genome.fa.s11091.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011091.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126064, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  233494

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5504--5589	16	5.2	16	75	10	66	82	1	10	5	0.88
5509--5592	21	3.9	20	73	17	62	82	1	10	5	0.90
5504--5594	6	15.5	6	78	18	52	82	1	10	5	0.88
7320--7463	39	3.7	39	68	18	111	20	27	24	27	1.99
7315--7505	78	2.4	78	81	5	226	22	28	23	26	1.99
10718--11004	29	9.9	29	75	11	232	36	26	3	33	1.73
10740--10979	57	4.1	58	87	5	292	35	28	2	32	1.71
10759--11121	57	6.2	57	79	7	281	35	25	4	35	1.75
11021--11197	87	2.0	86	79	7	189	32	27	7	33	1.84
10720--11121	116	3.4	117	80	9	353	35	25	3	35	1.75
10903--11331	204	2.1	205	92	0	698	31	24	6	37	1.82
11077--11197	29	4.2	28	74	14	104	31	30	8	29	1.87
11108--11296	59	3.2	57	77	7	166	31	24	5	38	1.79
14279--14565	29	9.9	29	75	11	232	36	26	3	33	1.73
14301--14540	57	4.1	58	87	5	292	35	28	2	32	1.71
14320--14682	57	6.2	57	79	7	281	35	25	4	35	1.75
14582--14758	87	2.0	86	79	7	189	32	27	7	33	1.84
14281--14682	116	3.4	117	80	9	353	35	25	3	35	1.75
14464--14892	204	2.1	205	92	0	698	31	24	6	37	1.82
14638--14758	29	4.2	28	74	14	104	31	30	8	29	1.87
14669--14857	59	3.2	57	77	7	166	31	24	5	38	1.79
15122--15302	96	1.9	96	84	6	242	28	16	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18693--18725	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
25448--25490	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
28414--28444	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
28642--28722	39	2.1	39	97	0	153	30	17	16	35	1.92
31241--31274	17	2.0	17	100	0	68	29	0	29	41	1.57
32301--32354	17	3.2	16	85	10	72	38	1	1	57	1.20
34192--34448	30	8.7	30	80	8	258	37	28	2	31	1.71
34192--34415	30	7.5	30	83	6	267	39	26	2	31	1.68
34192--34405	59	3.6	58	86	6	270	40	27	2	29	1.69
34183--34432	59	4.2	58	81	7	261	38	27	3	30	1.72
34189--34501	30	10.6	29	73	14	160	36	27	3	32	1.73
34797--34988	96	2.0	96	82	6	237	30	17	13	39	1.87
45454--46224	205	3.8	205	89	2	1113	36	21	21	20	1.95
46633--46710	11	6.9	11	79	16	72	41	1	2	55	1.22
46630--46710	6	14.6	5	78	14	63	39	1	2	56	1.20
46633--46720	17	5.1	17	81	1	104	44	2	2	51	1.26
46640--46720	6	14.0	6	74	17	73	44	2	2	50	1.28
47788--48061	30	9.5	30	76	14	245	38	27	4	30	1.75
47918--48025	53	2.0	53	90	0	171	41	26	2	28	1.70
47870--48074	112	1.8	112	83	4	270	38	28	4	28	1.76
53431--53824	23	17.1	23	86	0	554	32	5	15	46	1.69
62428--62610	23	8.0	23	85	0	249	33	6	14	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62680--62756	36	2.1	36	90	0	118	27	10	25	36	1.89
74122--74167	20	2.3	20	88	3	67	58	6	2	32	1.36
89333--89372	18	2.2	18	90	0	62	27	7	7	57	1.53
91127--91183	25	2.1	25	84	12	69	52	0	3	43	1.18
91158--91228	19	3.7	20	80	10	76	56	0	4	39	1.19
91184--91228	10	4.8	9	81	8	54	60	0	4	35	1.17
91415--91469	19	2.8	19	75	2	56	30	3	0	65	1.10
91420--91537	10	12.6	9	71	13	53	30	5	0	62	1.24
91490--91536	20	2.4	20	89	3	78	25	6	0	68	1.13
95483--95531	21	2.2	23	85	7	66	40	12	4	42	1.61
115866--115907	22	1.9	22	85	9	59	0	14	16	69	1.20
123649--123732	31	2.8	30	85	10	102	44	2	5	47	1.40
133011--133255	53	4.6	53	85	0	337	29	17	18	33	1.94
133011--133255	106	2.3	106	90	0	382	29	17	18	33	1.94
133486--133546	31	2.0	30	96	3	113	32	6	22	37	1.80
133942--133990	21	2.3	21	85	0	71	26	16	28	28	1.97
135754--135798	20	2.2	21	96	4	83	24	33	0	42	1.55
139487--139515	5	5.8	5	100	0	58	20	58	0	20	1.39
139778--139816	17	2.3	17	81	0	51	41	10	2	46	1.51
148240--148517	69	4.0	69	79	0	279	16	35	11	37	1.84
150597--150660	29	2.2	30	83	8	78	40	1	7	50	1.41
150667--150709	7	5.9	7	84	10	59	58	0	2	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150667--150705	16	2.6	15	84	11	53	61	0	2	35	1.10
151119--151163	15	2.9	16	75	18	51	68	0	0	31	0.89
151122--151167	16	3.0	15	82	14	58	67	0	0	32	0.91
151672--151711	16	2.6	16	81	18	57	32	0	0	67	0.91
152359--152766	48	8.4	48	79	4	406	14	20	35	30	1.92
158310--158336	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
160483--160586	48	2.2	48	92	3	174	11	17	39	31	1.85
162133--162176	15	2.6	17	79	20	56	43	0	2	54	1.12
166127--166167	16	2.5	17	81	14	50	9	24	0	65	1.22
166213--166267	20	2.6	21	80	11	58	20	3	3	72	1.15
170553--170934	59	6.5	59	86	4	486	28	3	32	35	1.74
170558--170934	117	3.2	117	87	4	537	28	3	32	35	1.74
171824--171864	14	2.9	14	88	3	55	26	4	9	58	1.50
172592--172667	6	13.3	6	71	15	63	53	2	2	40	1.28
172600--172656	23	2.5	23	91	0	87	50	3	3	42	1.36
172601--172667	17	3.5	18	82	14	73	53	2	2	40	1.31
173738--173802	30	2.2	30	91	0	103	24	10	1	63	1.36
173905--173948	9	4.9	9	81	8	54	20	2	20	56	1.52
173905--173952	14	3.5	13	78	18	53	20	2	20	56	1.53
175106--175136	16	1.9	16	93	0	53	77	6	0	16	0.97
175585--175627	21	2.0	21	86	8	61	37	4	2	55	1.33
176785--176813	15	1.9	15	100	0	58	34	6	3	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177490--177624	67	2.0	67	86	0	189	39	14	14	31	1.86
178416--178458	20	2.4	16	74	25	50	37	6	6	48	1.57
178564--178610	24	2.0	25	83	8	62	40	6	0	53	1.27
178634--178702	33	2.1	33	88	0	102	50	5	8	34	1.57
178532--178913	163	2.4	162	84	9	463	43	8	3	44	1.53
178464--178913	152	2.9	152	82	10	561	43	9	4	43	1.55
179017--179081	32	2.1	29	86	8	85	56	7	1	33	1.37
179632--179656	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
180072--180416	42	8.2	43	83	5	384	38	22	17	21	1.93
180791--180823	8	3.7	9	88	12	50	0	18	0	81	0.68
190772--190821	17	2.8	18	85	11	68	64	10	12	14	1.51
201016--201066	24	2.1	24	85	7	68	25	23	19	31	1.98
207092--207632	146	3.7	144	83	5	651	44	8	3	43	1.51
207721--207786	28	2.4	28	100	0	132	21	9	21	48	1.77
207777--207844	9	7.9	9	73	15	63	23	4	20	51	1.65
207777--207844	18	3.4	18	75	21	73	23	4	20	51	1.65
207929--208003	36	2.2	33	85	7	96	25	6	20	48	1.73
207977--208043	15	5.0	13	75	21	50	28	4	17	49	1.66
207983--208048	18	3.3	18	70	22	60	25	4	19	50	1.67
207752--208146	204	1.9	203	95	0	709	24	7	19	48	1.74
211360--211399	21	1.9	21	84	0	53	47	20	7	25	1.75
226213--226246	17	2.0	17	94	0	59	14	17	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227262--227410	55	2.7	55	87	0	190	34	24	15	26	1.95
227321--227425	55	1.9	55	90	0	165	40	24	9	25	1.85
232741--232835	50	1.9	50	82	8	122	31	13	7	47	1.71

Tables:   1

The End!