genome.fa.s11158.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011158.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126132, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302748

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866--2904	14	2.8	14	84	0	51	43	41	0	15	1.46
13808--13912	41	2.6	41	81	3	122	18	17	28	36	1.93
16033--16071	17	2.3	17	86	0	51	46	20	0	33	1.51
22895--22924	9	3.3	9	95	0	51	43	3	0	53	1.17
23284--23325	21	2.0	22	85	4	59	61	0	2	35	1.09
34889--34936	24	2.0	25	95	4	89	33	12	12	41	1.80
35636--35670	3	11.7	3	93	0	61	68	2	0	28	1.04
38097--38159	31	2.0	31	93	0	108	44	6	11	38	1.66
39729--39779	25	2.0	26	85	11	70	7	19	0	72	1.08
43867--43901	13	2.6	14	86	13	56	37	0	62	0	0.95
44735--44853	46	2.6	46	86	0	157	21	15	18	45	1.85
44736--44873	23	5.9	23	74	6	100	18	15	20	45	1.85
47143--47200	23	2.5	23	97	0	107	29	25	34	10	1.89
49525--49566	18	2.3	19	80	12	52	66	0	4	28	1.12
51948--52563	49	12.6	48	72	7	389	18	22	18	40	1.91
51971--52563	98	6.1	98	88	0	826	18	22	18	40	1.91
71342--71406	23	2.8	24	75	9	62	60	4	0	35	1.18
72304--72341	19	2.0	20	85	15	53	52	2	0	44	1.14
76279--76314	17	2.1	18	94	5	65	80	0	11	8	0.90
80409--80440	17	1.9	16	93	6	55	43	37	12	6	1.68
80464--80528	27	2.4	26	79	5	67	20	18	20	41	1.91
80478--80539	20	3.1	20	77	13	65	19	17	17	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84793--85241	227	2.0	227	95	0	810	28	16	21	33	1.95
87458--87532	11	6.8	11	71	0	51	21	26	24	28	1.99
87523--87616	20	4.7	20	82	5	109	15	21	22	40	1.91
90942--90969	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
95627--95824	99	2.0	99	98	0	387	44	14	16	24	1.85
100511--100535	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
100670--100717	23	2.1	22	84	7	60	64	16	6	12	1.46
100682--100752	22	3.2	22	77	2	70	64	18	8	8	1.46
100681--100752	23	3.2	23	80	4	83	65	18	8	8	1.45
100259--100946	350	2.0	335	91	4	903	52	15	11	20	1.74
104696--104932	52	4.6	52	88	0	366	25	13	24	36	1.92
105684--105733	21	2.4	21	89	0	73	32	16	26	26	1.96
113817--113952	29	4.7	29	85	0	182	46	25	8	19	1.78
113790--113939	58	2.6	58	87	2	196	44	26	11	18	1.83
113830--113968	29	4.8	29	84	0	116	47	23	8	20	1.77
115771--116217	195	2.3	195	80	3	497	27	18	26	27	1.98
121021--121065	22	2.0	22	95	0	81	57	15	8	17	1.63
121272--121317	22	2.1	21	84	4	56	60	13	4	21	1.49
123703--123741	19	2.2	17	90	9	60	74	7	0	17	1.05
126721--126894	75	2.3	74	95	1	303	39	12	20	27	1.89
133874--133937	32	2.0	32	100	0	128	28	18	9	43	1.81
135068--135123	25	2.3	25	82	14	64	51	16	10	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148923--148965	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
153973--154053	19	4.2	19	73	17	69	54	0	2	43	1.13
154420--154596	93	1.9	91	86	6	250	32	9	15	42	1.78
163929--164006	39	2.0	38	87	2	111	67	1	5	25	1.18
163968--164028	27	2.3	25	80	8	68	65	0	1	32	1.02
163954--164087	11	12.5	11	65	17	59	60	2	2	35	1.21
163987--164031	19	2.2	19	84	11	54	60	0	0	40	0.97
166841--166912	18	4.2	18	67	16	53	48	11	0	40	1.39
166808--166921	51	2.2	51	79	3	122	52	8	1	36	1.43
171327--171456	50	2.6	50	81	3	136	52	6	2	39	1.39
171377--171447	18	4.2	18	67	20	53	49	7	0	43	1.29
172692--172721	13	2.3	13	100	0	60	50	20	23	6	1.71
183630--183665	14	2.5	14	86	4	54	41	19	2	36	1.66
186770--186847	32	2.4	32	81	8	79	30	1	7	60	1.33
186808--186854	24	2.0	24	82	0	58	38	0	4	57	1.18
186853--186903	20	2.6	19	75	6	57	35	1	5	56	1.35
187992--188106	58	2.0	58	91	0	185	30	23	18	27	1.97
194730--194768	17	2.3	17	86	0	51	15	10	25	48	1.76
195925--196201	29	9.6	29	81	7	203	35	20	15	29	1.93
195925--196192	87	3.1	87	79	6	260	35	20	15	28	1.93
195925--196201	58	4.8	57	79	12	271	35	20	15	29	1.93
199050--199100	27	2.0	25	85	11	68	50	1	3	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199137--199170	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
199314--199354	21	1.9	22	85	5	57	36	0	7	56	1.27
201034--201111	32	2.5	31	80	2	93	29	12	10	47	1.75
201612--201662	22	2.2	24	89	6	79	33	3	1	60	1.26
202032--202070	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
202528--202589	25	2.4	25	81	5	70	25	4	3	66	1.27
202740--202791	20	2.6	20	81	0	68	30	0	19	50	1.48
203068--203107	9	4.3	9	83	3	53	65	0	7	27	1.20
203057--203098	18	2.3	18	84	8	50	66	0	4	28	1.12
203332--203377	16	2.8	17	80	9	60	39	0	0	60	0.97
206172--206359	51	3.6	51	85	5	227	29	23	14	31	1.95
218664--218756	41	2.2	42	90	3	152	19	9	29	41	1.83
220373--220604	120	1.9	119	85	2	322	28	22	17	31	1.96
220930--220965	13	2.8	13	100	0	72	33	22	19	25	1.97
224224--224251	13	2.2	13	100	0	56	42	7	14	35	1.73
224701--224789	31	2.8	31	86	3	106	17	19	16	46	1.85
226258--226439	10	19.2	9	66	22	72	60	1	3	35	1.20
226261--226439	19	9.4	18	67	24	59	60	1	3	35	1.21
226250--226331	38	2.2	38	82	12	98	64	1	1	32	1.09
226258--226414	28	5.5	27	70	18	97	61	0	3	34	1.16
226270--226344	38	1.9	39	84	7	100	61	1	1	36	1.13
226798--226852	18	2.9	18	72	22	51	27	5	5	61	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226801--226863	19	3.3	19	77	14	58	25	4	4	65	1.32
227934--227970	19	1.9	19	88	0	56	37	0	0	62	0.96
229215--229263	16	3.2	16	75	19	59	30	4	8	57	1.47
229611--229638	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
229867--230037	76	2.3	76	89	3	256	28	18	12	40	1.87
229974--230097	59	2.1	59	96	1	230	22	24	8	45	1.79
230031--230291	76	3.4	76	84	1	326	26	19	9	43	1.83
230648--230718	38	1.9	38	83	8	94	53	0	2	43	1.15
230948--231004	30	1.9	30	89	7	89	40	15	7	36	1.75
233656--233723	17	3.9	17	74	12	66	42	1	2	52	1.25
233654--233733	35	2.2	36	86	2	108	42	1	2	53	1.22
233664--233728	24	2.8	24	76	6	62	43	1	3	52	1.26
233655--233735	6	13.8	6	69	14	53	44	1	2	51	1.22
234300--234331	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
235446--235746	30	10.1	30	75	11	210	35	24	2	36	1.71
236015--236190	97	1.8	97	88	2	273	26	16	16	40	1.89
245395--245457	3	21.0	3	90	0	99	66	1	30	1	1.10
247463--248450	209	4.7	209	89	2	1392	37	19	21	21	1.95
248819--248920	23	4.4	23	71	11	75	38	0	4	55	1.28
248830--248927	29	3.3	29	91	4	144	40	1	5	53	1.30
248819--248927	6	18.8	6	68	11	66	40	0	4	54	1.27
248819--248908	17	5.6	17	68	21	68	38	0	5	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250599--250893	29	10.1	29	76	8	181	35	24	2	37	1.70
250632--250830	59	3.4	57	83	6	222	37	23	1	38	1.64
250604--250836	30	7.9	29	78	8	195	36	23	2	38	1.67
250604--250919	88	3.6	87	75	8	221	36	23	2	38	1.68
251179--251369	96	2.0	97	87	5	280	28	16	16	38	1.90
253671--253722	26	2.0	26	92	0	86	53	0	19	26	1.45
254876--254984	48	2.3	48	86	0	155	40	12	22	24	1.89
255055--255107	27	2.0	27	84	0	70	37	9	35	16	1.82
259954--259995	18	2.3	18	80	8	50	33	11	16	38	1.86
260129--260196	17	4.3	17	75	17	83	23	39	0	36	1.55

Tables:   1   2