genome.fa.s11283.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011283.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126262, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166534

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1311--1606	62	5.0	57	78	11	272	35	17	18	28	1.94
1311--1606	60	5.0	58	79	9	224	35	17	18	28	1.94
1507--1915	101	4.0	102	83	6	454	37	16	16	28	1.91
1828--2003	60	3.1	55	68	20	130	38	17	17	27	1.92
1829--2007	57	3.1	56	66	17	125	39	16	17	27	1.90
1823--2062	115	2.1	116	78	10	260	37	18	16	27	1.92
12735--12795	24	2.6	24	73	2	61	47	0	1	50	1.10
15982--16035	19	2.7	20	74	5	56	20	3	5	70	1.23
15982--16043	20	3.2	20	76	15	67	20	3	4	70	1.19
16199--16256	26	2.1	27	84	12	75	37	5	0	56	1.21
18999--19193	43	4.6	43	77	6	155	23	18	17	40	1.91
25630--25816	86	2.2	86	86	1	250	36	16	24	22	1.94
26338--26433	6	16.7	6	71	12	76	45	1	2	51	1.20
26341--26433	17	5.4	17	76	6	98	45	1	2	51	1.20
26338--26433	34	2.8	33	82	7	120	45	1	2	51	1.20
26341--26435	23	4.2	23	68	11	70	46	1	2	50	1.20
27381--27413	14	2.4	14	100	0	66	21	21	51	6	1.69
28019--28249	29	7.9	29	80	8	220	38	25	2	33	1.70
28054--28280	59	3.9	59	82	3	255	37	24	3	33	1.74
28246--28339	29	3.3	29	64	12	68	28	18	8	44	1.78
28054--28376	58	5.5	58	77	7	246	36	23	4	35	1.75
43311--43342	15	2.1	16	94	5	57	15	0	65	18	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43553--43665	36	3.5	35	67	26	95	20	26	9	43	1.83
43537--43666	60	2.2	60	90	0	206	20	23	10	45	1.81
44035--44085	26	2.0	25	82	14	61	33	15	11	39	1.84
46903--46951	16	3.1	16	82	14	57	48	12	2	36	1.52
47064--47103	13	3.1	13	79	13	55	67	2	0	30	1.04
62135--62180	22	2.1	22	83	0	56	10	30	21	36	1.88
68207--69887	447	3.8	447	92	0	2641	19	20	15	44	1.87
79054--79116	18	3.8	17	79	6	58	44	0	7	47	1.32
79566--79621	23	2.5	24	75	16	57	69	3	0	26	1.04
80276--80317	17	2.5	17	84	0	57	54	14	7	23	1.64
80775--80825	23	2.2	24	77	22	56	39	1	1	56	1.22
81652--81701	27	1.9	25	84	8	64	22	14	10	54	1.69
82709--82772	22	2.9	22	79	4	67	31	6	9	53	1.58
83799--83889	27	3.3	27	81	6	85	25	27	17	29	1.97
83814--83900	27	3.2	27	78	4	86	22	27	18	31	1.97
86741--86927	97	1.9	97	80	4	216	36	12	18	32	1.88
87146--87205	28	2.1	28	85	11	79	31	10	25	33	1.89
87218--87473	59	4.4	57	75	14	182	38	3	24	34	1.71
87248--87506	59	4.4	59	80	6	267	37	1	25	34	1.67
87382--87493	29	3.8	29	65	12	75	44	1	21	32	1.63
87187--87516	118	2.8	117	77	8	296	37	2	25	34	1.70
87283--87516	30	7.9	30	69	14	148	38	0	24	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88499--88571	27	2.8	25	85	4	92	32	5	5	56	1.45
88499--88571	25	2.8	26	82	12	80	32	5	5	56	1.45
89256--89338	17	4.7	17	80	11	87	51	7	2	38	1.43
89255--89326	11	6.0	12	75	8	58	51	5	2	40	1.40
89255--89307	6	9.0	6	81	10	65	49	5	0	45	1.26
90045--90158	60	1.9	60	90	0	183	17	25	21	35	1.95
90113--90575	49	9.4	49	73	6	337	15	27	19	37	1.92
90105--90529	147	2.9	147	86	2	568	16	27	20	36	1.93
90113--90629	147	3.5	146	83	2	543	15	26	19	37	1.92
100674--100864	96	2.0	98	82	6	237	37	13	17	31	1.88
101179--101403	29	7.8	28	69	13	125	37	2	24	35	1.70
101175--101429	58	4.4	59	80	10	269	37	2	24	36	1.68
101175--101430	116	2.2	116	84	8	324	37	2	24	35	1.69
101211--101440	29	7.9	30	72	11	138	38	2	23	36	1.67
102961--103009	6	8.3	6	80	11	57	48	6	0	44	1.27
102961--103005	17	2.6	17	93	6	74	46	6	0	46	1.29
102976--103040	17	3.6	17	78	11	67	52	7	3	36	1.46
103827--103885	31	1.9	31	92	0	100	32	6	11	49	1.66
111086--111123	6	6.3	6	87	0	58	63	13	2	21	1.42
111084--111120	18	2.1	18	94	0	65	62	13	5	18	1.50
115140--115276	72	1.9	71	86	1	193	21	23	20	35	1.96
115580--115619	21	1.9	21	89	0	62	40	15	20	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116928--117033	18	5.9	18	88	0	167	18	21	26	33	1.97
116915--117026	36	3.1	36	90	0	179	20	20	24	34	1.96
116915--117047	36	3.7	36	87	1	176	21	21	24	32	1.98
116931--117047	18	6.4	18	84	4	67	21	22	24	31	1.98
123951--124056	18	5.9	18	88	0	167	18	21	26	33	1.97
123938--124049	36	3.1	36	90	0	179	20	20	24	34	1.96
123938--124070	36	3.7	36	87	1	176	21	21	24	32	1.98
123954--124070	18	6.4	18	84	4	67	21	22	24	31	1.98
130802--130849	21	2.3	21	89	3	71	25	16	10	47	1.78
130901--131107	18	11.5	18	79	4	166	22	21	23	33	1.97
131025--131123	36	2.7	36	85	1	135	30	19	23	27	1.98
139891--139932	18	2.2	19	87	8	59	71	2	0	26	0.98
141076--141119	21	2.0	22	91	4	72	56	2	0	40	1.11
141095--141137	17	2.5	17	85	11	52	55	4	0	39	1.20
148025--148125	34	3.0	34	91	0	157	34	18	18	27	1.95
150067--150130	21	3.2	21	72	17	73	29	23	21	25	1.99
150922--150978	26	2.3	23	82	11	60	12	45	1	40	1.52
153216--154554	667	2.0	668	94	0	2358	37	14	19	28	1.91
158568--158602	15	2.4	15	90	4	54	57	14	0	28	1.38
161175--161232	25	2.3	25	93	0	98	62	12	17	8	1.54
162728--162810	27	3.1	27	87	0	112	7	16	12	63	1.49

Tables:   1

The End!