Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01011302.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126282, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1969
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Found at i:396 original size:216 final size:213
Alignment explanation
Indices: 2--1969 Score: 1879
Period size: 216 Copynumber: 9.1 Consensus size: 213
1 G
* * * * *
2 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAAC-AAACTTCCGAA
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTC-AA
* * * *
66 A-TTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTAT
63 ACTTGT-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC-GGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAT
* **
129 TCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
126 TCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCATATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
*
194 TCATTTCGTAAACAAGTTTTGATC
190 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
*
218 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCCTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT-TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
* * ** * * *
283 TTGTAGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCATAAAGTATTCAGGACGATCCAATCC
65 TTGTA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCC
** * * * *
348 TTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCATAACATTTGGTCTAAA-AATTTTGTC
129 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGG-CGGGAAATCATATCATTTGGTCTAAATAGTTTT-TC
**
412 ATTTTGTAAACAAGTTTTGGCC
192 ATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
434 ATTGAATTAAAACCTTATTTACGTGGGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACG-AACTTCAAAA
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG-TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTC-AAA
* * *
498 CTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTC
64 CTTG-TAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTC
*** *
563 CTTATTGTAATTTTTCGAACATTCCAT-GCGAGGAAAAT-ATCATCATTTAGTCTAAATAGTTTT
128 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGGCG-GG-AAATCAT-ATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
* *
626 TAATTTTGTAAACATGTTTTGATC
190 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
650 TTTGAATTACAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
* * * * *
715 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTTCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
65 TTGT-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCC
* * *
780 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTC-
129 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCATATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCA
*
844 TTTTCGTAAACATGTTTTGATC
193 TTTT-GTAAACAAGTTTTGATC
* * * * * *
866 TTTAAATT-AAAACTTATTAAC-TGAGAACTGTTCCTCTCTTGGATCTTGGACGAACTTTCGAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT-CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
* * ** * * * *
929 TTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGG-TGATCCAATC
65 TTG-TAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCCATTC
* * ** * * * * *
993 CTTCAAGAAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTA-CAATATGGTCTAAA-AGGTTTT
128 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCATATC-ATTTGGTCTAAATA-GTTTT
*
1056 TCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GC
190 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
1079 GTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAAC-AAACTTCCGA
1 -TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTC-A
* * * *
1143 AA-TTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTA
62 AACTTGT-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC-GGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
* *
1206 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATC-TCATCATTTAGTCTAAATAG-T
125 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCAT-ATCATTTGGTCTAAATAGTT
1269 TTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
188 TTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
1296 TTTGAATTACAAACTTATTTACGTGTGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
* * * * *
1361 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTTAGGACGATCTATTCC
65 TTGT-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCC
* * * *
1426 TCCGAGTAATTTTTCGAACATTCCAT-GCGAGGAAAATAACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTC
129 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGGCG-GG-AAATCATATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTC
*
1490 -TTTTCGTAAACATGTTTTGATC
192 ATTTT-GTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
1512 TTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAAATATTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT-CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAAC
* * * ** * * * * *
1576 TTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTGCTTAAAGTATGCAAGG-CTATCCAATC
65 TTG-TAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCCATTC
** * ** * ** * * *
1640 CTTCGAACAATTTTTAGAACATTAGATGCTCAAGAAGTCGTATAATTTGGTCTAAA-AGTTTTTT
128 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCATATCATTTGGTCTAAATAG-TTTTT
* *
1704 AATTTTGTAAACAAGTTTTG-GC
191 CATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
* * * * *
1726 GTTTGAATAAAAAACTTATTTACGTGAAAATTGTTTCTCTTTTGGTTGTTGGACG-AACTTCAAA
1 -TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG-TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTC-AA
* * * * *
1790 ACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATTCATT
63 ACTTG-TAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATT
* ** * * *
1855 CCTACTTGTAATTTTTCGAACATT-TATGCGAGGGAAATC-TCATCATTTAGTCTAAATAG-TTT
127 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATG-GCGGGAAATCAT-ATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
* *
1917 TCAATTTCGTAAACATGTTTTGATC
190 TC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATC
*
1942 TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 257, Indels: 131
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
213 5 0.00
214 163 0.11
215 306 0.21
216 905 0.63
217 49 0.03
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (213 bp):
TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACT
TGTAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCCTT
CGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGGCGGGAAATCATATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
TGTAAACAAGTTTTGATC
Found at i:1234 original size:646 final size:647
Alignment explanation
Indices: 2--1969 Score: 3031
Period size: 646 Copynumber: 3.0 Consensus size: 647
1 G
* * * * * *
2 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAACAAACTTCCGAAA
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAAC
* *
67 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
66 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
* * *
132 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCA
131 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
* * * *
197 TTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGT-CTCTCCTG
196 TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAC-TGAGAAATGT-TCCTCTCTTG
* * * *
261 GTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCATAA
259 GTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAA
* * * * * *
326 AGTATTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCATAA
324 AGTATGCAAGGATGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTAA
** *
390 CATTTGGTCTAAAA-ATTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAACCTTATTT
389 -ATTTGGTCTAAAAGATTTT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTT
* *
454 ACGTGGGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACGAGTT
452 ACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTT
* *
519 CTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTATTGTAATTTTTCGAACA
517 CTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACA
* * *
584 TTCCATGCGAGGAAAATATCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTTGTAAACATGTTTTGAT
582 TTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGAT
649 C
647 C
* * *
650 TTTGAATTACAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAAC
*
715 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTTCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
66 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
780 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
131 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
* * *
845 TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTAAATT-AAAACTTATTAACTGAGAACTGTTCCTCTCTTGGA
196 TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAACTGAGAAATGTTCCTCTCTTGGT
*
909 TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAG
261 TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAG
*
974 TATGCAAGG-TGATCCAATCCTTC-AAGAAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTACA
326 TATGCAAGGATGATCCAATCCTTCGAA-CAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTA-A
* *
1037 ATATGGTCTAAAAGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
389 ATTTGGTCTAAAAGATTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * * * * *
1102 GTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAACAAACTTCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACTAGTTC
454 GTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTT-CAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTC
* * * * **
1166 -TTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACA
518 TTTTTTAAATTC-GGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACA
*
1230 TTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGAT
582 TTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGAT
1295 C
647 C
* * *
1296 TTTGAATTACAAACTTATTTACGTGTGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAAC
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAAC
*
1361 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTTAGGACGATCTATTCC
66 TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
* * *
1426 TCCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATAACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
131 TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
* *
1491 TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAGTGAGAAATATTCCTCTCTTGGT
196 TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAACTGAGAAATGTTCCTCTCTTGGT
*
1556 TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTGCTTAAAG
261 TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAG
* * *
1621 TATGCAAGGCT-ATCCAATCCTTCGAACAATTTTTAGAACATTAGATGCTCAAGAAGTCGTATAA
326 TATGCAAGGATGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTA-AA
* * *
1685 TTTGGTCTAAAAGTTTTTTAATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATAAAAAACTTATTTACG
390 TTTGGTCTAAAAGATTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* *
1750 TGAAAATTGTTTCTCTTTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTT
455 TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTT
*
1815 TTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGAT-TCATTCCTACTTGTAATTTTTCGAACATT
520 TTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCT-ATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATT
* *
1879 -TATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTCGTAAACATGTTTTGATC
584 CCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATC
*
1942 TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
1 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
Statistics
Matches: 1203, Mismatches: 104, Indels: 28
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
645 13 0.01
646 641 0.53
647 329 0.27
648 220 0.18
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (647 bp):
TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAAC
TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCC
TTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT
TTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAACTGAGAAATGTTCCTCTCTTGGT
TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAG
TATGCAAGGATGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTAGATGCTCAGGAAGTCGTAAAT
TTGGTCTAAAAGATTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT
GAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTTT
TTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCC
ATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATC
Found at i:1742 original size:862 final size:863
Alignment explanation
Indices: 178--1969 Score: 2104
Period size: 862 Copynumber: 2.1 Consensus size: 863
168 TCGCATCATT
*
178 TGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTG
1 TGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGAGCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTG
* * *
243 AGAATTGTGTCTCTCCTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTAAGAGTTCTTTT
66 AGAATTATGTCTCTCCTGGTTCTTGAACGAAATTCCAAACTTGTAGAACTTTTAAGAGTTCTTTT
*** *
308 ATAGCTTCGGTTCCATAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACA
131 ATAAAATCAGTTCCATAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACA
* * * * *
373 TGGTCGGGAAGTCATAACATTTGGTCTAAAAATTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTG
196 TGGTAGGGAAATCATAACATTTAGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCATTG
** *
438 AATTAAAACCTTATTTACGTGGGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGA
261 AATTAAAACCTTATTTACGTGGGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCAAAACTTGA
* * * *
503 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTAT
326 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTCAG
* * *
568 TGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATATCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTT
391 AGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATAACATCATTTAGTCTAAATAGTTGTTAATTTT
* * *
633 GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTACAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTATCTTGGTTCT
456 GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAAATACTTCTATCTTGGTTCT
** * * *
698 TGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTTCTTAAAGTGT
521 TGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAAATCCAGTTGCTTAAAGTAT
* * * ** * * * * *
763 TCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTG
586 GCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTAGAACATTACATGCCAGAGAAATCACATAATTTG
* * * *
828 GTCTAAATAGTTGTTCTTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTAAATTAAAACTTATTAAC-TGAGA
651 GTCTAAATAGTTGTTCTTTTCGTAAACAAGTTTTGAGCTTTAAATAAAAACTTATTAACGTGAAA
* *** *
892 ACTGTTCCTCTCTTGGATCTTGGACGAACTTTC-GAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
716 ACTGTTCCTCTCTTGGATCTTGGACGAAC-TTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTTTTAT
** *
956 AGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGTGATCCAATCCTTCAAGAAATTTTTCGAACATTAGATG
780 AAATTCGGATCCTTAAAGTATGCAAGGTGATCCAATCCTTCAAGAAATTTTTCGAACATTAGATG
1021 CTCAGGAAGTCGTACAATA
845 CTCAGGAAGTCGTACAATA
*
1040 TGGTCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACG
1 TGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGAGC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACG
* * * * **
1103 TGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAAC-AAACTTCCGAAA-TTGTCA-AACTTTTACTAGTT
64 TGAGAATTATGTCTCTCCTGGTTCTTGAACGAAA-TTCC-AAACTTGT-AGAACTTTTAAGAGTT
* * * * **
1165 CTTTT-TAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAAC
126 CTTTTATAAAATC-AGTTCCATAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAAC
* * *
1229 ATTCCATGCG-AGGGAAATC-TCATCATTTAGTCTAAATAGTTT-TCAATTTTGTAAACAAGTTT
190 ATTACATG-GTAGGGAAATCAT-AACATTTAGTCTAAAAAGTTTGTC-ATTTTGTAAACAAGTTT
* * *
1291 TGATCTTTGAATTACAAA-CTTATTTACGTGTGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
252 TGACCATTGAATTA-AAACCTTATTTACGTGGGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* * * * * *
1355 CCAAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTTAGGACGATC
316 CAAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATC
* * *
1420 TATTCCTCCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATAACATCATTTGGTCTAAATAGT
381 CATTCCTCAGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATAACATCATTTAGTCTAAATAGT
*
1485 TGTT-CTTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAAATA-TTCC
446 TGTTAATTTT-GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAAATACTT-C
* ** ** * *
1547 TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAGCTTCGGT
509 TATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAAATCCAGT
* *
1612 TGCTTAAAGTATGCAAGG-CTATCCAATCCTTCGAACAATTTTTAGAACATTAGATGCTCA-AGA
574 TGCTTAAAGTATGC-AGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTAGAACATTACATGC-CAGAGA
* ** * * *
1675 AGTCGTATAATTTGGTCTAAA-AGTT-TTTTAATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATAAA
637 AATCACATAATTTGGTCTAAATAGTTGTTCT--TTTCGTAAACAAGTTTTGAGC-TTTAAAT-AA
* * * * * *
1737 AAACTTATTTACGTGAAAATTGTTTCTCTTTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACT
698 AAACTTATTAACGTGAAAACTGTTCCTCTCTTGGATCTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACT
* * * ** * * * ** *
1802 TTTACAAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATTCATTCCTACTTGTAAT
763 TTTACAAGTTCTTTTATAAATTCGGATCCTTAAAGTATGCAAGGTGATCCAATCCTTCAAGAAAT
* * * *
1867 TTTTCGAACATT-TATGC-GAGGGAAATC-T-CATCATT
828 TTTTCGAACATTAGATGCTCA-GGAAGTCGTACA--ATA
* * * *
1902 TAGTCTAAATAG-TTTTCAATTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGT
1 TGGTCTAAATAGTTTTTC-ATTTCGTAAACAAGTTTTGAGCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT
1966 GAGA
65 GAGA
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 123, Indels: 52
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
859 3 0.00
860 9 0.01
861 174 0.22
862 485 0.62
863 110 0.14
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (863 bp):
TGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGAGCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTG
AGAATTATGTCTCTCCTGGTTCTTGAACGAAATTCCAAACTTGTAGAACTTTTAAGAGTTCTTTT
ATAAAATCAGTTCCATAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACA
TGGTAGGGAAATCATAACATTTAGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCATTG
AATTAAAACCTTATTTACGTGGGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCAAAACTTGA
CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTCAG
AGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGAAAATAACATCATTTAGTCTAAATAGTTGTTAATTTT
GTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAAATACTTCTATCTTGGTTCT
TGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTATAAATCCAGTTGCTTAAAGTAT
GCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTAGAACATTACATGCCAGAGAAATCACATAATTTG
GTCTAAATAGTTGTTCTTTTCGTAAACAAGTTTTGAGCTTTAAATAAAAACTTATTAACGTGAAA
ACTGTTCCTCTCTTGGATCTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACAAGTTCTTTTATA
AATTCGGATCCTTAAAGTATGCAAGGTGATCCAATCCTTCAAGAAATTTTTCGAACATTAGATGC
TCAGGAAGTCGTACAATA
Done.