Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01011230.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126208, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 10768
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.19, T:0.32

Warning! 406 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:2308 original size:29 final size:30

Alignment explanation

Indices: 2273--2805 Score: 159 Period size: 29 Copynumber: 18.1 Consensus size: 30 2263 GGGTAATTCG * * 2273 GGAAGGTTCGGGGTTAAGA-TGAAATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * * * 2302 GGGAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * ** * * ** 2332 GGAAGGTTCAGAATAAAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGT-CAAAAGTGAAATTTTT * 2363 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTC-GGGGTCAAAAGT-GAAATTTTT * * 2392 GGAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAA-GTGAAATTTTT * * 2422 GGAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAA-GTGAAATTTTT * * * 2452 GGAA-GTTCAAGGAT-AAAA-TGGTAA-TTTT 1 GGAAGGTTC-GGGGTCAAAAGT-GAAATTTTT * * * * * ** 2480 GGAAGATTTGTGGTTAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * * * 2510 GGAAGGTTTGGGGTCAAAATTGAGATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * * * 2540 GGAA-GTTTGAGGAT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTCG-GGGTCAAAAGT-GAAATTTTT ** ** * ** 2569 GGAAAATTTAGGGT-AAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * 2598 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAA-TTTT 1 GGAAGGTTC-GGGGTCAAAAGT-GAAATTTTT ** * * * ** 2626 AAAAGATTTGGGGTCAAAAATGGGA-TTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * 2655 GGAA-GTTCGGGAGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTCGGG-GTCAAAAGT-GAAATTTTT * * * * ** 2684 GGAAGATTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * 2714 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTC-GGGGTCAAAAGT-GAAATTTTT * * * * 2743 GGATAGTTTAGGGGTCAAAAATGAGATTTTT 1 GGA-AGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT * 2774 GGAA-GTTCGAGGGT-AAAA-TAGTAATTTTT 1 GGAAGGTTCG-GGGTCAAAAGT-GAAATTTTT 2803 GGA 1 GGA 2806 TAGTTTAGGG Statistics Matches: 389, Mismatches: 77, Indels: 76 0.72 0.14 0.14 Matches are distributed among these distances: 27 1 0.00 28 39 0.10 29 161 0.41 30 151 0.39 31 36 0.09 32 1 0.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.31, T:0.34 Consensus pattern (30 bp): GGAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGAAATTTTT Found at i:2331 original size:30 final size:30 Alignment explanation

Indices: 2273--2778 Score: 206 Period size: 30 Copynumber: 17.2 Consensus size: 30 2263 GGGTAATTCG * * * * 2273 GGAAGGTTCGGGGTTAAGA-TGAAATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT * 2302 GGGAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT ** * * * 2332 GGAAGGTTCA-GAATAAAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTT-AGGGGT-CAAAAGTGGAATTTTT * 2363 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTT-AGGGGTCAAAAGTGG-AATTTTT * * 2392 GGAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAA-GTGGAATTTTT * * 2422 GGAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAA-GTGGAATTTTT * * 2452 GGAA-GTTCAAGGAT-AAAA-TGGTAA-TTTT 1 GGAAGGTT-AGGGGTCAAAAGTGG-AATTTTT * * * * * * 2480 GGAAGATTTGTGGTTAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT * * 2510 GGAAGGTTTGGGGTCAAAA-TTGAGATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGA-ATTTTT * * 2540 GGAA-GTTTGAGGAT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTAG-GGGTCAAAAGTGG-AATTTTT ** * * 2569 GGAAAATTTA-GGGT-AAAAATGGGATTTTT 1 GG-AAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT * 2598 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAA-TTTT 1 GGAAGGTT-AGGGGTCAAAAGTGG-AATTTTT ** * * * * 2626 AAAAGATTTGGGGTCAAAAATGGGA-TTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT * 2655 GGAA-GTTCGGGAGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTTAGGG-GTCAAAAGTGG-AATTTTT * * * * * 2684 GGAAGATTTGAGGTCAAAAATGGGATTTTT 1 GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT * 2714 GGAA-GTTCGGGGGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GGAAGGTT-AGGGGTCAAAAGTGG-AATTTTT * * 2743 GGATAGTTTAGGGGTCAAAAAT-GAGATTTTT 1 GGA-AGGTTAGGGGTCAAAAGTGGA-ATTTTT 2774 GGAAG 1 GGAAG 2779 TTCGAGGGTA Statistics Matches: 375, Mismatches: 61, Indels: 81 0.73 0.12 0.16 Matches are distributed among these distances: 27 5 0.01 28 43 0.11 29 135 0.36 30 149 0.40 31 42 0.11 32 1 0.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.32, T:0.34 Consensus pattern (30 bp): GGAAGGTTAGGGGTCAAAAGTGGAATTTTT Found at i:2523 original size:88 final size:87 Alignment explanation

Indices: 2349--2810 Score: 419 Period size: 88 Copynumber: 5.3 Consensus size: 87 2339 TCAGAATAAA * * * 2349 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTCAAAACG 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGTAAAAATG * 2413 GTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC 65 G-GATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC * ** * * 2437 AAAACGGTAATTTTTGGAAGTTCAAGGATAAAATGGTAA-TTTTGGAAGATTTGTGGTTAAAAAT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTG-GGGTAAAAAT 2501 GGGATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC 64 GGGATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC * * * * * * 2525 AAAATTG-AGATTTTTGGAAGTTTGAGGATAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTAGGGTAAAAAT 1 AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGGGGTAAAAAT * 2589 GGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT- 64 GGGATTTTTGGAAGGTT-TGGGGTC ** * * * 2612 AAAATGGTAA-TTTTAAAAGATT-TGGGGTCAAAAATGG-GA-TTTTGGAAGTTCGGGAGT-AAA 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTCGGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGG-GTAAAA * * * 2672 ATGGTAATTTTTGGAAGATTTGAGGTC 62 ATGG-GATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC * 2699 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGATAGTTTAGGGGTCAAAA 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTT-GGGGT-AAAA * * 2763 ATGAGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT- 62 ATGGGATTTTTGGAAGGTTTG-GGGTC * 2788 AAAATAGTAATTTTTGGATAGTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTT 2811 TAGGGACCTC Statistics Matches: 303, Mismatches: 44, Indels: 52 0.76 0.11 0.13 Matches are distributed among these distances: 85 13 0.04 86 39 0.13 87 21 0.07 88 139 0.46 89 63 0.21 90 22 0.07 91 6 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.31, T:0.35 Consensus pattern (87 bp): AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGTAAAAATGG GATTTTTGGAAGGTTTGGGGTC Found at i:2815 original size:29 final size:28 Alignment explanation

Indices: 2349--2811 Score: 354 Period size: 30 Copynumber: 15.8 Consensus size: 28 2339 TCAGAATAAA * * 2349 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTT-TGGGGT 2377 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGT * 2406 CAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGT * ** * 2436 CAAAACGGTAATTTTTGGAAGTTCAAGGAT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTT-TGGGGT * 2466 AAAATGGTAA-TTTTGGAAGATTTGTGGTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTG-GGGT * 2495 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTTGGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGT * * 2524 CAAAATTG-AGATTTTTGGAAGTTTGAGGAT 1 -AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTTG-GGGT * * 2554 AAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTAGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGGGGT * * 2583 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTT-TGGGGT ** 2612 AAAATGGTAA-TTTTAAAAGATTTGGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTGGGGT * * 2640 CAAAAATGG-GA-TTTTGGAAGTTCGGGAGT 1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGG-GT * 2669 AAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTGAGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTGGGGT * * 2698 CAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGT 1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTT-TGGGGT 2728 AAAATGGTAATTTTTGGATAGTTTAGGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTT-GGGGT * 2758 CAAAAAT-G-AGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT 1 --AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTTG-GGGT * 2788 AAAATAGTAATTTTTGGATAGTTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTT 2812 AGGGACCTCC Statistics Matches: 357, Mismatches: 42, Indels: 70 0.76 0.09 0.15 Matches are distributed among these distances: 27 7 0.02 28 57 0.16 29 122 0.34 30 148 0.41 31 18 0.05 32 5 0.01 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.30, T:0.35 Consensus pattern (28 bp): AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGT Found at i:6227 original size:30 final size:30 Alignment explanation

Indices: 6173--6524 Score: 171 Period size: 30 Copynumber: 12.0 Consensus size: 30 6163 GGTAATTCGA * * 6173 GAAGGTTCGGGGTTAAGA-TGGAATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG * 6202 GGAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG * ** * * * 6232 GAAGGTTCAGAATAAAAAATGGGATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG * * 6262 GAA-GTTCGAGGGT-AAAA-TGGTTATTTTTT 1 GAAGGTTCG-GGGTCAAAAGTGG-AATTTTTG * * 6291 GAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAA-GTGGAATTTTTG * * * 6321 GAAAGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAA-GTGGAATTTTTG * 6351 GAA-GTTCGAGGAT-AAAA-TGGTAA-TTTTG 1 GAAGGTTCG-GGGTCAAAAGTGG-AATTTTTG * * * * * * * 6379 GAAGATTTGTGGTAAAAAATGGGATTTTTA 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG * * * * 6409 GAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG * * 6439 GAA-GTTCGAGGGT-AAAACG-GTAATTTTTA 1 GAAGGTTCG-GGGTCAAAA-GTGGAATTTTTG * * * * * * 6468 GAAGATTTGGGGTTAAAAATGGGA-TATTG 1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG 6497 GAA-GTTCGAGGGT-AAAA-TGGTAATTTTT 1 GAAGGTTCG-GGGTCAAAAGTGG-AATTTTT 6525 TAAAGATTTA Statistics Matches: 252, Mismatches: 49, Indels: 44 0.73 0.14 0.13 Matches are distributed among these distances: 27 3 0.01 28 22 0.09 29 89 0.35 30 137 0.54 31 1 0.00 ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.32, T:0.34 Consensus pattern (30 bp): GAAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTG Found at i:6269 original size:59 final size:58 Alignment explanation

Indices: 6149--6631 Score: 278 Period size: 59 Copynumber: 8.2 Consensus size: 58 6139 ACTTTGAGCA ** * * * * * 6149 TTCGAGGGTAAAAG-GGTAA-TTCGAGAAGGTTCGGGGTTAAGATGGAATTTTTGGGAGG 1 TTCGAGGGTAAAAGTGG-AATTTTTAGAAGGTTTGGGGTAAAAATGGGATTTTT-GGAAG * ** ** 6207 TTCG-GGGTCAAAAGTGGAATTTTTGGAAGGTTCAGAATAAAAAATGGGATTTTTGGAAG 1 TTCGAGGGT-AAAAGTGGAATTTTTAGAAGGTTTGGGGT-AAAAATGGGATTTTTGGAAG * * * * * 6266 TTCGAGGGTAAAA-TGGTTATTTTTTGAAGGTTTGGGGTCAAAACGGTAATTTTTGGAAAG 1 TTCGAGGGTAAAAGTGG-AATTTTTAGAAGGTTTGGGGTAAAAATGG-GATTTTTGG-AAG * * * * * * * 6326 TTTG-GGGTCAAAACG-GTAATTTTTGGAA-GTTCGAGG-ATAAAATGGTAATTTTGGAAG 1 TTCGAGGGT-AAAA-GTGGAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTA-AAAATGGGATTTTTGGAAG * * * * 6383 ATTTG-TGGTAAAAAATGGGATTTTTAGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG 1 -TTCGAGGGT-AAAAGTGGAATTTTTAGAAGGTTTGGGG-TAAAAATGGGATTTTTGGAAG * * * 6443 TTCGAGGGTAAAACG-GTAATTTTTAGAAGATTTGGGGTTAAAAATGGGA-TATTGGAAG 1 TTCGAGGGTAAAA-GTGGAATTTTTAGAAGGTTTGGGG-TAAAAATGGGATTTTTGGAAG * * * * * * 6501 TTCGAGGGTAAAA-TGGTAATTTTTTA-AAGATTTAGGGTTAGAATGAGATTTTTAGAAG 1 TTCGAGGGTAAAAGTGG-AA-TTTTTAGAAGGTTTGGGGTAAAAATGGGATTTTTGGAAG * * * 6559 TTC-AGGGGTAAAA-TGTAATTTTTTGTATA-GTTTAGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAG 1 TTCGA-GGGTAAAAGTGGAATTTTTAG-A-AGGTTT-GGGG-TAAAAATGGGATTTTTGGAAG * * 6619 TTTGGGGGTAAAA 1 TTCGAGGGTAAAA 6632 TAGTAATTTT Statistics Matches: 333, Mismatches: 62, Indels: 58 0.74 0.14 0.13 Matches are distributed among these distances: 56 5 0.02 57 19 0.06 58 105 0.32 59 119 0.36 60 83 0.25 61 2 0.01 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.31, T:0.34 Consensus pattern (58 bp): TTCGAGGGTAAAAGTGGAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTAAAAATGGGATTTTTGGAAG Found at i:6303 original size:89 final size:88 Alignment explanation

Indices: 6195--6485 Score: 307 Period size: 89 Copynumber: 3.3 Consensus size: 88 6185 TTAAGATGGA * * * ** ** 6195 ATTTTTGGGAGGTTCGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTGGAAGGTTCAGAATAAAAAATGGGATTTT 1 ATTTTTGGAAGATTTGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTGGAAGGTTTGGGGT-AAAAATGGGATTTT 6260 TGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTT 65 TGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTT * * * * * * * 6284 ATTTTTTGAAGGTTTGGGGTCAAAACG-GTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGTCAAAACGGTAATTT 1 ATTTTTGGAAGATTTGGGGTCAAAA-GTGGAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTAAAAATGG-GATTT * 6348 TTGGAAGTTCGAGGATAAAATGG-T 64 TTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTT * * * * * * 6372 AATTTTGGAAGATTTGTGGTAAAAAATGGGATTTTTAGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTT 1 ATTTTTGGAAGATTTGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTGGAAGGTTTGGGG-TAAAAATGGGATTTT * * 6437 TGGAAGTTCGAGGGTAAAACGGTA 65 TGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTT * * 6461 ATTTTTAGAAGATTTGGGGTTAAAA 1 ATTTTTGGAAGATTTGGGGTCAAAA 6486 ATGGGATATT Statistics Matches: 164, Mismatches: 33, Indels: 10 0.79 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 88 70 0.43 89 93 0.57 90 1 0.01 ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34 Consensus pattern (88 bp): ATTTTTGGAAGATTTGGGGTCAAAAGTGGAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTAAAAATGGGATTTTT GGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTT Found at i:6448 original size:88 final size:86 Alignment explanation

Indices: 6246--6641 Score: 302 Period size: 88 Copynumber: 4.5 Consensus size: 86 6236 GTTCAGAATA * * * * * 6246 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTTATTTTTTGAAGGTTTGGGGTCAAAACG 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGG-TAATTTTAGAAGATTTGGGGTAAAAATG * * 6311 GTAATTTTTGGAAAGTTTGGGGT 65 G-GATTTTTAGAAAGTTTGGGGT * * * * * * 6334 CAAAACGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGATAAAATGGTAATTTTGGAAGATTTGTGGTAAAAAAT 1 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAGAAGATTTGGGGT-AAAAAT * 6399 GGGATTTTTAGAAGGTTTGGGGTT 64 GGGATTTTTAGAAAGTTTGGGG-T * 6423 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAGATTTGGGGTTAAAAAT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGAAGATTTGGGG-TAAAAAT * * * 6488 GGGA-TATT-GGAAGTTCGAGGGT 64 GGGATTTTTAGAAAGTTTG-GGGT * ** * * * * 6510 -AAAATGGTAATTTTTTAAAGATT-TAGGGTTAGAATGAG-ATTTTTAGAAG-TTCAGGGGT-AA 1 AAAAATGG-GATTTTTGGAAG-TTCGAGGG-TAAAATG-GTAATTTTAGAAGATT-TGGGGTAAA ** * * 6570 AATGTAATTTTTTGTATAGTTTAGGGGTT 61 AATGGGATTTTTAG-AAAGTTT-GGGG-T * * * * 6599 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTT 6642 TGGATAGTTT Statistics Matches: 242, Mismatches: 47, Indels: 38 0.74 0.14 0.12 Matches are distributed among these distances: 85 7 0.03 86 13 0.05 87 35 0.14 88 101 0.42 89 79 0.33 90 7 0.03 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.29, T:0.36 Consensus pattern (86 bp): AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAGAAGATTTGGGGTAAAAATGG GATTTTTAGAAAGTTTGGGGT Found at i:6531 original size:58 final size:58 Alignment explanation

Indices: 6246--6642 Score: 321 Period size: 58 Copynumber: 6.8 Consensus size: 58 6236 GTTCAGAATA * * 6246 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTTATTTTTTGAAGGTTTGGGG-T 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTT-AAAGTTTGGGGTT * * * * * ** * * * 6304 CAAAACGGTAATTTTTGGAAAGTTTG-GGGTCAAAACGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGAT 1 AAAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTTAAAGTTTGGGGTT * * * * * 6364 -AAAATGGTAATTTTGGAAGATTTG-TGGTAAAAAATGG-GA-TTTTTAGAAGGTTTGGGGTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT--AAAATGGTAATTTTTTA-AA-GTTTGGGGTT * 6423 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAACGGTAA-TTTTTAGAAGATTTGGGGTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTA-AAG-TTTGGGGTT * * 6482 AAAAATGGGA-TATTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTAAAGATTTAGGGTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTAAAG-TTTGGGGTT * * * * 6540 -AGAATGAGATTTTTAGAAGTTC-AGGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGTATAGTTTAGGGGTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAATGGTAA-TTTTT-TAAAGTTT-GGGGTT * * * * 6599 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTT 1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT 6643 GGATAGTTTA Statistics Matches: 276, Mismatches: 42, Indels: 40 0.77 0.12 0.11 Matches are distributed among these distances: 57 19 0.07 58 95 0.34 59 85 0.31 60 73 0.26 61 4 0.01 ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.29, T:0.36 Consensus pattern (58 bp): AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTAAAGTTTGGGGTT Found at i:6651 original size:30 final size:29 Alignment explanation

Indices: 6247--6651 Score: 226 Period size: 30 Copynumber: 13.8 Consensus size: 29 6237 TTCAGAATAA * * * 6247 AAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT * * 6275 AAAATGGTTATTTTTTGAAGGTTT-GGGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGGT * 6304 CAAAACGGTAATTTTTGGAAAGTTT-GGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGGGGGT * * * * 6334 CAAAACGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGAT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT * 6364 AAAATGGTAA-TTTTGGAAGATTT-GTGGT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTGGGGGT * * * 6392 AAAAAATGG-GATTTTTAGAAGGTTTGGGGTT 1 --AAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTTGGGGGT * * * 6423 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT * * * 6452 AAAACGGTAATTTTTAGAAGATTTGGGGTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTGGGGGT * * * * 6482 AAAAATGG-GA-TATTGGAAGTTCGAGGGT 1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT ** * * 6510 AAAATGGTAATTTTTTAAAGATTTAGGGTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTGGGGGT * * ** 6540 AGAAT-G-AGATTTTTAGAAGTTCAGGGGT 1 AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTTGGGGGT * * 6568 AAAAT-GTAATTTTTTGTATAGTTTAGGGGTT 1 AAAATGGTAA-TTTTTGGA-AGTTT-GGGGGT 6599 AAAAAT-G-AGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT 1 -AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTTGGGGGT * 6628 AAAATAGTAATTTTTGGATAGTTT 1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTT 6652 AGGGACCTCC Statistics Matches: 293, Mismatches: 57, Indels: 52 0.73 0.14 0.13 Matches are distributed among these distances: 27 7 0.02 28 50 0.17 29 92 0.31 30 113 0.39 31 24 0.08 32 7 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.29, T:0.37 Consensus pattern (29 bp): AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT Found at i:8260 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 8237--8294 Score: 64 Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18 8227 CTTTGGACAT * 8237 TTTAAATTTATTAATAAA 1 TTTAAATTTATAAATAAA *** 8255 TTTAAATTT-TGGCTAAA 1 TTTAAATTTATAAATAAA * 8272 TTTAAATTTAAAAATAAA 1 TTTAAATTTATAAATAAA 8290 TTTAA 1 TTTAA 8295 GTTCATTTGG Statistics Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 2 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 17 14 0.44 18 18 0.56 ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.03, T:0.47 Consensus pattern (18 bp): TTTAAATTTATAAATAAA Done.