genome.fa.s11222.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011222.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126200, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  242829

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--52	26	1.9	26	88	8	75	48	0	0	52	1.00
28--62	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
9--67	21	2.8	20	79	10	64	49	0	0	50	1.00
6269--6309	23	1.9	20	85	14	55	48	19	4	26	1.69
6410--6440	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
22325--22369	23	2.0	23	100	0	90	35	15	22	26	1.94
28934--28970	18	2.1	18	100	0	74	21	21	16	40	1.91
32046--32101	24	2.3	24	84	6	69	14	14	12	58	1.63
33122--33167	24	1.9	24	95	0	83	13	10	8	67	1.42
33124--33177	24	2.2	24	87	6	74	12	11	11	64	1.49
34949--35022	37	2.0	37	100	0	148	48	16	16	18	1.81
35319--35374	24	2.3	24	81	6	60	14	10	14	60	1.58
36395--36450	24	2.3	24	84	0	67	16	12	12	58	1.62
37292--37355	24	2.7	24	85	4	76	14	9	12	64	1.50
38375--38430	24	2.3	24	87	0	76	14	12	12	60	1.59
45237--45281	19	2.5	18	89	7	65	60	11	11	17	1.59
45726--45751	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
62393--62459	33	2.0	33	100	0	134	41	17	5	34	1.74
63951--63990	19	2.2	20	86	13	59	30	30	0	40	1.57
71840--71924	15	5.4	15	72	10	80	58	9	3	28	1.46
71839--71964	32	3.9	32	94	0	198	59	8	3	27	1.45
71839--71946	32	3.4	32	98	0	207	60	8	2	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75988--76071	32	2.6	32	84	0	114	44	4	19	32	1.71
76944--77108	73	2.3	73	83	0	222	24	29	12	32	1.93
78165--78213	21	2.4	19	81	18	62	75	6	4	14	1.14
78620--78748	64	2.0	64	96	0	240	21	41	1	35	1.63
78850--78876	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
80693--80723	15	2.0	16	93	6	55	70	6	3	19	1.22
92027--92060	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
93166--93427	37	7.1	36	76	4	245	19	19	29	32	1.96
93167--93415	111	2.2	111	79	8	283	19	19	28	32	1.96
105767--105825	31	1.9	31	82	6	75	49	5	3	42	1.41
107137--107172	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
107209--107252	21	2.0	22	83	12	56	63	6	2	27	1.31
107946--107999	26	2.1	26	82	6	65	35	0	1	62	1.06
110839--110871	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
111074--111113	19	2.0	20	85	4	55	67	0	0	32	0.91
111082--111118	18	2.0	19	89	5	58	59	0	0	40	0.97
111083--111129	18	2.7	18	80	9	53	61	2	2	34	1.20
111095--111211	50	2.3	50	86	2	155	53	4	3	38	1.37
112801--112920	61	2.0	62	81	8	147	35	11	9	44	1.73
112803--112940	61	2.2	61	80	8	138	34	12	9	44	1.74
113341--113507	91	1.8	92	91	6	277	39	4	11	44	1.60
114480--114553	12	6.3	12	78	10	50	75	10	1	12	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114489--114562	23	3.2	24	80	5	89	74	13	2	9	1.17
114448--114527	32	2.4	33	76	12	83	71	11	2	15	1.25
115134--115196	12	5.4	11	82	3	63	74	11	1	12	1.14
115146--115222	23	3.4	23	77	8	86	71	11	5	11	1.29
113986--115275	645	2.0	644	98	0	2472	49	13	9	27	1.73
115186--115286	51	1.9	53	84	6	134	65	18	5	9	1.43
115245--115303	22	2.8	21	82	5	82	72	22	3	1	1.08
116562--116608	20	2.2	22	77	7	53	42	2	2	53	1.25
117044--117231	59	3.2	56	79	7	171	26	12	10	50	1.73
117044--117191	57	2.6	58	81	6	149	27	12	10	50	1.71
117066--117188	58	2.1	58	82	5	151	26	13	8	51	1.71
117044--117212	57	2.9	57	80	6	135	25	13	10	50	1.73
117431--117660	31	7.5	31	70	12	136	47	12	13	26	1.78
117393--117598	90	2.3	90	88	1	297	46	14	14	24	1.82
117427--117621	90	2.2	90	91	0	309	46	12	14	25	1.81
119808--119864	8	6.6	8	75	13	51	68	3	3	24	1.21
119817--119864	18	2.8	17	84	6	69	68	4	4	22	1.24
119805--119891	44	2.0	45	81	6	106	66	5	2	25	1.25
119870--119909	17	2.4	17	87	8	55	70	0	2	27	1.01
119869--119916	18	2.7	17	76	17	53	68	0	2	29	1.01
119852--119942	35	2.6	35	81	6	87	67	2	1	29	1.10
121455--121511	28	2.0	29	83	10	73	38	5	1	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121470--121526	29	1.9	30	82	7	71	42	7	0	50	1.29
121463--121532	29	2.4	28	77	13	70	40	5	1	52	1.34
121728--121786	25	2.4	24	78	10	66	37	1	3	57	1.25
121792--121838	20	2.4	19	82	10	51	29	4	4	61	1.34
121941--121980	18	2.2	18	86	13	55	50	0	0	50	1.00
122067--122144	17	4.5	17	79	7	86	43	1	2	52	1.23
122065--122144	34	2.3	34	85	6	108	43	1	2	52	1.22
122065--122146	6	14.2	6	70	15	57	45	1	2	51	1.22
122111--122157	24	2.0	23	83	4	58	48	2	2	46	1.25
123801--124086	29	9.7	29	76	10	210	33	28	5	33	1.79
123810--124048	30	8.1	30	80	6	204	34	28	4	32	1.78
123810--124091	59	4.8	59	79	8	263	33	28	4	33	1.78
123918--124153	88	2.7	88	80	7	221	34	28	4	33	1.77
134940--134981	17	2.5	17	96	0	75	33	19	21	26	1.97
135971--136831	205	4.2	205	88	1	1159	35	20	22	21	1.96
137149--137226	17	4.5	17	79	7	86	43	1	2	52	1.23
137147--137226	34	2.3	34	85	6	108	43	1	2	52	1.22
137193--137239	24	2.0	23	87	4	67	46	2	2	48	1.25
137147--137229	6	14.3	6	70	16	59	44	1	2	51	1.22
138879--139065	29	6.4	29	74	7	146	33	27	4	34	1.76
138879--139065	59	3.2	59	80	4	191	33	27	4	34	1.76
138879--139134	30	8.7	29	71	12	150	33	28	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139167--139227	28	2.2	28	90	0	95	36	32	6	24	1.81
142107--142366	91	2.9	90	82	1	304	26	20	13	38	1.91
147806--147882	36	2.1	36	85	0	100	28	10	24	36	1.88
148380--148728	10	33.4	10	68	21	95	36	4	20	38	1.73
148362--148719	59	5.9	59	77	14	374	37	4	19	38	1.73
148438--148592	69	2.2	69	91	1	247	37	3	20	38	1.71
148362--148719	128	3.0	120	77	14	387	37	4	19	38	1.73
148543--148689	25	6.3	23	72	21	101	36	4	21	37	1.75
148517--148640	49	2.6	49	87	3	180	37	4	20	38	1.71
148566--148774	68	3.1	68	90	1	312	33	4	22	38	1.75
152329--152452	49	2.5	50	92	3	209	36	3	20	39	1.69
152378--152521	69	2.2	61	80	17	159	35	4	20	38	1.74
152466--152564	48	2.1	48	84	0	126	34	6	20	39	1.77
166525--166578	21	2.6	21	84	0	72	31	25	14	27	1.95
167279--167335	18	3.2	18	89	0	87	35	21	22	21	1.96
183134--183164	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
185814--185917	52	2.0	52	98	0	199	19	10	30	39	1.85
186419--186513	38	2.5	39	77	5	104	28	16	18	35	1.93
193034--193136	38	2.7	38	78	4	118	25	17	20	36	1.94
194641--194684	20	2.2	20	84	8	54	47	2	15	34	1.58
195887--195937	21	2.4	21	93	0	84	27	17	21	33	1.96
201267--201310	20	2.2	20	84	8	54	50	2	15	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203123--203173	21	2.4	21	83	0	66	29	15	21	33	1.94
203980--204035	25	2.3	23	77	17	58	26	7	8	57	1.55
206349--206479	67	2.0	67	92	0	217	45	18	10	25	1.82
214644--214754	52	2.1	52	86	0	150	42	15	23	18	1.88
214640--214740	26	3.9	26	92	0	166	42	13	22	20	1.88
221678--221721	18	2.4	18	84	0	52	47	18	25	9	1.77
221718--221821	49	2.1	50	83	1	129	36	14	27	21	1.92
221785--221885	26	3.9	26	76	0	103	42	14	22	19	1.88
221786--221899	26	4.4	26	70	4	70	42	14	23	19	1.89
221786--221898	52	2.2	52	85	0	154	42	15	23	19	1.88

Tables:   1   2