genome.fa.s11102.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011102.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126075, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  262726

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301--683	59	6.5	59	88	2	522	34	31	3	30	1.74
1579--1962	30	13.0	30	73	13	228	37	24	2	35	1.68
1778--1909	57	2.3	58	83	10	162	34	24	4	36	1.76
1951--2024	28	2.6	28	78	0	76	29	31	6	32	1.83
1867--2016	57	2.6	59	77	6	137	36	26	5	32	1.79
4047--4118	15	4.2	16	75	20	67	77	0	19	2	0.88
4047--4091	8	5.8	8	85	12	58	80	0	20	0	0.72
4033--4118	8	9.9	8	74	18	57	77	0	17	4	0.93
4033--4118	27	3.3	26	75	18	79	77	0	17	4	0.93
5081--5363	49	5.7	49	78	4	239	35	19	30	14	1.91
5079--5364	99	2.9	99	80	6	269	35	18	30	15	1.92
5081--5357	148	1.9	148	80	3	324	35	18	31	14	1.91
5231--5418	100	1.9	99	81	3	225	39	18	26	15	1.90
5635--5789	78	2.0	77	98	0	292	29	20	20	29	1.97
5978--6347	171	2.2	171	84	5	462	36	16	24	22	1.94
6149--6977	209	4.0	208	86	2	1097	36	18	21	22	1.95
6149--6977	419	2.0	418	87	2	1189	36	18	21	22	1.95
7413--7450	16	2.4	16	95	0	67	42	0	2	55	1.14
9217--9402	30	6.2	29	74	10	153	37	23	4	34	1.76
9220--9399	60	3.0	59	79	11	197	36	22	5	36	1.76
9387--9453	30	2.2	30	84	10	84	37	22	1	38	1.63
9255--9539	91	3.2	90	75	14	218	36	23	2	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9401--9511	30	3.8	28	80	17	95	36	25	2	36	1.70
9462--9824	29	12.4	29	76	7	324	33	26	5	33	1.81
9439--9768	117	2.8	115	79	4	331	34	26	5	33	1.80
9470--9691	88	2.5	87	81	6	234	33	26	5	34	1.79
9557--9812	59	4.4	58	83	3	210	33	28	6	31	1.83
9582--9812	88	2.6	88	93	0	381	33	28	6	31	1.83
14911--14954	22	2.1	21	88	12	65	43	0	0	56	0.99
15864--15938	11	7.6	11	73	18	60	53	0	0	46	1.00
15918--15960	13	3.1	13	81	18	59	58	0	0	41	0.98
15878--15952	16	4.8	16	75	15	66	53	0	0	46	1.00
15894--15960	31	2.2	30	86	5	91	56	0	0	43	0.99
24836--24892	30	1.9	30	85	3	80	61	0	0	38	0.96
25071--25105	18	1.9	18	88	0	52	42	2	5	48	1.41
31321--31366	24	1.9	24	86	0	65	52	4	4	39	1.41
33333--33378	16	2.9	16	81	9	51	67	4	8	19	1.35
33892--34163	146	1.9	148	85	4	390	45	6	3	44	1.47
34057--34276	109	2.0	108	86	5	302	44	7	2	45	1.45
34243--34308	25	2.7	25	77	15	66	37	9	0	53	1.33
38606--38637	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39217--39260	18	2.5	18	88	3	63	59	13	11	15	1.62
55948--56243	104	2.8	109	84	6	292	35	21	14	28	1.92
56006--56243	52	4.6	52	90	0	352	37	22	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57231--57263	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
73178--73202	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
79600--79728	67	1.9	67	92	3	215	35	16	17	31	1.92
89101--89144	23	1.9	23	90	0	70	38	4	9	47	1.56
90667--90763	49	1.9	51	91	4	162	30	23	13	31	1.93
91323--91478	74	2.1	74	97	0	294	27	23	25	23	2.00
95557--95603	18	2.6	18	82	0	58	36	25	12	25	1.92
101082--101121	20	2.0	20	95	0	71	52	5	10	32	1.56
121807--121849	8	5.4	8	88	0	50	48	2	4	44	1.36
121719--121842	2	63.0	2	73	15	80	45	3	4	46	1.40
124073--124211	70	2.0	69	98	0	260	32	23	18	24	1.97
128384--128439	18	3.3	17	80	14	71	67	1	1	28	1.10
135079--135124	3	15.3	3	95	0	83	30	0	34	34	1.58
136576--136833	129	2.0	129	98	0	498	34	31	0	33	1.64
136909--136992	26	3.1	27	86	6	109	22	34	0	42	1.54
138169--138263	49	1.9	49	89	0	145	54	0	11	33	1.36
145214--145245	8	4.2	8	88	11	50	21	0	0	78	0.76
145214--145245	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
145346--145384	18	2.2	18	86	4	53	64	2	0	33	1.08
145838--145876	20	2.0	21	85	10	55	17	5	5	71	1.23
146659--146705	23	2.1	22	92	4	76	31	4	8	55	1.49
147951--147998	22	2.2	22	85	14	64	62	4	0	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148760--148916	82	1.9	83	81	5	192	52	3	0	43	1.21
150690--150725	15	2.4	15	85	0	54	38	5	0	55	1.23
153679--153772	28	3.4	28	77	2	91	22	19	23	35	1.96
156855--156933	35	2.2	36	80	6	90	32	11	24	31	1.90
184383--184421	20	1.9	21	89	5	62	28	12	15	43	1.83
192785--192867	32	2.5	31	77	11	76	30	2	14	53	1.54
197855--197937	41	2.0	41	95	0	148	33	25	4	36	1.77
207820--207900	7	11.0	7	77	15	83	81	0	18	0	0.69
207820--207900	25	3.3	24	83	11	110	81	0	18	0	0.69
207820--207901	18	4.8	18	81	13	95	80	0	19	0	0.71
208756--210038	99	13.1	98	75	9	1037	35	16	21	26	1.95
208718--210039	197	6.7	198	83	4	1532	35	16	20	26	1.95
208718--210039	393	3.4	394	83	3	1607	35	16	20	26	1.95
210062--210218	50	3.1	50	81	3	208	37	14	22	24	1.92
210192--210253	32	1.9	32	90	6	99	35	17	29	17	1.93
210062--210401	182	1.9	182	84	4	463	35	15	25	23	1.94
210222--210578	100	3.6	100	83	2	414	34	17	26	21	1.96
210224--210587	50	7.3	50	78	1	291	33	17	26	22	1.96
214087--214189	40	2.6	40	85	3	145	39	18	18	23	1.92
215815--215848	17	2.1	16	88	5	50	50	0	14	35	1.44
215954--216091	41	3.3	41	75	5	134	34	19	21	24	1.97
216172--216292	47	2.6	47	90	0	188	28	32	0	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218392--218796	110	3.8	109	77	9	444	48	7	2	42	1.43
218607--218836	121	1.9	121	90	3	374	46	6	2	43	1.44
218728--219137	100	4.1	100	95	0	725	46	7	2	42	1.45
219072--219110	16	2.4	16	87	8	53	41	0	0	58	0.98
219072--219112	12	3.5	12	90	3	57	43	0	0	56	0.99
219189--219219	14	2.3	14	94	5	55	48	6	0	45	1.28
223727--223897	51	3.4	51	91	0	261	33	16	20	28	1.95
223723--223955	102	2.3	101	80	8	249	33	15	21	30	1.94
230459--230584	51	2.5	51	89	2	182	30	14	24	30	1.94
233890--233942	21	2.5	21	84	0	79	33	13	47	5	1.66
234245--234428	43	4.3	43	86	2	255	22	16	29	30	1.96
234245--234428	85	2.2	86	89	1	280	22	16	29	30	1.96
238610--238952	52	6.6	52	93	0	587	34	24	16	25	1.95
241311--241542	112	2.1	112	86	1	322	30	24	12	33	1.91
243946--243984	20	2.0	20	85	10	53	48	0	10	41	1.37
243772--244080	103	3.0	103	83	4	374	35	11	11	42	1.76
244265--244307	18	2.5	17	80	3	50	11	9	0	79	0.95
244576--244606	15	2.1	15	93	0	53	58	9	6	25	1.54
245528--245627	29	3.4	29	84	5	130	47	0	3	50	1.16
247098--247446	30	11.9	29	86	6	348	36	1	24	37	1.66
247098--247446	59	5.9	59	84	5	388	36	1	24	37	1.66
247272--247476	30	6.9	29	87	3	151	38	3	21	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249434--249467	14	2.3	15	90	5	52	55	0	32	11	1.36
249484--249557	30	2.4	30	95	2	130	47	1	0	51	1.09
249509--249562	9	6.8	9	71	25	50	50	0	0	50	1.00
249518--249560	21	2.0	23	90	9	72	53	0	0	46	1.00
250226--250302	36	2.1	37	88	4	113	45	18	15	20	1.85
254673--254798	24	5.2	24	89	0	189	25	27	16	30	1.97
259677--259739	32	2.0	32	83	0	81	23	26	25	23	2.00
260043--260078	16	2.2	18	85	14	51	27	0	0	72	0.85
260037--260110	24	3.0	24	82	13	71	31	1	1	66	1.09

Tables:   1

The End!