Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011218.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126196, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2701
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.18, T:0.30
Found at i:1720 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1674--1965 Score: 210
Period size: 30 Copynumber: 10.0 Consensus size: 29
1664 TAAAGTTCGG
*
1674 GGTAAAAAT-AAATTTTTGAGAAGTTTAGA
1 GGTAAAAATGTAATTTTTG-GAAGTTTAGA
*
1703 GATAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTT-GA
1 GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGA
* * * *
1731 GAGCAAAAATGTATTTTTTTTGGAAAGTTCAGG
1 G-GTAAAAATGTA--ATTTTTGG-AAGTTTAGA
* *
1764 GGTTAAAA-GTGATTTTTGGAAGTTTA-A
1 GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGA
1791 GGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAGTTTTAG-
1 -GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAG-TTTAGA
* * *
1820 GG-CAAAATGTAATTTTTAGCAGTTTA-A
1 GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGA
**
1847 GGGCAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTT-GA
1 GGTAAAAATGTAATTTTTG-GAAGTTTAGA
**
1876 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAGAAGTTT-GA
1 -GGTAAAAATGTAATTTT-TGGAAGTTTAGA
* *
1906 GGGTAAAAATATAATTTTTAAGAAGTTT-GA
1 -GGTAAAAATGTAATTTTT-GGAAGTTTAGA
* *
1936 GGGTCAAAATGTGATTTTTGGATAGTTTAG
1 -GGTAAAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTAG
1966 GGACCTTTTG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 30, Indels: 38
0.76 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 15 0.07
28 49 0.23
29 47 0.22
30 80 0.38
31 10 0.05
32 10 0.05
33 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGA
Found at i:1963 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1673--1964 Score: 269
Period size: 60 Copynumber: 5.0 Consensus size: 59
1663 GTAAAGTTCG
* * *
1673 GGGTAAAAAT-AAATTTTTGAGAAGTTT-AGAGATAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAG-GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * * * *
1731 GAGCAAAAATGTATTTTTTTTG-GAAAG-TTCAGGGGTTAAAA-GTGATTTTTGGAAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTA--ATTTTTGAG-AAGTTTGA-GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * *
1791 GGGTAAAAATGTAA-TTTTG-GAAGTTTTAGGG-CAAAATGTAATTTTTAGCAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAA
* ** *
1847 GGG-CAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTCAAGAAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTT-TGGAAGTTTAA
* * * *
1906 GGGTAAAAATATAATTTTTAAGAAGTTTGAGGGTCAAAATGTGATTTTTGGATAGTTTA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTA
1965 GGGACCTTTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 30, Indels: 26
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
55 13 0.07
56 30 0.16
57 20 0.11
58 21 0.11
59 14 0.07
60 75 0.39
61 16 0.08
62 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAAATGTAATTTTTGAGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAA
Done.