Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011078.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126051, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2772
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.22, T:0.29
Warning! 78 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2004 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1972--2435 Score: 399
Period size: 29 Copynumber: 15.8 Consensus size: 28
1962 TTCGGAGTCA
*
1972 AAAATGGGATTTTTAGAAGTTCGGGGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGGT
*
2001 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGGGT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
* * *
2030 CAAATTTTGGACTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 -AAA-ATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* *
2060 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
**
2090 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2119 AAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
** *
2149 AAAAATGATATTTTTGAAAGTTCGGGGGT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * * *
2178 TAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGG-GT
* *
2209 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTAGAGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2237 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * **
2266 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGATT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAAG-TTCGGGGGT
*
2296 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* *
2325 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
*
2355 AAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
* *
2385 AAAATGGGATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
1 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
2414 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTT
2436 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 52, Indels: 42
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 28 0.08
29 154 0.43
30 141 0.39
31 39 0.11
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
Found at i:2082 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1933--2433 Score: 530
Period size: 59 Copynumber: 8.5 Consensus size: 58
1923 TCCGGATGCG
* * * *
1933 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTAGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGT-TAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * *
1993 CGGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAATTTTGGACTTTTGGAAGTT
1 C-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAA-ATGGGATTTTTGGAAGTT
2053 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT-AAAATGGGATTTTTGGAAGTT
** * ** *
2112 CAAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGATATTTTTGAAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT-AAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
2171 CGGGGGTTAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGG-TTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * *
2230 AGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGAGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAATGG-GATTTTTGGAAG-TT
* ** * *
2289 AGGGATTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTT
* *
2348 CGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGGTT
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAATGGGATTTTTGGAA-GTT
* * *
2407 CGAGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAAG
1 CGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAG
2434 TTTAGGGACC
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 38, Indels: 23
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
57 8 0.02
58 16 0.04
59 293 0.75
60 55 0.14
61 20 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.34, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Done.