Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011197.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126174, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1879
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.19, T:0.36
Found at i:364 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 344--375 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
334 TAGGAATTAG
344 TTATGCATGAT-GATA
1 TTATGCATGATGGATA
359 TTATGCATGATGGATA
1 TTATGCATGATGGATA
375 T
1 T
376 GGAATGTATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.69
16 5 0.31
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.22, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
TTATGCATGATGGATA
Found at i:1796 original size:429 final size:429
Alignment explanation
Indices: 568--1879 Score: 2443
Period size: 433 Copynumber: 3.1 Consensus size: 429
558 TATATATATA
*
568 TATATATATGTGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
1 TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
633 GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTG----TATATATATATTGTTTAATGTTTAGT
66 GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTGTATATATATATATATTGTTTAATGTTTAGT
694 TATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTACTTT
131 TATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTACTTT
*
759 TGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTAAGTTTTGTTTTAT
196 TGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTGAGTTTTGTTTTAT
824 TTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGTAATG
261 TTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGTAATG
889 TTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTTCAGG
326 TTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTTCAGG
954 TTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
391 TTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
993 TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
1 TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
1058 GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTGTATATATATATATATATATTGTTTAATGTT
66 GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTG----TATATATATATATATTGTTTAATGTT
* *
1123 TAGTTATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCAAATGTTTATCATGCATAGGATAGGTA
127 TAGTTATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTA
1188 CTTTTGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTGAGTTTTGTT
192 CTTTTGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTGAGTTTTGTT
1253 TTATTTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGT
257 TTATTTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGT
1318 AATGTTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTT
322 AATGTTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTT
1383 CAGGTTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
387 CAGGTTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
1426 TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
1 TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
*
1491 TAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTGTATATATATATATATTGTTTAATGTTTAGT
66 GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTGTATATATATATATATTGTTTAATGTTTAGT
**
1556 TATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGTGTGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTACTTT
131 TATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTACTTT
* * *
1621 TGTAGATTCACGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGTACTCCTACGTTACTGAGTTTTGTTTTAT
196 TGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTGAGTTTTGTTTTAT
*
1686 TTGAATTGACATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGTAATG
261 TTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGTAATG
*
1751 TTGTGGACATCCCTAATAATATTTTAGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTTCAGG
326 TTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTTCAGG
*
1816 TTGTTAAGTGTATGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
391 TTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
1855 TATATATATATGGATAATATAATGG
1 TATATATATATGGATAATATAATGG
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 15, Indels: 12
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
425 99 0.11
429 344 0.40
433 421 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (429 bp):
TATATATATATGGATAATATAATGGTTCATATGTAAAGTGACAAATATGGTATTTAACTTAATAT
GAATTAATATTAGATTATAACCTATATAAAATTTGTATATATATATATATTGTTTAATGTTTAGT
TATAGAAATACCACTGGGTAAATCTCATGCATGCGAATGTTTATCATGCACAGGATAGGTACTTT
TGTAGATTCGCGACTCAGCATCCAAAGACAATCCCGCACTCCTACATTACTGAGTTTTGTTTTAT
TTGAATTGGCATGTACCTAGGATGAGTCTTGTTTTGAGGATGCCCTGAATTTATTGGTTGTAATG
TTGTGGACATCCCTAATAATATTTTGGCAAACTATTGTATAATATTCTAATGATGTTAGTTCAGG
TTGTTAAGTGTACGTCACAAGATTAGTAACTTGTTTCGG
Done.