Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01011125.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126098, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4805
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.16, T:0.35


Found at i:2941 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 2911--2986  Score: 109
    Period size: 23  Copynumber: 3.3  Consensus size: 23

       2901 ACATTAGGAC

                                    
       2911 GCTTACTG-TTCAGCACTGTGTGT
          1 GCTTACTGATTC-GCACTGTGTGT

                             * *   
       2934 GCTTACTGATTCGCACTATATGT
          1 GCTTACTGATTCGCACTGTGTGT

                       *           
       2957 GCTTACTGATTTGCACTGTGTGT
          1 GCTTACTGATTCGCACTGTGTGT

                   
       2980 GCTTACT
          1 GCTTACT

       2987 ATTTCCCCAA


Statistics
Matches: 47,  Mismatches: 5, Indels: 2
        0.87            0.09        0.04

Matches are distributed among these distances:
  23   44  0.94
  24    3  0.06

ACGTcount: A:0.16, C:0.21, G:0.22, T:0.41


Consensus pattern (23 bp):   
GCTTACTGATTCGCACTGTGTGT

Found at i:4582 original size:138 final size:138

Alignment explanation


    Indices: 4193--4805  Score: 811
    Period size: 138  Copynumber: 4.5  Consensus size: 138

       4183 CATGGAGAAG

                                   *                         * *  *          
       4193 ATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTATCAAAATTATTAATAT
          1 ATTAATATATGAATTTGATTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATAT

               * *     *          *                                      *   
       4258 AAATAGTTATAATAATTAATTTTGGTCAAAATAT-AAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTAGAA
         66 AAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTGGAA

                    
       4322 AGAATATA
        131 AGAATATA

                         *                                   *  *            
       4330 ATTAATATATGAAATTGATTCATAG-AAAATATTAA-T-TATATATTTTGCCAAATTTATTAATA
          1 ATTAATATATGAATTTGATTCAT-GCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATA

                            * *                       *              *       
       4392 TAAACAATTATATTAAATCATTTCGGTCAAAATATAAAAGACTTGAAAATTAATATTTTTTTGGA
         65 TAAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTGGA

              *  *   
       4457 AATAACATA
        130 AAGAATATA

                             *                                      *        
       4466 ATTAATATATGAATTTGTTTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTGATTAATAT
          1 ATTAATATATGAATTTGATTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATAT

               * *           *     *              *       *               *  
       4531 AAATAGTTATATTAATTCATTTCAGTCAAAATATAAAAAACATGAATATTAATATTCTTTTGAAA
         66 AAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTGGAA

             *      
       4596 ATAATATA
        131 AGAATATA

                      *         ** *      *   *               *              
       4604 ATTAATATATTAATTTGATTTGTACAAAATGTTACTTGTATATATTTTACTGAATTTATTAATAT
          1 ATTAATATATGAATTTGATTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATAT

                                    * *                 *      *             
       4669 AAACAATTATATTAATTAATTTCGATTAAAATATAAAAGACATGGAAATTAGTATTCTTTTGGAA
         66 AAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTGGAA

                    
       4734 AGAATATA
        131 AGAATATA

                    *      *                 *                              
       4742 ATTAATATTTGAATTCGATTCATGCAAAATATTTATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATA
          1 ATTAATATATGAATTTGATTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATA


Statistics
Matches: 409,  Mismatches: 62, Indels: 9
        0.85            0.13        0.02

Matches are distributed among these distances:
 135   53  0.13
 136   65  0.16
 137   33  0.08
 138  258  0.63

ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.08, T:0.42


Consensus pattern (138 bp):   
ATTAATATATGAATTTGATTCATGCAAAATATTAATTGTATATATTTTACCGAATTTATTAATAT
AAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTTGGAA
AGAATATA

Done.