genome.fa.s11041.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011041.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126012, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  389353

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--231	86	2.7	86	87	1	311	20	33	23	22	1.97
102--660	144	3.9	144	85	1	658	20	33	22	23	1.97
102--660	288	1.9	287	84	2	746	20	33	22	23	1.97
548--746	86	2.3	85	84	2	245	19	32	24	24	1.98
548--691	43	3.3	43	70	14	134	18	33	25	22	1.97
402--972	230	2.5	229	88	1	836	20	33	23	23	1.97
809--945	43	3.2	43	70	19	122	21	29	26	23	1.99
635--898	144	1.8	144	81	1	332	20	33	22	23	1.97
776--1184	86	4.8	86	81	3	396	20	32	22	24	1.98
763--1184	172	2.5	173	81	3	494	20	31	23	24	1.98
3774--3806	17	1.9	17	93	0	57	57	12	12	18	1.64
9077--9101	13	1.9	13	100	0	50	16	44	16	24	1.86
11938--11988	18	2.8	18	82	5	59	17	17	33	31	1.94
20863--20917	23	2.4	23	90	0	83	32	16	27	23	1.96
21875--21928	23	2.3	23	100	0	108	42	5	3	48	1.44
23675--23943	133	2.0	135	92	2	452	28	11	22	37	1.90
27849--27893	23	2.0	23	86	0	63	35	15	24	24	1.94
49527--49566	21	1.9	21	94	0	71	42	35	12	10	1.76
49526--49572	21	2.2	21	84	0	67	42	31	12	12	1.81
54636--54719	39	2.2	39	93	0	150	40	19	16	23	1.91
55425--55504	39	2.1	39	97	0	151	31	16	25	27	1.96
55691--55729	15	2.6	15	83	0	51	46	10	23	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57121--57433	43	7.3	43	77	5	283	22	29	25	22	1.99
57123--57433	129	2.4	129	83	4	360	22	29	25	22	1.99
67914--67956	13	3.3	13	75	12	52	81	0	18	0	0.69
68303--68327	13	1.9	13	100	0	50	28	16	8	48	1.74
80557--80589	16	1.9	17	88	11	50	45	18	0	36	1.49
88479--88541	22	2.9	22	92	4	101	53	22	7	15	1.67
92181--92212	14	2.4	14	94	5	57	37	0	25	37	1.56
106615--106649	14	2.5	14	95	0	61	17	22	25	34	1.96
115078--115114	2	18.5	2	88	0	56	43	0	0	56	0.99
115399--115466	26	2.8	24	78	8	73	63	0	4	32	1.14
121745--121795	24	2.1	24	92	0	84	58	9	9	21	1.58
122093--122168	30	2.5	29	77	8	80	22	21	17	39	1.92
123235--123301	34	1.9	34	87	3	98	62	1	26	8	1.33
130875--130913	11	3.5	11	86	6	51	69	2	17	10	1.28
134340--134378	20	2.0	20	90	10	62	69	7	12	10	1.37
139452--139483	12	2.7	12	100	0	64	56	15	9	18	1.66
140745--140793	24	2.0	24	96	0	89	36	10	16	36	1.82
144985--145019	16	2.2	16	94	0	61	22	5	14	57	1.59
160993--161031	21	1.9	21	89	5	62	17	12	2	66	1.35
163336--163376	18	2.3	18	87	4	57	14	19	12	53	1.72
163961--164012	14	3.7	14	78	21	56	78	0	19	1	0.84
173002--173040	10	3.9	10	100	0	78	20	17	10	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174246--174272	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
175742--175821	32	2.5	31	82	4	115	38	11	10	40	1.75
179688--179748	31	2.0	31	96	0	113	19	22	11	45	1.82
184471--184533	26	2.4	26	84	5	83	28	25	19	26	1.98
184515--184600	37	2.3	38	85	2	129	34	17	19	27	1.95
184523--184595	38	1.9	37	91	2	119	35	15	17	31	1.91
190350--190552	92	2.2	92	90	0	309	22	11	25	39	1.88
211544--211579	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
211637--211728	41	2.2	41	92	0	157	40	2	4	53	1.33
211888--212102	114	1.9	114	99	0	421	29	4	7	58	1.47
218726--218805	37	2.2	38	80	8	94	12	15	2	70	1.28
220418--220542	43	2.9	44	75	7	121	33	8	18	40	1.80
228063--228116	24	2.2	24	100	0	108	14	29	46	9	1.76
228711--228938	29	7.8	28	70	16	126	35	28	4	31	1.78
228771--229056	59	4.8	58	73	9	179	33	27	5	33	1.80
228717--228910	88	2.2	88	81	8	216	36	27	4	31	1.76
228838--228929	30	3.1	30	69	18	75	39	27	6	27	1.81
228877--228986	29	3.7	28	70	17	78	30	25	8	36	1.85
240338--240381	18	2.4	18	96	0	79	25	6	13	54	1.63
240338--240381	9	4.8	10	78	18	51	25	6	13	54	1.63
242158--242219	30	2.1	30	87	6	90	24	6	12	56	1.60
242905--242933	15	1.9	15	100	0	58	13	20	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252051--252103	18	2.9	18	83	8	72	22	16	24	35	1.95
253383--253425	20	2.2	20	100	0	86	23	16	30	30	1.96
259101--259130	11	2.7	11	94	0	51	76	3	0	20	0.92
259359--259391	12	2.8	12	86	4	50	60	9	12	18	1.57
261076--262290	100	12.1	99	73	7	751	26	19	18	35	1.95
261306--261492	50	3.7	51	70	8	152	25	17	19	37	1.93
261854--262216	50	7.3	50	64	10	177	26	20	18	34	1.96
263129--263170	9	4.6	9	80	13	50	4	9	0	85	0.72
263123--263170	19	2.7	18	84	12	64	4	12	0	83	0.79
263131--263167	9	3.9	10	86	10	51	5	10	0	83	0.79
267356--267477	17	7.0	17	70	11	68	70	2	9	18	1.25
267686--267710	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
268755--268794	18	2.3	18	86	4	55	15	17	25	42	1.88
268762--268800	18	2.2	18	90	0	60	17	15	30	35	1.91
269749--269814	24	2.7	24	83	2	87	18	28	0	53	1.45
277183--277256	5	13.6	5	81	18	78	74	2	4	18	1.10
277183--277256	17	4.5	15	83	13	78	74	2	4	18	1.10
277186--277418	6	38.3	6	82	10	178	76	1	8	14	1.07
277234--277415	6	28.9	7	89	8	181	76	0	9	13	1.05
277335--277414	1	80.0	1	69	0	52	85	0	5	10	0.75
277186--277419	28	8.0	28	73	18	124	76	1	8	14	1.08
299363--299403	19	2.2	19	86	8	57	48	9	14	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299481--299517	19	2.0	18	89	5	56	67	5	2	24	1.25
299570--299639	29	2.5	28	81	11	72	34	0	25	40	1.56
299593--299917	29	11.1	29	75	7	194	34	3	27	34	1.75
301496--301574	6	13.0	6	73	17	65	53	5	1	40	1.31
301486--301529	10	4.1	10	81	16	52	54	6	0	38	1.27
301502--301573	17	4.1	16	74	20	63	54	5	1	38	1.33
307346--307893	275	2.0	275	94	0	970	31	21	21	25	1.98
310136--310443	29	10.7	29	71	17	178	35	27	4	33	1.76
310137--310444	58	5.3	58	76	9	238	35	27	4	32	1.77
318729--318759	8	3.8	8	95	4	53	83	0	3	12	0.75
320398--320453	20	2.7	21	78	13	62	66	14	14	5	1.42
324699--324738	18	2.2	18	100	0	80	25	12	10	52	1.70
333259--333302	21	2.1	21	83	8	54	56	11	27	4	1.53
334035--334077	11	3.7	11	87	6	59	83	0	13	2	0.74
334052--334085	18	2.0	18	88	11	54	88	0	11	0	0.52
340189--340244	21	2.7	21	72	5	51	32	23	12	32	1.92
340907--341045	42	3.3	42	84	5	181	25	23	10	41	1.85
340942--341094	42	3.6	43	84	6	143	27	23	10	38	1.87
342243--342267	12	2.1	12	100	0	50	64	0	28	8	1.22
344025--344095	37	1.9	37	88	5	108	28	29	18	23	1.98
344128--344215	38	2.3	38	84	5	108	29	22	14	32	1.94
345060--345090	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347027--347144	41	2.9	41	80	1	130	24	16	28	29	1.97
354247--354306	21	2.9	20	70	18	59	45	28	10	16	1.80
360157--360200	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
365081--365124	19	2.2	20	88	4	63	11	29	31	27	1.91
366564--366601	20	2.0	20	85	10	53	44	0	0	55	0.99
369419--369454	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
370668--370739	22	3.2	22	63	18	58	37	11	5	45	1.63
370671--370741	21	3.2	21	63	18	54	36	11	5	46	1.63
370659--370748	45	2.0	45	100	0	180	37	13	4	44	1.64
370981--371024	16	2.7	17	82	10	56	56	2	0	40	1.11

Tables:   1   2