Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011267.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126246, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3442
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1211 original size:579 final size:573
Alignment explanation
Indices: 1--1153 Score: 1623
Period size: 568 Copynumber: 2.0 Consensus size: 573
* * * *
1 TCAAATCTAATAGGGGAATCTATAGCACAAGTTAATACGATAATAGGAGTTTTAATTAGAATGAA
1 TCAAATCTAATAGGGGAATCGATACCACAAGTCAATACGATAACAGGAGTTTTAATTAGAATGAA
66 ATTTCAATTAATCAACCTAAAGTTAGTTGCATTTATTCTCGAAAGAGATATTAGTATCATTTAGA
66 ATTTCAATTAATCAACCTAAAGTTAGTTGCATTTATTCTCGAAAGAGATATTAGTATCATTTAGA
131 GATTTCTACGGATAAAGATGCTAAGTAAACAAATTGTGTATTTTAGATTGGTAGTGATAGATGAA
131 GATTTCTACGGATAAAGATGCTAAGTAAACAAATTGTGTATTTTAGATTGGTAGTGATAGATGAA
196 ATCTAGGTGAATTCTTTCCCGGGTATTGTTTCGCTTCTTGATTGTTAATCGATTATTTTGCTAAT
196 ATCTAGGTGAATTCTTTCCCGGGTATTGTTTCGCTTCTTGATTGTTAATCGATTA--TT-CT-AT
*
261 TGTTCTTTGATTGTTCTTTTTAGTACTTTTAGTCCTCGTGGGAACAATATCTTTGCTCACCGTAG
257 TG-TC-TTGATTGTTCTTTTTAGTACTTTTAGTCCTCGTGGGAACAATATCTTTGCTCACCGTAA
*
326 CTATACTATTAATTGATAGGTGCACTTGTGTTTGTCAAATTTTTAGTTAGTTTCATGACACATCA
320 CTATACTATTAATTAATAGGTGCACTTGTGTTTGTCAAATTTTTAGTTAGTTTCATGACACATCA
* *
391 CTTATTTCATTCCTTTATCAATGAATTAATGATCTCATTTCAAATTTTTCAACCTTGTTATTAGA
385 CTTATTTCATTCCTTTATCAATGAATTAATAATCTCATTTCAAATTTTTCAACCCTGTTATTAGA
456 ATAATTTCATATTCATTATCAATATGGTCTTTGTCACATATCATTTTCAGAATCGTACTATGTTT
450 ATAATTTCATATTCATTATCAATATGGTCTTTGTCACATATCATTTTCAGAATCGTACTATGTTT
**************************************************
521 TATTGTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
515 TATTGTCTCCAAGATTAATATCACTTACCATTATTTACTTTTAGCCCCTATTAATTGGA
* * * *
580 TCAAATCTAATAGGGGAATCTATAGCACAAGTTAATACGATAATAGGAGTTTTAATTAGAATGAA
1 TCAAATCTAATAGGGGAATCGATACCACAAGTCAATACGATAACAGGAGTTTTAATTAGAATGAA
* *
645 ATTTCAATTAATCAACCTAGAGTTAGTTGCATTTATTCTCGAAAGAGATATTAGTATCATTTAGG
66 ATTTCAATTAATCAACCTAAAGTTAGTTGCATTTATTCTCGAAAGAGATATTAGTATCATTTAGA
710 GATTTCTACGGATAAAGATGCTAAGTAAACAAATTGTGTATTTTAGATTGGTAGTGATAGATGAA
131 GATTTCTACGGATAAAGATGCTAAGTAAACAAATTGTGTATTTTAGATTGGTAGTGATAGATGAA
775 ATCTAGGTGAATTCTTTCCCGGGTATTGTTTCGCTTCTTGATTGTTAATCGATTA-T-T-TTG-C
196 ATCTAGGTGAATTCTTTCCCGGGTATTGTTTCGCTTCTTGATTGTTAATCGATTATTCTATTGTC
836 -TGATTGTTCTTTTTAGTACTTTTAGTCCTCGTGGGAACAATATCTTTGCTCACCGTAACTATAC
261 TTGATTGTTCTTTTTAGTACTTTTAGTCCTCGTGGGAACAATATCTTTGCTCACCGTAACTATAC
900 TATTAATTAATAGGTGCACTTGTGTTTGTCAAATTTTTAGTTAGTTTCATGACACATCACTTATT
326 TATTAATTAATAGGTGCACTTGTGTTTGTCAAATTTTTAGTTAGTTTCATGACACATCACTTATT
*
965 TCATTCCTTTATCAATGAATTAATAATCTCATTTCAATTTTTTCAACCCTGTTATTAGAATAATT
391 TCATTCCTTTATCAATGAATTAATAATCTCATTTCAAATTTTTCAACCCTGTTATTAGAATAATT
1030 TCATATTCATTATCAATATGGTCTTTGTCACATATCATTTTCAGAATCGTACTATGTTTTATTGT
456 TCATATTCATTATCAATATGGTCTTTGTCACATATCATTTTCAGAATCGTACTATGTTTTATTGT
1095 CTCCAAGATTAATATCACTTACCATTATTTACTTTTAGCCCCTATTAATTGGA
521 CTCCAAGATTAATATCACTTACCATTATTTACTTTTAGCCCCTATTAATTGGA
1148 TGCAAA
1 T-CAAA
1154 CATAAGTGTG
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 57, Indels: 12
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
568 258 0.50
569 4 0.01
570 1 0.00
572 3 0.01
574 1 0.00
576 1 0.00
579 248 0.48
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (573 bp):
TCAAATCTAATAGGGGAATCGATACCACAAGTCAATACGATAACAGGAGTTTTAATTAGAATGAA
ATTTCAATTAATCAACCTAAAGTTAGTTGCATTTATTCTCGAAAGAGATATTAGTATCATTTAGA
GATTTCTACGGATAAAGATGCTAAGTAAACAAATTGTGTATTTTAGATTGGTAGTGATAGATGAA
ATCTAGGTGAATTCTTTCCCGGGTATTGTTTCGCTTCTTGATTGTTAATCGATTATTCTATTGTC
TTGATTGTTCTTTTTAGTACTTTTAGTCCTCGTGGGAACAATATCTTTGCTCACCGTAACTATAC
TATTAATTAATAGGTGCACTTGTGTTTGTCAAATTTTTAGTTAGTTTCATGACACATCACTTATT
TCATTCCTTTATCAATGAATTAATAATCTCATTTCAAATTTTTCAACCCTGTTATTAGAATAATT
TCATATTCATTATCAATATGGTCTTTGTCACATATCATTTTCAGAATCGTACTATGTTTTATTGT
CTCCAAGATTAATATCACTTACCATTATTTACTTTTAGCCCCTATTAATTGGA
Found at i:1689 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1653--1712 Score: 102
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1643 TAACCACCAC
1653 TCCATTCAAGTCAAGATAAAAAAAAAATTA
1 TCCATTCAAGTCAAGAT-AAAAAAAAATTA
*
1683 TCCATTCAAGTCAAGATAAAAAGAAATTA
1 TCCATTCAAGTCAAGATAAAAAAAAATTA
1712 T
1 T
1713 TTAAATAAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 12 0.41
30 17 0.59
ACGTcount: A:0.53, C:0.13, G:0.08, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
TCCATTCAAGTCAAGATAAAAAAAAATTA
Done.