.7	201	80	4	533	35	16	19	27	1.94
17797--17841	19	2.4	19	84	0	63	22	0	6	71	1.09
21173--21214	17	2.5	16	82	17	50	64	2	7	26	1.32
21310--21376	14	4.9	14	78	10	59	68	1	10	19	1.26
22828--22874	16	3.0	16	78	3	51	8	2	44	44	1.46
22935--22967	17	1.9	17	88	11	50	0	3	15	81	0.80
23398--23780	143	2.7	142	83	2	455	41	15	8	34	1.77
24050--24246	98	2.0	98	85	2	261	44	13	8	34	1.74
24145--24599	143	3.2	141	79	7	471	39	14	10	36	1.79
24906--25170	146	1.8	141	86	4	377	43	11	8	36	1.71
25285--25759	143	3.3	142	79	4	492	40	14	7	37	1.75
29315--29368	27	1.9	29	88	7	85	27	7	29	35	1.84
29408--29715	59	5.4	59	77	10	198	31	4	29	34	1.77
29421--29785	29	12.7	29	74	11	265	31	4	29	34	1.78
29481--29631	78	1.9	78	95	0	275	31	3	30	33	1.76
29559--29790	30	7.9	30	76	8	201	31	4	29	34	1.77
29559--29755	59	3.3	58	85	3	234	32	3	29	34	1.75
30327--30457	65	2.0	65	87	0	190	10	38	29	21	1.87
30828--30886	3	19.3	3	89	3	55	40	1	1	55	1.20
30829--30920	9	10.0	9	74	8	51	43	3	3	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31581--31623	18	2.4	19	88	11	72	53	0	2	44	1.13
31561--31659	42	2.4	40	83	5	117	51	2	3	43	1.28
31591--31650	24	2.5	24	76	10	68	53	1	1	43	1.20
31617--31659	17	2.5	17	84	0	59	55	2	2	39	1.25
31580--31641	11	5.8	11	70	21	51	54	1	1	41	1.19
32087--32627	201	2.6	201	80	5	582	22	22	19	35	1.96
32472--32750	123	2.3	123	89	0	414	22	23	17	37	1.94
42321--42586	143	1.9	143	83	6	351	39	13	8	38	1.76
42323--42636	143	2.2	142	80	6	350	40	13	8	36	1.76
42386--43503	485	2.3	485	83	4	1330	37	15	11	35	1.84
43435--43592	81	2.0	81	82	5	194	36	17	7	38	1.78
44069--44340	143	1.9	144	80	8	322	40	13	7	38	1.73
44234--45231	484	2.1	486	80	6	1139	38	13	12	35	1.83
45268--45656	143	2.7	142	84	3	453	40	16	8	34	1.79
48228--48869	143	4.5	142	75	6	493	40	14	9	35	1.78
48206--48828	281	2.2	281	78	7	661	38	14	9	37	1.79
49146--49609	143	3.3	139	79	9	519	42	15	7	34	1.76
53095--53193	39	2.5	39	93	0	171	25	5	16	53	1.63
53239--53301	32	2.0	32	90	0	99	31	9	19	39	1.83
53585--53617	10	3.3	10	91	0	57	15	42	12	30	1.83
57237--57339	14	7.3	14	70	14	77	28	3	23	44	1.71
57259--57343	7	11.9	7	70	17	50	28	2	25	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57229--57343	28	4.1	28	77	8	126	27	3	25	43	1.71
57372--57399	10	2.8	10	100	0	56	42	10	7	39	1.67
57585--57630	21	2.2	21	92	0	74	26	17	36	19	1.94
60343--60398	19	2.9	21	82	15	68	0	33	0	66	0.92
60343--60401	28	2.1	28	87	6	84	0	33	0	66	0.92
60343--60398	15	3.6	15	75	15	51	0	33	0	66	0.92
60713--61122	143	2.9	139	82	4	495	38	15	9	36	1.80
70209--70247	19	2.1	19	90	0	60	69	0	2	28	1.02
70203--70246	22	2.0	22	83	16	56	68	0	2	29	1.02
70206--70248	16	2.6	16	85	3	50	67	0	2	30	1.03
70511--70569	17	3.5	16	88	6	73	47	0	0	52	1.00
70511--70570	6	10.5	6	72	16	56	48	0	0	51	1.00
70527--70572	17	2.7	17	93	0	74	50	0	0	50	1.00
71192--71238	9	5.2	9	75	10	51	53	0	2	44	1.12
71195--71241	21	2.2	21	85	7	60	55	0	2	42	1.12
72302--72431	30	4.4	29	78	11	149	37	27	3	30	1.75
72332--72590	59	4.5	57	76	7	179	35	30	5	29	1.79
72418--72643	58	3.9	59	76	8	203	34	30	4	30	1.79
72387--72673	117	2.5	117	84	5	350	34	29	4	30	1.78
72452--72643	58	3.3	57	78	5	206	34	30	4	30	1.77
81329--81605	151	1.8	151	93	1	484	36	19	22	21	1.95
81456--82079	205	3.0	205	86	0	825	36	20	22	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82441--82489	13	3.9	13	81	10	57	40	2	2	55	1.23
82441--82472	6	4.9	7	85	14	50	43	0	0	56	0.99
82456--82523	17	3.9	17	76	3	64	44	2	1	51	1.25
83147--83186	15	2.7	15	100	0	80	52	0	0	47	1.00
83147--83191	15	2.9	16	93	6	67	51	0	0	48	1.00
83158--83208	21	2.4	21	80	0	57	52	1	1	43	1.23
84297--84463	30	5.6	30	86	6	216	33	33	4	28	1.78
84291--84491	89	2.3	89	85	1	269	32	33	5	28	1.80
84291--84491	60	3.4	58	79	10	228	32	33	5	28	1.80
84682--84735	28	1.9	28	88	0	81	31	33	11	24	1.90
87397--87534	30	4.7	30	77	6	115	27	7	21	42	1.81
87454--87532	29	2.7	29	84	2	95	31	6	22	39	1.79
87860--88462	142	4.4	138	77	8	552	41	14	6	36	1.73
88761--89346	143	4.1	143	82	4	691	39	16	8	35	1.79
90607--90663	30	1.9	30	85	7	80	12	33	29	24	1.92
90909--91586	144	4.7	144	81	4	699	40	15	9	34	1.79
91793--92390	143	4.2	142	81	5	600	38	14	9	37	1.78
95005--95308	143	2.1	140	82	4	358	39	14	9	36	1.78
96442--96575	72	1.9	72	87	0	196	26	27	17	29	1.97
97938--98581	143	4.5	142	82	3	724	39	15	9	36	1.79
97998--98512	281	1.8	283	86	2	757	39	15	9	35	1.79
97987--98574	281	2.1	283	83	3	754	39	15	9	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99726--99794	33	2.1	32	83	2	84	40	17	2	39	1.64
100179--100367	58	3.3	57	80	5	193	25	19	9	45	1.80
100186--100369	87	2.1	87	82	2	226	25	20	9	44	1.82
100179--100356	29	6.2	28	71	8	133	25	20	9	44	1.81
102204--102299	49	2.0	49	91	2	158	28	14	8	48	1.72
108330--108425	49	2.0	49	87	6	142	30	15	6	47	1.70
110109--110163	27	2.0	29	89	7	87	25	12	0	61	1.31
110100--110184	28	2.9	30	77	13	88	28	10	0	61	1.29
116952--116987	18	2.0	18	94	0	63	80	2	0	16	0.83
121200--121532	142	2.3	143	83	5	413	39	14	9	36	1.78
121835--122311	143	3.3	142	82	3	514	42	14	8	34	1.75
122497--122978	143	3.4	141	81	6	528	40	14	7	38	1.74
123355--123754	143	2.8	143	80	2	435	40	14	8	37	1.75
123944--123980	18	2.1	17	90	5	56	32	0	16	51	1.45
126618--126945	147	2.2	145	86	4	435	42	15	7	34	1.75
127183--127483	141	2.1	141	80	5	338	40	14	8	35	1.77
127803--128237	141	3.1	141	80	5	468	37	15	9	37	1.80
127803--128250	143	3.1	142	79	5	485	37	14	9	38	1.78
128774--129170	142	2.8	142	84	1	490	38	15	10	36	1.82
138277--138320	21	2.1	22	87	8	65	68	2	29	0	1.02
144454--144848	145	2.8	142	85	8	509	41	16	8	33	1.79
144429--144933	143	3.5	140	82	9	542	40	15	9	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145420--145670	137	1.9	134	86	4	360	40	12	7	39	1.73
145904--146355	143	3.2	141	86	2	611	38	15	9	36	1.80
151288--151736	134	3.2	143	77	9	372	39	14	7	37	1.76
151820--152219	142	2.8	142	83	4	468	39	14	8	37	1.77
152998--153039	17	2.4	17	88	4	57	23	26	2	47	1.64
152978--153025	24	2.0	24	83	0	60	20	33	2	43	1.64
157594--157755	82	2.0	82	100	0	324	25	16	15	42	1.87
161664--161727	33	1.9	33	93	0	110	46	9	4	39	1.57

Tables:   1

The End!